Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014426.4
Sequence Length
2341 nt
GC Content
0.4635
CUUUCUCUAGACGCGUCUUGCUGGGAGAGUGUCCGUUGCUUCCCGUCCGUGUCGCGGCCCUGCGGUUGGCGGCCUCCUCGUGGAGCGGAGCAAGGGUAGGCCCCACGUGGCGUCUUUGCCCGGCUCCAAGAUGGACGGCAGCGGGGACUGGGAGGCUGCUCUGGGGGAGCACGUGGCGCCCUGCUCGCCUGCUCCCGGGGCAGCUGGGAUGGUGGCGGAGUCCGGAGGCCUCCUGCCGCCGUCGGGCAGGGAGGCCGGCGGAGGCGGGGCCGUGGCCGCCCCCGAGAGGCGCCCAGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCAGCUUCUUCUUUCCUCGCACAGCCAGGCGGCCCCUGCUCGAGUCCCGCGUCGCCAUGGCCGCGGUUCCCGAGUUGCUGCAGCAGCAGGAGGAGGACCGCAGCAAGCUGAGAUCUGUAUCUGUGGACCUGAAUGUUGAUCCCUCGCUUCAGAUUGACAUACCUGAUGCGCUCAGUGAGAGAGACAAAGUCAAAUUUACAGUGCACACAAAGACCACACUGCCCACGUUUCAGAGCCCAGAGUUUUCUGUUACAAGGCAACAUGAAGACUUUGUGUGGCUACAUGACACUCUUAUUGAAACAACAGACUAUGCUGGGCUUAUUAUUCCACCUGCUCCUACGAAGCCCGACUUUGAUGGUCCUCGAGAGAAGAUGCAGAAACUGGGAGAAGGUGAAGGGUCUAUGACCAAAGAAGAAUUUGCCAAGAUGAAACAAGAACUGGAAGCUGAGUAUCUCGCUGUGUUUAAGAAGACUGUGUCCUCCCAUGAAGUCUUUCUUCAGCGGCUUUCUUCUCACCCUGUUCUCAGUAAAGAUCGCAACUUUCAUGUUUUCCUGGAAUAUGAUCAGGAUCUAAGUGUUAGGCGGAAAAAUACUAAAGAGAUGUUUGGUGGCUUCUUCAAAAGUGUGGUGAAAAGUGCUGAUGAAGUCCUUUUUACUGGAGUUAAGGAGGUAGAUGACUUCUUUGAGCAAGAGAAGAACUUCCUUAUUAACUAUUACAAUAGGAUCAAAGAUUCUUGUGUGAAAGCUGACAAAAUGACCAGAUCUCAUAAAAAUGUUGCCGAUGACUAUAUCCACACCGCAGCCUGCUUACAUAGCCUGGCUUUAGAAGAGCCCACAGUCAUCAAAAAGUACCUAUUGAAGGUUGCUGAGCUAUUUGAAAAACUAAGGAAAGUAGAGGGUCGAGUUUCAUCAGAUGAAGAUUUGAAGCUAACAGAGCUCCUCCGAUACUACAUGCUCAACAUUGAAGCUGCUAAGGAUCUCUUAUACAGACGCACCAAAGCCCUCAUUGACUAUGAGAACUCAAACAAAGCUCUGGAUAAGGCCCGGUUAAAGAGCAAAGACGUCAAGUUGGCUGAGGCACACCAGCAGGAGUGCUGCCAGAAAUUUGAACAACUUUCCGAAUCUGCAAAAGAAGAACUGAUAAAUUUCAAACGGAAGAGAGUGGCAGCAUUUAGAAAGAAUCUAAUUGAAAUGUCUGAACUGGAAAUAAAACAUGCCAGGAACAAUGUCUCCCUUUUGCAGAGCUGUAUUGACUUGUUCAAGAAUAACUGAUAUGCCUUCACUCAGAAGAAAAGAAAUGAAUGUGAAAGAAAGCCAAGCAUCACUUGCACUUAAAUCAUUACCACGGAAGAUAUAUUAGCUUCAACUUUAGUUUAAAAUUAUGUGAAUAAAUAUUUUGAUUUCUACAAAUCUUAACAUUUAACCAUGUUGGUUUAAAAAUAUUAUUGCUUGCUACUUGGACAUAACUAAUUUUUCCUUGUGCAUUUAAUACCUCUGGGCAGAAUCCAAAUACUGGGUUCUCCCGUAGUUCGUCUUUAGUUACUAAGAAAGGGUGUAGGACACAUUAGCCUUCUGGAAACAAGUAGAAGCCAUCACCUGGCCCAUGUCCCUACAAACCCAUGAUUGUCAGGGAGGUGCCAGUUACAGCAGGUGAUUCAGCUACUUGAGGUCGGUAACAGACCUUCCAUUCCUCACUGAAGGUGGGGUUUGUGUUUUUGUUUUGCCCUGUUACUCCACUGGUAGUCAUCUGGUGUUUGUACUAUAACAACAGCAAGAAAAUCUCAUUUAUCUUUAUAUACUCUUUGCACCUCCUUUUUUUAGUCGAGAUAUAAAUAUUUGAGGGGAGAGAAAUAUCUACAGGUAUAUAUGGAAACAAAUAAUGUGGUCUGCUUUAUAAGAUGGCCAGAUCUACAUUAGGAAAAGUAUAAGCCCCCUCCCUAAUGGCCGCUGGGGGGUGAGGGCGGUGUGUUGUAUGUCUUUGGGUGUUUGUUUUUUUAUAAAGCAUAUAAUAAAAUAAUCGUGCUACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-746.