Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_007279.3
Sequence Length
2146 nt
GC Content
0.6048
AGCCGAAGCGGCUGGAGCGGGCGGCAAGGCGAGGCGAAAGCUGCACAGGGCCCUACGCGGCCGCCUCAGCAUGUCGGACUUCGACGAGUUCGAGCGGCAGCUCAACGAGAAUAAACAAGAGCGGGACAAGGAGAACCGGCAUCGGAAGCGCAGCCACAGCCGCUCUCGGAGCCGGGACCGCAAACGCCGGAGCCGGAGCCGCGACCGGCGCAACCGGGACCAGCGGAGCGCCUCCCGGGACAGGCGACGACGCAGCAAACCUUUGACCAGAGGCGCUAAAGAGGAGCACGGUGGACUGAUUCGUUCCCCCCGCCACGAGAAGAAGAAGAAGGUCCGUAAAUACUGGGACGUGCCACCCCCAGGCUUUGAGCACAUCACCCCAAUGCAGUACAAGGCCAUGCAAGCUGCGGGUCAGAUUCCAGCCACUGCUCUUCUCCCCACCAUGACCCCUGACGGUCUGGCUGUGACCCCAACGCCGGUGCCCGUGGUCGGGAGCCAGAUGACCAGACAAGCCCGGCGCCUCUACGUGGGCAACAUCCCCUUUGGCAUCACUGAGGAGGCCAUGAUGGAUUUCUUCAACGCCCAGAUGCGCCUGGGGGGGCUGACCCAGGCCCCUGGCAACCCAGUGUUGGCUGUGCAGAUUAACCAGGACAAGAAUUUUGCCUUUUUGGAGUUCCGCUCAGUGGACGAGACUACCCAGGCUAUGGCCUUUGAUGGCAUCAUCUUCCAGGGCCAGUCACUAAAGAUCCGCAGGCCUCACGACUACCAGCCGCUUCCUGGCAUGUCAGAGAACCCCUCCGUCUAUGUGCCUGGGGUUGUGUCCACUGUGGUCCCCGACUCUGCCCACAAGCUGUUCAUCGGGGGCUUACCCAACUACCUGAACGAUGACCAGGUCAAAGAGCUGCUGACAUCCUUUGGGCCCCUCAAGGCCUUCAACCUGGUCAAGGACAGUGCCACGGGGCUCUCCAAGGGCUACGCCUUCUGUGAGUACGUGGACAUCAACGUCACGGAUCAGGCCAUUGCGGGGCUGAACGGCAUGCAGCUGGGGGAUAAGAAGCUGCUGGUCCAGAGGGCGAGUGUGGGAGCCAAGAAUGCCACGCUGGUGAGCCCCCCGAGCACCAUCAAUCAGACGCCUGUGACCCUGCAAGUGCCGGGCUUGAUGAGCUCCCAGGUGCAGAUGGGCGGCCACCCGACUGAGGUCCUGUGCCUCAUGAACAUGGUGCUGCCUGAGGAGCUGCUGGACGACGAGGAGUAUGAGGAGAUCGUGGAGGACGUGCGGGACGAGUGCAGCAAGUACGGGCUUGUCAAGUCCAUCGAGAUCCCCCGGCCUGUGGACGGCGUCGAGGUGCCCGGCUGCGGAAAGAUCUUUGUGGAGUUCACCUCUGUGUUUGACUGCCAGAAAGCCAUGCAGGGCCUGACGGGCCGCAAGUUCGCCAACAGAGUGGUUGUCACAAAAUACUGUGACCCCGACUCUUAUCACCGCCGGGACUUCUGGUAGAGGCGGCUGGGGGAGGGUGGGGGCAGGGCUGGCUGGGGGCUUCUCCCCACUCCCGCCCCCCCCUUAUCCCCCUCUGAAGACGAUGGGCAGAGGAGUGACAGCCGCAGACACACGACAGCCGGCAGCAACUGGAAUGGCAGCAAUUAAGGGUGGGGGGCGGGGGUUGGGGGGUUGGGGGGUUAGGGCAGGGAGGGGACUGGGGAAGUGCGCACACAGCCCACACAGACAACACGCACCCACACAGACACAGAGGGAAGGGGUUGGGAUGGGGACAGGGUGCACAGCAGGGCGGGGUAGGACCCCAGCCCCUCCCAAAACAGCCUCUCCUUCUCCCAUAGACCCCUUUCUUCUCCCCUUCCCCACGGUAGGAACAUAGCGUGUUUAUAUUUUAUGGCCAAACUAUUUUGAAUUUUGUUGUCCGGCCCUCAGUGCCCUGCCCUCUCCCUUACCAGGACCACAGCUCUGUUCCUUCGGCCUCUGGUCCUCUCUGGUCCCCUCCUGGGUUUCUUACGUAGUUGAUUUUUCCUCUUUAGUCUCCCCCGACCUGCGCCCAGCCCCGUGGCCCCUGCCCCUCUCCUACUCUCUGUGGCAGUUUCAUAUUUGCUAAGACGAAUUUGCUCAUUAAACAUUUUGUUGUAUUUUACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-884.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -916.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 517.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((..(((((((....(((((((((......(((....)))((((((((((....((.(((((.(((((.(((((.....))))).))).))))))).))...................(((((.(.......((((((...((...((((((((..((((.((.(((..((((..((((....).)))..))))..))).)).))))....((((((...(((...))).)))))).....(((....)))(((...(((((....))))).)))..(((((((((.((.(((((..(((.(((..(.((...)).)..))))))...))))).......((((((..((..((((...(((((((.((.(((.......)))..)).)))))))..(((...)))))))))..))))))))..))))))))).........((((......))))))))))))...))...))))))))))))(((((((.(((.((((.(((((...(((((.((......))))))).........)))))))))..(((((((((((...))).))))))))..(((((..((((((((((((((((.(((...((((((((.......(((..((((.(((.((((....(((((.........((((....((((((((((...)))))....))).)).))))..(((((((.((((....))))....)))))))))).))...)))).))))))).)))....((((((.((((((((......)))......((((((.((.(((((((((.(((((((((((...(((((((((..(.((......)).)....)))))))))..(((......(((..(..(((((((((..(((.(((..(((...((....))....))).))))))