Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_012109.3
Sequence Length
1621 nt
GC Content
0.6440
GUCAGCGCCCCGGUCCCCGCCGCAGCCGCUGCAUCCUCCGUGCCCGGCCUGAGCUGGAGUCCCCCGCGCCCCCCGCGUUCCGCCCGGCCAUGGCUGCGGUGGCGCUGAUGCCACCGCCGCUGCUGCUGCUGCUGCUGUUGGCGUCGCCGCCCGCCGCCUCCGCGCCGUCCGCCCGCGAUCCCUUCGCCCCCCAGCUCGGGGACACGCAGAACUGCCAGCUGCGGUGCCGCGACCGCGACCUCGGCCCGCAGCCCUCGCAGGCGGGGCUGGAGGGCGCCUCCGAGUCUCCCUAUGACAGAGCCGUUCUGAUCAGCGCUUGCGAGCGUGGCUGCCGCCUCUUCUCCAUCUGCCGAUUUGUGGCCAGAAGCUCCAAGCCCAAUGCCACCCAAACUGAGUGUGAAGCAGCCUGCGUGGAAGCCUAUGUGAAGGAGGCAGAGCAGCAGGCCUGUAGCCACGGCUGCUGGAGCCAGCCCGCGGAGCCUGAGCCGGAGCAGAAGAGAAAGGUCCUGGAGGCUCCAAGUGGGGCCCUCUCCCUCUUGGACUUGUUUUCCACCCUCUGCAAUGACCUUGUCAACUCAGCCCAGGGAUUUGUCUCCUCCACCUGGACAUACUACUUGCAGACUGACAAUGGGAAAGUGGUGGUGUUUCAGACUCAGCCCAUAGUGGAGAGCCUCGGCUUCCAGGGGGGCCGUCUGCAGCGCGUGGAGGUGACCUGGCGAGGCUCCCACCCUGAAGCCCUGGAGGUGCACGUGGACCCUGUAGGCCCCCUGGACAAGGUGAGGAAGGCCAAGAUCCGAGUCAAGACCAGCAGCAAGGCCAAGGUGGAGUCUGAAGAGCCACAGGACAAUGACUUCCUCAGUUGCAUGUCCCGGCGCUCGGGUCUGCCUCGCUGGAUCCUGGCCUGCUGCCUCUUCCUCUCCGUGCUGGUGAUGCUGUGGCUGAGCUGCUCCACCCUGGUGACCGCGCCUGGCCAGCACCUCAAGUUCCAGCCUCUGACCCUGGAGCAGCACAAGGGCUUCAUGAUGGAGCCCGAUUGGCCCCUGUACCCGCCGCCGUCCCACGCCUGUGAGGACAGCCUACCACCCUACAAGCUGAAGCUGGACCUGACCAAGCUGUAGGCCUCCACUGGCCCCAUCACUGCCAACUGCAGGGGGCCCCUCGGGCCUCACUUGCCCUGAGCCCAGGAGUCCAAGGGCAGGGUGGGUCCAGCCUUGAGCCCCUCCACCCCCAAAUCCUUCCUCUCCUCCCAGUCCCACCCCUUGCCCCACGGAGUCCUGGGGACGCAGUGCCCCAGCUGGGAAGAGGGCGGGAUCGGGCACUGGUUCCUCCUUGUCCCCGCUUUCUUGGGGGCUUGCUACUUUUUGUCUUCUAUUGUGUGGCUUUCUGAGUAUUUGAACCCCAGUCCUGUGUCACCUUCCUUUUUCCUUCUAUGUCCCCUCUCUGCGGGGGGGGCGCUGAGGCUGAGGGGGAGCUGCGUCUUGCUAGGGCUUCCCCCUUCUCCCCAUCCCGGUCUCCAGAGACCCAGCUUCUGAGAGACAGGGUGUGGGCAUCUCCAUGCCCCUAUAAAGCGUGCCUGGGGCUUGUCUGGGGCUGGGGAGGAAUAAACCAUGUAUAUAAAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-703.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -731.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 680.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((((((..((((....))))..).)))))).((((((.....((((((.(((.((......))((.(((((((((((((((..(((..(((((((((((((......))))))))..((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).))....(((((.(((((((((((.....)))).((((.....))))...(((....((((..(((((((.((((.(........).)))))))))))....))))))))))).))).)))))(((...(((.......))).))).(.(((..((.((.((((.((.(((.((((((((((((......(((....)))..(((((.....(((...))).....))))).......))).)))..))))))))).)).))))))))..))).).))))))))))))).((.(((((....))))).)))))))))).)))))))..(((..(((..((((((((((((...(((((((((((((.((((.....)))).))))))...).))))))...(((((((......((((....(((....((((......))))....)))))))......))))))).(((((.(((((...(((.(((..((((((...