Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_007165.5
Sequence Length
1619 nt
GC Content
0.6652
CUUUCUUUGCCCGCCGUUCGCCAAACGAAGUCGUGGAGGUGGCGAAACGAGGAGGAGAUAACGCGGCCUUGGGCUCUGGUGUCUCCCAGUCUGCUAAAGCCCUAAGGCCAUCACCAUGGACUUCCAGCAUCGCCCCGGGGGCAAGACCGGGAGCGGGGGCGUGGCCUCCUCCUCCGAGAGCAACCGUGACCGCAGGGAGCGCCUCCGGCAGCUGGCCCUGGAGACCAUCGACAUCAACAAGGACCCGUACUUCAUGAAGAACCACCUGGGCUCCUAUGAAUGCAAACUCUGCCUGACACUUCACAACAAUGAGGGGAGCUACCUGGCACAUACGCAGGGGAAGAAGCACCAGACCAACCUGGCCCGGCGAGCAGCCAAGGAGGCCAAGGAGGCCCCUGCCCAGCCCGCGCCUGAGAAGGUCAAGGUGGAGGUGAAGAAGUUUGUGAAGAUCGGCCGCCCGGGCUACAAAGUGACCAAGCAGAGAGACUCGGAGAUGGGCCAGCAGAGCCUCCUCUUCCAGAUUGACUACCCUGAGAUCGCCGAGGGCAUCAUGCCACGUCACCGCUUCAUGUCUGCGUACGAGCAGAGGAUCGAGCCUCCGGACCGGCGCUGGCAGUACCUGCUCAUGGCCGCCGAGCCCUACGAGACCAUUGCCUUCAAGGUGCCGAGCAGAGAGAUCGACAAGGCGGAGGGCAAGUUCUGGACACACUGGAACCGGGAGACCAAGCAGUUCUUCCUCCAGUUCCACUUUAAGAUGGAGAAGCCCCCGGCUCCACCCAGCCUCCCUGCUGGCCCCCCUGGGGUGAAGCGGCCUCCACCCCCGCUGAUGAACGGUCUGCCCCCUCGGCCACCGCUGCCUGAGUCUUUGCCACCGCCCCCGCCAGGAGGCCUGCCUCUGCCACCCAUGCCCCCCACAGGGCCUGCGCCCUCAGGGCCCCCGGGACCACCCCAGCUACCCCCGCCAGCUCCAGGGGUCCACCCCCCGGCCCCAGUGGUGCAUCCCCCUGCAUCUGGGGUCCAUCCCCCAGCUCCUGGCGUCCACCCCCCAGCUCCUGGCGUCCAUCCCCCAGCCCCUGGGGUCCACCCACCAACCUCUGGGGUCCACCCCCCAGCUCCUGGAGUCCACCCUCCAGCCCCCGGGGUUCACCCACCAGCCCCCGGAGUCCACCCACCAGCCCCUGGGGUUCACCCACCAGCCCCAGGGGUCCAUCCUCCCCCAUCAGCGGGGGUUCACCCCCAGGCCCCGGGGGUGCACCCAGCAGCCCCCGCCGUUCACCCUCAGGCCCCAGGGGUGCACCCACCAGCCCCAGGGAUGCACCCUCAGGCCCCGGGGGUCCACCCCCAACCUCCCGGGGUCCAUCCGUCGGCUCCUGGGGUCCACCCUCAGCCUCCGGGAGUUCACCCCUCAAAUCCUGGGGUGCACCCCCCAACUCCCAUGCCCCCAAUGCUGAGGCCCCCACUUCCCUCCGAAGGCCCAGGGAACAUACCUCCCCCUCCCCCAACCAACUGAGAAGCUGCUCCCUCCCCCAGCAAGCCCAGCGCCAGGUGCUCUUGCCUUUUCCCACUGAGAGAAGGCUGCUCUUUUGUACUGCCCCCCGCUCAUUAAACAGCCUCCCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-657.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -682.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 272.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((...((.....))....)))))..((((.((.((((..(((((((((((...(((((((((((((((.(((((.((...)).).)))).))))).)))))).......(((....))).(.(((((((((........))))).)))).)))))...))))))))).(((((((.((.((....))))((((((((..(((.(((((((((((.(.((.(((...(((...(((((((((..(((.....)))..))..))).)))).)))..(((.....))).(((....))).......((((((((......(((.(.((.(((((((.....(((((((......))))...(((.....)))..((((((..(((.((((((.(...((((.(((((((((..(((...((((((((((..............(((.((.((((.(((((.....(((((....(((.(((.((.((.((((((((..(((((((((....(((((..........))).)).....)))((((...)))).(((...(((.........))).))).(((((((..((.((((((((...((((.((((((.....(((((.(((.((..........(((........)))...