Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_013345.4
Sequence Length
3654 nt
GC Content
0.5887
AGCUAGGACUGCAGGGAGGGGUGCGAGGCUAGCCACGCAGGCGGGGCCCUGGGUCAUUUUAAACUCUCAGAGUGAACGUCUUGAUAGGACCGACAAGACGCAUGACAUGUACUUAGAAAGCUUAUCUUAGAGCCACACUGAGAUUGGAACCCGCAAAAUAUGCCAGGGAGGAAGGUGAGCAAGGGACACGACACUCACCCGGAGAAACCCAGCAAGCGCAGCGAGGCUGUGGGGAGACCGGAGCCCUGCACACCGCCGGGGGAAGGUGGGCCAGCGCCACCACCGUGGAGAACAGCGCGGAGGCACCCCACGAGAUGAGACGGAACUGCCGUGAGAUCCAGCAAUGCCAACUGUGGGUCUGACCCAGGAGAACGGAAAGCAGGGACGUGAACAGCCCUCCUCAUGUUCUUGACACCGUCAUUCUCAGCAGCUCAGCUAAGGCACAGAGGCAGCCGAGCGUCUGUCAGCGGAGUCGUGGCUGAGCAGAACACGCCACACGCCACACGCCACACGCCACACGUGCAGGAUUGCUCAAGAUGGAAGGGCACAGUGGAAUAUAUAUAUAUAUUUAUAUUUUUGGCGAGACCCUGGAGGACACACUGAAUACAAUGGAAUACCAUCCCGCCUUUGAAAGGAAGGGAAAUCCUGGCACACGCUGCAACAGGAGGGAGCUUGAGGACACUGUGGUGAGUGGAGCACGUGAGACACGGAAGGACACACGCUGAAGACACGCAGAGAUGCCCACCCACGUGGGGAGGUGACAGGGGAGCCCAGCGCACAGAGACAAAGUGGAAUGGAGGCCUGGGGGCUGGGAGCAAAUGCGGAGCGAGUGCUUCCUGGGGCAGAGUCUCCGUUUGGGAAGAUGAGAAGGUUCUGCCGACGGAUGCUGGCGAUGGUUGCAGAAGAAUGUGAAUGUGCCCAAUGCUACUGAAAAACGGUUACAAUGGAAACGCCACCCCAGUGACCACCACUGCCCCGUGGGCCUCCCUGGGCCUCUCCGCCAAGACCUGCAACAACGUGUCCUUCGAAGAGAGCAGGAUAGUCCUGGUCGUGGUGUACAGCGCGGUGUGCACGCUGGGGGUGCCGGCCAACUGCCUGACUGCGUGGCUGGCGCUGCUGCAGGUACUGCAGGGCAACGUGCUGGCCGUCUACCUGCUCUGCCUGGCACUCUGCGAGCUGCUGUACACAGGCACGCUGCCACUCUGGGUCAUCUAUAUCCGCAACCAGCACCGCUGGACCCUAGGCCUGCUGGCCUGCAAGGUGACCGCCUACAUCUUCUUCUGCAACAUCUACGUCAGCAUCCUCUUCCUGUGCUGCAUCUCCUGCGACCGCUUCGUGGCCGUGGUGUACGCGCUGGAGAGUCGGGGCCGCCGCCGCCGGAGGACCGCCAUCCUCAUCUCCGCCUGCAUCUUCAUCCUCGUCGGGAUCGUUCACUACCCGGUGUUCCAGACGGAAGACAAGGAGACCUGCUUUGACAUGCUGCAGAUGGACAGCAGGAUUGCCGGGUACUACUACGCCAGGUUCACCGUUGGCUUUGCCAUCCCUCUCUCCAUCAUCGCCUUCACCAACCACCGGAUUUUCAGGAGCAUCAAGCAGAGCAUGGGCUUAAGCGCUGCCCAGAAGGCCAAGGUGAAGCACUCGGCCAUCGCGGUGGUUGUCAUCUUCCUAGUCUGCUUCGCCCCGUACCACCUGGUUCUCCUCGUCAAAGCCGCUGCCUUUUCCUACUACAGAGGAGACAGGAACGCCAUGUGCGGCUUGGAGGAAAGGCUGUACACAGCCUCUGUGGUGUUUCUGUGCCUGUCCACGGUGAACGGCGUGGCUGACCCCAUUAUCUACGUGCUGGCCACGGACCAUUCCCGCCAAGAAGUGUCCAGAAUCCAUAAGGGGUGGAAAGAGUGGUCCAUGAAGACAGACGUCACCAGGCUCACCCACAGCAGGGACACCGAGGAGCUGCAGUCGCCCGUGGCCCUUGCAGACCACUACACCUUCUCCAGGCCCGUGCACCCACCAGGGUCACCAUGCCCUGCAAAGAGGCUGAUUGAGGAGUCCUGCUGAGCCCACUGUGUGGCAGGGGGAUGGCAGGUUGGGGGUCCUGGGGCCAGCAAUGUGGUUCCUGUGCACUGAGCCCACCAGCCACAGUGCCCAUGUCCCCUCUGGAAGACAAACUACCAAUUUCUCGUUCCUGAAGCCACUCCCUCCGUGACCACUGGCCCCAGGCUUUCCCACAUGGAAGGUGGCUGCAUGCCAAGGGGAGGAGCGACACCUCCAGGCUUCCGGGAGCCCAGAGAGCAUGUGGCAGGCAGUGGGGCCUCUUCAUCAGCAGCCUGCCUGGCUGGCUCCCUUGGCUGUGGGCAGGUAGCACGCCUGCUGGCAGAGGUACCUGGUGGCUGCCCUGUUCGCAUCAGUGGCGAUGACUUUAUUUGCGGAGCAUUUCUGCAAGCGUUGCCUGGAUGCGGUGGUGCAUUGUGGGCCCUCUGGGCUCCUGCCUCAGAAUGUCAGUGAGCACCAUGCUGGAGGUCACCCAGCACUGUGGCAGCGCCCAGGAGGGCAUAGGGCAGCCUACCACCUCCAAGGGGGCAGGCGCCCUCAUCUGGGGUUGGGUCUGUGCUGAGCUGGAGGGCCUCUAGGGAACCGUGGGGCAGGGUGGCCAGCUGCUGGCUCCCAGAGCGCAGCCCAGGCGUCCUCAACGGGGAGCCCCAAAUGUCCACGCCCAGAACAACAGUUGGCAGGACAGGUGUGACACAGCCACAGCAGAGGCAAGGGGUGCCAGGAGUCCCCAGCGGCAUCCUCGGGGAGAUGCUGGUGAGGGGUCCGUACAGGGUGGGGUCCCCACCCCUAGCCCCUUACUGAGGGGGGAGUGCAGCAGUUGGCCUGCUUGUCUGGCGGAGAAAGCCAGCUCCCUGCACCCUCGGGGCUGAGUCAGAUCUGGGUCUGCCGCAAAGGCCUUGCCUAGACCAGGUCACACUGAUGCCCUGGUUUCCCUAUCUGUAAAAUGGGGCCAAUGACACCUACCUCACUGGGUCACCAUCGAGAUCAAUCCUCCUCCCUGCCCCGACACCUCGGGCACAUCGCAUGCACUCAGAGCACAGAGCCGGGCAGACGCAGCACCUGCAUGGGGAGCCCAGUGCCCGGCACAGCACAGGGGCUUCCAGGGAGGCCGCGCAGGGCCGUGGGGCUGAGCCACGCUCUCGUUUUGUCAGGCAGCUAUGCAGUUGCUCUUCCUUGUUUUUGUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUAAUAUUUAUUUUUUUAGAGACAGGGCCUUGCUCUGUUGCCUGGGCUGGAGAACAGUGGCACCAUCAUAGCUCACUGCAGCCUCAAACUCCUGGGCUCAAGCGAUCCUCCCCGCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGGUGUGCACCACCACACCCAGCCAAAACAGCCAUCCUCCCCUUGAGAGUCAUCAGAAAAAUACAUUAGGAAAAUGUGUUUAGAAAUAAAAGCACAAGGCAGGGCAGUGCUCACGCCUGUCAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGACGGGAGGAUCAGUUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUCGGCAACAUGGCAAAAUCUUGUCUCUUUUUUUUGGUAUUAAAAAAAUCAUAAAAAUAAAAGAAAUAAUGCAAUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1554.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1615.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 711.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((((((((((..((..(((.((.(((((((((...((((...(((((..((((((.(((..(((((((..........)))))))...................((((......))))))).)))))))))))))))(((.....))).((((((((.((((.(((.(((...((...(((.((((.((...((..((.......))..)))).)))))))..))...)))))).))))..((((((..(((((.......))))).(((((........))))).....)))).)).((((..((((.....)))).(((((((.((........)))))))))((((((((((.((((....(((((((((((..........)))))))))))...))))....(((..(((((((((..(((((((((.((......)).)))))((((((.((.(((((((.......)).))))))).))...((((.((.((((...(.(((((.(((((...((((((((((....((.(((.(((((........))))).))).))....)))).((((...(((((.......(((....)))((((.((((...))))..))))...((((.((((.(((.......(((((.((.((.((.(((((((((..((((.((.((((...))))........(((.(((........))).).))(((((....)))))..((((.((.((((((((((.(((((((((((.......((((((((.(((((((.(((((((..(((...)))..))))))).((((((((........((((((((((((.((....((((((..(((((((((((...((((((((((((.(((...(.(((((.((..((((.....))))..)).)))..(((((((.((((.(((.....((((((((.(((...))))))).((((.((....(((.((......)).)))...)).)))).))))....)))))))..))))))).(((((.(.....).)))))((((((.((((....((((((..(((((((((.(((.(((..((((((..(((((...(((.......)))...)))))..)))))))))...))).)))))).)))..)))))).)))).)))))).((((((((..........(((((...)))))....((((((....))))))..)))))))))))..))).)))))))))))).....))))))))))).....((.((((..((((((((.(((((....((((...(((((...(((.(((((((..((((..((.((((.(((.(((((((.(((((....((((.(((((.....(((((....)))))......((.((..((.((((....)))).))..))))....((........))))))).))))....))))).)).(((((....))).)).))))).))).))))...))..)))).)))))))....)))...))))).)))))))..)).)))))).))..)))).))..(((((.........)))))((.((((..