Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006677.3
Sequence Length
4446 nt
GC Content
0.5846
GCGCCGGAACCGGAACGGAGAGCGGGUUGCCAGGGCCCGAAGAGGGCUGGCUGCGGCGGUCUCGCUCGGCUGUCCGUUCCUUGCUGGAGAAUUUGGCCACAAAGAGUUGCCAAGAUAGCUGGGCCAGGAAGAAAGCGCCGCAGCCCUGACCCAGACGCUGUUGCCGACCCCGGGGCACUCUGGCUGUCGACCAAGCGGCUCAAGAUGUCUGGCGGGGCCAGUGCCACAGGCCCAAGGAGAGGGCCCCCAGGACUGGAGGACACCACUAGUAAGAAGAAGCAGAAGGAUCGAGCAAACCAGGAGAGCAAGGAUGGAGAUCCUAGGAAAGAGACAGGGUCUCGAUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUUGAACCUCUGGCCUCAGGUGAUCCUUCUGCCUCAGCCUCCCAUGCAGCUGGGAUCACAGGCUCACGCCACCGUACCCGGCUGUUCUUUCCUUCAUCGUCAGGGUCAGCAUCCACUCCUCAAGAGGAGCAGACCAAAGAGGGAGCUUGUGAAGACCCUCAUGAUCUCUUGGCUACUCCCACUCCAGAGUUGUUGCUCGAUUGGAGGCAGAGUGCAGAAGAGGUGAUUGUCAAGCUUCGUGUGGGAGUAGGUCCCCUGCAGCUGGAGGAUGUAGAUGCUGCUUUCACAGAUACAGACUGUGUGGUGCGGUUUGCAGGUGGUCAGCAGUGGGGUGGUGUCUUCUAUGCUGAGAUAAAAAGCUCUUGUGCUAAAGUGCAAACCCGCAAGGGCAGUCUCCUGCACCUGACACUGCCCAAAAAGGUGCCUAUGCUCACGUGGCCCUCCCUCCUGGUUGAGGCUGAUGAACAGCUUUGCAUACCACCGCUGAACUCCCAAACCUGCCUCCUGGGCUCAGAGGAGAAUUUAGCCCCUUUGGCAGGAGAGAAAGCAGUGCCUCCCGGGAAUGACCCAGUCUCUCCAGCCAUGGUCCGGAGCAGAAACCCUGGGAAAGAUGACUGUGCCAAGGAGGAGAUGGCAGUGGCAGCAGAUGCUGCAACCUUGGUGGAUGAGCCCGAGUCGAUGGUGAACCUGGCGUUUGUCAAGAAUGACUCGUAUGAGAAGGGCCCGGAUUCAGUGGUGGUGCACGUGUACGUGAAGGAGAUCUGCAGGGACACCUCAAGAGUACUUUUCCGUGAGCAGGACUUCACGCUCAUCUUCCAGACCAGGGAUGGAAACUUCCUGAGGCUGCACCCGGGCUGUGGGCCCCACACCACCUUCCGUUGGCAGGUGAAGCUCAGGAAUCUGAUUGAGCCAGAGCAGUGCACCUUCUGUUUCACGGCUUCUCGCAUCGACAUCUGCCUUCGUAAGAGGCAGAGUCAGCGCUGGGGGGGCCUGGAGGCCCCGGCUGCACGAGUGGGUGGUGCAAAGGUUGCCGUGCCGACAGGUCCAACCCCUCUGGAUUCAACCCCACCAGGAGGUGCUCCCCACCCCCUGACAGGCCAGGAGGAGGCCCGGGCUGUGGAGAAGGAUAAAUCCAAGGCACGAUCUGAGGACACAGGGCUAGACAGUGUGGCAACCCGCACACCCAUGGAGCAUGUAACCCCAAAGCCAGAGACACACCUGGCCUCGCCCAAGCCUACAUGCAUGGUGCCUCCCAUGCCCCACAGCCCAGUUAGUGGAGACAGCGUGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGAAGAAGGUGUGUCUGCCAGGCUUCACUGGCCUUGUCAAUUUAGGCAACACCUGCUUCAUGAACAGCGUCAUUCAGUCUCUGUCCAACACUCGGGAACUCCGGGACUUCUUCCAUGACCGCUCCUUUGAGGCUGAGAUCAACUACAACAACCCACUAGGGACUGGUGGGCGUCUGGCCAUUGGCUUUGCCGUGCUGCUUCGGGCGCUGUGGAAGGGCACCCACCAUGCCUUCCAGCCUUCCAAGUUGAAGGCCAUUGUGGCGAGUAAGGCCAGCCAGUUCACAGGCUAUGCACAGCAUGAUGCCCAGGAGUUCAUGGCUUUCCUGCUGGAUGGGCUGCACGAGGACCUGAAUCGCAUUCAGAACAAGCCCUACACAGAGACCGUGGAUUCAGAUGGGCGGCCCGAUGAGGUGGUAGCUGAGGAAGCAUGGCAGCGGCACAAGAUGAGGAAUGACUCUUUCAUCGUGGACCUAUUUCAGGGGCAGUACAAGUCGAAGCUGGUGUGCCCUGUGUGUGCCAAGGUCUCCAUCACUUUUGACCCGUUUCUUUAUCUGCCGGUGCCCUUGCCACAAAAGCAAAAGGUUCUCCCUGUCUUUUAUUUUGCCCGAGAGCCCCACAGCAAGCCCAUCAAGUUCCUGGUGAGCGUCAGCAAGGAGAACUCCACUGCGAGCGAAGUAUUGGACUCCCUCUCUCAGAGUGUUCAUGUGAAGCCUGAGAACCUGCGUUUGGCGGAGGUAAUUAAGAAUCGUUUUCAUCGUGUGUUCCUACCCUCCCACUCACUGGACACUGUGUCCCCAUCUGAUACGCUCCUCUGCUUUGAGCUGCUAUCCUCAGAGUUGGCUAAGGAGCGGGUAGUGGUGCUAGAGGUGCAACAGCGCCCCCAGGUGCCCAGCGUCCCCAUCUCCAAGUGUGCAGCCUGCCAGCGGAAGCAACAGUCGGAGGAUGAAAAGCUGAAGCGCUGUACCCGGUGCUACCGUGUGGGCUACUGCAACCAGCUCUGCCAGAAAACCCACUGGCCUGACCACAAGGGCCUCUGCCGACCUGAGAACAUUGGCUACCCCUUCCUGGUCAGUGUACCUGCCUCACGCCUCACUUAUGCCCGCCUCGCUCAGUUGCUAGAGGGCUAUGCCCGGUACUCUGUGAGUGUAUUCCAGCCACCCUUUCAGCCAGGCCGCAUGGCCUUGGAGUCUCAGAGCCCUGGCUGCACCACACUGCUCUCCACAGGUUCCCUGGAGGCUGGGGACAGCGAGAGAGACCCCAUUCAGCCACCUGAGCUCCAGCUGGUGACCCCUAUGGCUGAGGGGGACACAGGGCUUCCCCGGGUGUGGGCAGCCCCUGACCGGGGUCCUGUGCCCAGCACCAGUGGAAUUUCUUCUGAGAUGCUGGCCAGUGGGCCCAUUGAGGUUGGCUCCUUGCCAGCUGGCGAGAGGGUGUCCCGACCCGAAGCUGCUGUGCCUGGGUACCAGCAUCCAAGUGAAGCUAUGAAUGCCCACACACCCCAGUUCUUCAUCUAUAAAAUUGAUUCAUCCAACCGAGAGCAGCGGCUAGAGGACAAAGGAGACACCCCACUGGAGCUGGGUGACGACUGUAGCCUGGCUCUCGUCUGGCGGAACAAUGAGCGCUUGCAGGAGUUUGUGUUGGUAGCCUCCAAGGAGCUGGAAUGUGCUGAGGAUCCAGGCUCUGCCGGUGAGGCUGCCCGGGCCGGCCACUUCACCCUGGACCAGUGCCUCAACCUCUUCACACGGCCUGAGGUGCUGGCACCCGAGGAGGCCUGGUACUGCCCACAGUGCAAACAGCACCGUGAGGCCUCCAAGCAGCUGUUGCUAUGGCGCCUGCCAAAUGUUCUCAUCGUGCAGCUCAAGCGCUUCUCCUUUCGUAGUUUUAUCUGGCGUGACAAGAUCAAUGACUUGGUGGAGUUCCCUGUUAGGAACCUGGACCUGAGCAAGUUCUGCAUUGGUCAGAAAGAGGAGCAGCUGCCCAGCUACGAUCUAUAUGCUGUCAUCAACCACUAUGGAGGCAUGAUUGGUGGCCACUACACUGCCUGUGCACGCCUGCCCAAUGAUCGUAGCAGUCAGCGCAGUGACGUGGGCUGGCGCUUGUUUGAUGACAGCACAGUGACAACGGUAGACGAGAGCCAGGUUGUGACGCGUUAUGCCUAUGUACUCUUCUACCGCCGGCGGAACUCUCCUGUGGAGAGGCCCCCCAGGGCAGGUCACUCUGAGCACCACCCAGACCUAGGCCCUGCAGCUGAGGCUGCUGCCAGCCAGGCUUCCCGGAUUUGGCAGGAGCUGGAGGCUGAGGAGGAGCCGGUGCCUGAGGGGUCUGGGCCCCUGGGUCCCUGGGGGCCCCAAGACUGGGUGGGCCCCCUACCACGUGGCCCUACCACACCAGAUGAGGGCUGCCUCCGGUACUUUGUCCUGGGCACCGUGGCGGCUUUGGUGGCCCUCGUGCUCAACGUGUUCUAUCCUCUGGUAUCCCAGAGUCGCUGGAGAUGAGCUCGCCUGCAGGCAGCUGCUGUGAGCUGGCCUACCUGCCUGCCCCAGGCCAUGCCUGCCUUUGUUGUGGGGAACACCUCUGGGCUUUGGGCCUCAGCUUAUGCAUCUGGUGGGAGAGGGUGGGGAGGUUGUGGCCCCUGCAGGGGCAGAGUAUCCUAGGGUGUGUAUCCAUCUGGCUGUCUGUCCAUUCAUCCUGCUGCUCUGACCCUUGGCCUCAGGCUUGGCCCUGCCCAAGCUACUUCCUGUACUUAAAAGUGUUAAUAAAACCAGACUAUUCAGGCCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1848.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1922.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 888.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((...((((((((.....((((...((((((((.....)))))((((((((((.(.(((((((((((((..((((.....))))...(((((.((.....)).))))))))))))))))......)).).))))))))))))))))).....))))).)))...)))).))......(((........)))((((......(((((((((((((((.(((..(((((.((((..(((((...(((((.(((((((((................(((((((((((...((((((((....((((.(((.((((((((.(........))))))))).)).).)))).....))))).))).((((........))))))))))))))).(((((((((((.(((((((((......(((....)))......)))))))))(((.(((((((.(..(((((...(.(((.(((((.((...(((((.(((....(((((..(((...))).)))))((.(((((((.((.((((...(((((((((....))))...)))))...))))))..))))))).)).)))..)))))...))))))).)))))))))..).)))))))...))).((((((.((((.....((((((((.....))))))))