Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014858.4
Sequence Length
3968 nt
GC Content
0.6174
GCGCGCUCGCCGCGGGCUCGGGCCGCGGUCGCGGCUUUGCGGCAGGCUGCGCGUCAGGCGGGGAGCGGGGCGCGCGGGCCGGGGAGGGGGCCGGGCGCGCUGCGGGCUCCGCGGCCGGACCAUGCGGGGCAGGGGCCGGUUGCAGGGCCGGGGGCUGCAGCCGGCGCCGAUGGCGGCCGACUAGGACCUGCCCGGCCGGCUGCCCCGCGCCCCGCCUCGCCCCGCAGCCCGGCCGGCCGGGAGGGAUGCGCUGUGCCGCCCAGCUCCUCUCCGUCCUGCCCAUGCCCUGAAGCAGAAAGUUUGGGGGCCGGGGGUUGUCUCCCUUCUCCCUCCUGCAAUGACUGCCCAAGGACUCUUGCUGCCCAGCCUCGACUGUGACCUGUCUUCGCUCCCCAGGUCGAAAUGAACUAUUCCAAGCUAUAACCAAGGCUCCCCCUUCUCGCCCCUCCCUCACCCGCCUUUAAGAAUUUUUUUUUUAAUUCAAGAAAUUGUGGUCUGCCAUCUCCCCUCCUUGUUAAUAAUUUAGACCCCAGGCCUCAUAUGAAUAUAAGAGGGGGUGCGGUCUUCCCCAAGACGGCGCGCUGGAAGGACAGAUUCCCCUUGCCGACCCACAUACACCAUGAAGAGGUGCAGAUCGGACGAGCUGCAGCAACAACAGGGCGAGGAGGAUGGAGCUGGGCUGGAAGAUGCCGCUUCCCACCUGCCGGGCGCGGACCUCCGGCCUGGGGAGACCACGGGUGCUAACUCUGCUGGCGGGCCAACUUCAGACGCCGGCGCUGCCGCGGCGCCCAACCCAGGUCCCCGAAGCAAGCCUCCUGAUUUAAAGAAAAUCCAGCAGCUGUCAGAGGGCUCCAUGUUUGGCCACGGUCUGAAGCACCUGUUCCACAGCCGCCGUCGGUCUCGGGAAAGGGAGCACCAGACGUCUCAGGAUUCCCAGCAGCAUCAGCAGCAGCAGGGUAUGUCCGACCAUGACUCCCCAGAUGAGAAGGAGCGCUCUCCGGAGAUGCAUCGCGUCUCCUACGCCAUGUCCCUGCACGACCUGCCCGCCCGGCCCACCGCCUUCAACCGCGUGCUGCAGCAGAUCCGCUCCCGGCCCUCCAUCAAGCGGGGCGCCAGCCUGCACAGCAGCAGUGGGGGCGGCAGCAGCGGGAGCAGCAGCCGGCGCACCAAGAGUAGCUCCCUGGAGCCCCAGCGUGGCAGCCCUCACCUGCUGCGCAAGGCCCCCCAGGACAGCAGCCUGGCCGCCAUCCUGCACCAGCACCAGUGCCGUCCCCGCUCUUCCUCCACCACCGACACUGCUCUGCUGCUGGCCGACGGCAGCAACGUGUACCUCCUGGCUGAGGAGGCCGAAGGCAUCGGGGACAAGGUCGAUAAGGGAGACCUGGUGGCCCUGAGCCUCCCCGCCGGCCAUGGUGACACCGACGGCCCCAUCAGCCUGGACGUGCCCGAUGGGGCACCGGACCCCCAGCGGACCAAGGCCGCCAUUGACCACCUGCACCAGAAGAUCCUGAAGAUCACCGAGCAGAUCAAGAUUGAGCAGGAGGCUCGCGACGACAAUGUGGCAGAGUAUCUGAAACUGGCCAACAACGCGGACAAGCAGCAGGUGUCACGCAUCAAGCAAGUGUUCGAGAAGAAGAACCAGAAGUCAGCCCAGACCAUCGCCCAGCUGCACAAGAAGCUGGAGCACUACCGCCGGCGCCUGAAGGAGAUUGAGCAGAACGGGCCCUCGCGGCAGCCCAAGGACGUGCUGCGGGACAUGCAGCAGGGGCUGAAGGACGUGGGCGCCAACGUGCGCGCAGGCAUCAGCGGCUUUGGGGGCGGCGUGGUGGAGGGCGUCAAGGGCAGCCUCUCUGGCCUCUCACAGGCCACCCACACCGCCGUGGUGUCCAAGCCCCGGGAGUUUGCCAGCCUCAUCCGCAACAAGUUUGGCAGUGCUGACAACAUCGCCCACCUGAAGGACCCCCUGGAAGAUGGGCCCCCUGAGGAGGCAGCCCGGGCACUGAGCGGCAGUGCCACACUCGUCUCCAGCCCCAAGUAUGGCAGCGAUGAUGAGUGCUCCAGCGCCAGCGCCAGCUCAGCCGGGGCAGGCAGCAACUCUGGGGCUGGGCCUGGUGGGGCGCUGGGGAGCCCUAAGUCCAAUGCACUGUAUGGUGCUCCUGGAAACCUGGAUGCUCUGCUGGAAGAGCUACGGGAGAUCAAGGAGGGACAGUCUCACCUGGAGGACUCCAUGGAAGACCUGAAGACUCAGCUGCAGAGGGACUACACCUACAUGACCCAGUGCCUGCAGGAGGAGCGCUACAGGUACGAGCGGCUGGAGGAGCAGCUCAACGACCUGACUGAGCUUCAUCAGAACGAGAUGACGAACCUGAAGCAGGAGCUGGCCAGCAUGGAGGAGAAGGUGGCCUACCAGUCCUAUGAGAGGGCACGGGACAUCCAGGAGGCCGUGGAGUCCUGCCUGACCCGGGUCACCAAGCUGGAGCUGCAGCAGCAACAGCAGCAGGUGGUACAGCUGGAGGGCGUGGAGAAUGCCAACGCGCGGGCGCUGCUGGGCAAGUUCAUCAACGUGAUCCUGGCGCUCAUGGCCGUGCUGCUGGUGUUCGUGUCCACCAUCGCCAACUUCAUCACGCCCCUCAUGAAGACACGCCUGCGCAUCACCAGCACCACCCUCCUGGUCCUCGUCCUGUUCCUCCUCUGGAAGCACUGGGACUCCCUCACCUACCUCCUGGAGCACGUGUUGCUGCCCAGCUGAGUGGCCAGCCACACCAACCCUGUGCUCUCUGGCCCCCAGCUGGCCACACUUCUCCAGGAGGGACCCUUGGACUUCUUUGUGUGUCCAGUUUGGCCUCCUGCCCAAACUGUCCAUUCCAGCAGCUCCUGCCCCCUUCUCUGUACUUGCUUCUGUCUGACACCUUCUCCCUGUUGGCCUGAAGGGAGCUUAGAAUGCAGCCCUACCUGGAGAUAGUGCGGGCACCUGUGGCCAAGUGGAGCAGAGGUGGACAUGGGGUUGGAUUGUUUUGAUUAUUUAUAGUUACACAAGGACUUCUCCCAGCUGACCCUCAGGAUGCCCCAAGUCAGGAAGACCAUUAAGAAUAGGAGGAGAGGGCUCUGCCUCAACUUUCCUAGGAAAGAGCCCACCUCGGAGAUAGCUACGGUUUUCUCUGGUGGAGAUGGUGAGGAUGAAGGCUGGAGAGUGAGGGAGGAGGCUCUGCUGGCCGCAGAGAACACAGGGAUGGGAGGGUCCCUAGCCUUCGGGCACCUCCAGGGCCAGAGAGCAGGCUCAGAGCAGCUAGUGUGGAGCUCAGCAUCCCCACCCCACCCCUCCUCCCUGUAGAGCUGAUUUGAGGCCUCCUUCUGGGGCUGGGCUCUGCAGGCCAGGUGGGUGUGGCCUGUGUUUUCCCUUCUGUUCUUUCUGCCUGUACUGGAUCUGUUAUUUUCAGGGAAACAGGCCCCAGGGCCCCCCUGAGCCUCACCCUAAGCCCUUAGGCCUCUGAGAGUGCUGUUGGGUUCUAUUUAUUUAUUUAUUUGUUCCUUUGUUCCCUACCCGUGCCCCCAGUGUCUUCCCUGCUGAGUACCAGGAGAGGUCCUGCCCCAUCCUCUCUCUGAAGCCAGGGCCCUUCCAUUCCAUUUAGCCUUUGGAUCAUCCUGGCUGGGAGAAGUGGGACCGAGCCACCCAGCCCCACUAUCCCCAAGCAGCCCUACAGCCGGGAUGGGAGGCACGUGGCCUCUCUUUUAUCCGUCUAUUUAUUUUGUAAGUGUAUUCGUGUGGAGGAGGUUGUUGCUUUAUUUUUUUAAGGCUCUGGAGUGUUGUGUAUGGUUUCUUUUCACAUCCCAGCCUCCCAUGGGCACUUCUAAGAAGAGAGGGGAUUUCUUGGAAAAGGAGAGAGGAAUCCCCUAGAGCAGGGAAAGCAGUGCCUGCCAGCUGUUGUGCACCUUCCUGAGAAAUAAAUAUCCUCUAAAUUUUCAAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1720.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1785.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 947.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((.....))).)).((((.((((((((.((((..(((((((((((((.((.((((((((.((((((((.((.(((((((.(((..(((((..(((((.(.(((((.((((((((.((.(((...))).)).)))))))).))))).).))).))..)))))((((....)))).........))).))))))).)))))))))).)))))))).))..))))))).(((.((.((((((((....((((.......))))))))).))).)).)))...(((((.((((.....)))).))))).(((((....))))).......(((((((.....)))...))))....))))))..)))).)))))))).))))......((((((((((((..........(((((.((.....(((..(((((.(((((((((((...((((........(((((((.....)))))))((((......(((((((.((.....((((((.((((.........((.((...)).)).........))))))))))((((.(((((....))))).)))).(((......))).........)).)).))))).......))))))))(((((.((....)).))))).........)))))))))))..)))))))))))))))((.(((((..(((.......))).)))).).)))))))))))))).....((((((((((...(((((((((((..((((((.(((((((((((((((((.(((.......))).))((..((.(((((((((.(((((..........((((..(((((..(((.........((((..((((((......((((...))))..(((((((((((((.....(((((...((...(((...((((.(((.((.((.......)).)).)))...)))))))..)).)))))....))))..((((.((((...((((((((...))))))))..((((((.(((((...((((((((((((((((((...(((........))).(((((.((((....((.(((.((..........)).))).))....))))...)))))(((((((((((((...((.((.((((.....((((..(((.(.((.(((.(((((.(((...(((((((((.......)))))))))..)))...)))))..))).)))))).))))...)))).)).)).....)))))))))))))..(((((..(((...((((.(...