Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014153.4
Sequence Length
3805 nt
GC Content
0.4124
GCUGCCGCCGCCGCUAACCGAGGGAGAGCUGCGAGCGAGCACCCAGGCCCCGCCGCCGCCGCCGCCACCGCUGCCCGCCUGCCGCCGCCCGCCUCCGCCUGCCUUCUGCCGCCGGCCGGCGCGUCGUCCCCACAGAUUGCUCAUUUAGAAAGUGGAUGUGUGGGAUAACAUGUCCAAUGUGUCCGAGGAGAGAAGAAAAAGGCAGCAGAACAUUAAGGAAGGACUGCAGUUUAUACAGUCACCGCUGUCAUAUCCAGGAACACAGGAGCAAUAUGCGGUAUAUUUGCGUGCUCUCGUGAGAAAUCUUUUUAAUGAAGGAAAUGACGUUUAUCGGGAACAUGAUUGGAACAACUCGAUAAGCCAGUACACGGAAGCCUUGAAUAUAGCUGAUUAUGCAAAAUCUGAAGAAAUUUUAAUCCCCAAAGAAAUAAUUGAAAAACUAUAUAUAAAUCGUAUUGCCUGCUAUUCUAAUAUGGGUUUCCAUGAUAAAGUUUUGGAGGACUGCAAUAUAGUCCUCAGUUUAAAUGCCAGUAACUGCAAAGCUCUGUAUCGGAAAUCUAAGGCUUUAAGUGAUUUAGGAAGAUACAAAAAGGCUUACGAUGCUGUAGCAAAGUGCUCCUUAGCAGUGCCUCAGGAUGAGCAUGUAAUAAAACUAACUCAAGAACUAGCUCAGAAAUUGGGAUUUAAAAUAAGAAAAGCGUAUGUCAGAGCUGAGCUCUCAUUAAAAUCAGUUCCUGGGGAUGGGGCUACCAAGGCUUUGAACCAUUCUGUGGAAGAUAUUGAGCCAGAUUUAUUAACUCCAAGGCAAGAAGCAGUUCCUGUUGUCUCUUUACCGGCACCCAGUUUUUCUCAUGAAGUUGGAAGUGAGCUGGCCUCAGUUCCUGUUAUGCCCUUAACUUCUAUUUUGCCACUACAAGUGGAAGAGAGCGCUCUGCCAUCUGCAGUGCUGGCAAAUGGAGGAAAGAUGCCCUUCACUAUGCCAGAAGCUUUUCUAGAUGAUGGAGAUAUGGUCCUUGGAGAUGAACUAGAUGACCUGCUUGAUUCUGCACCUGAAACUAAUGAAACUGUUAUGCCGUCAGCUUUAGUCAGAGGACCCCUUCAGACAGCCAGUGUCUCUCCUAGCAUGCCCUUUUCGGCAUCGCUGUUAGGAACCUUACCCAUUGGUGCGAGGUAUGCUCCUCCACCCUCCUUCUCAGAAUUUUAUCCACCUUUGACUUCAUCCUUAGAAGAUUUUUGUUCUUCUUUAAAUUCAUUUUCAAUGAGUGAAUCCAAACGAGAUCUGUCCACCUCAACUUCUAGAGAGGGAACACCGCUUAACAACAGUAAUUCUUCCCUUUUACUUAUGAAUGGACCAGGUAGUUUGUUUGCUUCAGAGAAUUUCCUGGGAAUUUCAAGUCAGCCUAGAAAUGACUUUGGAAACUUUUUUGGAAGUGCAGUUACCAAACCAUCUUCAUCAGUGACUCCAAGACAUCCCCUCGAAGGAACCCAUGAAUUGAGACAAGCUUGCCAGAUCUGUUUUGUAAAAUCAGGCCCUAAGUUAAUGGAUUUCACUUACCAUGCUAACAUAGAUCAUAAGUGUAAGAAAGAUAUUUUAAUCGGUAGGAUAAAGAAUGUUGAAGAUAAAUCAUGGAAAAAAAUACGUCCAAGACCAACAAAAACAAAUUAUGAAGGACCAUAUUAUAUAUGUAAAGAUGUUGCUGCUGAGGAGGAAUGUAGAUAUUCAGGCCACUGCACGUUUGCUUAUUGCCAAGAGGAGAUAGAUGUGUGGACACUGGAGCGGAAAGGAGCAUUCAGCCGGGAGGCUUUCUUUGGCGGCAAUGGAAAGAUUAACCUUACUGUGUUCAAACUUCUCCAGGAGCAUCUUGGGGAAUUUAUAUUCCUUUGUGAGAAAUGUUUUGAUCAUAAGCCUAGAAUGAUAAGUAAAAGAAAUAAAGAUAAUUCUACUGCUUGUUCUCACCCGGUUACAAAGCAUGAGUUUGAAGACAAUAAGUGCCUUGUCCACAUUUUGCGAGAGACAACAGUAAAAUACUCCAAAAUACGUUCUUUUCAUGGUCAGUGUCAGCUUGAUUUAUGUCGACAUGAAGUUCGGUAUGGCUGUUUAAGGGAAGAUGAGUGCUUUUAUGCCCAUAGUCUUGUGGAACUGAAAGUCUGGAUAAUGCAAAAUGAAACAGGUAUCUCACAUGAUGCUAUUGCUCAAGAGUCUAAACGAUAUUGGCAGAAUUUGGAAGCAAAUGUACCUGGAGCGCAGGUACUUGGUAAUCAAAUAAUGCCUGGAUUUCUUAAUAUGAAGAUAAAGUUUGUGUGCGCCCAGUGUCUGAGAAACGGUCAAGUCAUUGAACCAGACAAAAACAGAAAAUAUUGUAGUGCAAAAGCAAGGCAUUCGUGGACCAAAGACCGGCGUGCGAUGAGAGUGAUGUCUAUUGAACGUAAGAAGUGGAUGAACAUCCGUCCUCUCCCCACAAAGAAACAAAUGCCUUUACAGUUUGAUCUGUGCAACCAUAUUGCUUCUGGGAAAAAAUGUCAAUAUGUUGGAAACUGUUCCUUUGCUCAUAGUCCUGAGGAAAGAGAAGUUUGGACUUACAUGAAGGAGAAUGGGAUACAAGAUAUGGAGCAAUUUUACGAACUAUGGCUCAAGAGUCAAAAAAAUGAAAAAAGUGAAGACAUAGCCAGUCAGUCAAACAAGGAAAAUGGAAAACAAAUUCACAUGCCAACAGAUUAUGCUGAAGUUACAGUGGACUUUCACUGCUGGAUGUGUGGGAAAAACUGCAACAGUGAGAAGCAGUGGCAGGGCCACAUCUCCUCCGAGAAGCACAAAGAGAAGGUUUUCCACACCGAGGACGACCAGUACUGCUGGCAGCACCGCUUCCCAACAGGCUAUUUCAGUAUUUGUGAUAGGUAUAUGAAUGGCACCUGCCCAGAAGGAAACAGCUGUAAAUUUGCACAUGGAAAUGCCGAACUUCAUGAAUGGGAAGAAAGAAGAGAUGCCCUAAAGAUGAAGCUCAACAAAGCACGAAAAGAUCACUUAAUUGGCCCAAAUGAUAAUGACUUUGGAAAAUAUAGUUUUUUGUUUAAAGAUUUAAACUAAUAUGCUGGCUUUUAUGUAUGAUACCUAAUCAGAGCAUUGACCAGAAAAAUUGAAAGUGUUCUGAGGCACAUAGCAGAGGAGCUGCAGAUUUCCUGCUUGUAUUGGCGUAUAUCGUUCCUCCUGAGCAGCAACCCACAGUAGGUAGGAAAAUGGGCUGUUUCACAGGCCUGGCCACGCUCUCACGGAACCACUGGCAUCAGAUGGUGAAGUGACUGCUACCCGGUUGCCAUCUGUUGAACAGACUUUUGGAUGAAGUGUGUUGGGGAAGAGGAUAAGGUUAUAUCUAGGACAACUCUUUGAGUUGGUCCUUCAUAUAAGAAUCGUGACGGUAAGAGAAUAAACACUUGUACUGGGAUCAGAAUACAUGAUGGAUGAAAUUCUUUACAUGUUUUAGCAGAAUGAAUUUGUUUAAUAUAAUAAAGUUUGCUACUUAUCUGUAUGUAGGUUGCUAAAAAGGAUUUUCUUAACUCAGAUUUUAAGCCAAAUAACCAUUUAACACUAGUAUUUGUUAAAUGGGGUAUUUUUCUGUAUUUGUAUGUUUCACUAUAAUAAGGGAAUUAAGGAUAAUGUGCAUUGAGAAUAUUUUGAAAAAUAAUUGACUCAAAUUUUAUUUCUUGGUCUUUUGCUGUUUAAAUGAUGAUUUUGAAAGAUUAAACCUGUACUGUUGGUAUUGUGUUAGUGUAUGGACCAAUACUGCCUGUAAUAAAGAUUUUAUAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1014.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1092.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 860.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((.(((..((...))..))).))).))).)))..(((((...((.((....)).))....((.(((.(((.((.((.((..((....))..)).....)).)).))).)))))(((((..((..(((((.(((((........(((((((((......))))))))).(((((((..(((...........((((((..........((...(((((.........))))).))))))))...))).)).)))))((((((...(((((.....))))))))))).))))).)))))..........))..)))))((((((((((................))))))))))(((((((.((...(((((..(((((.(((.((((((((...........(((((((.............)))))))..........((((((((..((((............(((((((((...(((.(((((((((((((((.....))))))))((((...........)))).))))))).)))...)))))))))))))..))..))))))((((((((((.....((((((.(((.(((.((..(((...(((((((((..((((((((((((((((((((.........(((((...((.....))...)))))..........(((((((((((((.((((((...((((((............(((..(((((((((((.....)))).....)))))))..)))((..((((((((((.((((((...(((((.((.....)).....(((.((((........))))..)))..((((....))))))))))))))))))).))))))..))((((......))))..........(((((...)))))..)))))))))))).)))..))....((((((..((((((........))))))...))))))..)))))))).((.((.((((....(((((((.....(((.(((((((((..((.((((........................)))).)).))))..))))))))))))))).....(((((.....))))).((((((((((((......))))....))))))))............((((.((((......)))))))))))).))))(((((((((((((((((...((((.(((((((((((.......))))))....((((((((.....)))))))).(((((((((((((((((..(((.......(((((((((....(((.......))).....))))))))).....))).)))).)))))..)))))))).((((((((((((((.((..(((((.((.....)).)))))..))..))))).))))))))).((((((((((...(((((((...((((((..(((.........(((...)))...........(((((...((..(((((.(((((............(((((.(((((....)))))..((((((.((((........((((((.(((......((((((((.(((.....)))..)))))))).........((.((((..........)))).)).........)))..)))))).....(((((...))))).......(((((((((.(((((((((...(((((....((((.((((............(((((.(((.(((.....