Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006929.5
Sequence Length
3795 nt
GC Content
0.5831
AGCUGCUGUGGCUCCAGGAUGAUGGAGACAGAGCGACUUGUGCUACCCCCUCCAGAUCCCCUGGACCUACCCCUUCGGGCCGUGGAGCUCGGAUGCACGGGGCACUGGGAGCUGCUGAACUUGCCUGGAGCUCCAGAGAGUAGCCUUCCCCAUGGCCUCCCUCCUUGUGCCCCAGAUCUGCAGCAAGAAGCAGAACAGUUGUUUCUGUCAUCCCCAGCCUGGCUGCCUCUGCAUGGUGUGGAGCACUCAGCCCGAAAAUGGCAGAGGAAGACGGAUCCCUGGUCUCUUUUGGCUGUCCUGGGAGCCCCAGUCCCAUCCGACCUACAGGCCCAAAGACACCCAACCACAGGCCAGAUACUGGGUUACAAAGAGGUCUUGCUGGAGAACACAAAUCUCUCGGCUACAACCUCCUUGUCUCUUCGCCGGCCUCCAGGGCCAGCCUCCCAGUCCUUAUGGGGAAAUCCAACUCAGUAUCCCUUCUGGCCAGGGGGGAUGGAUGAACCCACCAUAACAGAUCUGAACACACGGGAGGAGGCUGAGGAGGAGAUAGACUUUGAGAAAGAUCUUCUUACUAUUCCACCUGGUUUCAAGAAAGGCAUGGACUUUGCACCAAAAGAUUGUCCAACUCCAGCUCCUGGACUACUAAGCCUUAGCUGUAUGUUGGAGCCUCUGGAUUUGGGUGGGGGUGACGAGGAUGAGAAUGAGGCAGUGGGACAGCCAGGAGGUCCCAGAGGGGACACUGUUUCAGCCUCUCCCUGCAGUGCUCCCCUGGCCCGAGCAAGCAGCUUGGAAGACCUAGUGUUGAAGGAAGCGUCCACAGCUGUAUCCACCCCAGAGGCCCCAGAGCCUCCAUCUCAGGAGCAGUGGGCCAUCCCUGUGGACGCCACCUCCCCUGUUGGUGAUUUCUAUCGCCUCAUUCCCCAGCCAGCCUUCCAGUGGGCAUUUGAGCCAGAUGUGUUUCAGAAACAGGCCAUCCUGCACUUGGAACGGCAUGACUCUGUCUUUGUCGCAGCUCACACAUCUGCAGGAAAAACAGUUGUGGCUGAAUAUGCCAUUGCCCUGGCCCAGAAACACAUGACACGCACCAUCUACACUUCGCCCAUCAAGGCCCUGAGCAACCAGAAGUUCCGGGACUUCCGAAACACAUUCGGGGAUGUGGGGCUGCUCACCGGGGAUGUACAGCUGCAUCCGGAGGCCUCCUGCCUCAUCAUGACCACAGAGAUCCUUCGCUCCAUGCUGUACAGUGGCUCAGAUGUUAUUCGGGACCUGGAGUGGGUCAUCUUUGAUGAGGUUCACUAUAUCAACGAUGUCGAGCGUGGGGUCGUGUGGGAGGAGGUGCUUAUCAUGCUACCUGACCACGUUUCUAUCAUCCUUCUGAGUGCCACCGUCCCCAACGCCCUUGAGUUUGCUGACUGGAUUGGGCGGCUGAAGCGUCGUCAGAUCUAUGUGAUUAGCACUGUAACCCGCCCCGUGCCCCUGGAGCACUAUCUUUUCACAGGGAACAGCUCCAAGACCCAGGGGGAGCUCUUUUUGUUGCUGGACUCCCGAGGAGCCUUCCAUACAAAAGGGUACUAUGCAGCUGUGGAGGCCAAGAAGGAGAGAAUGAGCAAACACGCCCAGACCUUUGGGGCCAAGCAGCCCACACAUCAGGGGGGCCCUGCACAGGACCGCGGAGUGUACCUGUCCCUCCUGGCCUCCCUCCGCACACGUGCCCAGUUGCCCGUGGUGGUGUUCACCUUCUCCCGGGGCCGCUGUGAUGAGCAGGCCUCAGGCCUCACCUCCCUUGACCUCACCACCAGUUCGGAGAAGAGCGAGAUCCACCUCUUCCUGCAGCGCUGCCUUGCUCGCCUCCGUGGCUCUGACCGCCAGCUGCCCCAGGUCCUGCACAUGUCAGAGCUCCUGAAUCGCGGCCUGGGUGUGCACCAUAGCGGCAUCCUGCCCAUCCUCAAGGAGAUCGUGGAGAUGCUCUUCAGCCGUGGCCUGGUCAAGGUCUUGUUUGCCACAGAGACCUUUGCCAUGGGAGUAAACAUGCCUGCUCGUACAGUAGUGUUUGACUCCAUGCGCAAACACGAUGGCUCCACCUUCCGGGACCUGCUCCCUGGGGAGUAUGUGCAGAUGGCAGGCCGGGCAGGGCGGAGGGGCCUGGACCCCACAGGCACCGUUAUCCUGCUCUGCAAGGGCCGAGUGCCCGAGAUGGCAGACCUGCACCGCAUGAUGAUGGGGAAGCCGUCCCAGCUGCAGUCCCAGUUCCGCCUCACGUACACUAUGAUCCUCAACUUGCUGCGAGUGGAUGCCCUCAGGGUGGAGGACAUGAUGAAGAGGAGCUUCUCUGAGUUUCCCUCCCGCAAAGACAGCAAGGCCCAUGAACAGGCCCUGGCUGAACUGACCAAGAGGCUGGGAGCUUUGGAGGAGCCUGACAUGACUGGCCAACUGGUCGACCUGCCUGAAUAUUACAGCUGGGGGGAGGAACUGACAGAGACCCAGCACAUGAUCCAGCGACGCAUCAUGGAGUCUGUGAACGGGCUGAAGUCUCUCUCAGCAGGAAGGGUGGUGGUUGUGAAGAAUCAGGAGCAUCACAACGCAUUGGGAGUGAUCCUACAGGUCUCCUCGAACUCCACCAGCAGAGUAUUCACAACCCUGGUCUUGUGUGAUAAGCCCUUGUCCCAGGACCCACAGGACAGGGGGCCAGCCACUGCAGAGGUGCCCUAUCCAGAUGACCUCGUGGGAUUCAAGCUGUUCCUGCCUGAAGGGCCUUGUGACCACACCGUGGUCAAGCUCCAGCCAGGAGAUAUGGCUGCCAUCACCACCAAGGUGCUCCGGGUGAAUGGGGAGAAGAUCUUGGAGGACUUCAGCAAGAGGCAGCAGCCAAAAUUCAAGAAGGAUCCUCCCCUUGCAGCCGUGACCACUGCUGUCCAGGAACUGCUGCGUCUGGCUCAGGCCCACCCAGCCGGACCUCCCACCCUCGACCCUGUCAAUGACCUGCAGCUCAAAGAUAUGUCAGUUGUAGAGGGUGGGCUCCGGGCCCGGAAGCUGGAGGAGCUGAUCCAGGGGGCUCAGUGUGUACACAGCCCCCGUUUUCCUGCCCAGUACCUGAAGCUGCGGGAGCGAAUGCAGAUACAGAAGGAGAUGGAGCGGCUGCGCUUCCUACUGUCGGAUCAGUCAUUGCUGCUGCUUCCUGAGUACCAUCAGCGAGUAGAGGUGCUCCGAACCCUGGGUUAUGUGGACGAGGCGGGCACUGUGAAGCUGGCAGGGCGGGUGGCUUGUGCCAUGAGCAGCCAUGAGUUGCUCCUCACUGAGCUCAUGUUUGACAAUGCACUGAGCACCCUGCGGCCUGAGGAGAUUGCUGCCUUGCUCUCUGGCCUGGUCUGCCAGAGCCCUGGGGACGCUGGGGAUCAGCUCCCAAACACCCUCAAGCAGGGAAUAGAACGUGUCCGGGCUGUGGCCAAGCGGAUUGGUGAGGUCCAGGUGGCUUGUGGCCUGAACCAGACGGUGGAGGAAUUUGUGGGGGAGCUGAAUUUUGGGCUGGUUGAGGUUGUAUAUGAGUGGGCCCGGGGCAUGCCCUUCUCCGAGUUGGCAGGGCUCUCAGGGACCCCUGAGGGCCUGGUGGUCCGCUGCAUUCAGCGCCUGGCUGAGAUGUGUCGCUCACUGCGGGGGGCAGCCCGCCUGGUAGGAGAGCCUGUGCUGGGUGCCAAGAUGGAGACAGCGGCUACCUUGCUACGGCGGGACAUCGUAUUUGCGGCCAGCCUCUACACCCAGUGAAUGCCCCAUGUAAAAACAUGAUGAUAAAACAGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1563.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1629.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 744.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((.((((((....(((((....((((.....)))).....))))).....))))))))..(((((((((((......))))))).....))))(((((((.(((((((..(((((.(((((((((..(((((....((((((.((((((((.((((((((...((((((((..(((.(((((((.....))))))))))(((((((..(((((((.(((((((......(((.((.....)))))......))))))).(((.((.....((((((...((((.((((...((.(((...(((......))).....)))))...)))).))))....))))))(((((((((((((((.(((((...((((((((.......)))).))))....))))).))))......((.(((((...))))).)).(((((.......)))))......))))))))))))).))))))))))))))))).(((.......)))..))))))))..)))).)))))))))))).)).))))....)))))....((((((((((..((((((.((((((..........(((((((((................)))).(((((((.(((((((..((..((((...(((((((((((((((....((((((..((((..((((.((((....(((((((((.((((((..((((((((((.((((.((((.((((((..............)))))).)))))))).((((((.....))))))....(((........)))..(((((((((((((.........))).(((((.(..((.(((......)))))..))))))....)))))))))).)))))).....))))...)))))).)))))))))..(((...(((((((.(((((((.....(((..(((((((((.(.....((((((((((((..((....(((.((((.........))))..)))....))..)))))))......((.(((((.......))))).))..)))))).)))))))))......................(((((((((.(((.((((........)))).))).)))(((((.....))))).)))).)))))))))))).))(((((((....))))))).)))))...))))))).))))..))))..))))))...)))))).)).))))))))))).....))..))))))).)))))))(((((((((.(((((((.....)).)))))(((........))).(((((...(((((.((((.(((((((((((...(((((.(((((((..(((......)))................(((((((.((((....)))).))..)))))...))))))).)))))(((.....)))..((((.((.....))...))))...((((((....(((((....)))))...))))))(((((.((((........((((((((.((((....(((((((((((((........)))....((((.(.((((((((((.....((((((..((((((................((((((......)))).))....(((((((((..(.(((((..(((...)))..))))).).....)))))))))((((.((((.((......)).))))))))))))))..)))))).(((((((((......))).)))))).))))))