Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_012245.3
Sequence Length
2129 nt
GC Content
0.4462
GUCGCUCGCGCUGGAAGAAGCGGAAGAAGAUGGCGCUCACCAGCUUUUUACCUGCACCUACUCAGCUAUCUCAGGACCAGCUUGAGGCUGAAGAAAAGGCAAGAUCCCAGAGAUCACGGCAGACCUCACUGGUCUCCUCCCGAAGAGAACCUCCCCCGUACGGAUACCGGAAAGGCUGGAUACCUCGGUUAUUAGAGGAUUUUGGAGAUGGAGGUGCUUUUCCAGAGAUCCAUGUGGCCCAGUAUCCACUGGAUAUGGGACGAAAGAAAAAAAUGUCGAAUGCGCUGGCCAUUCAGGUGGAUUCUGAAGGAAAAAUUAAAUAUGAUGCAAUUGCUCGACAAGGACAGUCAAAAGACAAGGUCAUUUAUAGCAAAUACACUGACCUGGUUCCAAAGGAGGUUAUGAAUGCAGAUGAUCCAGACCUGCAAAGGCCCGAUGAAGAAGCUAUUAAAGAGAUAACAGAAAAGACAAGAGUAGCCUUAGAAAAAUCUGUAUCACAGAAGGUCGCCGCAGCCAUGCCAGUUCGAGCAGCUGACAAAUUGGCUCCUGCUCAGUAUAUCCGAUACACACCAUCUCAGCAAGGAGUGGCAUUCAACUCUGGAGCUAAACAGAGGGUUAUUCGGAUGGUAGAAAUGCAGAAAGAUCCAAUGGAGCCUCCAAGGUUCAAGAUUAAUAAGAAAAUUCCCCGGGGACCACCUUCUCCUCCUGCGCCUGUCAUGCAUUCUCCUAGCCGAAAGAUGACUGUAAAGGAACAACAAGAGUGGAAGAUUCCUCCUUGUAUUUCUAACUGGAAAAAUGCAAAGGGUUAUACAAUUCCAUUAGACAAACGUCUGGCUGCUGAUGGAAGAGGACUACAGACAGUACACAUAAAUGAAAAUUUCGCCAAAUUGGCAGAAGCCCUCUACAUUGCUGAUCGGAAGGCUCGUGAAGCUGUGGAAAUGCGUGCCCAAGUAGAGAGAAAAAUGGCUCAGAAAGAAAAGGAAAAACAUGAAGAGAAACUUAGAGAAAUGGCCCAGAAAGCCAGGGAGAGAAGAGCUGGGAUCAAAACUCAUGUGGAAAAAGAGGAUGGGGAGGCACGUGAGAGGGAUGAAAUCCGGCAUGACAGGCGAAAAGAGAGACAGCAUGACCGGAAUCUUUCCAGGGCAGCUCCUGAUAAGAGGUCGAAACUUCAGAGAAAUGAAAAUCGGGAUAUCAGUGAAGUUAUUGCUCUCGGUGUUCCUAAUCCUCGGACUUCCAAUGAAGUUCAGUAUGACCAAAGGCUCUUCAACCAAUCCAAGGGUAUGGACAGUGGAUUUGCAGGUGGAGAAGAUGAAAUUUAUAAUGUUUAUGAUCAAGCCUGGAGAGGUGGUAAAGAUAUGGCCCAGAGUAUUUAUAGGCCCAGUAAAAAUCUGGACAAGGACAUGUAUGGUGAUGACCUAGAAGCCAGAAUAAAGACCAACAGAUUUGUUCCCGACAAGGAGUUUUCUGGUUCAGACCGUAGACAGAGAGGCCGAGAAGGACCAGUGCAGUUUGAGGAAGAUCCUUUUGGUUUGGACAAGUUUUUGGAAGAAGCCAAACAGCAUGGUGGCUCUAAAAGACCCUCAGAUAGCAGCCGCCCCAAGGAACACGAGCAUGAAGGCAAGAAGAGGAGGAAGGAAUAGGCACAGGUCUCUCCAAAGUGAAUGAACUCUUACCCAUAACCCUAAUGAUGCAAGUCAUAUGGGGGAACACUUUGUAAAUGGUCAGGAUAAAAACCAAAUCUGGGUGCCAGAUCCCAGCACUACUUUUUAUUACUGGAGAAAUGGGGGGGAUAGAAAAUUCUACUUUGAAUUAUUUAGUUUUUUUUAAAGAGUGGGUUGUGUUUGUGCUUCUCCCACCUUUCAGCAUUUAUAGAACAUGCUGCCCCACAUACAAAGUCAAGACCACUUACUUUUAUGUGACACUAGUAGUUUGGGGUUAAUGUUUUGUGUAAGAACAGCUGCAUAUGAGUAAAGUUACCCCAACCACAGUGAGGAGGAAGAUGUUCACAUACUGGAACUGUCCUGCCAAAUAAAUUUUGCCCCUAUUGUGCUCUGUUUUAAUUUGGAGUGGGCAAAGUAACCUCUUGCUUGGUGCAACUAUUUGUUUCAAAUAAAAACAUUUAGACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-596.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -639.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 464.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((......(((......)))((((((((.(((......))).)))))).))((((((...(((((...((((((.....))))))))))).....((((((((((((((((((((.(..........))))))))(((..((((((.((((((.((...(((...)))....))(((((..((((........))))..)))))....)))))).))))))..)))(((((.((((........))))))))).)))))((((((.......(.(((((((((((((((.(((.(((...(((((...................((((.((((((((...((.(((((....)))..((((((((...(((.(((.(((..(((........))).))))))...))))))))))).....((((...((((..........((((((.......................))))))..........(((((...))))).))))...))))...))))...)))))))).)).)).(((((.((((((....(((((((((...((.((.(((.(((..(((((........)))))...)))....)))))))...)))))).))).....))))...)).))))).((((((...))))))..........((((((((((.(((((((((.(((((((.((((((((((((((((....((((.((.(........).))..))))...(((.((((....((((((..(((...(((((..((((.......(...(((((((.(..(((((((((.((..(....)..)))))))))))..)..((((.....((((.(((.........((((((((...)))).))))...((((((..(((...(((.....)))