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -786.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 639.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((..(((((.((((.....)))))))))....(((..(((((((((((((((((....)))).)))))((((....)))).(((((..((((((((.((....)).))))..)))).)))))...)))))))).)))((.(((((((((((((((((..(((((((.(((((.....)).))).))))))))))))))))..(((((((((((((.((...)).)))).)))))))))((((((((..((((((((((((.(((((((.((((((.(((...((...))...))).)))))).))))))).))))))..............))).)))...))))))))...))))).))).))...((.(((((((((...((((((...))))))..)).))))))).))..((((((...(((((((((.((.(((((.((.((....))))))))).)).))).....)))))))))))))))))))................(((((((.(((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((.......)))).))))))))))...))))..............)))))))..(((......)))(((..(((.((((((((.(((((((((((.....)))))...(((.((....)).)))........)))))).)))))...((((...))))...))).)))..))).....(((((((((((.((.((((((((((((.(((((((((....))))(((((((((((.(((((.....)))))..(((((((((.((((...(((((((((..(((((.......(((((((((...)))))))))....))))).((((((.........)))))).(((((((.((((((((((((......((((((((((((((.(((.....))).))))))))(((((.(((((((((......(((((((.....))))))).)))))))))(((.((.(((((..((((((...))))))..))))).)).))).........((((((((((....(((..((((((..((((.(((.......((((.(((.....)))..))))(((((..(((.(((((((.((((..........)))).))))).)).))).)))))........)))..))))...)))).))..)))...))).))))))).((((.....)))).)))))......)))))).......)))))))))))).)))))))...(((((((......)).(((((.....))))).............((((((.....((((((((((...((......))....))))))).)))...)))).))(((((((((((..............((((((..(((........)))..(((......)))..))))))....)))))))))))(((.....))).........)))))..((((............))))((((((.(((.......((((....))))..))))))))).......))))).....((((.....)))).........)))))))))))))))))..(((.....)))..................((((.........))))........((((((...(((((..(((((.((..(((((....)))))..)).)))))..)))))...)))))).....(((((..(((.((..(((.............)))..)))))..))))).((.((((.((((((((.....)))))))))))).))....((((........))))..)))...))))))))...(.((((((........)))))).).....(((((((...(((((((((........)))).))))))).)))))..))))))))).)))))))).)).((((((.......)))))).((..(((((((...)))))))..)).)))))))))))......(((((((.(((((.(((((.((.((((.((......)))))).)).......((((..(((..((((((.(((......................))))))))))))..))))((((((((....)))...(((.(((((.........((((((((((((((.........)).)))).))))))))......))))).)))..)))))