Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014284.3
Sequence Length
3698 nt
GC Content
0.6230
AGUGGGCAACGCGGCGUGAGCAGCGGCCCGAGGCUCCCGGAGCAUCGCGCUGGGAGAAGACUUCGCCGCUCGGGGCCGCAGCCUGGUGAGCUCAGCCCCCUUCGGGCCCUCCCCUGCAUCCCAGCCGGGGCCUCUCCGAGCCGGCGCUGAUCGAUGCCGACACACCCCGGGGACCCUAUCGCGACUCCAUCGCGCCAUAUCGCGACACCAUCGUGCCCUGUCGAGACUCCAUUUUGUCACAGCCCUUUUCAAUAUAUAUCUUUUUUUUUUUUAAUUUGCCCUGUCAUCUUUGGGGGCUGUCUCCCAUGUCGUGAUUUUGACGUGAUCUCUCCGUGACAUCACCGCGCCAUCGUGAAGUGUGAUCUCAUCGCCGCCCUGUCGUGACUUCAUCAAUGUCGUGUUGUGACCUGGCUGCGGCGGGACAGUUGGGCAAGGCGAGCAUCAUGGCCUCGGAUUGCGAGCCAGCUCUGAACCAGGCAGAGGGCCGAAACCCCACCCUGGAGCGCUACCUGGGAGCCCUCCGUGAGGCCAAGAAUGACAGCGAGCAGUUUGCAGCCCUGCUGCUAGUGACCAAGGCAGUCAAAGCAGGUGACAUAGAUGCCAAAACUCGGCGGCGGAUCUUCGAUGCUGUCGGCUUCACCUUCCCCAAUCGUCUCCUGACCACCAAGGAGGCGCCGGAUGGCUGCCCUGACCAUGUUCUGCGGGCUUUGGGUGUGGCCCUGCUGGCCUGCUUCUGCAGUGACCCUGAACUGGCCGCCCAUCCCCAAGUCCUGAACAAGAUUCCCAUUCUUAGCACCUUCCUCACAGCCCGGGGGGACCCGGACGAUGCUGCCCGCCGCUCCAUGAUUGAUGACACCUACCAGUGCCUGACGGCUGUAGCAGGCACACCCAGAGGGCCUCGGCACCUCAUUGCUGGUGGCACCGUGUCUGCCCUAUGCCAGGCAUACCUGGGGCACGGCUAUGGCUUUGACCAGGCCCUGGCACUCCUGGUGGGGCUGCUGGCUGCUGCCGAGACACAGUGCUGGAAGGAGGCGGAGCCCGACCUGCUGGCCGUGUUGCGGGGCCUCAGUGAGGAUUUCCAGAAAGCUGAGGAUGCCAGCAAGUUUGAGCUCUGCCAGCUGCUGCCCCUCUUUUUGCCCCCGACAACCGUGCCCCCUGAAUGCUACCGGGAUCUGCAGGCCGGGCUGGCACGCAUCCUGGGAAGCAAGCUGAGCUCCUGGCAGCGCAACCCUGCACUGAAGCUGGCAGCCCGCCUGGCACACGCCUGCGGCUCCGACUGGAUCCCGGCGGGCAGCUCCGGGAGCAAGUUCCUGGCCCUGCUGGUGAAUCUGGCGUGCGUGGAAGUGCGGCUGGCACUGGAGGAGACGGGCACGGAGGUGAAAGAGGAUGUGGUGACCGCCUGCUAUGCCCUCAUGGAGUUGGGGAUCCAGGAAUGCACUCGCUGUGAGCAGUCACUGCUUAAGGAGCCACAGAAGGUGCAGCUCGUGAGCGUCAUGAAGGAGGCCAUAGGGGCUGUUAUCCACUACCUGCUGCAGGUGGGGUCAGAGAAGCAGAAGGAGCCCUUUGUGUUUGCCUCGGUGCGGAUCCUGGGUGCCUGGCUGGCCGAGGAGACCUCAUCCUUGCGUAAGGAGGUGUGCCAGCUGCUGCCCUUCCUCGUCCGCUAUGCCAAGACCCUCUACGAGGAGGCCGAGGAGGCCAAUGACCUUUCCCAGCAGGUGGCCAACCUGGCCAUCUCCCCCACCACCCCAGGGCCCACCUGGCCAGGAGACGCUCUCCGGCUCCUCCUGCCUGGCUGGUGCCACCUGACCGUUGAAGAUGGGCCCCGGGAGAUCCUGAUCAAGGAAGGGGCCCCCUCGCUUCUGUGCAAGUAUUUCCUGCAGCAGUGGGAACUCACAUCCCCUGGCCACGACACCUCGGUGCUGCCUGACAGCGUGGAGAUUGGCCUGCAGACCUGCUGCCACAUCUUCCUCAACCUCGUGGUCACCGCACCGGGGCUGAUCAAGCGUGACGCCUGCUUCACAUCUCUAAUGAACACCCUCAUGACGUCGCUACCAGCACUAGUGCAGCAACAGGGAAGGCUGCUUCUGGCUGCUAAUGUGGCCACCCUGGGGCUCCUCAUGGCCCGGCUCCUUAGCACCUCUCCAGCUCUUCAGGGAACACCAGCAUCCCGAGGGUUCUUCGCAGCUGCCAUCCUCUUCCUAUCACAGUCCCACGUGGCGCGGGCCACCCCGGGCUCAGACCAGGCAGUGCUAGCCCUGUCCCCUGAGUAUGAGGGCAUCUGGGCCGACCUGCAGGAGCUCUGGUUCCUGGGCAUGCAGGCCUUCACCGGCUGUGUGCCUCUGCUGCCCUGGCUGGCCCCCGCUGCCCUGCGCUCCCGCUGGCCGCAGGAGCUGCUCCAGCUGCUAGGCAGUGUCAGCCCCAACUCUGUCAAGCCCGAGAUGGUGGCCGCCUAUCAGGGUGUCCUGGUGGAGCUGGCGCGGGCCAACCGGCUGUGCCGGGAGGCCAUGAGGCUGCAGGCGGGCGAGGAGACGGCCAGCCACUACCGCAUGGCUGCCUUGGAGCAGUGCCUGUCAGAGCCCUGAGGGGUGUCCACCGGGGACAGACCCAGGGGCGGGCAGAGAGGGAAGGAGGGAGGAGGCAUCUUCCCUGAAGCCCCCAAUCUGGCCCCCCCCUCCCCAGACUUCCUCCCCAAAACACCCCAGCUUUCUGGCUUUUCUGAGGGCAAGGGCAUGGUGCCCACCCCUCAAGUGUAAGGAACUGCGUUCCGCCCCUCAGGCCCCCAUGGGGGCAGGGAUCGGCUUGGAAAUCAACGUGGUUGUCCCCGCCAGGCCGGGGAAGGUUGGAGCAGCCCCCAGGGAGGGGGGCACUAGGUGUCAUUGUGCCCGAUGUCUGGCUCCCCUGCAGGAGGGAGGCUCCAGGGUAAGACAGGGCUGGCAGGAGCAGACUGCCUCAGCCCAUGUGCCCUGCCGGCCAGGGCGUGGGCUCCCCUCGGCUGUGGUGCCUCCUCUGGCCCCCCAGGUCCACGUCCUUUAAAUUGGCCCUUUGGCUCUUGCCCUUGGCUCCCUUGGGCAGACAGCAGGCUUAGGCCAUUGAUAUCGCAGUUCUUCCUAUCAGCUUCAGUGACCCAGGGUCUGAACUGCCUCCAUCCUAGGGCAACCUGGGGCAGACAGGCCUGGUGGGGGGUGGGGAAACCUCCUUCCACCUGAGCUUGCUUGAAGGGACCCAGAGUCUUUGGGCCCAGAUCUUUAAACCUUUGUGUCGUGUUGCAGCAGAGUGACGAUGGGGGUUGGGGGGUUAUUUAUUUUGCCUGUCCUUAUCCCUGCUUGGACACCUGAGCAUCUGAUUCCUGUCCCCCUGGUGCCAUCUGGCCUGGCUGGAGCCAGGAACAGGAGGGACACUUCCCCAGAAUCCGCAUGUUUCCCCAGUGAUUACACUCCACUGCCACCGUGGUGCCUGGCUUUAACUCCCACCCCUGCUAUGACUCCUCUCUGCAGAGACGCGACUGGCGGCUCCAGCAGGGACUACCUUUCUUAUAAACCCAGGGGGACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACUCUUGAUCCCUUGCUUCCCUCCCCCAGUGCGUUCUGUGAUCGCCAAGUUCAAAGCUGUGCACAUGUGGACACUCAAUAAAUGUUCAUUGGUGACGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1597.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1659.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 1118.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((((.((((((((..((((((((..(((((((((((.((...)).)))))))....)))))))))).(((((.(.((((....).)))).)))))..(((((....((((.((......)).))))....)))))))..))))))..)).)))).)).((((.(((((.......(((((.....(((((......))))).....))))))))))..(((..(((((..(((((((((...............................................(((((((((.(((((((((((......)))))))........(((....)))(((((((.((((.(.((((((.(((((.(((.((((((......((((((((((((.....)))).(((..((((((((.(((((((((..(((((((....((((.(((.....))))))))))).(((.((((((((((((((..((((..((((((((((......(((((((.(((((((((((......(((((((......(((.((..(((((((((((......((((((((.......)))).....))))...))).))))))))..)).))))))))))))))))))..........((((((((........))))))))..))).)))).)))......))))))).)))....)))).))))))).)).))))).)))..((((........))))))))))))................((((.......)))).((............))(((((....))))).....)))))))))))).)))..))))))))..(((.((((((((....(((((((((((((((.......(((((((((((......)))))).))).))))))))))....((((((((.((((.((((....((((.(((((.....))))).)))).)))).))))(((((((((((((((((((((.(.(((((((...((((.((((((((((.(((((.(((((.(((((((((.(.....((((.....(((..(((((.(((.(((((.....))).)))))..))))).)))..)))).....).))))).)))))).))).((((........))))....))))).))))))..).))).))))....)))..)))).))))..))))))(((....))).....))))))))))))))))))))(((((.(((((.(((....))).))..((.(((((..((((((......))))))..))))).)).......))).)))))....)))))))))))))))))).))))))..))).)))))(((((((..(((((...((.(((...((((((..(((((((((((....((..((((((..(((((.((..((.((.....)))))))))))..))))))(((...(((((((((((.((((.((.(((((.(((((...(((((..(((((..(((((.(((...(((((((..(..((.(((...(((.((((((((((((..((.((((((.(((((.((((((((.......)))))).)).(((.((((((((.((((((((.(((((((((....................)))))))))..((((.((((..(..((((...