..((((..((((.((((.((((((((......)))).....(((((.((((((((((((......)))).(((.....)))(((..((.(((((((...((((((.....((((((((.((((((...((.((((((.(((..((......))((((((((((...(((....)))....)))).)))))).((((((((.((((((.(((.(((((((((((((.((((((..((((((((((.(((((((((..(((......)))..)))))).)))))))).)))))......((((((..((((((...(((.(.((((((((.((((.(((...(.((((((.((((((((..((.(((((((.......))))).)).)).)))))))).)).((((.((((((..((.((.(((.((.(((.((.(((....(((((.....))))).....))).))..))).)).))))).))..)))).)).)))).......)))).)))).)))))))))))).).)))...))..)))).)))))))))))).)..........)))).....))))))))..))).)))))).))))))))...)))...)))))).)).......))))))))))))))...((((....))))))))))...........))))))).))..)))..(((.((((((.((((.(.((.((((((..((.....))..).))).)).)))))))..)))))).)))))))))))))))))))).)))).)..)))))))...)))).)))))(((((....))))).))).)))))))...)))).)))))))).........))))))))).))))))))))))))).))))).)))))...(((.((((.(((.((....))...))).)))).)))))))))))).(((((((...(((((((((((.(((..((((....(((((((...))))))).))))))).)))))...))))))...))).))))....)))))))))))))))))..))))))))))))))..))))))))))...)))))))(((((((((.....(.(((((((((.(((((.((....)).)))))..)))..((.(..(((((((.(((((((((.(((.(.((((((((((((((((((...))).......(((((((((......))..)))))))))))))))...(..((((((((.((....(((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((...((((((.(((.((((......))))(((((..((.(((((((.((((.....((((....)))))))).))))...))).))..))))).((((((.((((......)))).)))))).(((((.(((...(((.(..........).))))))))))).....)))))))))))))).)))))))))(((((((...((((((......)))).)).))))))).........))))))))).))))(((((((....))...)))))((.((((((((((((((....)))).)))..))))).)).)))))))))))))......((((.....))))........)).))))))))..)(((((.....)))))))))))).).)))..)).))))))).)))))))..).))........)))))).))))))))))(((((((((.....((((((((((((((((.((((..(((((...((.....)).)))))(((((((....))))))))))).).))))))))(((((((((.....))))).))))(((.(((.....))).)))..(((((((((((((..((((...((((....(((...)))...))))))))..))))))).)))))).))).))))...)))))))))......))))))).......(((((....)))))........))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((((.((((((....(((((....((({.....}))).....))))).....))))))))..{,,,(((((((......))))))),{{{.|||{(((((((.(((((((..((((,{(((((((((,.(((((....((((((.(((((((({((((((((...((((((((..{{.{(((((((.....))))))))}}(((((((..(((((((.(((((((......(((.((.....)))))......))))))).{({.((....{((((((...((((.((((.,.((.(((...(((......))).....)))))...)))).))))....))))))|((((((((((((((.(((((...((((((((.......)))).))))....))))).))))......((.(((((...))))).)).{((((.......)))))......))))))))))}}}.))))))))))))))))),,{{.......},,..))))))))..)))).)))))))))))).)).))))....)))))....{(((((((((,.(((((,{((((((..........({{{{((((,||,,..,...,,,..}}}}.(((((((.(((((((..{({.((((...(((((((((((((((....((((((..((((..((((.((((..{.(((((((((.((((((..(((((.(((..((((.((((.((((((...,,.........)))))).)))))))).((((((.....))))))...,{,.....,,,.{((..(((((((((({((.........}}}.(((((((..(,{(((......)))))