...))))..)))))).((((((((((.....(((.(((((.....(((((((((..............))))))))).)))))..)))...))))))))))....(((.(((.(((....)))))))))......)))..))))))))...((((((.((.((((((((.((((((((.....((((((....(((((.(((......))))))))....))))))........((..(((((((((......))((.(((((((.((((.((((((((((.....((((((............(((((.........)))))((.(((((....))))).)).((((.((((((((..(((((.....((((((.(((.(((.(((.((.....))...))).))).))).)).))))(((......)))((.((((.(((((...(((..(((....)))..)))...))))).)))).))..)))))...)))))))).)))).))))))..(((...((((((((.((.((((((((..((((........))))..))))......)))).)))))))))))))....(((((.((((((........))))))...)))))..(((...(((.((((((((.....))))))))))).)))..(((((((((((..(((..(((((((((.(.....).)))))......)))).)))..)))))))..))))..(((........)))((((.(((((.(((((((.....(((((((.(((((((((((.(((((((((....(((....))).((((((.((((((((.....((((.((...((((((....))))))...((((...))))..........(((((........))))))).))))...))).)).).)).))))))........))))))))).((((((((.((((..((((((..(((((...(((((.(((((.(((((((((((((((......)))))...........)))).)))))).))))(((((.((((((......((((((.((((.((.((((..(((.(((.((((...(((((.(((((...(((((..(((................((((((((((((((((((....((((...))))((((.(((..((((((((((.((((((((((((((..((((((.((((.((((((......)))))).....((((.......))))((((.(((((.((((((((...))))...(((((.((((((((((.((((.((.((...(((((..........((((((...))))))....)))))..))))))))))))))))))...))))))))).).)))).))))......))))))))))....((((...(((((((((((..((.......((((((((....((((((((.(((.(((....))).)))))))))...)).....)))..))))).......))..)).)))))))))))))))))))))).)))))((((((...((....)).)).)))).....))))))).)))..))).))))))))))).))))))))))).((....))..((((...((((.(((.......))).))))))))))))))))))))).))))).))))))))))..)))).)))))))))))).......))..)))))))))....).)))))..)))))..)))......)))..)))).))).))))).((((((((.((((((((........)))))))).)....)))))))(((((.(((((...(((((.(((.(((((....))))).(((((((((((.(((((.(((.......(((((((...(((....(((....))).....)))..(((((((....)))))))(((..(((((((((((...((((((((...(((((..(((((((.(((..((((.(((((((.(((((..((....)))))))...........((((((.(...(((((.(((((((.......(((((((((((..(((.(((...((((...))))))))))..))))).))..........((((((((((((((.(((..(((..(((((.(((((.(...((((((..........((((((.(..((((((........)))))).).).)))))........)))))))))))))))))))).))).))....)))))))))))).....))))......)))))))))))).).)))))))))))))))))..)))..)))))))..)))))....))).))))).)))).)))))))...)))((((.....)))))))))))...(((((((((...((..(((((((((..((.(((....((((.(((((...))).)).))))..........(((((............))))).........))).)).)))))))))...)).....)).))))))))))))))).)))).)))).)))((((((((((((((((((.(((((((.((.(((((.((((.((((.((.((((..(((((...((.((((...(((((((.((..((((((.((.(((((((((..(((......)))..))))))).(((.(((((((((((.((.........))..)))))))))))