Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_012250.6
Sequence Length
2343 nt
GC Content
0.4277
AGACGGCCAUUUGUGGCGGCGCUGGAGGCUGCGUUCGGCAGGCGCUGCGGAGACGCGUAGAGGAGCGCGCCCCCCGGCCGCUGCCGCCCCUGGCCCGUGCCGUCACCCCGCUUCUCCGCGCCUCGGGCGGUACCCAGCCAGUCCCCAGCGCCGCGCUACCGCGCUGACCGGCCCUCCAGACGCCUCCCGGUACCCGGGACCCCAGCCCGGCCGCUCGCCCGCAGCCCGCCGGCCGCACACGUCCCCGGAGCCGGGCCUAGGGCGGGCGGCAGCGGCGGCUCGGCGCAGUCAGGCUGGGCUCUGUAGCGUCCCCAUGGCCGCGGCCGGCUGGCGGGACGGCUCCGGCCAGGAGAAGUACCGGCUCGUGGUGGUCGGCGGGGGCGGCGUGGGCAAGUCGGCGCUCACCAUCCAGUUCAUCCAGUCCUAUUUUGUAACGGAUUAUGAUCCAACCAUUGAAGAUUCUUACACAAAGCAGUGUGUGAUAGAUGACAGAGCAGCCCGGCUAGAUAUUUUGGAUACAGCAGGACAAGAAGAGUUUGGAGCCAUGAGAGAACAGUAUAUGAGGACUGGCGAAGGCUUCCUGUUGGUCUUUUCAGUCACAGAUAGAGGCAGUUUUGAAGAAAUCUAUAAGUUUCAAAGACAGAUUCUCAGAGUAAAGGAUCGUGAUGAGUUCCCAAUGAUUUUAAUUGGUAAUAAAGCAGAUCUGGAUCAUCAAAGACAGGUAACACAGGAAGAAGGACAACAGUUAGCACGGCAGCUUAAGGUAACAUACAUGGAGGCAUCAGCAAAGAUUAGGAUGAAUGUAGAUCAAGCUUUCCAUGAACUUGUCCGGGUUAUCAGGAAAUUUCAAGAGCAGGAAUGUCCUCCUUCACCAGAACCAACACGGAAAGAAAAAGACAAGAAAGGCUGCCAUUGUGUCAUUUUCUAGAAUCCCUUCAGUUUUAGCUACCAACGGCCAGGAAAAGCCCUCAUCUUCUCUUUCUCUCCUCAGUUUACAUCUUGUUGGUACCUUUCUAGCCUUAGACAAAUGAUCACCAUGUUAGCCUUAGACGAAGAAGCUGGCUAGUCCUUUCUGUGAAGCUAAUACAAUGGUCAUUUCCAGACAAAUUUAAAGGAAACACUAAGGCUGCUUCAAAGAUUAUCUGAUUCCUUUAAAAUAUAUGUCUAUAUACACAGACAUGCUCUUUUUUUAAGUGCUUACAUUUUAAUAGAGAUGAAUCAGUUUUGGAAUCUAAGCUGUUUGCCAAGCUGAAGCUACAGGUUGUGAAAUAAUUUUUAACUUUUGGAAUCAUACUGCCUACUGUUACUCUAAAUAGAAAUAUAGGGUUUUUUUUAAUGUGAAUUUUUGCCUAUCUUUAAACAUUUCAAUGUCAGCCUUUGUUAACCUUAAAUACACUGAAUUGAAUCUACAAAAGUGAACCAUCUCAGACCUUUACUGAUACUACAACUUUUGUUUUCUGAUGGCCAAAAUACCAAAUGCCUGUUGUAUUUAUGGAUUAAAAACUGCUUAUAAAACCCUGUGUUACUACUCCUACUCUUGGAGAUGAUAAUAUUCUAUGUGGUCAAAUAUUUGGACUCAUUUAGGACUUAGAUAUUUCAGUGUACUUGAUUUUUUAAUUUAACUCUUUUUCACAGCCACGCUAAGGGUAAAAAGGAAUAAUUUCCUUCUGUCUUCCUUUUCAAGUAUUUCUGGGUAAGGGAUUCAAAAAACUAAAACUGUUUUUGUUUGUAAUAUAAAAUAUGGAAUUGAUCUUUCCAGGGUCAGAGAUGAUUAAUGUUUUUGCUAUAUACUUUUAUACAUUAUUUUCUUAUCAAACUAGUUAACAAGUAUUUUUAUAUGUUUGUAAGCAGAUAUGCUUUCAUAGCAUACCUUGUGUAUAUGUAAAGAUAAGUAUUUAAUUCUCACUGUUCACUUUUAACUGACAAAGAAAAACAAGUGGAAACUACAGAAACUGUGGUAGAACUUUUACUUGCUGGUCUGGUCUUGGUUGUACCCAUCUUUGGCCAGUCACAUAACUACUCAAGAAACCUUCCCAAUAGAGUACAACAGGAUGAGACUCUGAAAUCACUUUCAGUAUUCCCUGCUAGAUAUUGAUUGUUAUUUCAAGUAUUAAGUGUAAGCUUUUAAUGGAUAAUUAGUAUAACUGUGGAUGGCAUCUGAUUUUGUUUUUAAUUCUGUGGAUUGUGUUUAAGCAAUUCAAUAGUAUGUUCCUGAUUUUGAGAUGCUAAGUGGUAUUGCACAGUUGUCACUUUAUCAAGUGUGUACAACAGUCCCAUGAAGUUUAUAGAGCAUACCCUUGUAUAGCUUCAGGUGCUAGAAUUAAAAUUGAUCUGUUAUCACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-685.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -731.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 652.02
