Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006801.3
Sequence Length
1550 nt
GC Content
0.5452
CUUCCCGGCUCCAGCUCCGCCGCCAGCUCCAGCCUUUGCUCCCCCUCCCAAAGUCCCCUCCCCGGAGCGGAGCGCACCUAGGGUCCCUCUUCCGUCCCCCCAGCCCAGCUACCCGUUCAGACCAGCAGCCUCGGGGGGCACCCCCCCGCCAGCCUGCCUCCCUCCCGCUCAGCCCUGCCAGGGUUCCCCAGCCAUGAAUCUCUUCCGAUUCCUGGGAGACCUCUCCCACCUCCUCGCCAUCAUCUUGCUACUGCUCAAAAUCUGGAAGUCCCGCUCGUGCGCCGGAAUUUCAGGGAAGAGCCAGGUCCUGUUUGCUGUGGUGUUCACUGCCCGAUAUCUGGACCUCUUCACCAACUACAUCUCACUCUACAACACGUGUAUGAAGGUGGUCUACAUAGCCUGCUCCUUCACCACGGUCUGGUUGAUUUAUAGCAAGUUCAAAGCUACUUACGAUGGGAACCAUGACACGUUCAGAGUGGAGUUCCUGGUCGUUCCCACAGCCAUUCUGGCGUUCCUGGUCAAUCAUGACUUCACCCCUCUGGAGAUCCUCUGGACCUUCUCCAUCUACCUGGAGUCAGUGGCCAUCUUGCCGCAGCUGUUCAUGGUGAGCAAGACCGGCGAGGCGGAGACCAUCACCAGCCACUACUUGUUUGCGCUAGGCGUUUACCGCACGCUCUAUCUCUUCAACUGGAUCUGGCGCUACCAUUUCGAGGGCUUCUUCGACCUCAUCGCCAUUGUGGCAGGCCUGGUCCAGACAGUCCUCUACUGCGAUUUCUUCUACCUCUAUAUCACCAAAGUCCUAAAGGGGAAGAAGUUGAGUUUGCCGGCAUAGCCCCGGUCCUCUCCAUCUCUCUCCUCGGCAGCAGCGGGAGGCAGAGGAAGGCGGCAGAAGAUGAAGAGCUUUCCCAUCCAGGGGUGACUUUUUUAAGAACCCACCUCUUGUGCUCCCCAUCCCGCCUCCUGCCGGGUUUCAGGGGGACAGUGGAGGAUCCAGGUCUUGGGGAGCUCAGGACUUGGGCUGUUUGUAGUUUUUUGCCUUUUAGACAAGAAAAAAAAAUCUUUCCACUCUUUAGUUUUUGAUUCUGAUGACUCGUUUUUCUUCUACUCUGUGGCCCCAAUUUUUAUAAAGUGUUUUUGAGUGUCCUAUGGGCCGGGGCAGGGUCCAAGAUCUUUUCCCUUCCCCAGGCCCCUCGGCUCCCUCCCAGAUCCCACCCCCAGCCCCACUGGUUGCCAAACACUAAAUCUGCCGACACCCAUCUGCCCCACCUCCUGCCAUGGCCAUGAACCGCGACCCCCACUAAAUUUCUAGAUUGGGGAUAGGGAGAAAGGGAGGCCCAGGAAGGUCUCCCCUGAUUUUUUUUCAUAGUAAUUUUUUUCCCCAGAGUUUGAAUUUUUUGGUCUUCUCCUGGUUUUUUGGCAAAUUAGGGGGGCCCGGGGCUCAAGUGCGGGAAGGGGGCUGGCCCGAGGAUCCCAUGGCUCUCACACCAUGUUUUUGUACAGAACUGAUGGUUGAAUCUUUGUUCUCUUGAAAUAAACAGAAGAAAAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-527.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -556.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 351.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((.........)))).((((((.(((((..(((((((((((.....(((.......)))..))))...((((.((((((.(((.(.(((((((.(((((.((...............((((.(((((((((...)))))))..)).))))((.(((((((((.....(((((((((((.(((((....(((((......)))))))))).))).(((((.....(((((((....(((((((...((((....(((((((.((((((....)))..))).)))))))...)))).((((((((((.((.(((.....))).))..))))...))))))...(((((...(((.((............((((..((((((.(((.......)))....)))))).)))).(((.((((.....((((.........))))....)))).)))((((.((.((((.((((((((......(((......)))...)))))))))))))).))))......((((((((......(((((((((...)))...))))))......))))))))(((((......))))))).)))...))))))))))))..))))))).))))).......................(((((((((((.......))))......(((......))).))))))).........((((((((((..((((...((((((...)))).))...)))).))).))))))).(((.(((((((((((.(((.((...(......)...)).)))))))))))))))))..(((((.......)))))...............))).))))).))))))))).))((((.(((((.....((((..((((..........(((((((..((((...))))..)))))))...))))..))))))))))))))).)))))...))))))).).)))))))))))))...)))))))..))).)).))))))(((((((......(((...((((..((((.(((((..........((.((((.........)))).))....))))).))))..)))).)))........)))))))........(((.(.((...(((((((((.((((.............)))).)))).)))))...))..).)))...(((((.....((((((((.((.(((....)))........(.(((.(((......(((((.((((((......((((.(((((.....((((((((......)))..)))))...(((((((.((((((((......)))))))).(((.......)))...............((((((........))))))..))))))))))))..))))......))))))...)))))....)))))).))))))))))).....))))).(((((........))))).........(((((.(((......)))...))))).............)))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,(((...{{{{..||,|.((((((.(((((..(((((((,,,,....,({(.{{{...,))).)))}.,.((((.(((({({(((.(.(((((((.(((((.((...............((((.(((((((((...)))))))..)).))))((.(((((((((..{,.{(((({((({{.{{{{{....(((((......)))))}||||,|},,,||||,,,,.(((((((....(((((((.,,((((....(((((((.((((((....)))..))).)))))))...)))).((((((,{,,.((,(((({{..,,,.||..},||,.,||||||,,{(({{,..,(((,,,............,|||,,||||||.||||},.,,},,..}}.}}}})),))))}|{(.((((.....((((.........))))....}})).)}}((((.((.((({,((((((((......{((......)}},,,))))))))))))}}.}}}},...,.((((((((......(((((((((...)))...))))))......))))))))(((((......))))),},)))...))))))))))))..))))))).)}|||........,{,........|,..(((((((((((....,,,}}}}...,.,{,.......))),))))))).........((((((({{{..((((...{{((({...)))).})...)))).))).))))))).{{{.{((((((((((.(((.{,...,......)...}}.)))))))))))))|||,..(((((.......)))))...},,.........,}}.)))))}))))))))).))(((,{(((((.....((((..((((..........(((((((..(((,...})))..))))))).}.))))..))))))))))))))).)))))...))))))).).))))))))))))),..)))))))..))).)).))))))...}}}}}}....))}...,{{,,{{(({..{{{,,............,,,|}}}}},..}))}}.,,.((({((((((((({{({,{,({{.....,....,,},}},},,...|||,{.({...(((((((((.((((.............)))).)))).)))))...))}.,.}}}...(((((.....((((((((.{({(({....,,,........{.(((.(((......(((((.((((((......((((.((((({.,,.((((((((......}))..}))))...(((((((,((((((((......)))))))).{((.......))}.........,,.}}}|(((((........))))))..,}}))}))))))..))))......))))))...)))))....)))))).}})))))))))...,.))))).{((((........))))).,{{,....|||{{.{{{,,,...}}).,.}|||}...}}},.,,..))))))))))))..
Back