Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_013336.4
Sequence Length
3568 nt
GC Content
0.5322
GACGUGUCUCUCGGCGGAGCUGCUGUGCAGUGGAACGCGCUGGGCCGCGGGCAGCGUCGCCUCACGCGGAGCAGAGCUGAGCUGAAGCGGGACCCGGAGCCCGAGCAGCCGCCGCCAUGGCAAUCAAAUUUCUGGAAGUCAUCAAGCCCUUCUGUGUCAUCCUGCCGGAAAUUCAGAAGCCAGAGAGGAAGAUUCAGUUUAAGGAGAAAGUGCUGUGGACCGCUAUCACCCUCUUUAUCUUCUUAGUGUGCUGCCAGAUUCCCCUGUUUGGGAUCAUGUCUUCAGAUUCAGCUGACCCUUUCUAUUGGAUGAGAGUGAUUCUAGCCUCUAACAGAGGCACAUUGAUGGAGCUAGGGAUCUCUCCUAUUGUCACGUCUGGCCUUAUAAUGCAACUCUUGGCUGGCGCCAAGAUAAUUGAAGUUGGUGACACCCCAAAAGACCGAGCUCUCUUCAACGGAGCCCAAAAGUUAUUUGGCAUGAUCAUUACUAUCGGCCAGUCUAUCGUGUAUGUGAUGACCGGGAUGUAUGGGGACCCUUCUGAAAUGGGUGCUGGAAUUUGCCUGCUAAUCACCAUUCAGCUCUUUGUUGCUGGCUUAAUUGUCCUACUUUUGGAUGAACUCCUGCAAAAAGGAUAUGGCCUUGGCUCUGGUAUUUCUCUCUUCAUUGCAACUAACAUCUGUGAAACCAUCGUAUGGAAGGCAUUCAGCCCCACUACUGUCAACACUGGCCGAGGAAUGGAAUUUGAAGGUGCUAUCAUCGCACUUUUCCAUCUGCUGGCCACACGCACAGACAAGGUCCGAGCCCUUCGGGAGGCGUUCUACCGCCAGAAUCUUCCCAACCUCAUGAAUCUCAUCGCCACCAUCUUUGUCUUUGCAGUGGUCAUCUAUUUCCAGGGCUUCCGAGUGGACCUGCCAAUCAAGUCGGCCCGCUACCGUGGCCAGUACAACACCUAUCCCAUCAAGCUCUUCUAUACGUCCAACAUCCCCAUCAUCCUGCAGUCUGCCCUGGUGUCCAACCUUUAUGUCAUCUCCCAAAUGCUCUCAGCUCGCUUCAGUGGCAACUUGCUGGUCAGCCUGCUGGGCACCUGGUCGGACACGUCUUCUGGGGGCCCAGCACGUGCUUAUCCAGUUGGUGGCCUUUGCUAUUACCUGUCCCCUCCAGAAUCUUUUGGCUCCGUGUUAGAAGACCCGGUCCAUGCAGUUGUAUACAUAGUGUUCAUGCUGGGCUCCUGUGCAUUCUUCUCCAAAACGUGGAUUGAGGUCUCAGGUUCCUCUGCCAAAGAUGUUGCAAAGCAGCUGAAGGAGCAGCAGAUGGUGAUGAGAGGCCACCGAGAGACCUCCAUGGUCCAUGAACUCAACCGGUACAUCCCCACAGCCGCGGCCUUUGGUGGGCUGUGCAUCGGGGCCCUCUCGGUCCUGGCUGACUUCCUAGGCGCCAUUGGGUCUGGAACCGGGAUCCUGCUCGCAGUCACAAUCAUCUACCAGUACUUUGAGAUCUUCGUUAAGGAGCAAAGCGAGGUUGGCAGCAUGGGGGCCCUGCUCUUCUGAGCCCGUCUCCCGGACAGGUUGAGGAAGCUGCUCCAGAAGCGCCUCGGAAGGGGAGCUCUCAUCAUGGCGCGUGCUGCUGCGGCAUAUGGACUUUUAAUAAUGUUUUUGAAUUUCGUAUUCUUUCAUUCCACUGUGUAAAGUGCUAGACAUUUUCCAAUUUAAAAUUUUGCUUUUUAUCCUGGCACUGGCAAAAAGAACUGUGAAAGUGAAAUUUUAUUCAGCCGACUGCCAGAGAAGUGGGAAUGGUAUAGGAUUGUCCCCAAGUGUCCAUGUAACUUUUGUUUUAACCUUUGCACCUUCUCAGUGCUGUAUGCGGCUGCAGCCGUCUCACCUGUUUCCCCACAAAGGGAAUUUCUCACUCUGGUUGGAAGCACAAACACUGAAAUGUCUACGUUUCAUUUUGGCAGUAGGGUGUGAAGCUGGGAGCAGAUCAUGUAUUUCCCGGAGACGUGGGACCUUGCUGGCAUGUCUCCUUCACAAUCAGGCGUGGGAAUAUCUGGCUUAGGACUGUUUCUCUCUAAGACACCAUUGUUUUCCCUUAUUUUAAAAGUGAUUUUUUUAAGGACAGAACUUCUUCCAAAAGAGAGGGAUGGCUUUCCCAGAAGACACUCCUGGCCAUCUGUGGAUUUGUCUGUGCACCUAUUGGCUCUUCUAGCUGACUCUUCUGGUUGGGCUUAGAGUCUGCCUGUUUCUGCUAGCUCCGUGUUUAGUCCACUUGGGUCAUCAGCUCUGCCAAGCUGAGCCUGGCCAAGCUAGGUGGACAGACCCUUGCAGUGAUGUCCGUUUGUCCAGAUUCUGCCAGUCAUCACUGGACACGUCUCCUCGCAGCUGCCCUAGCAAGGGGAGACAUUGUGGUAGCUAUCAGACAUGGACAGAAACUGACUUAGUGCUCACAAGCCCCUACACCUUCUGGGCUGAAGAUCACCCAGCUGUGUUCAGAAUUUUCUUACUGUGCUUAGGACUGCACGCAAGUGAGCAGACACCACCGACUUCCUUUCUGCGUCACCAGUGUCGUCAGCAGAGAGAGGACAGCACAGGCUCAAGGUUGGUAGUGAAGUCAGGUUCGGGGUGCAUGGGCUGUGGUGGUGUUGAUCAGUUGCUCCAGUGUUUGAAAUAAGAAGACUCAUGUUUAUGUCUGGAAUAAGUUCUGUUUGUGCUGACAGGUGGCCUAGGUCCUGGAGAUGAGCACCCUCUCUCUGGCCUUUAGGGAGUCCCCUCUUAGGACAGGCACUGCCCAGCAGCAAGGGCAGCAGAGUUGGGUGCUAAGAUCCUGAGGAGCUCGAGGUUUCGAGCUGGCUUUAGACAUUGGUGGGACCAAGGAUGUUUUGCAGGAUGCCCUGAUCCUAAGAAGGGGGCCUGGGGGUGCGUGCAGCCUGUCGGGGAGACCCCACUCUGACAGUGGGCACACGGCAGCCUGCAAAGCACAGGGCCACCGCCACAGCCCGGCAGAGGGGCACACUCUGGAGACCUUGCUGGCAGUGCUAGCCAGGAAACAGAGUGACCAAGGGACAAGAAGGGACUUGCCUAAAGCCACCCAGCAACUCAGCAGCAGAACCAAGAUGGGCCCCAGGCUCCUCCAUAUGGCCCAGGGCUUACCACCCUAUCACACGUGGCCUUGUCUAGACCCAGUCCUGAGCAGGGGAGAGGCUCUUGAGACCUGAUGCCCUCCUACCCACAUGGUUCUCCCACUGCCCUGUCUGCUCUGCUGCUACAGAGGGGCAGGGCCUCCCCCAGCCCACGCUUAGGAAUGCUUGGCCUCUGGCAGGCAGGCAGCUGUACCCAAGCUGGUGGGCAGGGGGCUGGAAGGCACCAGGCCUCAGGAGGAGCCCCAUAGUCCCGCCUGCAGCCUGUAACCAUCGGCUGGGCCCUGCAAGGCCCACACUCACGCCCUGUGGGUGAUGGUCACGGUGGGUGGGUGGGGGCUGACCCCAGCUUCCAGGGGACUGUCACUGUGGACGCCAAAAUGGCAUAACUGAGAUAAGGUGAAUAAGUGACAAAUAAAGCCAGUUUUUUACAAGGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1302.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1366.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 1102.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(....(((((.((((((((.(((((.....))))).))....)))))).)))))......((((.(((((((((((((((((((........)))).(((((((((.....))).......(((((((.............((((((.((..(((....))).)).)))))))))))))((((((.......(((((((...(((..((((....))))))).)))))))))))))....).)))))..((((((.......))))))....)))))).)))))))..((((((((((..(((((((.....))).((((((...)))))).)))).))))))..))))..))))))....).))))))((((.((((........(((((((....)))))))....(((((((((..(((((.....((((.(.(((((.......))))).)..........((((.((((.......))))))))(((.((((......)))))))(((((((.((((((((((.........))))...((((..((((.(((((...(((((((((........))))).....((((((.......))))))..((((......)))).))))..)))))...)))).))))...(((((..............))))).....((((((((((((...(((........))).....((((((((.((.((((((.....((((((.......))))))))))))....(((((((..(((.((((((((.....((.....((((((.(((((......)))))))))))......((((...)))).))......)))))))).))).)))))))..........(((((...((.(((.....))).)).....)))))....)).))))))))...................)).))))))))))........)))))))))))))..)))).....))))))))).)))))((((((.((((...((.((((((....((.((((((((....(((((..((((((((((((.(((((..(((....))).))))).)))))))).).)))...)))))(((((((....)))))))(((.((((((.((((.(((((((((.....)))))))))..((((...((((((((((((((..........((.((((((((((((..............((((((((((((((((.(((.(((((((((....((((((...............))))))..))))....)))))..)))..))))))))...)))))))).........((.....)).(((((((.((.((...)))))))))))...(((((((.....)))))))(((((((((((..((.((...((((((.(...).))))))..((((.(((.((............))))).))))...........)).))..)).))))))))).)))))))))))).))..((((.((((.((((...)))).)))).)))).(((((..(((..(((((...((.(((.....))).))..)))))...)))..)))))