Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_007375.4
Sequence Length
4185 nt
GC Content
0.4045
AUUUUGUGGGAGCGAAGCGGUGGCUGGGCUGCGCUUGGGUCCGUCGCUGCUUCGGUGUCCCUGUCGGGCUUCCCAGCAGCGGCCUAGCGGGAAAAGUAAAAGAUGUCUGAAUAUAUUCGGGUAACCGAAGAUGAGAACGAUGAGCCCAUUGAAAUACCAUCGGAAGACGAUGGGACGGUGCUGCUCUCCACGGUUACAGCCCAGUUUCCAGGGGCGUGUGGGCUUCGCUACAGGAAUCCAGUGUCUCAGUGUAUGAGAGGUGUCCGGCUGGUAGAAGGAAUUCUGCAUGCCCCAGAUGCUGGCUGGGGAAAUCUGGUGUAUGUUGUCAACUAUCCAAAAGAUAACAAAAGAAAAAUGGAUGAGACAGAUGCUUCAUCAGCAGUGAAAGUGAAAAGAGCAGUCCAGAAAACAUCCGAUUUAAUAGUGUUGGGUCUCCCAUGGAAAACAACCGAACAGGACCUGAAAGAGUAUUUUAGUACCUUUGGAGAAGUUCUUAUGGUGCAGGUCAAGAAAGAUCUUAAGACUGGUCAUUCAAAGGGGUUUGGCUUUGUUCGUUUUACGGAAUAUGAAACACAAGUGAAAGUAAUGUCACAGCGACAUAUGAUAGAUGGACGAUGGUGUGACUGCAAACUUCCUAAUUCUAAGCAAAGCCAAGAUGAGCCUUUGAGAAGCAGAAAAGUGUUUGUGGGGCGCUGUACAGAGGACAUGACUGAGGAUGAGCUGCGGGAGUUCUUCUCUCAGUACGGGGAUGUGAUGGAUGUCUUCAUCCCCAAGCCAUUCAGGGCCUUUGCCUUUGUUACAUUUGCAGAUGAUCAGAUUGCGCAGUCUCUUUGUGGAGAGGACUUGAUCAUUAAAGGAAUCAGCGUUCAUAUAUCCAAUGCCGAACCUAAGCACAAUAGCAAUAGACAGUUAGAAAGAAGUGGAAGAUUUGGUGGUAAUCCAGGUGGCUUUGGGAAUCAGGGUGGAUUUGGUAAUAGCAGAGGGGGUGGAGCUGGUUUGGGAAACAAUCAAGGUAGUAAUAUGGGUGGUGGGAUGAACUUUGGUGCGUUCAGCAUUAAUCCAGCCAUGAUGGCUGCCGCCCAGGCAGCACUACAGAGCAGUUGGGGUAUGAUGGGCAUGUUAGCCAGCCAGCAGAACCAGUCAGGCCCAUCGGGUAAUAACCAAAACCAAGGCAACAUGCAGAGGGAGCCAAACCAGGCCUUCGGUUCUGGAAAUAACUCUUAUAGUGGCUCUAAUUCUGGUGCAGCAAUUGGUUGGGGAUCAGCAUCCAAUGCAGGGUCGGGCAGUGGUUUUAAUGGAGGCUUUGGCUCAAGCAUGGAUUCUAAGUCUUCUGGCUGGGGAAUGUAGACAGUGGGGUUGUGGUUGGUUGGUAUAGAAUGGUGGGAAUUCAAAUUUUUCUAAACUCAUGGUAAGUAUAUUGUAAAAUACAUAUGUACUAAGAAUUUUCAAAAUUGGUUUGUUCAGUGUGGAGUAUAUUCAGCAGUAUUUUUGACAUUUUUCUUUAGAAAAAGGAAGAGCUAAAGGAAUUUUAUAAGUUUUGUUACAUGAAAGGUUGAAAUAUUGAGUGGUUGAAAGUGAACUGCUGUUUGCCUGAUUGGUAAACCAACACACUACAAUUGAUAUCAAAAGGUUUCUCCUGUAAUAUUUUAUCCCUGGACUUGUCAAGUGAAUUCUUUGCAUGUUCAAAACGGAAACCAUUGAUUAGAACUACAUUCUUUACCCCUUGUUUUAAUUUGAACCCCACCAUAUGGAUUUUUUUCCUUAAGAAAAUCUCCUUUUAGGAGAUCAUGGUGUCACAGUGUUUGGUUCUUUUGUUUUGUUUUUUAACACUUGUCUCCCCUCAUACACAAAAGUACAAUAUGAAGCCUUCAUUUAAUCUCUGCAGUUCAUCUCAUUUCAAAUGUUUAUGGAAGAAGCACUUCAUUGAAAGUAGUGCUGUAAAUAUUCUGCCAUAGGAAUACUGUCUACAUGCUUUCUCAUUCAAGAAUUCGUCAUCACGCAUCACAGGCCGCGUCUUUGACGGUGGGUGUCCCAUUUUUAUCCGCUACUCUUUAUUUCAUGGAGUCGUAUCAACGCUAUGAACGCAAGGCUGUGAUAUGGAACCAGAAGGCUGUCUGAACUUUUGAAACCUUGUGUGGGAUUGAUGGUGGUGCCGAGGCAUGAAAGGCUAGUAUGAGCGAGAAAAGGAGAGAGCGCGUGCAGAGACUUGGUGGUGCAUAAUGGAUAUUUUUUAACUUGGCGAGAUGUGUCUCUCAAUCCUGUGGCUUUGGUGAGAGAGUGUGCAGAGAGCAAUGAUAGCAAAUAAUGUACGAAUGUUUUUUGCAUUCAAAGGACAUCCACAUCUGUUGGAAGACUUUUAAGUGAGUUUUUGUUCUUAGAUAACCCACAUUAGAUGAAUGUGUUAAGUGAAAUGAUACUUGUACUCCCCCUACCCCUUUGUCAACUGCUGUGAAUGCUGUAUGGUGUGUGUUCUCUUCUGUUACUGAUAUGUAAGUGUGGCAAUGUGAACUGAAGCUGAUGGGCUGAGAACAUGGACUGAGCUUGUGGUGUGCUUUGCAGGAGGACUUGAAGCAGAGUUCACCAGUGAGCUCAGGUGUCUCAAAGAAGGGUGGAAGUUCUAAUGUCUGUUAGCUACCCAUAAGAAUGCUGUUUGCUGCAGUUCUGUGUCCUGUGCUUGGAUGCUUUUUAUAAGAGUUGUCAUUGUUGGAAAUUCUUAAAUAAAACUGAUUUAAAUAAUAUGUGUCUUUGUUUUGCAGCCCUGAAUGCAAAGAAUUCAUAGCAGUUAAUUCCCCUUUUUUGACCCUUUUGAGAUGGAACUUUCAUAAAGUUUCUUGGCAGUAGUUUAUUUUGCUUCAAAUAAACUUAUUUGAAAAGUUGUCUCAAGUCAAAUGGAUUCAUCACCUGUCAUGCAUUGACACCUGAUACCCAGACUUAAUUGGUAUUUGUUCUUGCAUUGGCCAAAGUGAAAAUUUUUUUUUUUCUUUUGAAAUCUAGUUUUGAAUAAGUCUGGGUGACCGCACCUAAAAUGGUAAGCAGUACCCUCCGGCUUUUUCUUAGUGCCUCUGUGCAUUUGGGUGAUGUUCUAUUUACAUGGCCUGUGUAAAUCUCCAUUGGGAAGUCAUGCCUUCUAAAAAGAUUCUUAUUUGGGGGAGUGGGCAAAAUGUUGAUUAUUUUCUAAUGCUUUGUAGCAAAGCAUAUCAAUUGAAAAGGGAAUAUCAGCACCUUCCUAGUUUGGGAUUUGAAAAGUGGAAUUAAUUGCAGUAGGGAUAAAGUAGAAGAAACCACAAAUUAUCUUGUGCCUGAAAUCCAUUAAGAGGCCUGAUAGCUUUAAGAAUUAGGGUGGGUUGUCUGUCUGGAAGUGUUAAGUGGAAUGGGCUUUGUCCUCCAGGAGGUGGGGGAAUGUGGUAACAUUGAAUACAGUUGAAUAAAAUCGCUUACAAAACUCACACUCUCACAAUGCAUUGUUAAGUAUGUAAAAGCAAUAACAUUGAUUCUCUGUUGUACUUUUUUGUAACUAAUUCUGUGAGAGUUGAGCUCAUUUUCUAGUUGGAAGAAUGUGAUAUUUGUUGUGUUGGUAGUUUACCUAAUGCCCUUACCUAAUUAGAUUAUGAUAAAUAGGUUUGUCAUUUUGCAAGUUACAUAAACAUUUAUCAAUGAAGUCAUCCUUUAGACUUGUAAUCGCCACAUUGUUUCAUUAUUCAGUUUCCUCUGUAAAGGGAUCUUGAGUUGUUUUAAUUUUUUUUUUCUGCAUCUGAAUCUGCAUGAUUUCCAAACCCUGUACCAUCUGAAUUUUGCAUUUUAGCACUUGCACUAUUACUCAGCAGCAGUAACAUGGUAACACUUAAAAUGGUACUCGGGGACCUCCAAAGACUAAACUGACAAGCCUUCAAGGAGCCCAGGGGUAAGUUAACUUGUCAACGGCAUGGUUUAAUCCCUUCUUUACACUUGUGUAAAUUUCAGUUACUGGUCAUAGAAGGCUUUCAAUGUUGAGUGGCCUUUUAUUAACAUGUUUAUGGUACUGCAUAGAUACGGGUAUUUAUUUUACCCUAAGAAGAUUUUGAAGUUUAAAAGUACUUAAACUAUUUGGCAAAGAUUUGUUUUUAAAAAUCUAUUUGGUCAAUCUAAAUGCAUUCAUUCUAAAAAAUUUUUUGAACCAGAUAAAUAAAAUUUUUUUUUGACACCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1205.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1288.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 1029.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((...((((((((((((.(((((.......)))))))))))))))))((((((((((..(((.(((((..((((((((((((....((((....(((((.........(((((....)))))........(((((....))))).....((((((.....))))))...((.((((((((.(((..((((..(((((((..(((((((((((((((((((((((.(((..((....(((((.....)))))))..))).).)))).))))....))))))))))))...))..))))))).....((((((....(((((...((((((...................)))))).)))))......))))))..))))..)))...)))))))))).....)))))..)))).....)))))))))..((((((((.....((((..(((..((((((.....))))))..))))))).....))).)))))...(((((......))))).....(((.(..((((((((..((((((((((((.(..(((.(((............(((....(((..((((((.((...(((.....))).....)).)))))))))..)))))))))..)..)))))))))))).....)))))))).).)))