Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006908.5
Sequence Length
2309 nt
GC Content
0.4465
CUGUUUCUCUGCAGUUUUCCUCAGCUUUGGGUGGUGGCCGCUGCCGGGCAUCGGCUUCCAGUCCGCGGAGGGCGAGGCGGCGUGGACAGCGGCCCCGGCACCCAGCGCCCCGCCGCCCGCAAGCCGCGCGCCCGUCCGCCGCGCCCCGAGCCCGCCGCUUCCUAUCUCAGCGCCCUGCCGCCGCCGCCGCGGCCCAGCGAGCGGCCCUGAUGCAGGCCAUCAAGUGUGUGGUGGUGGGAGACGGAGCUGUAGGUAAAACUUGCCUACUGAUCAGUUACACAACCAAUGCAUUUCCUGGAGAAUAUAUCCCUACUGUCUUUGACAAUUAUUCUGCCAAUGUUAUGGUAGAUGGAAAACCGGUGAAUCUGGGCUUAUGGGAUACAGCUGGACAAGAAGAUUAUGACAGAUUACGCCCCCUAUCCUAUCCGCAAACAGAUGUGUUCUUAAUUUGCUUUUCCCUUGUGAGUCCUGCAUCAUUUGAAAAUGUCCGUGCAAAGUGGUAUCCUGAGGUGCGGCACCACUGUCCCAACACUCCCAUCAUCCUAGUGGGAACUAAACUUGAUCUUAGGGAUGAUAAAGACACGAUCGAGAAACUGAAGGAGAAGAAGCUGACUCCCAUCACCUAUCCGCAGGGUCUAGCCAUGGCUAAGGAGAUUGGUGCUGUAAAAUACCUGGAGUGCUCGGCGCUCACACAGCGAGGCCUCAAGACAGUGUUUGACGAAGCGAUCCGAGCAGUCCUCUGCCCGCCUCCCGUGAAGAAGAGGAAGAGAAAAUGCCUGCUGUUGUAAAUGUCUCAGCCCCUCGUUCUUGGUCCUGUCCCUUGGAACCUUUGUACGCUUUGCUCAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACAACGGUGGAGCCUUCGCACUCAAUGCCAACUUUUUGUUACAGAUUAAUUUUUCCAUAAAACCAUUUUUUGAACCAAUCAGUAAUUUUAAGGUUUUGUUUGUUCUAAAUGUAAGAGUUCAGACUCACAUUCUAUUAAAAUUUAGCCCUAAAAUGACAAGCCUUCUUAAAGCCUUAUUUUUCAAAAGCGCCCCCCCCAUUCUUGUUCAGAUUAAGAGUUGCCAAAAUACCUUCUGAACUACACUGCAUUGUUGUGCCGAGAACACCGAGCACUGAACUUUGCAAAGACCUUCGUCUUUGAGAAGACGGUAGCUUCUGCAGUUAGGAGGUGCAGACACUUGCUCUCCUAUGUAGUUCUCAGAUGCGUAAAGCAGAACAGCCUCCCGAAUGAAGCGUUGCCAUUGAACUCACCAGUGAGUUAGCAGCACGUGUUCCCGACAUAACAUUGUACUGUAAUGGAGUGAGCGUAGCAGCUCAGCUCUUUGGAUCAGUCUUUGUGAUUUCAUAGCGAGUUUUCUGACCAGCUUUUGCGGAGAUUUUGAACAGAACUGCUAUUUCCUCUAAUGAAGAAUUCUGUUUAGCUGUGGGUGUGCCGGGUGGGGUGUGUGUGAUCAAAGGACAAAGACAGUAUUUUGACAAAAUACGAAGUGGAGAUUUACACUACAUUGUACAAGGAAUGAAAGUGUCACGGGUAAAAACUCUAAAAGGUUAAUUUCUGUCAAAUGCAGUAGAUGAUGAAAGAAAGGUUGGUAUUAUCAGGAAAUGUUUUCUUAAGCUUUUCCUUUCUCUUACACCUGCCAUGCCUCCCCAAAUUGGGCAUUUAAUUCAUCUUUAAACUGGUUGUUCUGUUAGUCGCUAACUUAGUAAGUGCUUUUCUUAUAGAACCCCUUCUGACUGAGCAAUAUGCCUCCUUGUAUUAUAAAAUCUUUCUGAUAAUGCAUUAGAAGGUUUUUUUGUCGAUUAGUAAAAGUGCUUUCCAUGUUACUUUAUUCAGAGCUAAUAAGUGCUUUCCUUAGUUUUCUAGUAACUAGGUGUAAAAAUCAUGUGUUGCAGCUUUAUAGUUUUUAAAAUAUUUUAGAUAAUUCUUAAACUAUGAACCUUCUUAACAUCACUGUCUUGCCAGAUUACCGACACUGUCACUUGACCAAUACUGACCCUCUUUACCUCGCCCACGCGGACACACGCCUCCUGUAGUCGCUUUGCCUAUUGAUGUUCCUUUGGGUCUGUGAGGUUCUGUAAACUGUGCUAGUGCUGACGAUGUUCUGUACAACUUAACUCACUGGCGAGAAUACAGCGUGGGACCCUUCAGCCACUACAACAGAAUUUUUUAAAUUGACAGUUGCAGAAUUGUGGAGUGUUUUUACAUUGAUCUUUUGCUAAUGCAAUUAGCAUUAUGUUUUGCAUGUAUGACUUAAUAAAUCCUUGAAUCAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-644.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -690.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 600.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((...(((((...((((((((.(((((.(((((.((((......((..((((((((((..(((((((((...(((((...(((.......)))..)))))))))..))))).))))).))))).))...))))))))).............))))).)).))))))((((((((......))).)))))...(((((((((((..(((((((((((.(((...(((.((...((((((((...))))))))...)).))).))).))).))))))))..)))((((((((((.....((((...)))).....(((((((......))))))).......((((.....))))((..((((((((...(((................)))...........))))))))..)).....))))))))))..((((((.........))))))))))))))(((((((((..((.((....(((((....((((((((((((((((.(.(((......((((((.......))))))......(((((((....(..(.....)..)..)))))))....(((.((((.((...))..))))..)))(((......)))...((((....)))).))).).)))))))))).........((((((...)))))).(((((((((((...((((.((.(((((.(((((((...((.((((....)))).)).........(((((((((..((((...(((........)))....))))....)))).)))))(((((........)).)))......))))))).((((((((..............((((((((...........((((((....)).))))..........))))))))...((........))..........))))))))...........((((((.((((..((((......(((((..((((....)))))))))......))))