Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006708.3
Sequence Length
2016 nt
GC Content
0.3943
AUUCCUAGUUAAGGCGGCACAGGGCCGAGGCGUAGUGUGGGUGACUCCUCCGUUCCUUGGGUCCCGUCGUCUGUGAUACUGCAGCGCAGCCAUGGCAGAACCGCAGCCCCCGUCCGGCGGCCUCACGGACGAGGCCGCCCUCAGUUGCUGCUCCGACGCGGACCCCAGUACCAAGGAUUUUCUAUUGCAGCAGACCAUGCUACGAGUGAAGGAUCCUAAGAAGUCACUGGAUUUUUAUACUAGAGUUCUUGGAAUGACGCUAAUCCAAAAAUGUGAUUUUCCCAUUAUGAAGUUUUCACUCUACUUCUUGGCUUAUGAGGAUAAAAAUGACAUCCCUAAAGAAAAAGAUGAAAAAAUAGCCUGGGCGCUCUCCAGAAAAGCUACACUUGAGCUGACACACAAUUGGGGCACUGAAGAUGAUGAGACCCAGAGUUACCACAAUGGCAAUUCAGACCCUCGAGGAUUCGGUCAUAUUGGAAUUGCUGUUCCUGAUGUAUACAGUGCUUGUAAAAGGUUUGAAGAACUGGGAGUCAAAUUUGUGAAGAAACCUGAUGAUGGUAAAAUGAAAGGCCUGGCAUUUAUUCAAGAUCCUGAUGGCUACUGGAUUGAAAUUUUGAAUCCUAACAAAAUGGCAACCUUAAUGUAGUGCUGUGAGAAUUCUCCUUUGAGAUUUCAGAAGAAAGGAAACAAUGUGAUUCAAGAUAUUUACAUACCAGAAGCAUCUAGGACUGAUGGAUCACUGUCCCGAUUCAAAUUAUUCUUCAGUCCAUUUCCCCUUCCUAUUUCAGCUGUUCCUUUUCACCUAACUGUUCAGUCAUUCUGGUUUUCAAGCAGUGCUUUAUCUCAUGUCCUUGAAUAUAGUUGUGUAACUUUAUUUUUUAGGUAAUAAUUAGAACAGUUCCCUUCAGAGGCUGCAUUUGCCUUCUUCUGCCACCUAAAUAUUACUUCCCUUCAAAUCUGCCUUUGAAUCAUCAUUUUUAAAAAAAAAUUAACAUGUUUUUGUUGUAGUUAUCUUCUGGGGUUUCAAUUCCUCAGAAACAACUUUUUUCACAACGGAAAGGAAAGAACACUAGUGUUCUUUCAGUAAAGUACAAAGUGUUUAUUUUACAAAAGAGUAGGUACUCUUGAGAGCAAUUCAAAUCAUGCUGACAAGGAUACUGAUAGAAAAAGUGAUUUCUUCUUAUUAUAAAGUACAUUUAAAGUUCAAGGACUAACCUUAUUUAUUUGGGAAAGGGGAGGAGGAAGGAAAUGAUAUGGUACCCAGACACUGGGCUAGGCUGCAACUUUAUCUCAUUUAAUACUCCCAGCUGUCAUGUGAGAAAGAAAGCAGGCUAGGCAUGUGAAAUCACUUUCAUGGAUUAUUAAUGGAUUUAAGAGGGCAUCAAUCAGCUCAACUCAAGAUUUCAUAAUCAUUUUUAGUAUUUAGAUUGUGCCUCAAAGUUGUAGUACCUCACAAUACCUCCACUGGUUUCCUGUUGUAAAAACCUUCAGUGAGUUUGACCAUUGUGCUCUUGGCUCUUGGGCUGGAGUACCGUGGUGAGGGAGUAAACACUAGAAGUCUUUAGUACAAAACUGCUCUAGGGACACCUGGUGAUUCCUACACAAGUGAUGUUUAUAUUUCUCAUAAAGAGUCUUCCCUAUCCCAAGGUCUUCAUGAUGCCAGUAGCCAUAUAUGAUAAAUUAUGUUCAGUGAUAACUUAGUUAUCAGAAAUCAGCUCAGUGGUCUUCCCCGCCAUGAUUCACAUUUGAUGAGUUUUUAAAAAUCAAAGUGAUUUUGAAAAUCUCUAAUGGCUCAGAAAAUAAAAACAUCCAGUUUGUGGAUGACUAUAUUUAGAUUUCUCUAGACUCUAGUGGAAGACCUUUGGAAAGGCCAUGCCAACCGUGCUUGUACUGCUAGAAGCACUUUAUGUUUCCUUUUUGGGUGAAAUGGAUUUAUGUGAGUGCUUUAAACAAAUAGCAAUACUUAUAGACUGAAAUAAAAUGAAACUUCAAAUAAGACUAUGUUUAAUUUGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-539.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -582.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 381.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((....(((((((.(((((((((.((((.((((((((((.((..((..((.((((((((((((((((.((.((((...))))..)).)))))...(((((........(((((((((......))))))))).......)))))..))))).)))))).)).))..(((((((((..(((.((((.....)))).)))..))).)))))).)).)))))))(((((((......)))))))..((((...(((............)))...))))..............))).)))).)))))))(((((((((.......((((((.((.......................(((((.....)))))....(((((((((....(((..(((((((.(((.((((((((((((((((.(..(((((..((((.(((((.((((((((..((((.(((.(...((((((((((....))))).)))))...)))).)))).....))))))))...((((((((...................(((((.((((((......((((((((......(((.(.((((((((.((.((((((((((((((((((((...(((..((((((..((......))))))))..(((.((((....)))).)))................))))))))))))).)))).)).)))).)))))).))))))))((((((........)))))).((((((..((..(((.(((((((((((((..((((.(((.((((.(((..........(((.....)))(((((((((.(((((((..(((..(((...(((((((..((((...