......)))..))))).)))..)))).)))))).((((((((.(((((.....))))).)).))))))..(((((((.(((....)))..)))))))..((((((..(((...(((((..((((((..((((.((((((((........((((.((((....))))))))))))))))..(((..((.(((((.........))))).)).)))..((......))(((((...((.((...((((((.((((((((((((((...((((.(..(((((((((((..((((((((((.....((((((((((.((((((((.....((((((((...(((.((..(((((((...(((((((.(((((((((.....)))))......((..((..(((((((.....)))))).)..))..))((((.((((((.(.((.((((((((((((((..(((((((((((.(((((((.((((.....((..((((((.((..(((.((((((((((((..(((((((...)).)))))...............)))))))..))))))))..))..))))))..))......)))).))...))))).)))..))))))...))..)))..)))))..)))))).......((((....))))(((((((...(((((.(((((.(.((..((..((((((..((((((((..((((((((.....((((....(((((((((((((((...)))).)))))))..((((..(((....)))...))))((((((.(((((.((((((........(((((..(((((((((............)))))))))............)))))........))))))))))).(((((((.......)))))))(((((((.....)))))))...)))))).........(((((..(((((((...((((....))))...(((((.(((.(((......))).))).)))))....))))))).))))).((((.....)))).))))....)))).)))))))).))))))))..(((......)))........(((((((...)))))))...(((((((..((((.(((...........((((....))))...........))).))))....(((((.(((...((..(((((...((((((((.(((.(((((((...(((((((((......((((((...........)))))))))))))))..((((((((((((((((((.((((((((((......)))).(((.((((((.(((((....(((((((...)))((((((((.........))))))))(((((.........)))))(((((((..(((.((....)).)))..)))))))....((((((..........)))))).........))))...))))))))))).)))))))))..)))).)))))............((((((.(((((((.(((........((.((...)).)).........))).))...)))))))))))..)))))))))...))))))))))..))))))))..)))))..))..))).)))))((((((.....))))))...((....))..(((((...((((((((......)))))))).....)))))....((((((.....))))))..........)))))))))))))))))).))))).)))))(((((((((((((..((((((((....((((.(...((((((............))))))..).))))....)))...((((((((((((.(((((((((((.(((((.(((((((((.....))....))))))).)))))..)))))))..............((((((.....(((((....)))))))))))...(((..(((((.....))))))))((((((.......))))))......((((((((.(((....))).))))))))......((..(((.....)))..)))))).)))))).))))))...)))))....))))))))))))).)))))))...((((((....(((((((..((((((((..((((((.((((.(((((......)))))))))..))))))...)).))))))))))))))))))).((........))(((((.....)))))))).)))))).))))..(((((((..((((((((((.....(((((.(((((.......)))))))))).(((((((((..(((.(((((.(((((.(.(((((......)))..)).))))))...))))).)))((((.((((((..((((..((((.((((.......)))).))))))))(((((((.(((((((((...(((((.((....((((....)))).....)).)))))...(((((((.(((((((.((((((((...)))))))).((....))..)))))))))))))).)))))))))..)))))))....((((((.