Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014822.4
Sequence Length
4018 nt
GC Content
0.4547
GUUUGACGUGGCAGUUCCCAGCCCAGCUGCAACUCCGAGCGUGAGUCCAGGCUAAGGGGACGCCGGCCGGGGAAGAGGCGCGGCGGGAGAAGCGACCGCAGCGGGAGCCCGGCCACCGAGGGCUGCCGGCACUAGGCGCAGAGCCGCCAGCGCUCGGAAGCCCGCGGGGUGCGGGAGCGGGAACAGACUUCUUUUGUAGAAUUAUCCUAUGGAAUGAUAUUUUCAUAAUGAGUCAACAAGGUUACGUGGCUACACCUCCGUAUUCUCAGCCUCAGCCUGGAAUAGGCCUUUCUCCACCUCAUUAUGGGCACUAUGGGGAUCCGUCGCACACAGCAUCUCCAACAGGUAUGAUGAAGCCAGCAGGGCCUUUGGGGGCCACCGCCACUAGGGGAAUGUUGCCUCCGGGUCCCCCACCUCCUGGACCCCAUCAGUUUGGUCAGAAUGGAGCUCAUGCCACUGGUCACCCUCCCCAAAGAUUUCCAGGCCCUCCACCUGUCAACAAUGUGGCAUCCUCACAUGCACCAUACCAACCCUCUGCACAAUCUUCUUAUCCAGGUCCUAUAUCCACUUCAUCUGUCACCCAGCUGGGCAGCCAGCUCAGUGCUAUGCAAAUCAACAGCUAUGGUUCAGGCAUGGCUCCUCCAAGCCAGGGACCCCCUGGCCCUCUGUCAGCCACAUCAUUGCAGACUCCUCCACGACCUCCACAGCCUUCCAUUUUGCAGCCUGGAUCUCAAGUUCUUCCACCACCACCCACCACACUCAAUGGUCCUGGUGCCUCACCUUUGCCUCUACCAAUGUACAGACCAGAUGGGCUCUCUGGGCCUCCUCCUCCAAAUGCCCAGUACCAGCCCCCACCUCUUCCAGGCCAGACCUUGGGUGCUGGAUAUCCUCCGCAGCAGGCCAACUCUGGUCCCCAGAUGGCAGGCGCACAACUGUCUUACCCAGGAGGCUUCCCUGGAGGUCCUGCACAGAUGGCUGGUCCGCCACAGCCCCAGAAGAAGCUGGAUCCUGACUCUAUCCCUAGCCCAAUCCAGGUGAUUGAGAAUGAUAGAGCCAGCAGAGGAGGACAAGUUUAUGCCACCAACACCAGAGGCCAGAUCCCUCCCCUGGUCACUACAGAUUGCAUGAUACAAGACCAAGGAAAUGCCAGUCCUCGAUUCAUCCGUUGUACAACAUACUGUUUUCCAUGCACGUCAGAUAUGGCUAAGCAAGCUCAGAUUCCAUUAGCUGCUGUCAUCAAGCCCUUUGCCACCAUUCCUUCAAAUGAGAGUCCCCUUUACUUGGUAAAUCACGGCGAGAGUGGACCAGUCAGAUGCAACAGGUGCAAGGCCUACAUGUGCCCAUUUAUGCAGUUCAUCGAAGGAGGAAGGAGAUAUCAGUGUGGAUUUUGCAACUGUGUGAAUGAUGUUCCACCAUUCUAUUUCCAACAUCUGGACCACAUUGGAAGAAGACUGGACCACUAUGAGAAACCAGAGUUAUCUCUAGGAUCUUAUGAAUAUGUUGCCACUUUGGAUUAUUGCAGAAAGAGUAAGCCUCCCAACCCACCAGCCUUUAUCUUCAUGAUUGAUGUUUCAUAUAGUAACAUAAAGAAUGGACUUGUCAAGCUCAUAUGUGAAGAACUGAAGACCAUGCUGGAAAAAAUUCCAAAGGAAGAGCAAGAAGAGACGUCUGCAAUUCGAGUGGGUUUUAUCACAUAUAACAAAGUUCUCCAUUUCUUUAAUGUGAAGAGUAAUCUGGCCCAGCCUCAGAUGAUGGUGGUGACUGAUGUUGGAGAAGUCUUUGUUCCUUUGUUGGAUGGUUUCCUUGUCAACUAUCAAGAAUCCCAAUCUGUGAUUCAUAAUUUGUUGGACCAGAUUCCAGACAUGUUUGCAGACUCUAAUGAAAAUGAGACUGUCUUUGCUCCUGUCAUCCAGGCUGGCAUGGAAGCACUAAAGGCAGCAGACUGUCCUGGGAAGCUGUUCAUCUUCCAUUCUUCCUUGCCAACUGCUGAAGCACCAGGGAAGCUCAAAAACAGAGAUGACAAAAAACUGGUUAAUACAGACAAAGAGAAGAUACUUUUCCAGCCCCAAACAAAUGUCUAUGACUCAUUGGCCAAGGACUGCGUGGCUCACGGCUGCUCUGUGACACUCUUCCUCUUUCCUAGUCAGUAUGUGGACGUGGCCUCGCUGGGGCUGGUUCCUCAGCUCACUGGAGGAACCCUUUACAAAUACAACAAUUUCCAGAUGCACUUGGAUAGACAACAAUUUUUGAACGACCUCAGAAAUGAUAUUGAAAAGAAAAUAGGCUUUGAUGCUAUUAUGAGGGUUCGUACCAGCACAGGUUUCAGAGCCACUGAUUUCUUUGGUGGAAUCUUGAUGAACAACACCACCGAUGUAGAAAUGGCUGCCAUCGAUUGUGACAAGGCAGUGACCGUGGAGUUCAAGCACGAUGACAAACUCAGUGAAGACAGUGGAGCCUUAAUCCAGUGUGCUGUGCUUUACACGACAAUCAGUGGUCAAAGAAGACUUCGGAUUCACAAUCUUGGCUUAAACUGCAGCUCUCAGCUAGCUGAUCUUUAUAAGAGCUGUGAGACAGAUGCUCUUAUCAACUUCUUUGCCAAGUCAGCUUUUAAAGCAGUUCUCCACCAGCCUUUGAAGGUCAUCCGGGAAAUUCUAGUUAAUCAGACUGCCCAUAUGUUGGCAUGUUACCGGAAGAAUUGUGCAAGUCCUUCUGCAGCAAGCCAGCUUAUUCUACCAGAUUCCAUGAAAGUAUUGCCAGUGUACAUGAAUUGCUUGUUGAAAAACUGUGUACUACUCAGCAGACCAGAGAUCUCAACUGAUGAACGAGCAUACCAGAGACAGCUGGUCAUGACCAUGGGUGUGGCUGACUCUCAGCUUUUCUUCUACCCACAACUUCUGCCCAUACACACGUUAGAUGUCAAGAGUACAAUGUUACCUGCUGCCGUUCGUUGCUCUGAGUCCCGUCUUUCAGAAGAAGGAAUAUUCUUACUGGCUAAUGGUCUACACAUGUUCCUGUGGUUGGGAGUAAGCAGCCCACCAGAACUGAUCCAAGGAAUAUUUAAUGUGCCAUCUUUUGCACAUAUCAACACAGAUAUGACAUUGCUGCCUGAAGUGGGAAACCCAUACUCUCAACAACUCAGAAUGAUAAUGGGUAUUAUCCAACAAAAGAGGCCAUAUUCAAUGAAGCUCACAAUUGUAAAGCAGCGAGAACAACCAGAAAUGGUUUUCCGACAGUUCCUGGUAGAAGACAAAGGACUUUACGGAGGCUCUUCUUAUGUGGAUUUCCUUUGUUGUGUUCACAAGGAGAUCUGUCAGCUGCUUAAUUAAUUGAAACUUCUCUGUCAUUGAUGUUGCAUUUCCAAGGAGAUAAUCUCCUUCUUGGUGCCUAAUUUUCUAGAUGAUAAUAGGCUAGUUUUGAUUUCUUGCUCAUUUUCAGAAUAACUUUCCAGGAAGAGAUGGCAUUUAGAACUUCAGCUUUGGUGCUCAGGUAUAAAGCCAAUUAAGGUACAAUUGUACCAUAAAGGGAACAAUCUGUUUCUGAUUGCACAGUUUCUAAUUUUUAAAACUGAUGUGGUUUGCAUUUCAUAAAAGGCAAAGUUUACAGAACCAUAAACAUUCUCAAUUUUCUUUAUGCUAGACAUAUAAAUUAUUUUUCAAACUGUAUAGAUUUGGGGUAAAAAGUUGUCUCAGUUCCUCUCCCAAUUGCAAUGAGAAAAAAAAGCUUAAUUUUUACAUUAUACUUAAUUUUCUAAAACCAUGUAACUCCAUUGAACACAUUUUUCAACUUAAGGUCUGCAUAGCAGACUUUUAAUAACCUUGGGAUUUAUCUGGUAGAACAAUAUGUGUUCUACAUUUUUUUCAUAAUUAUAUAUUGUGUAUGUUAAAACUAUUUUCCAGUUGUUUUGUCUGUAAAACUGUCUUUAUCAAUAUGCUUAAUGGUUCUUUGUACAAUUUUGAAAGUUUCUACCUGUAUAUAAUGGAUGUUAACCAGUAUCAAUAAAUCACUUCGUAUAAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1154.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1236.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 993.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((.((((((((((((((..(((((((..((((.(((.((....)).)))..))))..((((((((((.......(((.((((..(...)..)))).)))....))))))).(((((.((((.((((.((......)).)))).)))).)))))..(((.((.(((((((((((((((((((((((((((.(((.((.((((..(((((((......))))))))))).)).)))(((.((((.((.....))..)))).)))((((.((((((((((..(((((((.((.....((((((((.......((((((((.((.....)).).))))))).....))))))))....)).)))))))..((((((.(((.((....)).)...)).))))))((((((..........)))))).....((.((((....((((((...((((((((((.........)))........((((.......))))........))))))).))).)))..)))).)).......................))))))........((((((((((((.......(((((((((((((((....(((((((.........)).)))))