((((((((................((((((((....(((((((....((.(((..((((((((........(((.........))).........)))))))).)))...))....))))))))))))))).......((.(((........))).))..(((....(((...))))))...))))))))(((....))).........((((.......))))))))))))))))))))))..........(((((......))))).(((((((((((((((((((.(((.....(((((((....)))))))...((.(((((((((.(.(..(((((((((.....)))...)))))).....).).))))))))).)))))...)))).)))))))).)))))))..))))(((((((((((..(((.....(((((....((((((((((((....((((....))))..)))))........((((......))))((((......)))).))))))).((((((((((..(((((...(((((.((.((..((((.(((.((.(((((.....((((...(((((.(((((((.(.(((((((.....((((((((((((((((..(((((.((((((......))))))(((((((...)))))))((((((((....(((....)))..)))))))).)))))(((((((....))))).)).((((((((...((((...))))..))))))))...))))..))))...))))))))))))))).)...))).))))....((((((....((.((((((((.........((((......((((((((.......((((........))))((((.(((...(((((((((..(((((((((((((.((....)).)).))).)))).))))(((((.((.((((.((.((((........)))).))..))))...)).))))))))))))))..))).))))(((((......(((((.((....)).)))))....)))))..)))))))).....))))...((((((((.(((((((..(((((((((((.(((((((.(((..((((....))))...))).)))...((((((........)))))).))))..)))))))......(((((((((((((....)))))))..)))))).))))..))))))).....(((((((((((.((((.((..(((((((..(((((((((.((.((.....)))).)))))....))))..))).....))))..)).)))).)))))))))))..))))))))....)))))))).)))))))).(((((((....(((.((((((...)))))).)))...))))))).....(((.((((......))))))).)))))..))))....))))))).))).))))...))))..)))))...))))))))).))))))....((((..........))))...))))))))..))))))))))))))))).)))((((((((.((((.((((.(((........(((.....)))..(((((((((.(((((......))))))))))))))..(((((.((((((((((.((..((((((.(((.....)))))))))......)).))))..)))))).)))))..))).)))).)))).)))))))).((((((.....(((((((...(((.((.((((((...((((((......)))))).((((((.....)))))))))))).))))))))))))..))))))..((((........))))..)))))))).))..((((...))))....)))))))).)).))....)))))).)))).))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((,,,..(((((.((((((((,(((((.....))))).}}....)))))).))))).,))))}.||,{{{{({(.(({||.,{((|||,}}..(((,,(((((((({{(((((({.........{(((((,.{,.....,{{.{((((,..({{.(({{{{||,.||,.{((((..{((((((..(((.,.(((({{({{.....|.)).}}))).}..)))..)))))))..))))).,}}((((((((((({{(({......))))))..,.,.{(((......)))}......,,..(((((((..((((({,..((((((...)))))).......||((((.,((({{{{{.......((((,({({((((,,..........(((((((....)))))))....|{{{(((((,{((({{,,,,.{(((.{.(((((.......))))).|....,,,.,}|||{.||{|,,,,,,,}}})))))|,,.,{{,...,.}})))}}}(((((((.((((((((((.........)))},..((({..((((.(((((...((({,((((........))))}.....{(((((.......)))))}..{(((......)))).))))..}))))...)))).}}},...{((((.,............))))}.....((((((((((((...{{{........}}},....((((((((.((.(((((,....{((((((.......))))))))))))..,.(((((((..(((.((((((((,.,({({..,,.