((....(((...(((((((.((.(......).))...))))))).)))...)).)))))).))))))))))..(((((.(((..((((........))))))).)))))......((((..((((...))))))))..(((((((((.((..(((((...(.((((((.....((((((((((........((((.(((((((((.......((((..((((.(((((..((((((.........)))))).))))).))))..))))..)))))))))))))....((((((....))))))..))))).))))))))))).)....)))))..)).))))))))))))))))))((((((((....))))))))..)))))).......))))..))))))))))))))))))....))))))))).)))..)))))))).....)))))))))))).(((((.(((.....))).))))).........))))))..)))))))))).))))))))))))))))))))))).))))))).))))))....)).)).))))).....))))..)))))).)))))..)))..))))))....(((....)))...(((((((((((........(((((((...((((((.....((((((((...)))).))))..)))))).)))....))))........))))))..)))))((((((((((((((....)))).)))))))))).....((((((((......)))))))).(((((.......))))).((((((((((((.(((((((......)))))))((((((((((((....((((((..(((.(((((((.....))))))).))).....))))))..))))))..))))))...))))))))))))......)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{((((.,.((((((((((((.(((((.......))))))))))))))))){{((((((((.,(((.(((((..{(,(((((((((.....,,{....((((({{...,,,.(((((....))))).,},,,..(((((....))))).....((((((.....))))))...((.((((((((.(((..((((,{((((((,{{,.(((((((((((((((((((({.(((..((....(((((.....)))))))..))).,.)))).))))....)))))))))))).}}.)}})))))}}.....{((({(,,{.(((((...((((((...................)))))).))))},,},..))))})..))))..)))...)))))))))).....,))))..|}},.....))))))))).,({{{||{{.....||{{..|((..((((((.....))))))..))}}}||,,...})}||}|||,{{(((((..{{..||||}.....|||}|}.|{{{{{((,,((((((((((((.(,.(({.{{{,..,,..,,....||,...{{..,((({{{.{|,|}|,{,,,,.|||,,,,.||,|}}}}||||,.||}}}}},,..|..,}}}}}))}})).....)))))))},|,||}.....,)))},))))),))),,||||,||}}}},((((((((.(((((.....))))).)).))))))..(((((((.(((....)))..)))))))..((({{{..{||,..{{{||,,||{{{{..{({{.((((((((,.......{((({(((,...}))))))))))))))))..{{{..{{.{||||,,....,..))})),)),)))..((......)),,,,,...{{,{,...((((((.((((((((((((((...((((.(..(((((((((((..((((((((((.....((((({((((.((((((((.....((((((((...(((.({..(((((((...(((((({,({(((((((.....)))))},..((((({...}))))),((((((.((((((.{.((.(((((((((((((.{..(((((((({((((((((..(((((((((((.(((((.,.{(({.....((..((((((.((..(((.((((((((((((..(((((((...)),}))))...............)))))))..))))))))..))..))))))..}|,,..,,|}}}.}}},.))))).)))..))))))...))..))),.,))))..})))))...,,.,(((({{{{||||(((({{{..{((((({(((((({,((({((,,((({.{{{(({{((({....,..,,..||||{,.,{{{{{{{.(((((((((((...)))).)))))))..{{{{,{{{{,.{{({{.,,{{|||{{((,||{.{{{{,,{{{|||||{|||{||}||(((((((,,..,}}}}}}}},}}}}}}}}|||||..||}||||{{{{{{.||||,.||||,||{|{{{{{{||||,,|||..,}}))){((((((.....))))))))))).)))),))}}..,.,||||..