..))))))....))))))))))..))),,))).)))))...)))))).)))))))))..(((...(((((({.((((((,.....({{..(((((((((.{.....(((({(((((((..((....(((.((((.........))))..)))....))..)))))))......((.(((((.......))))).))..)))))}.))))))))).....,|..,..,,.......||{|,,..,|||((.((((........)))).))).}}|(((((.....)))))))}}}})})))))))))).}}(((((((....)))))))})))))...))))))).))))..))))..))))))...)))))).)).))))))))))).}}..))..))))))).))))))){((((((({{(((((((,....)).}))))}{{.,,.,,..,|{{(((((...(((((.((((.(((((((((((...(((((.(((((((..,({......})},.|.....,,......(((((((.((((....)))).))..)))))...))))))).)))))(((.....)))..((((.{,.....,,...))))...{(((((....((({,....})))}...)))))|((({({((((,{,{,,,.{{{(((((.((((....((((((((((.,{...{{{..((((((..(((.(..(.((((((({.{{.(((,((..{(.((......}|,|,.,{{{{(({((({..,,,||||.{......|||}}}|,,}}},,{||.}|,}}},),)).})),))).)).))))))))).,|))).|.))))))..}}),.,}}|||({,|,|||,,,,||||{(({(((({({{{{{{,|,{||||,,.)))))}..{{{(..{({,,((((.((((((((......)))).....(((((.(((((((({({(,.....,))}.(((.....)))(((..((.(((((((...((((((.....((((((((.((((((...((.((((((.(((.,((......))((((((((((...(((....)))....)))).)))))).{(((((((.((((((.{((.((((((((((((..{{((((..((((((((((((((((((((..(((......)))..)))))),}))))))).)))))......((((((..(((({{.,.(((.(.((((((((.((((.(((.,.,((({((({,,(((((({{((.(((((((.......))))).)).),.}}))))))}))..{||}}.{{((,,{(.({.(({.((.(((,({.(({{{..(((((.....))))).}},}))),))..))}.)).))))).))..)}}}.,},,||,..,|||}))}),,))),)))))))))))).).))).}.}}..)))).))))))}))))).},,....,...)))}....,))))))))..))}.)))))).))))))))...}))...)))))).)).......))))))))))))))...((((....))))))))))...........))))))).))..)))..(((.((((((.((((.(,{(.(((({{..{,.....}),.},))).)}.}})))))..)))))).)))))))))))))))))))).)))).}..)))))))))))))).))).,|||||,.,.})))}.))).)))))))...)))).))))))))..,,}....)))))))))}))))))))))))))).))))).))))),).(((.((((.(((.((....))...))).)))).)))))))))))).(((((((...(((((((((((.(((..((((.,..(((((((...))))))),))))))).)))))...})))))...))).))))...,))))})))))))))))).,))))))))))))))..))))))))))...)))))))(((((((({.,..,..{{((((((,.(((((.((....}}.}}})}.{|}|.,|{,||}{((((((.(((((((((.(((.(,(((((((((({(({{,(({{{{{{...}}}((((((((,,......}}..)))))))))))))}|(({{{,((((((((.((..,.((((((((((({(((,((((((((((({((,(((((((((...((((((((((.((((......))))(((((,{((.(((((((.((((....,((((....)))))))).))))...))).),},))))).((((((.((((......)))).)))))).(((((.(((...(((.(..,.......).))))))))))).....)))))))))))))).))))))))}(((((((...{{((((......)))).}).))))))).......,,))))))))).))))((({(((.,{,||...||}}}{,.||{((({((({{{(....)))).)))},})))},)).,,)))))))))))}.....((((.....))))........)).)))))))),.))}|.,,.}}..))).))))))).),)))..}).))))))).))))))),.)})),..,}}.,))))))}})))))))))(((((((((.,{,,{,{{((((((((((((.((((..(((((...((.....)).)))))(((((((....))))))))))).).)))))))){((((((((.....)))))}}))}(((.(((.....))).))).,(((((((((((((..((((...((((..,.(({...})),..))))))))..))))))).)))))).},,}}})}...)))))))))......)))))),...}))}|,|||,...,}}},........))))))..
Back