...))))))))).))).))))....)))).(((........)))......................................))))))).)....))))..))))).)))..))))))...)))).))).......((((((.(((((.(((.((((((.((((...(((((((((.....(.......)......)))).))))).((((..((((......))))..)))).......((((((..((.((..........)).))..)))))))))).)))))))))))))).))))))(((((((....))))))).)))))))...)))).........((((((..(.......)..)))))).))))).))))))).))....((((((...))))))....((((....))))(((.......(((((((((...(((((.......)))))..)))))...(((.(((........))).)))....))))........))).........)))))))....))))))))))(((....))).....)))))..)))..))))).)))))))).))))).)......))))))((((((.....((((((((.(..((((.......))))..)))))))))....)))))).((..((((.((((((((((.((((((((.((((((((((((.((.((((((((((((((.((.(((((((((((((....(((..(((((..((((((((((....))))).)))))....(((........)))(((((((((((......(((((........)))))......)))))))).))).....)))))..)))......)))).)))))).....(((((......)))))))).)).))))))))))..)))).)).)))))((((((.........))))))...((((((.(((((.(((....)))))))))))))).((((.((.(((.(((((.....((.((((((........)))))).))........)))))))).)))))).((((((....((((........))))..)))).)).......)))))))....)))))))))))))...))))).)))))).........))))))))))))))..((..(((((.......)))))..)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({{({{.(((({....,{{({{(((((.(((......))).)))))).,}{||,{{,..(((((,..((((((.....))))))))))}.,....(((,.((((.....)))).((((.(((((..({({{{{{{{{.....|||{((((((.(({{,.((((.{{((((((((.....(((((.(((.{((({....))))).))).))))))))))))).)..)))),}}})}((({,({{{(...))))})))).,............{(((((.,{({,,.|((.((((((.....)))))}}}.....,,.....,},,||...,)))))}}}..,...(((....))).((((((..,,{.....,}}...)))))).}}))}...)))))}}.,,..(((((,{.,{{..,.{||,,,.}))},.},}...,..((((((.......,...............}})})}})}.......}|||}}}},))),}))))))))..}},.||))}}),)}}})||||{.,..,||||,{{((((....{{(((((((...{{.((.(((.(((..(((((........)))))...)))....)))))))...))))))},}}.....))))...||,|}},}.((((((...))))))..........((((((((((.(((((((((.(((((((.(((((({(((((((((..((((((((((,........{(,,..,,..},,(((((.(.(((....))).)))))).((((({.,(((....(((((.,(((({...{..(((((((((.((..(....)..)))))))))))..}.,{(,,....}))................||{((({...}))).},)))))|(((((..(((...(((.....)))...)))))))),..)))))..))}.,))))))......,))))..........,|......,.,,,.,.....}},.......((((.......))))}}}}}}((((((((.((.(({.(((((((.(((((...((((((.(((({{(((.((((((.((({...(((((((((.,...(.........,.,.,)))).))))).((((..(((({....,))))..))))......,((((((..((.,(,.....,,..,}.))..)))))))))).)))))))))))))).))))))....))))))))}}))).....)))))...))))))))..{{..,,,..}}}}}},,})}},),...)))))).))))))).})....{{{{,,.{{||||||....((((,...}}||{((.....}}|{{|||||,.,.,||||,}}}...}}}}}..|||||.,.(((.(((........))).)))....}))),,......,}}.........)))))))....)))))))))).(((((((((,.{(((.{{..((((.....)).))..}.}.))))|((((...))))}.})))))))))..,{{(((((..,..,}}}},,}}}.,|||{{|||||...||.,,)}.,,))),}}||||}((((((((((.((((((((.((((((({({((.(({(({,((((((((((.((.(((((((((((((....(((..(((((..((((((((((....))))).)))))....{,,........,,|(((((((((((......(((((........)))))......)))))))).))),....)))))..)))......)))).)))))).....{((({......))))}))).)).)))))))))).}))))})}.}))},((((((.,.....,.))))))...((((((.(((((.(((....)))))))))))))).((((.((.(,(((((((.,,{.{{,((((((.,.....,)))))).,},....,},)))))))).)))))).((((((....((((.{,...,}))))..)))).)).......}))))))....))))))))))))),..,)))).}||}||.{{({{,...,)))))}}))})}.,{{.,(((({..,,,..}}}}}..},)))....
Back