((((((.(((((......)))))))))))......{{({...}}}).},......)))))))).))).))))))).,........(({{{.,,,{.(((.,,..}},.,,..},.))))),,..)).))))))))...................)).)))))))))).......,)))))))))))))..)))}..,..)))}})}}}},}},,.,(((((..{{{..((((,,,,((({,((((((((((.{({.(((((..((((((((((((.(((((..({{....})).))))).)))))))).).)))...))))).|||,||}...||,,,,,.(((...,,..}}}.{(((((((((.....|,,,|,||{((((((((({(,({.,(.{{,({{{|,||{||.,,)))))..}}}}).,,.,..}}......}}))))}}),))}}}|.||,.,,,,.)}}}}))}|{|{||..}))})))))})))))))))..))),)))}}|}|||||((({{|({{(,,...))))}||{.{{,,....||,.}}|{{{({((({({({{({...,}}}))))))),.,,))))||})))}|||||,||}}}}}{(((.((((.({...)})))))))}..)))))))}))}},,})))))..)))))}}.,||,|{{{{|,,,.{(((,,...}}}}.,.}}})}))}))))))))){(((((...((((....))))..}|}}}}})),)})),)}))))})}|)))))}}}{((.((((....)))).))}.,..}))))))))).)))))).,)))((((((({.{({{{........}}|||,||||,}}.{{{(((({{{{((.{((,,(((({(((,.......,,,..,,..,..}}},......,,||||||}|{||,....,.,..}}}}}))},,,,}}}},},|,}||},,|}}}}}.}})))})}}}}}|..,}|||,.,}}}},,,,.))))}}}}.,,.|{{||{,..{|,|,..(((({{((((({||{||{.|,|||}}}}))||{{{{,{{{,,{((((......))))}.(((((((((((((((((((.{({.....(((((((....)))))))...((.(((((((((.(.(..(((((((((.....)))...)))))).....).).))))))))).)))))...)))).)))))))).)))))))...,,.(((((((((((..(((.,...(((((....{(((((((((((....(({{,...,}}},,)))||,.,,,...{{{|,...,})))}((((......)))).))))))}.{((((((((,.,(((((...(((((.(,.((,,((((.(((.((.(((((...,.((((.{,(((((.((((,,({..{,,{{,|}..|}||,{,{(((.(((((((((({({,((((((......})))))|{{||||...}))))))||||||||....(((.{{{,{{{.|{|{(({{{...{{((,,(((.{{{||,,}....((((((((...((((...))))..))))))))...))))}.)))..))))..))))))}},}).))}})).))).,....((((((...,{{.((((({((....|||||||{({,{{,..{({,,,,,,,....((((........))))((((.(((...(((((((((..((({((((((((,.,{{....,..}.,.))))))))}))(((((.({.((((.{{.((({.......,)))).)).,)))}.,.}).))))))))))))))..))).))))(((((......(((((.((....)).))))),...)))))..,,,,}||((({({,((({.{((,((((({(((({,({{((,(((,,,,|}}}|||||||||.,||||.,.}}))).}})),}})))),((((((........)))))))),))}})))))}}....,,(((((((((((((....)))))))..)))))).,,,|{{{|||,||...,.(((((((((((.((((.{{..(((,{{,,}|{|((({{|.||}{|{{{{.,}||{|||||{...,,,}.})))}}}}},},)}}),.)))).)))))))))))}.,)),),)))))})))))))).)))))))).(((((((....(((.((((((...)))))).)))...)))))))....,|||,|{||...,,.))})))).))))),.)))).,..))))))).))).)))}..,))),.,)))))...)))))))))))})))}....((((..........))))...))))))))..)))))))))))}||||}}},}((((((((.((((.((((.(((...,....,||.....},,..(((((((((.(((((......)))))}))))))))..(((((.((((((((((.((..(((({.((((,....}))}))))),,..,.)).))))..)))))).)))))..))).)))).)))).)))))))).,|)}||,,,,|((({(((|{.{{(,((.{(({{{,,.{(((((......))))))|((((((|...,)))))))))))).)))))}})))))}|||((({(..,,))))}}}}|}))),},}||,}}}}))}}((({...})))...}))))))..))))).....)}}}})}},,.}}||}}}},,..,,..,,,.
Back