Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006783.5
Sequence Length
1817 nt
GC Content
0.4392
ACAUAACUGGGGGUGUGGAGAGCGCCUCAUUGCCACUGCAGUGACUAAAGCUGGGAAGACGCUGGUCAGUUCACCUGCCCCACUGGUUGUUUUUUAAACAAAUUCUGAUACAGGCGACAUCCUCACUGACCGAGCAAAGAUUGACAUUCGUAUCAUCACUGUGCACCAUUGGCUUCUAGGCACUCCAGUGGGGUAGGAGAAGGAGGUCUGAAACCCUCGCAGAGGGAUCUUGCCCUCAUUCUUUGGGUCUGAAACACUGGCAGUCGUUGGAAACAGGACUCAGGGAUAAACCAGCGCAAUGGAUUGGGGGACGCUGCACACUUUCAUCGGGGGUGUCAACAAACACUCCACCAGCAUCGGGAAGGUGUGGAUCACAGUCAUCUUUAUUUUCCGAGUCAUGAUCCUCGUGGUGGCUGCCCAGGAAGUGUGGGGUGACGAGCAAGAGGACUUCGUCUGCAACACACUGCAACCGGGAUGCAAAAAUGUGUGCUAUGACCACUUUUUCCCGGUGUCCCACAUCCGGCUGUGGGCCCUCCAGCUGAUCUUCGUCUCCACCCCAGCGCUGCUGGUGGCCAUGCAUGUGGCCUACUACAGGCACGAAACCACUCGCAAGUUCAGGCGAGGAGAGAAGAGGAAUGAUUUCAAAGACAUAGAGGACAUUAAAAAGCAGAAGGUUCGGAUAGAGGGGUCGCUGUGGUGGACGUACACCAGCAGCAUCUUUUUCCGAAUCAUCUUUGAAGCAGCCUUUAUGUAUGUGUUUUACUUCCUUUACAAUGGGUACCACCUGCCCUGGGUGUUGAAAUGUGGGAUUGACCCCUGCCCCAACCUUGUUGACUGCUUUAUUUCUAGGCCAACAGAGAAGACCGUGUUUACCAUUUUUAUGAUUUCUGCGUCUGUGAUUUGCAUGCUGCUUAACGUGGCAGAGUUGUGCUACCUGCUGCUGAAAGUGUGUUUUAGGAGAUCAAAGAGAGCACAGACGCAAAAAAAUCACCCCAAUCAUGCCCUAAAGGAGAGUAAGCAGAAUGAAAUGAAUGAGCUGAUUUCAGAUAGUGGUCAAAAUGCAAUCACAGGUUUCCCAAGCUAAACAUUUCAAGGUAAAAUGUAGCUGCGUCAUAAGGAGACUUCUGUCUUCUCCAGAAGGCAAUACCAACCUGAAAGUUCCUUCUGUAGCCUGAAGAGUUUGUAAAUGACUUUCAUAAUAAAUAGACACUUGAGUUAACUUUUUGUAGGAUACUUGCUCCAUUCAUACACAACGUAAUCAAAUAUGUGGUCCAUCUCUGAAAACAAGAGACUGCUUGACAAAGGAGCAUUGCAGUCACUUUGACAGGUUCCUUUUAAGUGGACUCUCUGACAAAGUGGGUACUUUCUGAAAAUUUAUAUAACUGUUGUUGAUAAGGAACAUUUAUCCAGGAAUUGAUACGUUUAUUAGGAAAAGAUAUUUUUAUAGGCUUGGAUGUUUUUAGUUCUGACUUUGAAUUUAUAUAAAGUAUUUUUAUAAUGACUGGUCUUCCUUACCUGGAAAAACAUGCGAUGUUAGUUUUAGAAUUACACCACAAGUAUCUAAAUUUGGAACUUACAAAGGGUCUAUCUUGUAAAUAUUGUUUUGCAUUGUCUGUUGGCAAAUUUGUGAACUGUCAUGAUACGCUUAAGGUGGAAAGUGUUCAUUGCACAAUAUAUUUUUACUGCUUUCUGAAUGUAGACGGAACAGUGUGGAAGCAGAAGGCUUUUUUAACUCAUCCGUUUGCCAAUCAUUGCAAACAACUGAAAUGUGGAUGUGAUUGCCUCAAUAAAGCUCGUCCCCAUUGCUUAAGCCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-544.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -582.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 422.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...(((((((((.....)))).(((((((....))))))).(((((.(((..((((((.((((..(((.(((((((((((((((((((...))))))....((((((.((.(.(((((((.......)))....)).)).).)).)))))).....((((...............)))).))))))))))))).))).((((........))))...(((((......))))).((((((((((((((((....((((((((((((...(((.((((((((....((((((((..(((....((((((((((.............(((((((......)))))))....((((((((((((.((((.(((((((((((.........((((........)))).))))))))(((.(..((((((..((((((((.........)))))).))..))))))....).)))..(((........)))..))))))).))))))))))))((((((......)))))).....))))........))))))...)))..)).))))))((((((....)))))).....((((.......((((((((........)))))......(((((((......((...(((((((((.........((.(((.((((((((..(((((((.(((((((((......))))).))))))))))))))))))).))))).......)))))))))...))......)))))))