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((....))))((((((((((((((.((.((((.(((((((.((.(((((((.((((((((.(.....((((((..(((......))).)).)))).....))))))))).))))....(((........))).))))))))))))(((....)))))))))))).))))))).))))((((((...))))))....((((((((.((((((((((..((((((((((((.((((..(((((((((.(((((..(((..(((.((((....))).).))).)))))))).)))))))..((.((.((.((((((.(((((.((....)).))))).)))))))).)).))...))..)))))))))))))))).)))).))))))..))))).)))..(((((((.......((((..((((((((...((((....))))..(((((((((...(((((((..((.(((((((((((((((...(.((((((.((((((((..........(((((((...(((((((((((.....(((((((((..(((((.(((((((((.(((((((.......)))))))))))))(((((((((((((((((((..(((((......))))).((((((((((((((((........)).))).))))..(((((.......)))))............((((((..((((......(((..(((((((...(((((...(((((((......(.(((((((.....(((((((((.(((((((((((((((((.((............((((((.((......((.((......((((.(((((.......))))).))))......)).)).....)).))))))..(((((.((((..((((....(((.(((.....(((((((.......)))))))........))))))....))))....)))).))))).)))))).))))).....)))))))).))).((((....))))..........))))))..))))))).)......))))))).))))))))))))..))).......))))....))))))....((((((((((.((......((.......))......)).))))))))))....((((((........))))))((.(((.....))).))...((((((....))))))...((((((........))))))((((((...((..(((....((((((((((......((((.((..(((((((...(((..((((....(((((.(((.((((((((((((((((((((....(((((.(((.(((.........((((((.((((....(((...........)))))))))))))...((((((((........((((.......)))).......)))))))).....)))))).))))).((((((((.....)))))..)))))))))).........))))))))))))).)))((((.......)))).........(((((.((((((.........))).))).))))).))))).....)))))))..)))))))..)).)))).....))))))))))..))).))))))))((((((....)))))))))))))((((.((.((.....)).)).))))............)))))))))))))))))))...........(((((.......))))).((.(((((((.......))))))))).....))).)))))....))))))))))))))).(((((....(((((((((((((......((((.((((((.....)))))).).)))..))))))))))))).....)))))((.(((((((..((((........))))...))).)))))).(((((((...)))))))....))))).)))))))))))))))..)))))).).))))).......))))))).))).)).................(((((.((......))..)))))(((((.((..((((((((........))))))))..)).))))).........))))))).)))))))))))))..))))..))))))))))).....((((....((((((((((.((((((((......)))))))).((((((.(((........))))))))).(((......))).((((((((..........))).)))))