{{||||,..}||||},..,},|,,.(((((.(((.(((......))).))).)))))....))),)))}}}))}}||||},,}}}))}.}))),,.,}}}),})))..}}))))))|,,..(((......)))..,.,...(((((((...)))))))...({{{{{,,{(((({,{{...........,{,,....))))},,},,.,,,,,,,.,,,}....(((((.(((...((..(((((...((((((((.{((.((((((,..,(((((((((......((((((.{.......}.))))))))))))))}..((((((((({((((((((.(((((({(((....,,,}},,(((.((((((.(((((.,..(((((((...)))((((((((.........)))))))){((((.........))))|(((((((.,(((.((....)).))).,))))))),...(({({{,,..,,.,..}}}}})...,,....))))...))))))))))).)))))))))..}))}.)))))..,.........((((({{((({({(.{{(....,,.,{{.{,...,}.}}.........))}.))}.,}))))))))))..)))))))))...))))))))))..))))))))..)))))..))..))).)))))((((((.....)))))).,|||}}}}}},.,,,,|}}}}|||||||..,..,|}|}}}|}...}})}},,....((((((.....)))))).{{{(({......)))))}..,.}))},)))))).....,))))))).)),.)))))).))).))).|,,,.,...,,{{{,{{{{{{{{..(((((((..{{{(({|{,.,{(,,,,((((((((((((,{{{((((((((,(((((.((((((({{,....}),...))))))).))))).,)))))))),,,|||,......((((((.....(((((....)))))))))))...{((,,((|{{.....)))))))}((((((.......)))))).,{{{,((((((((.(((....))).))))))))..}))}|,..{{{.....,,|.,|,|}}|,|}|}}}.|}}}}},|,||}},,,}.})}))},((((((((((((.((((((((((....(((((((..((((((((..((((((.((((.(((((......)))))))))..))))))...)))))})))))))))))))){(((((..(((((((((..((((((.((,....,.{(((((((((((.{((((...(((....)))...))))},,.(((((.....,})))}),|{{{((({...}))))})})))))))))))}{{.(((((......)))..)).}}.......{|{,,......}}.)}}}).)))))).})))))))).)))))}{((((....,))))|(((({(,(((((((((.,.({((({((,,,,((,,.,,,.))),}}))}),))}},...(((((({,(((((((.((((((((...)))))))).,{....},..)))))))))))))).)))))))))..)))))),)))))).))))))))))))....((((((({((,.......,{{{,...,,},}}}}}|||,...{(({,,.{{{|{({{{,,,{((({{,...,}}}}}}))))}.))},,}}}}}.,.....,}|||,..,,)))}})))))}}}..(((((((((.{(..(((((,.,(.((((((,..{((((..{((((........((((.(((((((((..,.,,.{{{,..{{{,.(((((..((((((..,......)))))).)))))..})},,,}}}..)))))))))))))....((((((....))))))..)))))})))}))))))).}..},)))))..)}.)))))))))..,,.,,..{(((((({....}))))))},,}}}}.)))))))..)))},})))).,}))))))))))....)))))))}}.)))..))))))))...,.))))))))))))..{((({((..{{(({....))))}..}}}}}})))))).,)))))))))).)))))))))))))))))))))}),))))))).)))))).,,,}},)),)))},.....}}}}.,))))}}.}}}}}..}}}..}))))).},.||||,,,})).,.(((((((((((....,,,.{{{{|.,...((((({.....((((((({...}))).))))..))))))..,|,,{.}}}}.,,,,...))))))..)))))(((((((((({(((....)))}.)))))))))).....((((((((......)))))))).(((((.......))))).{(((((((((({.{((((((......))))))|{((((({{(((({({.,,,....,|||.(((((((.....))))))}.,},......,},}}},))})))..)))))),..})))))))))))......))))}
Back