(((.(((((((((...)))))))))..........(((.(((((((.(((((.(((((..(((....)))..))))))))((((....))))............)).))))))).))).....)))...)))).)..)))).))))((......))...........)))))))).))....)))))).)))))))).).))))).)).((((.....))))(.((((((((((..(((....))).)))).)))))))...(((....)))..)))))))))))).))).))).))..)..))))))).........((((......))))))).)))))..))))).)))))....)))))(((((....)))))((((((....)))))).))))))).)))))))))))...))))...))).)))))))))))))...((((.........)))))))))).....)))))))))))))))))...)))))).)..)))))))))))((.((((((((((((.(((.(((((.((((.((((.((.((((.......)))).))..))))...(((((((((((....))))))((((((((((.((......))))))))))))((((.(((((((((..(((.(((((((..(((.....(((((..((((...)))).))))))))..)))))))...((((((.(((.(......).))).))).))).((((((((((....)))))))).)).(((((((.((....)))))))))))).))))).).))).)))))))))(((((...((((((((.......)).))))))))))).)))).)))))))).))))))...)))))).))...(((((........((((.(((((((..(((....((((((((....))))))))......)))..))).)))).))))))))).(((((..(((((...((((.((((....))))......((((((...(((((...)))))..)))))).))))..(((((...)))))..((((...(((((....)))))))))...(((((((....((((...))))......))))))))))))))))))))))))))))))((((((((((((...(((((((.((.(((.((.(((((.((...((((..(((((((.(...(((((((((...((((((((((.(((.(..((....))...).)))))))))))))(((((((((((.........(((.((.(((......))).)).))))))))))))))........(((....)))))))))))).).)))))))..))))..))))))))).))))).)))))))(((((((.((((.(((.......)))...))))...))))))).....(((((((....)))))))(((.((((((.(((((((((.((.....)).))))))))).).))))).)))..(((.((((((...))))))))).((((..........(((((.(((((((..(((.(((.((((((((((.(((((((..........))))..))).))))))).)))..)))))).)))..........((((((((((..((....))((((((....))))))..((((.((((.......((((...((((..((.....(((((.........)))))..)).))))...)))).......))))...))))..........(((((((.(((.(((.....))).)))..))))))).................)))))))))).....................................))))))))).........))))...))))))))))))...(.(((.((...)).)))).........)))))).))).)))))..)))..............)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{.(((((.,((((((({,{{((((((,,({(((((((((.((...)).)))))))....}}}}||||||,(((((,{,{({{,,,.|,|}}}.||||}..,{|||,...{{{{.||.,,,}})).)})),,..,)))))},})})))).,}|.))))},,...,|.|||||.......{((((.....||||(,,,,,,|}|},{{{{.||||||||||{,,.{.(((((...{({{,{(((,...............................,,|,.,,{(({.,.,(((((((((,((({(((((((......)))))))........{((|.{{|||((((({{.{|||...{|||||.||||(,((({((,(((,,,{{.,(({,,,,|{{|,},,,}})).,||..||||||||,||||(((((..(((((((....((({{(((.....))))))))))).(((.((((((((((((((..((((.,((((((((((......(((((((.(((((((((((......(((((((.{,,,.{{{|,{..(((((((((((......((({{{{{..,,...})}).....))))...}}}.)))))))),.}}.},,)))))))))))))))..........((((((((........))))))))..))).)))).)))......))))))).)))....)))).))))))).)),})))).)))..((((........)))))))))))).,,,,},|...|},.,{(((.......)))}.{{{,,{,,,.,.,.{.(((((....))))).....|||||||||||}.