...))).))))).......(((((((...)))))))........(.((((.(((((((((((..(((..(..........(((((((.((((.((((.(((.(((..((((((((((....................((((((.((((...))))......(((.(((((((...(.((((((((((((...)))))(((((((.(....(((..(((((...........((((((((..((.(((((((((..(((((......((.((..((((..(((((...)))))))))..)))).....))))))))))))).).))..))))))))...((((....((((((((((((....(((((((......))))...(((.(((((((.....(.(((((.....))))).)...))))))).))).(((((.((((..((((((((..........((.((((((.........)))))).)).......)))))).))..(((((.(((((...((((........((.....))........)))).))))).))...))).....((((.(((...(((..(((..((........))..))).))).))).)))).((((......))))...)))))))))..............)))....))))))))))))..))))...)))))..)))((.((((........)))).))......).))))))).(((((((.....(((((.((((((....))))))......))))).....)))))))..))))))).).))))))).))).....)))))).(((((((..(.((((....)))).)..)))))))..((((((((.....((((.((((.((..((((..(((.((...........)).)))..))))..))...)))).))))....))))))))....((((.(((...))).)))).)).))))))))..)))))).)))).)))).........))))).))..)..)))..)))))))))..)))))).)....((((((.(((..((((.....))))..)))))))))(((....))).)))))))..))))))).)))))...)))).))))))))))))..)))))))......(((((((........))))))).........((((((.(.((((........)))))))))))..(((((.((((.((...((....))...)))))))))))..))))))).)))))..)).)))..............))).)))).)))..))))).))))))(((((((.....((((((((.....(((....))).))))))))..........)))))))......(((((((((((((.....((.(.(((.((((((((((((.((.....((((.((.(((.(((((((((.(((((..(((((..(((((.((...(((((((((((..(((.(((.(((..((((.((((...((((((...))))))((((((((((....)).))))))))...................)))).))))))).))).))).....((((((((......))))))))((((((..(((((((.((((((((((.(((....((..(((....)))..))..))).))))))))..)).)))))))((((...((.....))....))))..((((((((......))).)))))..((((....(((((.....((((.((..((((((((........)).)))...(((.((((.......)))).)))((((.(...((((((..((((.(.((((......)))).).))))......((((((.......((((((...)))).)).((..((.(((((((((.((...)).).)))))))).))..))...))))))(((((.....(((((((((..(((..((((((.(.((..(((.((.......(((((.....)))))...(((.((((((.((((..((((((.(((.....))).)))))).)))).)))))).)))....)).))).)).).))))....))..))).....)))))))))))))).....))))))...).)))).((((((...((((.....(((......)))....))))...))))))...(((...)))..((((((...))))))...)))..)))))).....)))))....)))).....)))))))))))).....)))))..)).)))))..)))))....)))))..((((((....))))))..........)))))))))))))).)))).....)).))))))(((.........(((((((.((((((....))...(((((.(((((((((((((((((((((......))))))....)))..((((..