Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014231.5
Sequence Length
2736 nt
GC Content
0.5183
AGUAAGUUCCAGCGCAGCUAGACCGCGGGGUAGUCGGCGCGAGGCGGAGCUUGGCAGUUCCGUCCACUUCAGCCGCAGCGUCCCUCACCGGGUGUCUCGCCGCAGCCUCCGGAGAGGAACAGACCCUCACUCUCUCUGUCAGAAAAAUGUCUGCUCCAGCUCAGCCACCUGCUGAAGGGACAGAAGGGACUGCCCCAGGUGGGGGUCCCCCUGGCCCUCCUCCUAACAUGACCAGUAACAGACGACUACAGCAAACCCAGGCACAAGUGGAGGAGGUGGUGGACAUCAUACGUGUGAACGUGGACAAGGUCCUGGAGAGGGACCAGAAGCUGUCAGAGCUGGAUGACCGAGCUGAUGCCUUGCAGGCAGGAGCAUCACAAUUUGAGAGCAGUGCUGCCAAGCUAAAGAGGAAGUAUUGGUGGAAAAACUGCAAGAUGAUGAUCAUGCUGGGAGCCAUCUGUGCCAUCAUCGUGGUAGUUAUUGUAAUCUACUUUUUUACUUGAGAAUGUACCACCCCUUCCCUGUUGUCCAUUGCCAUCCACAUUCAUGUCCUCUGCCCUCUGUUUGCUCUCUCAACACACUUCCCCACCCACCGUCCUCCAUUCCAGCCCAGGCUUCUCCAUCACCCAUUCCUCCUUUUUCGUUGCGUUCAUUUGCACUCUGUCCCUCAACACUAGAAAUGCUGCUCGUGGCACAAUCUAAGUCAUUACCCGAAGAGCAACAGCUGGCGCCUCCUCCCUGCCUGCUUUUUCUGUACUCUCAAGUUCCCCCAAAGCCCCAAAGAGUUGGAGGCCAAGGGAAGGGGCAGGGAGGGGAGUGGCUGAGGCGAAGUACCCAUGAAGCUGCCCAGACUUGGGAGGAGAAGAGUAUCGGUGCCCAUGGUGACUUCUAGAAAACCUGGCCACUGGUAGGAGCUAGGGAGGGGCUGGGAAGAUGGCAGCUCACUCAGUACUGCCUGGUCAUGUGGAGCUUUCCUUCCUGGACCAGGCCUGAAGAGGGUCCUGGGGGUGGACCAAAGUCCAACUUGGUUUCAGUGCAGUACCCUUUUCGAAAGUAAAAACUUGUUUUUUGUAGUUAUUUCUAAUCUGUUCGUCCAGGAUUUUCCGUGUCUUUGGGGAUCUUACAACUUUACUUUGUUCUCCAGAGGCCUGGAGAACACUUAGGGAUUGUGAAAAUAGCAGGACUUGUUUCCAUCCUAGAAGCAGUCCCAUGUGCUUCUAGCUGGAAGGAGCUUUCUCUUCUUUACAUUUUCUACAGCAUUCUGUAUGAGGGCACCAAAUAAAUCCAUCUAGCUGGUAGUUUUAUCUAGCCAAAUAAUUUAACCUAGCUCCCAGUUAAUUGUUGGCAUAAAGAGAGAGAUUGCCUGUUAGUUAUAGAGAAACAGUGAGUCAAGUGCUUAAUUUGAAAGUAACAAGCUCAGAGGAAGCCACUCCUUGCCCUCGUUAAAGAGGGUCCUGUUCCUCUCUUCCUGUUGAUGAAGGAGCGUGAGGGUGUUAGCAGUGUGAGAUCUUUGGACACCCAUGGAAUCCUUUCCUCCACACCACCCGUGCACUUGCCAAAGACAGGGAUGAGGCAAGUGGUUCUUCCUGGGGCCCGGCCGAUCCUCAGGAUGCAGAGAAGUCAUGUAGACCCACCAGCCCCACCUUGGGGGGAGGCGUGCCAGCCUGUGUCAGGUGUGCUUGUGUAUUGCUGUGCUGUCAUGGGGCCCUCUCCUUGAGAGCCGCCUCUCUGUUCUUCCUGUAGUAUAUUCCCCUUUGAACCACCCUUUCCUGUCUGAAUUCUACUUUGCCUCCUUUCUCUUCCUCCUCUUUGCAUGGUUUGUGUGUAUAGACAGUGGAACCUGAGGAUGGGAUCUGCUCAGCCUAUCUUCGGGGCAAUUGCUGAGCUUCAGGAUGGGCUAUUAAUGUGGGAUAAGCCCAGGUGCAAGGGGAGGAGGGCAGGCUGGGAACAGAGCGGAGAAUGCCCAUGGCCCUUUAUUCCUUCUUCCCUCGGUCCACGAACAGGAAGAGGCUGAGGCCAUGCUGGGCAGGGUCUGGAUGCCCACUUUCCAUGCAGCAGCAUUUCAUUGCUCAAAACCAUCCUUCCUUUCCUUUCGCCCUUGUUUCCCACAUUCCCUUCGUCCUGCCCAAGGGCGGGACUGAAGAGCUGGAAGAAAGCAGUCAGUACCCUCCCAACGGCCCCCCUCGAAGGUCUCCACUCUCCUCUGGGCUCCUCCUUGCCUAAUGCAGGGGGUCACCGCUGGAGAAGAACCACCACUGUCCUCGAUGUGUCCCAAGCCUGGAGCGAAUCCGUCCUCUUGGCUCUCCCAGCCCUAUCACAGGAAUCAUUCCUGGGUUUCUGUCCCUCUGAGGCUCACCAGGUGUAGUUGGCCUUGUUCUUUGGGGGUAUUAGCCCUUCUACUUUCUUUCUCACCCACCCUGUACCCUCUUCUGUGUGUCUCUGCUAUCCCCCUUUCCUCCCACCACCCAUGUGCAUGAGCAAAUGUGCAACAAAACCCUGGGACUUUGCAGUCAAAUGAAGCUGAGCUUCCCACAUCCCGUUCUUCGGUUUGCCAUGAGACGAUGUGGGGUUUCCACUGUGUGUCUGUCAUCACCUCUUUGUCUUUUUUUCCUAACCCUGAUCUCAUACUUGUAUAGAGUAAUAACAACAGUUGUACUUCCACCAAAGGCAUGUGGCAUAUUUACCAAUGUCAUGUAUUCUGAACAAAGGCAAAAAAUACAAAUUCCUACCAUUAAA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-938.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -992.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 724.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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