(((((((((..(..((((((.((.(((((.(((.......((((...((((((...((((((.(.....).))))))))))))))))........(((((..((((((((......(((((......))))).....))))))....))...)))))))))))))..))..))))))..)..))))).)))))).))))))))..)))))).))))....)).)))))).))))))))).......((((......)))).((((((((..(((((...(((...(((((((((.........))))...)))))...)))...))))).)).)))))).......)).)))).)))))))).)).))))))))..)).))).....))).)).)))).)))))((((((...))))))......)))).....((((((......))))))...((((((......))))))..((.((((((........)))))).))..)))))).))).((((((((((((........))))))))))))................((((((((((((((((.......)))))))........)))))))))........)))))))....(((((((((((..........))).))))))))..((((((((((((.........))).))))))))).....)).)))).).))))))...)))..))))))(((((((((((((.........))))))........))))))).)))))))..))))).))))....))))))))))).))))))))).............(((............)))..((((((.........))).)))))))))))))))))))..((((((((.......)))))))))))))))..))..))))))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,.((((.,,((,.,{{||,,,,,}}}}..||||,||,||||,...(((((((((...(((((((((((((((.(((({.{,...)).,.)))).))))).)))))).......(((....))).,.,((((((((........))))).)))},|))))...))))))))).(((((((.,{,{,....},||((((((((..(((.(((((((((((.(.((.(((...{{{...(((((((({..(((.....)))..,,.,))).)))).))}..(((.....))).{{,....}},.......((((((((......(((.(.{,.(((((((.....{,.((((......))))...(((.....)))..((((((..(((.((((((.{...((((.(((((((((..(((...((((({((((..,..{{{.{{{..(((.((.((((.(((((.....(((((....(((.(((.((.((.((((((((..{((((,..,|||,.{{{({{,..,....,,}.)}}}...}}||(({,..}}},.(({...{((.........))).}}}.(((((((..,(.((((((((...((((.((((((.....(((((.(((.((.,........{{,......,.,,,...(((((((((..(..((((((.((.(((((.(((..,,...((((...((((((...((((((,,.....).)))))))))))))))),,......(((((..(((...((({....{{|||}.....|||}|{{{{..,)))))..,))))})))))))))))))..))..))))))..)..)))))},))))).))))))))..)))))).))))....)).)))))),,}))))))).....,,||||....{{(((..((((((((..(((((...(((...(((((((((.........))))...)))))...)))...))))).)).))))))...}}})),.))))})))))))).)).))))))))..)),})).....))).)).)))).)))))((((((...))))))......))).,}}.,((((((......))))))...((((((......))))))..{({((((((........})})))})).,,,,,,,.,,,.((((((((((((........))))))))))))......,,,.,.....{{((((({{{{{{{{{.,,...,))))))|,.....,,))))))))).....}}})))))))....(((((((((((..........))).))))))))..((((((((((((.........))).))))))))).....)).)))).}.))))))...)))..))))))(((((((((((((.........))))))........))))))).,}})))}..))))}.))))....))))))))))).))))))))).............,{{............)))..((((((.........))),,)))))))))))))))))),.((((((((.....,.)))))))))))))))..},..}))))))})},.........,,,.,.....
Back