((((...)))).)))).)).)))))))).)))))))))))))))))))))))))((((..(((..((((((......(((((((..(((((((((.......)))))).)))..........))))))))))))).)))..)))).))))))))))..)))))))))))))).(((((........)))))...............(((((((((((..((((((((((((((.....(((.........)))....)))))...))))))))).....(((....))).(((((.((.((((..((((((...(((.((.((.......)))).))).))))))............((((((..(((((.((((.......((((......))))))))..).))))....)))))).(((((((..(((.((((...)))))))..))))))).)))))).)))))))))))).))))))))))).))))))..))))))..))))))))))))).)).)))))(((.((.....)).)))....(((((((((((((((...((.((((((......((((...))))......)))))).))((((.....))))...(((((.......))))).))))).)))))))...)))))).)))).)))))))))...)))))))))))))))))))))))))))((((((((((((((.(((((((.....))))))).))))((((....(((((((((((((((((((((...(((((((.((.....((((((.....)))))))))))))))..))))))).............(((((((((((..(((((.(((..(((..((((.(.(((...))).).))))...)))))).))))).))))).))))))))))))))))).))))))))))))))))).))))(((......))))))).))))..))))))))))))((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((.....(((.(((..((.((......(((....)))...(((((..(((...(((....)))))).)))))(.((((.......)))).).)).))..))).)))..(((.((((((.(((((((((...)).))))))).)).))))))).....(((((((...))))))).....(((((...))))))))))).)))))))))))).....(.(((((.......)))))).)))))).))).)((((((.(((..(((((((.((((..((((.....)))).)))))))))))..))).).))))))).)))))))..........))))))............))).)))))))..))))((......)).))))))))))))))...)))))))).....)).))))))((((((..(((((..(((.....((((.(((((...((((((((.((((........))))..)))))))).....((((......))))))))))))).)))..))))).))))))...(((((((....)))))))))))))))).(((.((((((((((((.....(((((((((((.........((((((((((..(((((.(((((((.(((((((....(((((((.........)).)))))....(((((((((((((.(((((..(((((((((..(((.(((((((((((.(((((((..(((((((((.(.(((....(((.(((..........((((...........((....))..........))))...(((((((........))))))).))).)))..))).))))))))))..))))))))).))))))))).)))..)))))))))..))))).))))))))))))).))))))).))))))).)))))..)))))))))).......)))))))))))....)))))))))))).))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(({((....,((.(((((((,(,,.((((.(((((((((((((((((((.(((({.,{{,,..((((((.(((..(((((((..........))))))),,,....,,..........((((......))))))).))))))}}|},,.,},,,......(((..(((((((((((.(((((((.((((...{{{....{|,}....|,.((....(((((...(((((((((((.((((.,(({.((,,...,,.}))|{..(((.(((({,((((..(((((((((.,.,,(((((((((((((.,..{,({,..,{{((..,{,}}||.{{{{{{,.{{.,,,,...}}||||}}}.}}.,||(({,((((....(((((((((((..........)))))))))))...))))..})))},||,}|}},||,..||},.{((((((((.,.({((((.(((((({.((((((((((.((.......))},},.))))).{.((((.(((((((.(((,.....{,((({,{.....((((,...((.(((.(((((........))))).))).))....))))..,{......}}.......,(((....)))|(((.((((...,)))..))),..((((((({.....}))..))))).,}},)}}}}}.,)))))))))).)))).,..((((...))))....))).,.)))))))))).,{{{....}}|(({(,,..}}))),.||((((((((((((({((..............((((.((((.