((((((((((((....(((((((((....((((....)))).(((((.((((.((((....(((...(((((.(((.(((((((((((((((((...)))))))))..(((((......)))))...((((((((......((((......((((((((..((((.((....)).))))..)))))))).......)))).)))))))).)))))))).))).)))).)....)))..)))))))).)))))....((((...)))).........)))))))))....))))))))(((((.((((.......(((((((((((((((((((((((..((((((.((.(((((.......((((..((((((...(((((....((((..................((((((......))))))(((((((..((((((((((.(((((((((...(((((((((((..(((((((.....)))))))..((((.........))))......((((......)))).....(((((.((.(..(((((.((((.......)).)).)))))..))).))))).(((((....((((((((((....)))(((((((.((((........)).((((.((((.(((......))))))).))))....((.(((((......))))).))............)).))))))))))))))....))))).........)))))))))))......)))))))))...........(((((((.((((......)))).)))).))))))))))))).(((........)))..............)))))))........(((((..(((....(((......)))......)))...))))))))))))))...))))))...))))...............((((.(((....((((.........((((.(((((((((((...(((((((......)))).)))......)))))))).))).)))).((((....)))))))).........((((.(((.......))).))))....))).))))))))))))))))).....(((((((..(((((((...)))))))..))))))).(((.......)))))))))))(((....)))........)))))))))))))))...(((...............)))...)))).)))))........)))).....))).)))..)))))(((((..........))))).......(((.....((((((....))))))......)))(((((((.((((((...((...((((((((((...(((.....)))..))))))))))))..))).))).)))))))((((.....)))).)))).))))..)))))))))))))).)))))))))....)))))))))).....))))).....))))).)))))...))))))).)))..))))))....)))))))...)))))))).)).(((.......)))...((((.(((((.....))))).))))))))).))))..)))))(((((..((((((((((...))))).)))))..)))))..........(((((.(((........))).)))))..((((.......)))))))))))))))))))))))...(((((((......((((.....)))).....))))))))))))))...)).)))))))))...))))....)))..)))))))).))))))......((((((((((........)))))))))).))))))))))...))))))))..)))))))).))))).......((((((.((...(((((...(((.........)))...))))))).)))))).((((((((((...(((........)))...)))))))))).)))))))))..(((((((.(((........)))))))))))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{((((((((.(({..{,,,{|},{}||.|||.|||.||,..(((((...((.((.{{.|,.}}....}}.}|..}}}}},.}}}|}.}||,...|}},,},,,..)}.),,))),))))}{({((,{(({{(,(({.{(({{,.....,,|||||{|||,}}...}}||}}}},.|{{{(((..{{{...........((((((..........((...(((((.,.......))))).}}}))|||,,.|||.}},.|||,((((({..,(((((.....))))))))))).)))}|..,|||{{,....},,))}.}))))((((((((((..,,....,,......))))))))))(((((((.((...((((,..(((((.(((.((((((({..,.,..,...,{{{,,,..............}}},...........,{(((((((..((((............(((((((((..,(((.(((((((((((((((.....)))))))),((,.......,,,.,,)),))))))).}}),,,)))))))))))))..))..)))))}|(((((((((.....((((((.(((.(((.((.,(((,.,({{((((((..((((((((((((((((((((.........{{{{{...,{..,,,||...}))))..........(((((((({,(((.((((((...((((((.......,,..{(((..((((((({{({.....}))}.....)))))))..)))||,.((((((((((.((((((...((({{{{{{{({{({({...|}}}|||{},,,..,,||},.,|||,,{{{{....)))