Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_009586.5
Sequence Length
3396 nt
GC Content
0.5898
AUAAACAAACGCGGCUCGGCCGCACGUGGACAGCGGAGGUGCUGCGCCUAGCCACACAUCGCGGGCUCCGGCGCUGCGUCUCCAGGCACAGGGAGCCGCCAGGAAGGGCAGGAGAGCGCGCCCGGGCCAGGGCCCGGCCCCAGCCGCCUGCGACUCGCUCCCCUCCGCUGGGCUCCCGCUCCAUGGCUCCGCGGCCACCGCCGCCCCUGUCGCCCUCCGGUCCGGAGGGGCCUUGCCGCAGCCGGUUCGAGCACUCGACGAAGGAGUAAGCAGCGCCUCCGCCUCCGCGCCGGCCGCCCCCACCCCCCAGGAAGGCCGAGGCAGGAGAGGCAGGAGGGAGGAAACAGGAGCGAGCAGGAACGGGGCUCCGGUUGCUGCAGGACGGUCCAGCCCGGAGGAGGCUGCGCUCCGGGCAGCGGCGGGCGGCGCCGCCGGGUUGCUCGGAGCUCAGGCCCGGCGGCUGCGGGGAGGCGUCUCGGAACCCCGGGAGGCCCCCCGCACCUGCCCGCGGCCCACUCCGCGGACUCACCUGGCUCCCGGCUCCCCCUUCCCCAUCCCCGCCGCCGCAGCCCGAGCGGGGCUCCGCGGGCCUGGAGCACGGCCGGGUCUAAUAUGCCCGGAGCCGAGGCGCGAUGAAGGAGAAGUCCAAGAAUGCGGCCAAGACCAGGAGGGAGAAGGAAAAUGGCGAGUUUUACGAGCUUGCCAAGCUGCUCCCGCUGCCGUCGGCCAUCACUUCGCAGCUGGACAAAGCGUCCAUCAUCCGCCUCACCACGAGCUACCUGAAGAUGCGCGCCGUCUUCCCCGAAGGUUUAGGAGACGCGUGGGGACAGCCGAGCCGCGCCGGGCCCCUGGACGGCGUCGCCAAGGAGCUGGGAUCGCACUUGCUGCAGACUUUGGAUGGAUUUGUUUUUGUGGUAGCAUCUGAUGGCAAAAUCAUGUAUAUAUCCGAGACCGCUUCUGUCCAUUUAGGCUUAUCCCAGGUGGAGCUCACGGGCAACAGUAUUUAUGAAUACAUCCAUCCUUCUGACCACGAUGAGAUGACCGCUGUCCUCACGGCCCACCAGCCGCUGCACCACCACCUGCUCCAAGAGUAUGAGAUAGAGAGGUCGUUCUUUCUUCGAAUGAAAUGUGUCUUGGCGAAAAGGAACGCGGGCCUGACCUGCAGCGGAUACAAGGUCAUCCACUGCAGUGGCUACUUGAAGAUCAGGCAGUAUAUGCUGGACAUGUCCCUGUACGACUCCUGCUACCAGAUUGUGGGGCUGGUGGCCGUGGGCCAGUCGCUGCCACCCAGUGCCAUCACCGAGAUCAAGCUGUACAGUAACAUGUUCAUGUUCAGGGCCAGCCUUGACCUGAAGCUGAUAUUCCUGGAUUCCAGGGUGACCGAGGUGACGGGGUACGAGCCGCAGGACCUGAUCGAGAAGACCCUAUACCAUCACGUGCACGGCUGCGACGUGUUCCACCUCCGCUACGCACACCACCUCCUGUUGGUGAAGGGCCAGGUCACCACCAAGUACUACCGGCUGCUGUCCAAGCGGGGCGGCUGGGUGUGGGUGCAGAGCUACGCCACCGUGGUGCACAACAGCCGCUCGUCCCGGCCCCACUGCAUCGUGAGUGUCAAUUAUGUACUCACGGAGAUUGAAUACAAGGAACUUCAGCUGUCCCUGGAGCAGGUGUCCACUGCCAAGUCCCAGGACUCCUGGAGGACCGCCUUGUCUACCUCACAAGAAACUAGGAAAUUAGUGAAACCCAAAAAUACCAAGAUGAAGACAAAGCUGAGAACAAACCCUUACCCCCCACAGCAAUACAGCUCGUUCCAAAUGGACAAACUGGAAUGCGGCCAGCUCGGAAACUGGAGAGCCAGUCCCCCUGCAAGCGCUGCUGCUCCUCCAGAACUGCAGCCCCACUCAGAAAGCAGUGACCUUCUGUACACGCCAUCCUACAGCCUGCCCUUCUCCUACCAUUACGGACACUUCCCUCUGGACUCUCACGUCUUCAGCAGCAAAAAGCCAAUGUUGCCGGCCAAGUUCGGGCAGCCCCAAGGAUCCCCUUGUGAGGUGGCACGCUUUUUCCUGAGCACACUGCCAGCCAGCGGUGAAUGCCAGUGGCAUUAUGCCAACCCCCUAGUGCCUAGCAGCUCGUCUCCAGCUAAAAAUCCUCCAGAGCCACCGGCGAACACUGCUAGGCACAGCCUGGUGCCAAGCUACGAAGGUGGGUCAGGUCUGCUCGUGGGGAAGGUGGGAGGACUGCGCACGGCCGGGAGCCGAAGCAGCCAUGGCGGUGGGUGGCAGAUGGAGACAGAACCCUCACGCUUUGGGCAAACUUGCCCUCUUUCUGCUUCUAAGUAGGGCUUGCUGUGCUUUCUUGCUCUCAAUGCAGGUGCUCCUCGAGAGUGAGAAAUGGCAGUCUGCCUGCCUCGGGGACACUAGUGACAGUAUAAAGGGCAAAGGAAAACCGAGUAUCUGGCCUUCACGUAAAUCCUGGCCACAUUCACCAACCAAAGGGGGACAGUGAUUUUCAAAACCAGCUCCCAUGUGCUGAGAACACCCCAGCUGCAUUUCUUUUGCAAGAUUCCUUUCCACUCCAACCAGAAGUGAAUAUUUGAGACAAACGGCCUAUUGGCUAUUUUCCCAUGCCAGUUUUGGAAGUGGGGAAAACUAUGGUGGAAAUUUGUGGGCUUGGGGACAGAAAUGCCACUCACCAACCCAGGGCAAAGAACACAAACCCUCCAGGCCUCAGUUUCUUCACCUGUAAAAUGGGGUGAAGCUGUGAUGUGCCUACUCCCAAGGACACGACACACAGUAGGGACCUGCCCUGUACAUGCUAGUUCAACAGAAAGGAAUGGCCUUUCACCUUCUCCUGGUGGCAGGCAAGCAGAUGUCCUCUGCGGAGAUACCGCCAGCUCCCCAGGACGCAGACUGACUCCUGUUUGCUCGCUGGACCAACCCCAGGCAGAAGGUGGAAGGUGGGAACAGAGGUUUAGCUGCAGGACAUGUAUUCCCAUUGCACCGAGACCUAACUGCCGCUCAGAGUGUAGACCGAGAUGGUGCAGAUGCCUGCAGUGCCACUAAAAUGUGGGUGAAGGUGACAUCAGGAUUAUGUGCCCCAGGCCGGGCUCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGCGACAAGCCUGCCAACAAGCUGAAACCCCAUCUCCACUAAAAAUACAAAAAUUAGUUGGGCAUGGUGGUGAGCACCUGUAAUCCCAGCUACUCUGGAGGCUGAGAUAGGAGGAUCACUUGAACCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCUAAGAUCACAUCACUGCACUCCAGCCUGGGUAACAGAGUGAGACUGUCUCAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1395.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1449.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 577.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((((((.((((((..(((((....)))))(.(((((((.....(((.(((...((((((.((((((.((((....(((((((....(((.(((.((..(((((((....(((..((((...))))..)))...)))).))).))))).)))....)))))))((((((.(((.((((((.....(((((.((((((.((((((.(((((((((.((..(((.....((...((((....))))....)).....))))).)))))).((((((..(((((..((..........))..)))))..)).)))).))).)))))).)...))))).))).)).((((.((((..((((..((..((((..(((((.((..((((..(((((((((((((((((((((((......)))))..))))))))))))........(((((.(((((((.(((.((((((....)))))).)))))))))).))))).))))))..)))))))))))..))))))..))))..)))).))))....((((((((........)).))))))..)))))))))))))))..((((((((.......)))))..)))((((((.(((((.(((...(((((.(..(((((((..((((((..(((((.((.....((((((((((...))))))))))..)).))))).)))..)))))))........))).))))))......))).)))))))))))...........)))).))))))))))))....)))))).)).))))).).)))))).)....))))))))))((((..((...)).))))(((.(((.(((((((((((.(((..((((((((((((((((((....((.((((((.((........)).)))))).))......))))))).......(((((((((((.((((.....((((((((((.(((.((((................((((((((...........)))).))))....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((.((((.((((((.((......((((((((((((.((((...((......))....)))))))))))((((.((((((((((((.((((........)))).)))))).)(((.(((((...))))).)))....(((((((((((..(((((((.((....((........((((.(((((((((.((((.....)))).)))).))))).)))).....))....)).)))))))..))))))))).))))))).)).))...)))))....)).)))))).))))...))))((((....((((..(((((........(((...))).........))))).)))).))))))))))))))).......(((((((...((...)).(((..(((((((((((((((((((((((......(((.(((((..(((((..(((((..((((((.(((((((.((((.