..)))).))))))..)))))))))))...)))))(((((((((((((...............(((((((...((.((.........)))))))))))((((.((((.(((((((.((.((((((.((((((((..((((.(((((((....))))))).)))).)))).))))(((((..(((((((.((((....))))))))))))))))........(((.....))).....((.((......)).))(((((.....((((((....)))))).)))))..)))))).)).))))))).)))).))))..(((((((((......))))).)))).(((.((((((.(((((....))))).)).....)))))))))))))).))))))..(((((((((.......(((.((....)).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((((..((((((...((.(((.((((((...(((((((((.....((((........)))).....(((((((((...........(((((....((((......))))....)))))......((((....((((((.....(((.(((......((((((.((((....)))).)))))).........))).)))((((((.........))))))....)))))).....))))(((((((.(((((...........(((((.......)))))..........))))).))))))).....)))))))))........(((((((((.....)))))))))...)))))))))......(((((((((.....(((.((......)))))....))))))))).(((((((.......)))))))............((((((.((.((((((((((......((((...))))......)))))))))).))...)))))).))))))))))).))))))..)))).(((....))).......................))))).))).))))).((.((((((.(((((..(((((..(......)..)))))..(((((.....((....(((((.((.((.......)).)))))))))....))))).)))))...))))).).))....)))))))))))...)).))..)))))))))....))))).))))))))))))(((....((((.(((((.((((....))))..)).)))))))...)))..(((((.((((.......)))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((,,......{{|,.((((.((.((,{(((({(((((,({((,,....(,.,(((({(((((.,(((((((((...(((((...(((.......))}..)))))))))..})))),))))),)))}),))}..)})))))}|{{{{{........,,||{{,,,|||{{{(({{{{||}}}...))),)))))..((((((((({((..(((((((((({.(((...{((.((.,.((((((({...}))))))).,.)).))}.))).}))}}))))))}..}}|((((((((((.....((((...)))).....(((((((......))))))).,,,...((((.....))))((..(((((({{..{{,({....,..,,{,..,.,,}|||..,,,...}})))}}}..)}.....)))))))))),.{{{{{|.........)))))}))))))))),,.,,,{|||||,|{||((((((((((..((((((({(((.(((((((.,,,......,.((((((((..{((((.{.......}.))))})))))))}...((((.(((((((({.,,({.((.{.....({{{{|||,{{.{{{{..{{{...,({{{.,,,...|}}}..}||,,,.||||.|}.....,,,...((((((...)))))){{(((((,{((({({.......{{{(({.,,,,}}}...||,|||,|{{{||,}.||(,,,..}}}..,.})))),.}}}.....)))))))),.))....,,,))))))))))}))))))))).))))..}}))....{((({....,{{,....,},....,}}},........................))))))).)))..}))})))))))))},)))},}|||||.|||....,||,,.,.,||.....,,,,|||,...,}},||,|{,{(({(((({,(((({,,...(((((..((((....)))))))))......,,}}.,)),,.,}}}},}))|||},,....})))}))),...,,,,,,)))))),),)))}.....(((((((...,{.{(,.....,..,,,,)))))))((((.((((.(((((((.((.((((((.((((((((..((((.(((((((....))))))).)))).)))).)))){((((..(((((((.((({....}))))))))))))))|{{{,....{((.....)))}}}}.((.((......)).))(((((...,.((((({....)))))).)))))..)))))).)).))))))).)))).))))..(((((((((......))))},)))).(((.(((({{.(((({....)))}).)),....)))))))),,.,))))))))....,))))){{{(({.{,,........((((((((((((((,,({{(.((((((((((.(((((((((..((((((...((.({((((((((...((((((((,...,.((((........)))).,.,.(((((((((..,......,.{((((....{(({......)))}....))))}......((((,{{.((((((....,(((.(((,.....((((((.((((....)))).)))))).......,,))).))){(((({.........))))))....)))))),,,..))))(((((((.(((((..,.....{,.(((((.......))))),},.......))))).))))))).....)))))))))...,(((,(((((((((.....)))))))))})))))))))))..,,,.(((((((,......|||||||}....||||{....,,,,))))).(((((((.......))))))).,..........(((({(.((.((((((((((...,,.{(({...})}}.,,...)))))))))).))...}))))).))))))))))).))))))..)))).(((,...}}}......}}},.............))))).))).)))}).||.,{{(((,({(({..(((((..(......}..))))),.{{{{{{{,,,((,..,({(((,((,({......,||.,,}})))})..}.}}))),))))),..))))).}.})}})))..}))).}}}}.)))))))))))))).,,.},|}}}|{{{{|||}||,|{((((....)))}}....,.||||,,{{|||},,})}}.,,,}},}}))},.{((((.((((.......)))).))))}
Back