(((((((((((((((((....))))...((((((((.(((((((...(((((((........((.((((((.....(((((((((.(((((((((.((((..((...((((.(((.(......).)))..)))).)).)))).)).....((((..((...((((.((((((((..(...((((((((((((.(((((.....)))))..))))(((((((..((((((((...)).)))))).(((.....)))...........))))))).....))))))))...).)))))))).))))....))..))))...)))))))..(((((((.........)))))))......)))))))))....))))))))...(((..........)))((.(((((((....))).)))).)).......((((((.(((.....(((......)))))))))))))))))))((((.........)))).))))))).))))))))((((.......)))).(..(((((((.(((..((((((((((((.(.......(((......................)))........).)))))))..)))))...))).)))))))..)((((.((((((((.((((.(((((.((((((((...))))))))))))).)))).)))......)))))))))............))))))))).)))).)))))).......)))))).))))))))))....))))))).)))))...))).)))...)))))))).))))).))))))((((((((((((.....))...))).)))))))....((((((((.((((((((((.......))))).))))).))).))))).....(((.(((((....((((.(.....).))))....)))))))))))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.((((((..((((....}))).,||||}}||.(((((({,{{,((((((,(((|((,{..,.,|((,({{(({|{{{{{{((,{(((,.{((({(((((((((.{({{|(({|,((.((.((,,,.}|,||,||.||,||||}}}.)))),))}||,,||((({(,{{{(({{((((.....)))),((({.....))))...{((....({((..(((((((.((((.(........).))))))))))).,,,|||||||||||,|||,|}}})|||,.,|||,,....,||((((|...})))).}}|{.(({|,||,|((.(((((({(((((......,{(,,,,},,..(((((.,...(((...})).....))))}.......)}).)))..))))))})).)),}}}}}},,,.,.,))})))}})}|})|}|||,.|||||,.,,))))).)}}}})))}},)))})))|,|{||}||,||{(((((((((((,,.{((((((((((((.(((|.....}))).)))))),,,}}}}}}},...((((({{{{{{..,|||,...,,{.,,{(({,.....,,}}}...}))))|||......}}))})}.((({,.{((({...{{(.(((.,{((({({{{{((((({{(((({({{(({{({{{{{,((({{{(({,(({{({{{{{||||,||}|.,}}}|||}||||||}|}|,|||||||{{|||(((,{,,.,|{|}},,{,,(((({(({{{{{,,{{,,|||{,||||{||.||,|{|,.,{{{,,.(((((,,((((({((((((.{({({,{.(((...(((({.{({({.....))))},,))))).))).))))))))))))}....,,....))))))))))),)))},}})}},|{|||||,,|,||{|||||||,(,((({||,.{..((({...,)))},})..}))),}}}..|||||||},,,,....,))))))}}},,..((((((({...}))))))),.,,|||}.,.,,.,.,}},((.(((((((....))).)))).)).......,,|,,..(((.{{((((({{{{.,||,}|||||||||{{{{...((((((....((((.....)))))))))).{{{((({,,,,...}}}}|}}}{||{|||,{||.,||||||||||||}}}}},,}},||}..................,..|||{,.,{{{{{{||||},,,.|||||{{.|||.|}}))))|,|{{{|||{{{{{||}||||,|||||.|||||{{||.,||||}}}}}}}}}|||||,|.......))))))}}||,,{.....,,..,},},}}}),))),.,,,))).....}})))))),)))))})))},,.,)))))))}}}}}}.,|||||||||,.}}))))))})))},}}))))|{((((((({{|||,,..}).,,)))}}))))}},...{{((((({.((((((((((.......))))).))))).))),)}))),,...{((,(({{{....,{||,|,...})}))}},..,)))))))))))))).....................
Back