|||.,,}}}}}||||(((.((((((((,,.,{{{{{{,||||||{{.....{{(((({{{(({{,,,,..,))))),))}.}})))))|||,...{(((((({.{{((,(({{|,.{(({{.((|{,...,,))))).)))).}}}}.)))|((((((((((({((((((({(.{.(((((({,,.(({{,((((((((((,(((((,(((((,{{{{||{{{(({{{{,{{((....,|{{..{||||,||,.{||||},.},}}).)))))}})}})){|||,,}|||..|,,|{}|||}.}}}}||,|||,(({(..,,,...}}}}....)))}},))))}},,),))}.}}}),,,.}))},)}}),),}}..)))))){{{..,,})),,,,.})))))))))}})))}|||,..,|||.||||}|||,.,}))).,||||||||}}|}.((((((,....})))))).,}}})}||.,,.,))))})))}}})},,,)))))))))))}))))),.))))))},))).))))},{{{{||||||||,..,|||{||..,||||{{.,((({((((.({(({.{(({{(({{{.((((.(((.((....((({{((((((((.,,,..(((((.{.,.((((,((((((({,((.((((,.{((((.(((..,.{.(((.,(((((((((.{,((((((.,..((((.(((((((....{{{{{,(((..((((.((.(((((((((..,((.(((((((((...)))).,((({....})))|((({.((((.((((((..,,(((((({..,{.......,|....,,.})))))}||{|||||,))|}............)))))).))))|.}))))))))...,,.,...))}}}})))))))))).))}.,{{|||,||,....))))))).)))).((((....)))).)))))).....,{..(((((((......((((.....)))).))))))).,}}{{,.....}}..,.....)))))))))))))}.....))).)))))))))..{{{{(((((((((.(..((({.{((.((((((((((..(((....))).)))).)))),}.....}}.))).))))},))))))))).}).}},||,(|,,,...}}},)},,.,,,,....)}....)}))))))))))))...,.))))).,,|{{{{..,,,,{,,{}}}}),,,{((((((....))))))},})))(((({......))))))))))))))))).)))))))))|||||.{|||...,,,,,.)))})))))}.....}}}|||||}}|||||||,,,,}}}}},|,,|}}|||||}}}{|}|||{{{((((((.((,{(((((.((((.(((({,,.{{{,.......))))},,{,}|}|((.((((((({{{(,,.,|}}}}}((((((((({{((......)))))))))))),{(({((({(((({(((,,.,((,((({{(((,,...,,,||.,||||}.}),)).,},)))))},)))))),...((((((.(((.{......,.))).))).))).((((((((((....)))))))).)).((((({{{((....))))))))))))}})))},}))}),)))))))),),||{...{(((((((,,.....}}.))))))))}}..)))).)))))))).)))))).,.||||||.,|...(((({..,....{((((.(((((((..(((....((((((((....))))))))....}))}}..)))},))).))))),,,,.,.,|,,,|||||...,||||{|((((..,.))},....((((((...(((({...)))))..)))))).,,,...(((((...))))){{((({,,{(,,,|,..}))))),))),,{(((((((....((((...))))......)))))))))))))))..))))))))}}}},((((((((((((..(((.((((.((.((((((..(((((.((((((((..(((((((.(.,.((((((((,...((((((((((.(((.{..((....))...}.)))))))))))))(((((((((((..,....||(((.((.(((......))).)).)))))))))))))).......,(((....)))))))))))).),)))))))..))))..((((((((((((.((((((....{,{(,,....,,...,,,.))))))..{,|{{{((((..(((({.,...,{{(((....)))))))))).)))))))||(((((((.((,....)),))))))))))))))))))).,..)))).)))))....)))))).)),.............(((((.(((((((..(((.(((.((({((((((.(((((((.,........)))}.,))}.))))))|,|}|,.}))))),))}..........((((((((((.(((....))),,,(({((((((||{,,{{((,((((....,,,|{{{...||{{.,||.....{((((....,,,,.}}))},.,..}})),,.}}}}.......}}))..,||||{...{.....{{{{,||,|||.{{{.....)))})))})))|||}....,,,...........))))))))))......................................................)))).)))))))))))))))..}|||||}}}},,}}}}.}}}},})))..}||||}|||..|((((({.,.......})))))}.})))}),.,..
Back