Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006672.3
Sequence Length
2553 nt
GC Content
0.5875
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1094.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1141.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 631.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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