(((.((.(((((((....(((......)))....))))))))).)))))))))))))..)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((({((((....))))((((((((((((((.(,{((((.(((((((.((.(((((((.((((((((.(.....((((((..((({....}))).)).)))).....,)))))))).))))....(((,,...,,.))).))))))))))))(((....))))))))))))}}}))))).))))((((((...))))))....((((((((.((((((((((..((((((((((((.((((..(((((((((.(((((..((({{((,{(,{{.},.)))}},),}.,,,))))).)))))))..{(.((,((.((((((.(((((.((....)}.))))),)))))))).)}.}}...))..)))))))))))))))).)))).))))))..))))).)))..(((((((,.{{{{..((({{,,,........||||,,}}),},..(((((((((...(((((((.{((((((.,{({{{,{,{,,,..(((......))).,.,.,,.(((((((((((((.({......{(((,{.(((((.(((((((((,,,.(({(((((((.(((((((.......))))))))))))).|,.,,{((({{.((((({,,({{{{......})))).}))}).|.,}))}..((((((((.((,.((((.((({{({{(,..,,..|||||{{{{{{{({.({{.{{((,.,,.(((((.((((((((((..(((((((((..{((((.(((.{((((((({{(((..,...,.,(((((.(((((({{{(((,,{{,{{{..{..{|,,..{{{(({|.{{{,,{{,((,,{{,...,{|||.|,|||,,},,,,|||,,.})}),,},,.,,.},,....,..(((.(((,{,(((.{(((..((((.,,.(((.(({.....(((((((.......)))))))..,..,}.)))}})....)))).,..)))).))))))).))),,,,}}},.})))))))))).))))}.{((((((((...,{((((((...(((((((.(((.(.((((..(({....})).))))}).))).)))))))...))))))}|(((.............)))}...))))))))).{{{{{{{.....(((((((,,,.......{((((((........))))))},(((({.,,.(((((....))))).}}.))))}.)))))))}}}))}}}})))))))))))))..})))|,..({{.((((((.(({,...,}},)))))}.)))..}},...,,({{(|(({{..({{...,}),,}}})))))))))))))..)))).....)))))).))))}......}|||,,}}|,},,)))))}}.,,.,,.,..,,||}},}||,,....|,..,},)))))))).}.)})))))))).......,.....})))))))).)))))),))}}......})))))))))))))).,,}}}}...})))))}.....{{((({((({{,{,((((.......)))).,}.}}}}}|((((.((((((,,....,},))).))).))))}.,,,||....||{{{{{,,{|{|......,.....|,||,,...,,.||{..,))},)))))...((((((....)))))).|{,,{{((({,{{,|{,,,..}}|||.|}||},..|,,{{{{{.......)))))|,{{{||....,,|||,.{((((.......))))),|||{{({(({{||{,,((({{{{(({((((((......,,...,,,,.{{|{.{{{{{..{{,,{,,,,{{{,,,,|{||||}}}}|}||{|.((((((.....)))))).},.))))))),))))))))).....}}},}}}}},}||||,,,,,,,...,,}}}}}}},.,,|(((((((((((((((...))))))).....))))))))).,{({({.({{{{||{{{{{{.,,|||{{||..{{{...............},..,)),,))),.})))))))))))))}.))))}.((((((.((..((((((((........))))))))..)).)))))).,......))))))).))))))))).....,|||...)))}))))))).....((((....((((((((((,((((((((......)))))))).((((((.(({........)),)))))).(((......))).((((((((,,....,},,))).))))){((.((.((((((({(({{{(......})),)),))))))))).)))))))))))))..))))}))).......
Back