...))).)))))))))).....))..)))))))..)))).))..)))))..)))))))))).))))...)))))....))..)))))..(((((..((((..((((((((((.((((.....((((((.(((((((.....)).))).)).))))))(((((......)))))...((((...(((.....)))...)))).))))))))))).)))....))))))))).....((((((((((((.((....((((((.((((.(((((........))))).)).)).)))).))..........(((.((((((.((......)).))))))))))).)))))))))))).........)).))))))))))))))))))......))).)))))..)))))...))))).(((((((..((((((...))))))((((....))))(((.(((..(((((((.((((((.((((((((((.((((...((((.((.((((((.(((((((((....)))..))))))...))))).).)).))))...).))).))))))))))...))))))....(((((((((........).))))))))......((((.....)))).......((((((((((.(((.(((..((((...))))..))).)))....)))))))))))))))))..))).)))...((((((....))))))))))))).....(((((((..((((....)))).)))))))))))).))).)))))).(((((...)))))....))))))))))).)))))))))))))))))))...((....))...)))).))))))).)))))))))..))(((((....))))).)))).))..)))))).)))).))...)))))).))))).)))))))))..)))))...)))))))))..)))))))))))))..(((.(((.....)))))).................)))))......))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((((...((((((((.,...((((,..{{{(((((.....)))))((((((((((.({({(((((((((((..{(((.....)))}...(((((.((.....)).)))))))))))))))).,,,..}}.}.))))))))))}})))))...,.))))).)))...)))).))....,,(((........}))((({...{,.(((((((((((((((.(((..((((({((((..(((((...(((((.(((((((((..{{,(({.{{{....(((((((((((,..{{{(((((..{.((((.(((.((((((((.(........))))))))).)).).)))).,...))))).}}}.,||{|,|,...}}))))))))))))))(.(((((((((..(((((((((......(((....)))...},.))))))))),{{.(((((((.(..(((((...{,{{(,(((((.({...(((((.(((....(((((..({,...,}}.))))){(.(((((((.((.((((...(((((((((....))))...)))))...))))))..))))))).)).)))..))))).,.})))))).))},))))),.}.)))))))...})},((((((.((((,....((((((((,...,))))))))...|}}}..}}}}}},((((((((((.....(((.(((((.....(((((((((,......,,.....})))))))).)))))..)))...))))))))))...,((({((,..(({{{..,{|{{||{(({({(((({{(((((((.....))))))},,.,((((((((((((.(((,...{(((((,,,,(((((.(((......}}}}}))),,.,|||}||,{{{{..,({.{,(({,,.||{..,,.}}}..|||||||.||||.||{{{||,|,|}...,||}}},..,,....))},})),,))})),},,))))|}}(((((....)))))..{({{{{.||..,.{|||,,,{{||,|||,{.{(,(((.{{{,||{.|..,.,,,),,.))).}}),))}.))}))))))))))))}((((,...||}|,,(({{{{(({,(((....)))..}}},...,)))}){{((({.,|...,}.,)))))),..}}}),}})))),.)),...{(((((({{({.(((({(((..((((........))))..})))..,,..)))).}))))))))},,.....}}))))))))),.)))))}}|||{,.||||||,|{{{((.,.(((.((((((((,....))))))))))).)})|,|||{((((({(..{{|,,|((((((((.{.....).)))))......)))).)))..))))}}}..||||{{(,........((((((((((((((.(((((((.....((((((,{(((((((((((.(((((((((.,..(((....})).((((((.((((((((.,...((((.((...((((((....)))))).....(({.,.........}},..(((((........))))))).))))..,))).)).).)).))))))......,.))))))))).((((((((.((((..((((((..(((((...(((((.(((((.(((((((((((({((,,,...