..))))))))).)..)))......)))((((.(..(((((...)))))..).))))..))))))).)))).)))..(.((((.((......)).)))).))))))).)).))))))....))))).)))))))))).)))).(((((((.(........).)))))))))).))))))))((((..((((((......(((((..((.......))..))))))))))).)))).))))))))..))))))))..)))))))..)))))))))).((((....)))))))))))))...)))))))))(((((((((.(((((((.(((((((((.((((.(((((..((...((((((((((((((...((.((.(((((.((((((.(((((((.(.((.((.(.....).)))))))))).))...)))))).))))).)).)).)))))))))).))))(((...(((......)))))).))..))))).)))).))...(((((.(..((((((......))))))..).))))).......(((((....((((((....(((((((((((((((.((((((.(((..((.(((((......)))))))))))))))))))))..)))((((((...........)))))).....)))))))..)).)).))...)))))(((((.((((((.((.(((.....(((.(((((((((((((((.((((((((((((..(((((((((.(((((..(((((.(((((......................))))).............(((((((((((((((((.(((((.(((.((.......(((((((((...))))).)))).........)).))).))))).)))))...))))))))))))))))).)))))..((((.((((((...)))))).))))....((((..((................))..)))).......)))))))))..)))..((((((((((.((..(((......))).)).))))))....)))).(((....))).......((((((((......................))).)))))))))))))).))))))))))))))).)))......))).)).))))))...)))))...))).)))).)))))...)).)))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((..{((((((....(((((((((...,..(((....)))((((((((((,...((.(((({{(((((.(((((,...,))))).))).))))))).)){{.................{((((.(.......{(((((.,.((...((((((((..((((.((.(((..((((..((((....),}))..))))..))).)).))))....((((({...(({..{|||,||}}}|...,,(((....))){((...(((({....,)))).)))..(((((((((.((((({(((,{((,{,{..,.{{...}}.}..,,.,.....,||||.......,,{||}}.{{,,,,,|...|((({((.|{,|,,........}|,.|}.)}})))}..|,..,,})))))}}}}.,))))))),,))))))))).........((((......))))))))))))...))...))))))})))))(((((((.(((.((((.(((((...(((({{((......))))))).........)))))))))..(((((((((({...})).))))))))..(((((..((((((((((((((((.(((...((((((((....{{{((,..((((,,{(.({,,..,,(((,({{,....}}||||...,||,{,||{||.{((((((({.{({..(((((((..(((((({.((((....))))....}))))))|||......||}..|,|{|,|{{..{{{..(((({.{,...|}}},..})).)}}....|}},,},}}.,|,)))))))))).})))))))}.{((((((((..{.((......)).}....))))))))}..|{{....,{(((..{..{{{{|||||..,{|,{{{{{{(.,,,((.{{.{((({{.{{{|||||...,,}|||||,.,{{|,|{{{{{{|,,((((.{..{((((...))))}.,}.)))).})))),)),....))),..}}||||}||.}}}.}))})),)}.))|}})}))}|,}}}}......)))})))))))))).)))).(((((((.(........).)))))))))).))))))))((((..((((((.,....(({((..{(...,,..)),,))))))))))).)))).))))))))..))))))))..))))))),.)))))))))).,{{{....})),)))))))))...)))))))))(((((((((.(((((((.(((((((((.((((.(((((..((...((((((((((((((...((.((.(((((.((((((.(((((((.{.((.((.(.....).))))}))))).))...)))))).))))).)).)).)))))))))).))))(((...(((......)))))).))..))))).)))).))...(((((,(..((((((......)))))).,).))))).......(((((...,{{{|||....(((((((((((((((.((((((.(((..((.((((({....,))))))}))))))))))))}|.,)))((((((...........)))))).....}))))))..,}.},.}}..,))))){(({{.(({{{{.{{.{{{....,(((.(((((((((((((((.((((((((((((..(((({((((,((({({{((((..(((.({.....}}.}}}......,{{{|||..............{(((((((((((((((((.(((((.(((.((....,..(((((((((...})))).)))),.,,.....)).))).))))).))))}..,))))))))))))),,||,,||,,..||,|}},.,,,.,}))))},.,,......((((..((.............,,.))..))))},,}}}.))))}))))..))),.||{(((((((.((..(((......))).)).))))))}...,}}}.(((....))).......(((((,,(,.............|,,.....))))))))}))))))))).))))))))))))))),)))......))),}),}))))}...)))))...))),,))).)))))...)).)))))))))...........
Back