((....((((((....))))))......)).))))....))))))))).))))..((((((((.((....))))))))))........((((..(..(((..((.(((((((((.(((((((...(((((((((((....)))).((((((((.(((.((((((.(.((.......(((((....)))))..................)).).)))))).))((((........))))........(((......))).((((((...........))))))((((((.((..((..(((((....)))))..))..))..).))))).).)))))))).((.(((((((.(((.((((.(((((((..((((((.(((((((.(((((.(((.....((((((((((...........((((((..((((......))))((.((((((.........)))))).)).......(((((((.((....((((((((((((...(((((((((.....(((.(((((((((......))))))..))))))(((((...)))))........(((((((((((.(((((....(((.............)))....)))))...))))))))))))))...))))))...))).)))).))))).)).))))))).))))))))))))))))((((...((((.....))))..))))....))).))))))))).).))...))))))...)))).....(((((....)))))......))))))).))).)))).))).))..((((((((((((...(.(((....))))))))))))))))))))))).))))))).))))))))))))))..).))))...)))))..))....)))))))).))).............))))))).).)))))))))...))))))...)))..(((((((..((((........)))).............((((.......)))).((......))((((.(.....).))))....))))))).....((((....)))).(((((((((.(((....)))..))))))))).....)))))))....))))))))))))))))...))))..(((((.....((((.............))))..(((((((.((((((((((((........)))))).((((((.(((((((.......))).))))...))))))((((.....))))...(((.....(((....)))....)))(((((((((((((((((((.((..((...(((((.....)))))((((..........))))((((((.((((((........)))))))).)))).))..))))))).)))))))))))))))))))).))))))).((((((((.(((.........((((((((........((((.(((...))))))).......))))))))))))))))))).((((......)))).....)))))...........((.((((......)))).))))))))).))))))...((((((....)))))))))).)))))))))))...((((....)))))))))))....(((.((....)).)))...(((((((.((((((((...........)))).)))).)))).))).))))..))).))))))))).)).))).)))((((((((.....((((((..(((((((...(((((..((((((((............))))))))))))).)))))))....))))))..))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........(((((((((((.((((((,.(((((....)))))|.(((((({.....(((.(((...((((((.((((((.((((....(((((((....(((.(((.((,.(((((((..,,(((..((((...))))..))),..}))).))).)),))})))....)))))))((((((.(((.((((((.....(((((.((((({.((((((.(((((((((.((,,(((..,..{{,,.{(({....})))....}).}}..)},)).)))))).((((((..(((((..,{{,........))..)))))..)).)))).))).)))))).}}..))))).))).)).((((.((((..((((..((..((((..(((((.({.,((((..(((((((((((((((((((((((......))))),.})))))))))))........(((((.(((((((.(((.((((((....)))))).)))))))))).))))).))))))..)))))))))))..))))))..))))..)))).))))....((((((((........)).))))))..)))))))))))))))..((((((({,......)))))}.}))((((((.(((((.(((,..(((({.{..(((((((..((({{(,.(((((.,(,....((((((((((...))))))))))..)).))))).))}..)))))))........))).})))))....,.))).)))))))))))