(((((...)))))..................(((.((((((((........(((((..((((.........((((....((((((..(((((((..(((.(((((....)))))))).((((((((((.((.((((((((((((.(((((((((......))).))))))..)))))))))...))))).)))))..))))).)))))))...))))))...))))..((((((((((...(((((...(((((((...)))))))...)))))...))).....)))))))...))))..)))))......)))))))).)))(((.....))))))))))))))))))))))))...)))).))))))))))..(((((((((((.(((((((((....))))).....(((((((...)))))))(((((((((((((..........)))))).))))))).((((......(((((((...((((((((.....((((.....(((((((..((((.(((((..((((.................))))..))))).)))))))))))...(((......(((((((((((.((((((((..(((..((((......))))..)))..)))))).....))))))).....(((((.......)))))...(((((((((...)))))))))........)))))).....)))((((((((.....))))))))........((((((.....))))))........((((.......))))))))..))))))))..)))))))......)))))))))))..))))))))......)))))).))).)))........))..)))))))))))..........))).))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.{((.((((((((((((((..(((((((..((((.(((.((....)).)))..))))..((((((((((......,(((,((((..,...)..)))).))}....))))))).(((((.((((.((((.((......}).)))).)))).)))))..(((.((.(((((((((((((((.((((.((({(((((({(,....,.}}||})}|.,,,{{{((((|.,.(((((.,{{(((.{{{(.((.....}}..})}}.||,.,||,,..({((((({,(((((({.{{.....(((((((|,{{.{,.(((((((..{,.,,...,.),)))))))...}})})))))}.}..}}.})))))}.,((((({.,{{.||....||||...||.|}}}}}((((((..........)))))),{,,{{{{{|{{..,.||||||,,.|||||||,||}..,..}}}}},......,,||||}......}}||,.....,{|||||,,..})}})),,(((((.(((((.....{,(,{,.{{{({..{((({{{{......((((((((((((.......(((((((((,,,((({.{.(((((((.,{{{,...,,.,)))),..,))})))),.......(((((((...)))))))........{.((((.(((((((((((..(((..,...,,,....(((((((.((((.((((.(((.(((..(((((((({(,...................{(((((.((({...})))......(((.(((((((...{.(((((((((((,.,,||||},,,{{{,......|||}}|,,,,}||},..,,,,(({(((((..{{.(((((((({..(((({......((.((..((((..(((((...)))))))))..)))).....})))}}))))}|}.),}}..)))))}||,,.(((({,..((((((((((((....(((((((......))))...,{{.(((((((.....{.(((((.....))))).)...))))))),|||,(({((,((((..({{{,,({,.......,,{(.(({{((....,,.,.)))))}......{{{{(((({,.,,..{,,,.,(((.,...,,|}},,.,...,....,}}}.....,..,})))}}}})}))),.}}}.....||||..{((,{(((.,,......,.))))))}},,,,..,}}..,||||,,.{{{{......}}}),|,}}}}})))}...}))},......)))..,.))))))))))))..)},,...})))}|.)))|}.|,|||||.......})}},..,...,.,)))))).(((((((..{{{(((((.{{{(((....}}}}},.,..,.))))),}},.)))))))..))))))).}.))))))).))).}...))}}}}.(((((((..({((((....)))).)}.)))))))..((((((((.....((((.((((.((..((((..(((.