..))))).))))))))))))))))))))))......)))))))...(.(((((((.(((((.....))))).))))))).))))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((..(((((.((((.....))))))))).{{{((,{{(({((({{{({((((({,.,,||||,|||||((((,{.{||||{((,(({{(((,{,(((,.....))},)))}))))).)))))}.}),))),|||,||(({((((,{,,(((((((((..(((((((.(((((,....)).))).))))))))))))))))..(((((((((((((.((...)).)))).)))))))))((((((((.,(((({,((((((.(((((((.((((((.(((...((...))...))).)))))).))))))).)))))).,...{{{.{{...)),,)))))))))))))).}}))))}})))}))...||,||{|{{{||...(((({{..,))))}),,}).)))}})),))..((((((...(((((((((.((.(((((.(,,({....})))))))).)).))).....)))))))))))))))))))..............,,((,((((.(((((((((((((((((..(({(({(((((((((((((((((((.....,.}))).))))))))))...))))...,,,...,,...,})},,}..{||......)))(((||({..{(((((((.((((({{{{,{...,.||||,.,,|||.{|.|..)},),,.,......)))))).})))).,,((((...}}}}..,}},.,}}..}||.,{,{(((((((((((.{{.(((((((({{((.(((((({{,..,.||}|(((((((({({.(((((.....)))))..)}.........((((((.((((.((((((((.((.((((.(((((((({,,,|}}}}}}}}..{{|,,.({(((({.{{(,({{{{{{{....(((((((.((((((((((((......((((((((((((((.(((.....))).))))))))|{{((,(((((((((......(((((((.....))))))).))))))))},||.||.(((((..((((((...))))))..))))).}|,,|,,....,,,.{{{,,,||||....,||,,{{,((({{((.,.,,,.......((((.(((.....)))..)))|,,.,..,|||....|}}}}||....{{{{{{{.....))))})))|,|||.|||,.........},,.,||||.,{|}}|{||{,|}|,,,||}..})))))}{|{{....,)))),})))....,,.)}}))),......)))))))))))).)))))))...,,,..((......)).(((((.....)))))...{,,,....,((((({,{.,{{{,,,{{{|,.,|}||..,{.,||{,,{||||{||.{||{{.{(,,,.}}.|||||||||,..,||||,,,..|{{{{{{..(((,,,,,{|.,,,..(((......))}..}}}}}},,,.}||||}||}{((((.....))))}.}}...})))},..((((..........,.))))...,..,,}}},}))),)}))))}})},.},)}.,|||||{{{.....,,,...,|,|{((|||,|,,..........}}}..)))}}}}..||||,{({{...,.}}}..|{,,{||,,,......||||.|,,..,||||}}.....,|}|||,|,.,,{{|||..{{(((.{(..(((({....}))))..}}.}}}}}.,|}}},}))))}}}......,,,||,,|||,,|}}|||}}......,}}}}))).,,})))}}))}},}}}.{(((.((((((((.....)))))))))))).)))))))))}...,}))).)))})))))).))))))))...{.{(((((........)))))),......((((({{,,.(((((((((........)))).)))))}),)))))..)))))}))}.)))))))).)}.((((((.......)))))).((..(((((((...)))))))..)).))))))))))}|,|.,,({{({{{.{{|||.{{{|{|{(,(((((((......)))))).),,|,....{{{{..{{{,{{(((((,(((,,,||..,,,.....,,,.,}.)))}}}))})}}..))))||{(({{{....})}...|||.{{{{(,........((((((((((((((.........)),}))),)})))))),.....))))),))),,|||||..,}}}}.}})))))))})}))))))))))......))))))).}}|}||||{{,.{{{{{.,{{{|}}}}.,,,}}},..)))),,},..
Back