...........)))).))))))))))))....)))))).))}}}))).,.)))))).),...})))))))))((((..({...)}.))))(((.(((.(((((((((((.(((..((((((((((((((((((.,,.((.((((((.((........)).)))))).)).,....))))))){,.....(((((((((((.((((,....((((((((((.((({(((,.,.,{(({....},,,|{((((((...........)))).))))....(((((((((.((((((({(((((.({{{({{{{,((((,((((.((((((,((,,,,..(((((((({{{(,((((,,,((,,...,||,,..||||||||||}((((,(({({,((((((.((((........)))).)))))).}||{.{((((.,,||}}|,|}}...,||(((((((((..(((((((.({..,{{{....|...((((.(((((((((.((((.....)))).)))))))))).)))).....,}....)).)))))))..))))))))}.}||||||.}}.}}...)}))),...)).}}}}}},|||}..,))))|||...({((((..(((((.{,.,,{{{{(..,}||..,|.,..,}}})}.,,}}.)),,))})))))))),,.,.},|{{||||,..|,,.,}}.{,{..(((((((((((((((((((((((......(((.(((((..(((((..({(((..{((((({((({(({{(({{((((...{(((((....))))))))}).,)).)))),}}}))))||||,.||||.{((((((((.((....))))))))))}.,..,,.{{{{..{..(({..{(.(((((((((.(((((((...(((((((((((....)))).((((((((..((.((((((.,.((.......(((((....}))))..................},.).)))))).))((((........)))}........(((......})}.((((((...,.......))))))(((((,.((..((..(((((....)))))..))..))..).))))),),)))))))).((.(((((((.(((.((((((((((((..((((((.({,(((({(({((.(((,{...((((((((((.....{,,...{{{|{{..((((......)))}.{.((((((.........)))))).},,,.....(((((((.((....((((((((((({,{.(((((((({.....(((.(((((((((......))))))..))))))(((({...}))))........(((((((((((.(((((....(((.............)))....)))))...)))))))))))})}...))))))..}))),)))).))))).)).))))))).))))}})))))))))}((((...((((.....))))..)))).,..))).))))))))).,.))...))))))...)))).....(((((....)))))......))))))).))).))))}})).))..((((((((((((...(.(((....))),))))))))))))))))))).))))))).))))))))))}}))..).))},...))))}..)),...)))))))).))).............))))))).).)))))))))...))))))...})).,||||||...((((........)))).,........,,}|||{,,,,,,,))))}}|}.,.}}}}((((,,.....),))))....})))))}..,,,|(((....)))).|{(((((((.(({....)))..)))))))},....,)))))},....))))))))))))))))...}}}|.,(((((.,,,,((((.............))))..{((((((.((((((((((((........)))))),((((((.(((((((.......))).))))...))))))((((.....))))...(({.{{..(((....))).}}.}))(((((((((((((((((((.((..((...(((((.....}))))((((..........))))(((({{.((((((.,....,.)))))))}.)))).))..))))))).))))))))))))))}))))).))))))}.((((((((.(((.........((((((((........((({{(({...})))))).......))))))))))))))))))).{(((......))))}}...))))}..,,,,,,,..||,||||..,,,.}))),},))))))).))))))...{(((({....}))))))))).)))))))))))...{{{{.,,,)))))))))))..,.{((.((....)).)))...(((((((.((((((((...........))))},))).)))).))).))))..))).))))))))).)).))).)))((((((((.....((((((..(((((((...(((((..((((((((............))))))))))))).)))))))....))))))..))))))))...........
Back