Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006762.3
Sequence Length
2177 nt
GC Content
0.5034
AGUGUCUCAGAGGAGGGGACGGCAGCACCAUGGACCCCCGCUUGUCCACUGUCCGCCAGACCUGCUGCUGCUUCAAUGUCCGCAUCGCAACCACCGCCCUGGCCAUCUACCAUGUGAUCAUGAGCGUCUUGUUGUUCAUCGAGCACUCAGUAGAGGUGGCCCAUGGCAAGGCGUCCUGCAAGCUCUCCCAGAUGGGCUACCUCAGGAUCGCUGACCUGAUCUCCAGCUUCCUGCUCAUCACCAUGCUCUUCAUCAUCAGCCUGAGCCUACUGAUCGGCGUAGUCAAGAACCGGGAGAAGUACCUGCUGCCCUUCCUGUCCCUGCAAAUCAUGGACUAUCUCCUGUGCCUGCUCACCCUGCUGGGCUCCUACAUUGAGCUGCCCGCCUACCUCAAGUUGGCCUCCCGGAGCCGUGCUAGCUCCUCCAAGUUCCCCCUGAUGACGCUGCAGCUGCUGGACUUCUGCCUGAGCAUCCUGACCCUCUGCAGCUCCUACAUGGAAGUGCCCACCUAUCUCAACUUCAAGUCCAUGAACCACAUGAAUUACCUCCCCAGCCAGGAGGAUAUGCCUCAUAACCAGUUCAUCAAGAUGAUGAUCAUCUUUUCCAUCGCCUUCAUCACUGUCCUUAUCUUCAAGGUCUACAUGUUCAAGUGCGUGUGGCGGUGCUACAGAUUGAUCAAGUGCAUGAACUCGGUGGAGGAGAAGAGAAACUCCAAGAUGCUCCAGAAGGUGGUCCUGCCGUCCUACGAGGAAGCCCUGUCUUUGCCAUCGAAGACCCCAGAGGGGGGCCCAGCACCACCCCCAUACUCAGAGGUGUGACCCUCGCCAGGCCCCAGCCCCAGUGCUGGGAGGGGUGGAGCUGCCUCAUAAUCUGCUUUUUUGCUUUGGUGGCCCCUGUGGCCUGGGUGGGCCCUCCCGCCCCUCCCUGGCAGGACAAUCUGCUUGUGUCUCCCUCGCUGGCCUGCUCCUCCUGCAGGGCCUGUGAGCUGCUCACAACUGGGUCAACGCUUUAGGCUGAGUCACUCCUCGGGUCUCUCCAUAAUUCAGCCCAACAAUGCUUGGUUUAUUUCAAUCAGCUCUGACACUUGUUUAGACGAUUGGCCAUUCUAAAGUUGGUGAGUUUGUCAAGCAACUAUCGACUUGAUCAGUUCAGCCAAGCAACUGACAAAUCAAAAACCCACUUGUCAGUUCAGUAAAAUAAUUUGGUCAAACAACAGUCUAUUGCAUUGAUUUAUAAAUAGUUGUCAGUUCACAUAGCAAUUUAAUCAAGUAAUCAUUAAUUAGUUACCCCCUAUAUAUAAAUAUAUGUAAUCAAUUUCUUCAAAUAGCUUGCUUACAUGAUAAUCAAUUAGCCAACCAUGAGUCAUUUAGAAUAGUGAUAAAUAGAAUACACAGAAUAGUGAUGAAAUUCAAUUUAAAAAAUCACGUUAGCCUCCAAACCAUUUAAUUCAAAUGAACCCAUCAACUGGAUGCCAACUCUGGCGAAUGUAGGACCUCUGAGUGGCUGUAUAAUUGUUAAUUCAAAUGAAAUUCAUUUAAACAGUUGACAAACUGUCAUUCAACAAUUAGCUCCAGGAAAUAACAGUUAUUUCAUCAUAAAACAGUCCCUUCAAACACACAAUUGUUCUGCUGAAGAGUUGUCAUCAACAAUCCAAUGCUCACCUAUUCAGUUGCUCUGUGGUCAGUGUGGCUGCAUAACAGUGGAUUCCAUGAAAGGAGUCAUUUUAGUGAUGAGCUGCCAGUCCAUUCCCAGGCCAGGCUGUCGCUGGCCAUCCAUUCAGUCGAUUCAGUCAUAGGCGAAUCUGUUCUGCCCGAGGCUUGUGGUCAAGCAAAAAUUCAGCCCUGAAAUCAGGCACAUCUGUUCGUUGGACUAAACCCACAGGUUAGUUCAGUCAAAGCAGGCAACCCCCUUGUGGGCACUGACCCUGCCACUGGGGUCAUGGCGGUUGUGGCAGCUGGGGAGGUUUGGCCCCAACAGCCCUCCUGUGCCUGCUUCCCUGUGUGUCGGGGUCCUCCAGGGAGCUGACCCAGAGGUGGAGGCCACGGAGGCAGGGUCUCUGGGGACUGUCGGGGGGUACAGAGGGAGAAGGCUCUGCAAGAGCUCCCUGGCAAUACCCCCUUGUGUAAUUGCUUUGUGUGCGACAGGGAGGAAGUUUCAAUAAAGCAGCAACAAGCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-707.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -747.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 460.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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