(((..(.((((((((((,....((((.,((((((((((((((((((((((((((((((....))))).),,))))))))),,.(((((((((((,,.((((((((((((,(((...((..(((.((..((((.....))))..)).)))..}}{{..((((((((..((,{(((((.{.{{((((({....)))))}...(((((.((((.,.....,{.(((((({(.....)}}.)))))})).,.)))).))))),}}.}.))))))))..)))))))){{||{(((,,..((({{{..{||||||||,|||,,{{{{((((((..(((((...(((,{....,)))...)))))..)))))}})),..))).)))})).)))..)})))).}.})))......((((((((..........(((((...)))))....((((((....))))))..)))))))).,.,,))).)))))))))))).....)))))))))))||,,,((.((((,.{{((((((.(((((....((((...(((((...(((.(((((((..((((..((.((((.(((.(((((((.(((((..,.((((.(((((.,,,{,{{{{.,,{||||,......{,.||,}|{.{{{{.,,,)))).)}.,))}}....((........))))))).)))).,..))))).)).(((({....})).)).))))).))).))))...))..}))}.)))))))....)))...))))).)))))))..},.)))))).}}..)))).))..(((((.........)))))},,,.)),.)).}))))))))).,,.)))){{{{,...,)))),))))))))).)...))))))).))))))))))))))).))))..}))))))))))|((((......,)))),{,{{{...{{..((((((((((.......))))))))))..))})))))))))))))))))).),)))))))))...))))))))).)))}}.......,,||}|{|}}((.((((((((((((((.....{{(.........}}}....)))))...))))))))).))..{{|,,,,))}.)).))))).)))))))).((....)).....))))).,).)).)))).))))))).......,.)))))))))).)))..(((.((((....)))))))...(((((....)).)))})))).))).))))))),....,,.})))))))).((((((((((((((((((((({{.(((((((......))))))).}.,......)))).))))))....))))...))))))},{((,((,....,,.,,,..,|,||,||}}.|,|||}}},)))))),}}....}}|||,...}|||,,,,..||.|||||||((({,{,,|||...,(((((,{,,,,.}}}}}.(((((((((((((((.....((.((((.(.((((.((((,.{((((((((((,.(((((((({(((.((((((((((((((.(((((((.....))))))).))))((({...,((((((((((((((,((((((...(((((((.{{....,((((((,...,)))))))))))))))..))))))}.....,.......(((((((((((..(((((.(((..(({..((((.(.(({...})).).)))).,,))}))).))))).)))))}})))))))))))))))).))))))))))))))))).}}}{((({.....))))).{{.(((((((((((..((((((((((((((((((({.(((((((((.((((((((((((((((((...,.(((.(((.(((.((((....}))).)))|{,..(((((..(((...{((....)))))).))))),.||,|.....(((.,......)))..))).))),.(((.((({((.((((((({{,..,),))))))).)).))),))),,...(((((((...)))))))...,|(((((...))))))))))).)))))))))))).....{.(((((.......)))))}.)))))).))).}((((((.(((..((((({{{((((..((({.....}))).)))))))))))..))).).)))))))})))))))..........))))))..{(({.{{....,,..,))))},,,,..{{|.......))))}}}.{({(((((....))))))}........,..)))}.}))))))),))))))))..,,.))..))).)))))))))))).)))).).)))))).,..))))))))..))))))){((.((((|{((((.......)))))))))))).......}|||,,..)))})))))})))))}}}}.{((.((((((((((((..{{.(((((((((((.........((((((((((..(((((.(((((((.(((((((....(((((((.........)).)))))....(((((((((((((.(((((..(((((((((.,(((.(((((((((((.(((((((..(((((((((.,.(((....(((.(((...........,{{,...,{{{......,,,}.......,,,.,}},...{((((((........))))))}.))).)))..))).,)))))))))..)))))))))))}))))))).))).,)))))))))..))))).))))))))))))).))))))).))))))).)))))..)))))))))).......))))))))))),,..)))))))))))).))).,..,,.......
Back