}}))),,.,.......))))}}))))).))))(((((.((((..,{{,.,((((((.((((.((.((((..(({{(((.((((...(((((.(((((...,((((..(((.,{{,.{{{.......((((((((((((((((((....((((...))))((((.(((..((((((((({.((((((((((((((..((((({{((((.((((((......)))))).....((((.......)))}((((.(((({.((((((((...)))),..(((((.((((((((((.(((,{((.((...(((((..........((((((...))))))....)))))..))))))))))))))))))...))))))))).).)))).))))......))))))))))....(((,..,(((((((((((..{{.......{(((((((,,..{{((((((.(((.(((....))).)))))))))..,,},,...}))}|,,}}}.......))..))))))))))))))))))))))))).))))}{{{(|{..{((....,),),.)))),....,))))))})))..))).))))))))))),})))))))))).|({{..||{.(((,...|||,.|||..}},..))),))),))))))),},,,))))).))))).))))))))))..)))).)))))))))))).......)},.)))))))))....).)))))..)))))..)))......)))..)))).))).))))).((((((({.((((((((........)))))))}.)}...)))))))(((((.(((((...(((((.(((.(((((....))))).(((((((((((.(((({,(((,,,{{{{({{((((...{{(....(((....))).....))),.||{||||,,..}||}|||(((..(((((((((((...((((((((...(((((..(((((((.(((..((({{(((((,,.(((((..{,....,,))))).........,{((((((.(...(((((.(((((((.......(((((((((((..((,,(((...((((...))))))))))..))))).))..........((((((((((((((,({{..|||,.(((((.(((((.(...((((((..........(((((,.{..((((((.,....,.)))))).}.),)))))........))))))))))))))))))}}|}}}.,},,..)))))))))))).....))))......)))))))))))).,,)))))))))))))))))..)))..)))))))..)))))....))).))))).))))})))))))...)))||||.,|,{|||,,,,))))}}.(((((((((..,((..(((((((((..((.(((....(({(.{{{({,,.))).}}.})))..........|||{,.,,,,.........,}),........})).)).)))))))))...)).....)).))))))))))))))).)))).)))).))){(((((((((((((((((.(((((((.,{.(((((.((((.((({{((.{(((..(((((...((.((((...(((((((.((..((((((.((.(((((((((..(((......)))..))))))).,((.(((((((((((.{(,........))..)))))))))))...))}.)))))))))).....}),.)))))))..)))).))..)))))..)))})))))).))))...)))))....,,..)))))..(((((,.{(((..((((((((({{((((..,{.,..,{{,|||,.,.|,,{,|{,,,|,}}|},||{.(((((......)))))}}.{{((.,.(((.....})).}.)))).))))))))))).))),...}))}))))},..,.((((((((((((,({...,||(((({{{..,((({{..,,..,,})))),,},||{|||,{{|{,.,{.,{{.,((.{{{{||,|{.,,,,,))})),)))),,,}.))))))))))))....,....)).))))))))))))))))))......))).}))))..)))))...))))).(((((({..((((((...))))))((((....))))(({.(((..(((((((.((((((.((((((((((.((((...((((.((.((((((.(((((((({....}))..))))))...))))).).)).))))...),})).))))))))))...))))))....(((((((((.......,}.})))))))......((((.....)))).......((((((((((.(((.(((..((((...))))..))).)))....)))))))))))))))))..))).}))...((((((....))))))})))))).....(((((((..((((....)))).)))))))))))).))).))))}).(((((...)))))....}))}))))))).)))))),(((((...)))),,,((....))..)))))))))))))),}))))))))).)(((((....)))))........,,.((({....}))).))).))))}.))))).)))))))))..)))))...)))))))))..)))))))))))))}.,{(.{((.....))}}}}....|,,,,.......,}))))..,,..))))...
Back