((((((((....((((((((.((((..(((.........(((((.......)))))...)))....)))).))))))))...((((((......)))))).....((((((....)))))).......((((((((((((((...((((((((........))))))))..))))......)))))))))).(((((((((....))))))))))))))))))))).)))))))....)))..)))..))))))))))))))))..............))).))))))))))).(((((......)))))...........................((((.....)))).......)))).))))))))).)))..)))))))).......((((...)))))))))))).....)))))))))))....)))))))).))))))))).(((((...(((.((...)).))).......))))).((((((.......))))))...((((........)))))))))..).)))))...))))))))))).))).)))))))..)))))).))))))..(((((...(((......))).....(((.....))).....)))))..(.(((((.(((((((.((((....))))))))))).))))).)((((((...((((((..((((((((..((....))..))))))))..)))))))))))).....)).)))))).....))))))))).........(((.(((.(((((((((.(((.((((.(((..(((((........)))))....(((((((...)))))))...((((.....((((......))))..))))((((.((((((............))))))))))............))).)))))))...........((((((.....))))))((((..((((((....))))))...)))).))))))))).))).))).........)))))).)))...)))))((((((((((((..(((.((((....)))).)))..)))).))))))))...((((((((((...(((((....((((............)))).)))))....))))..))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((....(((((((.(((((((((.((((.((((({((((.{,..{,..((.((((((((((((((((.((.((((...))))..)).)))))...(((((........(((((((((......)))))))))....,..)))))..))))).)))))).)).,,..(((((((((..(((.((((.....)))).)))..)))))))))).,|,||||||}(((((((......))))))){((((.{{....,}.))))}..,,|}||},,},.,,,,..,.,,,,.,))).)))).)))))))(((((((((.......((((((.((.......................(((((.....}))))....((((((((({{{.,{,..(((((((.,({.((((((((((((((((.(..(((((..(((,,(((((.((((((((..((((.(((.{,,.(((({(((((....))))).)))))...}))).)))).....))))))))...((((((((,.......,,.....,...(((((.((((((.,....((((((((......((,,(.(((((((,{((.((((,,((((((((((((((...,,,..((((((.,{{......,}))))))..({,.((((....}))}.}))........,.......,),)))))))))).)))},),.)))).)))))).)))))))}{(((((........)))))}.((((({,{((..(((.(((((((((((((..((((.((,{((({.(({.,.....,..(((.....)))(((((((((.(((((((..(((..(((...(((((((..,,,(((,{(((((({....{(((((((.((((..{{(........,(((((.......))))),,.}})....)))).)))))))}...((((((......)))))).....{{((({....}})}}}.......{(((((((((((((...((((((((........))))))))..))))......)))))))))).(((((((((....)))))))))})))))))))),.)))))))....)))..)))..))))))))))))))))............}.))).))))))))))).{{{{,..,...}}}}}.,......,,||,,...,,,..,||..{(((.....)))}.......))))}}}))))))).)))..)))})))}.,,....((((...)))))))))))).....)))))))))))....)))))))).))))))))).|,.,,...{{{.{{...}).}||{....,.}}}||,{{{{{{....,..}}}}},...((((........)))))))))..).)))))..,))))))))))).}},.))))))).}))))})}})))))..,,,,{...,,(,.,{{{|||,,...{,,.....}}},.,}))))))..|.(((((.(((((({.((((....)))}))))))).))))).}((((((...((((((..((((((((..((....))..))))))))..)))))))))))).....}).)))))).....))))))))}.,.,,....{{{.(((.(((((((((.{{{.{{{{.,({{{{{{{{{{{....,}})}},...(((((((...))))))),,,{{{{..,..((((......}})),,)))}||.....,},.((({((((,(((((({...)))))))})))).)))..,)))))},...........((((((.....))))))((((..((((((....))))))...)))).))))))))).))).}||,...))}..))))))},))...)))))((((((((((((..(((.((({....)))).)))..)))).))))))))...(((((({(((...(((((....((({............}))}.)))))....))))..))))))...
Back