}))))})))))))))),,))))),,},((((......)))),,,,,..,,.{((({.,,))))),,)))))))))))).))}.,}}....((((((..((((((........)))))).,.))))))..)))))))).((.((.((((....(((((((.....(({,(((({((((..((.{(((....|,...........,}.....)))).)).))))..)))))))}))))))).....(((((.....))))).((((((((((((......)))),...))))))))............((((.((((......)))))))))))).))))(((((((((((({(({,...((((,((({,((((((.......))))))....((((((((.....)))))))).((((((({(((((((((..(((.......(((((((((....(((.......))).....))))))))).....))).))))}}))))..}))))))){{{(((((({{((((.((,.(((((.((.....}}.)))))..))..))))}.}))))}}))}}}((((((((...(((((((...((((((..(((......,,,,,,....)),..........(((({..,((.,(((((.(((((...{..,,,.,,(((((.,,,{,....|,|||..((((((.((((.,,,,...,{,{{{,|||......{(((((((.(((.....)))..}))))))}.........{{.((((..........)))).}}.........,,,..,}|}},.....{{{{{...,}})).......(((((((((.(((((((((...(((((..,.((((.{((((((((((({.{{.,,..,},}}).)))))))))}((((((((,.{,(((((((((....((((....)))).(((((.((((.,,((({,,{....,,((((.(((.(((((((((((((((((...))))))))}.,{((((......}}})},..((((((((....,,((((..{...((((((((..((((.{,....,}.))))..)))))))).,.....))))})))))))),)))))))).))).)))),..,,,.)))}..,,)))).)))))....{(({...}))).........))))))))).,}.))))))))(((((.((({.......(((((((((((((((((((((((..((((((.((.(((((....((((((({,(((((((...((.....{((,....,,,.....,....,,((((((......))))))..|,,|||.((((((((((.{{{{{((((..{(((((,{(({{..(((((((.....))))))),}{||..}}}}}}..))))....,,(({{.....,})}}.....{((((.((.(..(((((.((({.......))|}).)))))..))).))))}.(((((..,.((((((,{((....))}(((((((.((((........,,.((((.(((({(((......))))))).))))..{.{(.(((((......))))).))..}},,.......,.}))))))})))))).,..))))).{{,.,|,,|}}}}}}},,,......})}))))))}}}}....,..{((((((.((((......)))).)))).))})))))))))).||},..,,}...}))..)))))))))))).))).,,,,......,.(((((....}}}|}......,}}.....{||....),,.(((((.((((,......{(...,(((({..,...}}}.},|,||..(((.....,}))........((((.(({((((((((...(((((((......)))),,))......)))))))).))).)))).((((....)))).,,..........{{||,|||.......))).}))).}.))))))))))))))))))))))..{{{(((((((..(((((({...}))))))..))))))).|||}.{,....))))))))))||,...,|,|....,.,,)))))))))))))))...(((...............)))...}))).)))))..{{,{{(((.(({,.,,|{,||...||,..(((((..........)))))..,|,..|||,,}|,((((({....}))))).....{((.(((((({.((((((.,.((,..{(((((((((...{{,.....,}}..)))))))))))).,)))}})).}))))))))}|.}})}.)))))))..)))).})))))))))))))).)))))))))....}))))))))).....)))))},},,))))).))))).}.))))))).)))..))))))....)))))))...))))))))..},|||...,,.|||}..,{(((.(((((.....))))).)))}))))).)))).,})))|(((((..((((((((((...))))),}))))..)))))}..,,,,,,.(((({.(((........))).)))))..||{{.....,,})})))))))))))))})))))),..(((((((.....,((((,....,,))},,,.))))))))))))))...)).))))))))),..))}),,,,)))..}})))))).))))))......((((((((((........)))))))))).)))))))))},..))))))))..)))))))).},))),...,,,{{{,{{|{,...(((((..,({({,...,,},}}}...))))),...}}))))||((((((((,..(((........)))...))))))))},.)))))))))..(((((((.(((........)))))))))))))}},.,........,,,,.....
Back