....)))......)))))))))))).)))......(((......)))....)))))......)))))))...)))).)))))..))))))))))))))))).))).)))))((((((.((((((((((.((((((...))).....((((((......))))))...((.((((((.....)))))).)).......))).))))))))))...)))))))))))...))).....((((....((((((..(((....((.((((((...((((((.((((((.((((((((((.(((..(((((..((((..((((((.......))))))))))........(((((((....))))))).(((((((.(((............))))))))))..((((...((((.(((..(((((.(((((((..((((((((...((....((((((((((((.....((((((...........(((((......))))).((((((((((.......))))).))...)))...)))))).......(((((((.((((.(((........)))...)))).)))))))(((...((((((((.......(((.((((.((....)).)))).)))((((((.(..((..((.((((((...(((((((((((((((((.((.((.(((.........))).)).)))))))).))))))))))).)))))).))....))..).))))))..(((((...)))))..))))))))....))).(((((......)))))...))))))))))))...)).((((((......)))))).)))))))).......)))))))..))))).))).)))).))))))))).)))..)))))).......)))).)))))).)))))).(((((((((..(((..((((((.....))))))...)))..)))))))))(((((((..(..(((.......))).)..))))))).........))))))))..)))))))))..))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{,...(((((((((.....}))),(((((((....))))))).{((({.(((..((((((.((((..(((.((((((((((((({(((((...}))))}....(({(((,({,{.,,,,{({..,....}})....}},}}.,..}.)))))}.....{|{{....,,|,.....,))))}.))))))))))))).))).((((........))))...(((((......))))).((((((((((((((((....((((((((((((...(((.((((((((....,{((((((..(((..,,(((((((.,{,,{,,,,,,...,(((((((......)))))))....{(((((((((({.((((.(({{(((((({........,((((........}}}).}))))))}{{{.{|.((((((..((((((((,.....,.,}})))).))..)))))),,.,|||||{.{{{.,,.,|||}},..}}))))).))))))))))))((((({......})))))...,,,})}}}..,..)))))))...))),,)),)}||||((((((....|}))))..,,,||{|,......{|.(((((........)))))..,.,.(((((((.,,...((...(((((((((.......,,,,.(((.((((((((..(((((((.(((((((((......))))},))))))))))))))))))).))))).......)))))))))...))...,,.))))))).,..}||,}.,,}))}})))))))).)))....{{(((......})),}}.)))))......)))))))...)))).)))))..))))))))))))))))).))).})))}((((((.((((((((((.{{{((({{({||{....{{|||||.,...}}},}},,,{{.((({{{.....)))))).)).......,}}.))))))))))...)))))),))))...))).....,{((,,..((((((..{((....(.(((((((...((((((.((((((.(((((((({(,(({{,(((((,.((((,.((((((.......))))))))))........(((((((....))))))).(((((((.({{........,...))))))))))..{{{(,,{({((,,{{..(((((.{(((({{..,((((((,,,,((({,.{(({((({{{(((((((((,,,,.......,,{.{((({......)))))}||,,,{((((.......))))},|{{{{||..,{|||||,,,{{{{.{,,,|||.||||}|||},,,}}}}))},,,}}}}.,,,}|||((({..((((((((.,,.{{,(,,,((((,((....}}.)))}.,|.((((((,{..((,.((.((((((...(((((((((((((((((.((,((.(((.........))),)).)})))))).))))))))))).)))))).}}}},.}}..,.))))))..||{{,...)))),.,)))))))).}}}.))})}})))}}},....,},}}))))}})))))),})},.((((((......)))))).||||}}}})),)},,))))))}..))))}.|}}||}}|.}}}}}}})),))},.))))))......,)))).)))))).)))))).(((((((((..(((..((((((.....))))))...)))..)))))))))(((((((..{..(((.......))).,..))))))).........)))))))}..)))))))))..)))),.
Back