({...........}).)))..))))..))...)))).))))....))))))))....{{{{.{{,...,}}.}}}}.,),))))))))..)))))).)))).)))}.........))))).))..}..)))..)))))))))..)))))).}....((((((.,((.,(({,.....,)))..)}})))))),)))}...)).)))))))..))))))).))))).....))}.)))))))))...,))).,....))))))))))...{{{{........)}}|{{{{.{{,,,||.|}|||,.....,|{||||,,,,},)}}}}}}}.}}},},,))}))..})))))))))).)))),)})))))))).)))))..)).))).,|,...},}....))).)))).)))..)))))}}}))))(((((((...,{((((((((.....(((....))).)))))))).....,....)))))))......(((((((((((((..,,.,,{(.{{,.{({{{(((((((.((,,,..{(((.({.(((.(((((((((.(((((,.({(((..(((((.((...(((((((((({..(((.(((.(((..((((.((((.,,((((((...))))))((((((((((....)),})))))))................,,.)))).))))))).))).))).....((((((((......)))))))),,{,{{..,{{((({.{,((((((((.(((....((..(((....)))..))..))).))))))))..,,.}}}}}||(((({..{{,.,..|,....}}))},|(((((((......)))}|)))}..{(((....(((((,....(((({((,.{((({{{,{{{.....}},{{{,{{(((.((((.......)))).))),})}}}))},,},,,..,,{{.|,{(((...,..}}}}.|,|||}..,..,||||||,..,|||((((((...)))),}){(({{({,(,((({((({{(,,,,,.,,|||}}}}}.,.,,.||,.,,.})),.,|||..,,|}))}},},},.,,,})))}}}))))))}),,.(((....{{(,{,,....})),},))){{{.((((((.((((..((((((.(((.....))).)))))).)))).)))))).}}}.,...,|}|||||||{...{{,.{(({(((((.,.({...{{{{{(((.,....{{{|||...,,,,,}||{{{{{{...{{{,...,}||,}}}}}}))...}},,,)},.))))}}},,,,}}|||||,,|(((((...)))))}........}})))}.....}))))....}}}}.,,,.))))}})))))}....,)))))..)).)))))..))))),,..)))))..((((((....))))))..........))))))))))))}}.))))},,..)).))))))}}|......{,.{((((((.((((,,....},...(((({.(((((((((((((((((((((......))))))....}}}..((((..(((((...}}}}}..{{,.........,,..{((.{(((((((........(((((..((((.,,..,...((((....((((((,.((((((({.(((.(((((....)))))))),((((({((((.((.((((((((((((.((((({((({....,))).})))))..)))))))))...))))).))))}..))))).))))))).,.))))))...))))..|{|{{||||,||,((({{...(((((({...})))))),,,))))},,,}|,.||..}}}))}),}}))))..)))))......)))))))}.)))|||.....}}}})))))))))))))))}))))...)))).))))))),,|,{((({(((((({,{{{,(((((....))))).,...(((((({...}))))))(((((((((((((.,{....,,,)))))).))))))).((((....,.(((((({..{((((((((.....{(((,....((((((,.,((((.(((((.,((((...............,,))))..))))).)))))))))))...(((......(((((({((({.{{((((((..(((..((((......))))..)))..)))))).....}}))))}.....{((((.......))))}...(((((((((...))))))))).,......)))))).....)))((((((((.....))))))))........((((((.....)))))).,,,..,,|{,........,},))))),})))))))),}))))))),,....)))),},})))}.}}))))))......},,,}),)}).,))},......,}..)))))))))))..........))).))}..........
Back