((((((((.....)))))))).)))))......)))..))))))))))..)))....))).).))))))...))))).)..))))).....)))))))).(((((....)))))..))))))))).(((......)))..((((((....)))))).((....))..))))))..))))))).)))))...))))..(((......)))..((((........))))....)))))))))))))).))..)).....))))))).....((((..((((.........((((((....((.(((((...)))))..))...))))))..........))))...))))...........((((((((........)))))).)).....)))))))).))))))...............((((.((((((((((((...)).).))))))))).....(((((((((((((..(.(.((.((((......)))).)).)).)))))(((.(((((((((.((.(((((.(((((..((((((((((.....)))....((((((((((((.(((((((((((.(((((.((((((((((....((((((((((((.((......(((((...)))))...((((..((((((((.((.(..(((((.....((((..(((((((.(.((((...(((((((.....))))))).(((((((((((.(((........))).).)).))))))))...(((((((..(((((((((((((((((..(....)..))))..))))))).)))))).)))))))(((((....((((((...(((((....)))))..((((((...((((((((((......)))))....(((.((((((((((..((((((..(.((((....)))).)..))))((((....)))).....((((((............(.((((((((.(.(((.(((((.(..(((((.(((((.(((((((((...((((((..........))))))(((((.......)))))....((((...)))).((((((((...))).......((((((((....(((((.....))))).((((((.((((.(....).))))))))))........))))))))..((((..((((...))))..)))).(((((((((.(..(..(((((((((..((((((((.(((((((.(((.((((((((.(((....))).))..))))))))....).)))))).).))))))))(((........))).........)))).)))))..)..))).)))))))......))))).....))))).)))))))))))))).))))))))).).)))))))).))))))).....((((((((((.(.((((....(.(((((((.(.((((((.((((.......))))....))))))).))))))).))))).)))))))))))......))..)))))))).)).)))(((((((.(....).))))))))))))))))))(((((((((.((.(((((((.((((((((.(((((((.(((..(((((..((.((.((((((....)))......))).)).))..)))))..)))))))))...).)).)))))).)).))))).)).)).)))))))..((((..((((((....)))))).))))))))))))))).)))).))))))))..))))....)))))..).)).))).......((((...(((((((.(((..........)))..))))))).))))(((((.(((....))).)))))))))).)))).)).))))).)))))))......((((((((((((((((.....))))))......(((((((((((..(((........)))..))))).(((((........))))).((((..(......)..))))..)))))).........))))))))))...(((((.......)).)))))))))))))))))).)))).)))..)))))).)))))))))).(((((((.............((......)).............))))))).((((..(((((...))))).)))).((((..(((((((((....))))).).)))...))))..................)).)))))))))).)))))))))))))))).)))..))))))))......((((....))))))))..((((((((((....((((((((((((..(((......((((.(((........((((((((((((.(((((((.(((((((((.((((...((((...((.........)).))))))))((((.....))))(((((((((.((..(((((((...)))))))....)).)))))))))......((((((......)))))).)))).)))....)).))))))).))))...))))))))..))).))))........)))..))))))...))))))....))))))))))...((((.....))))......).)))))))))).)))).))))))...((((((................)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((,({({(.{,,((...((((((.((..((((.(((((.((((,,{(((,((.((((((((.((.(((((.((((({((((((((((((((((,(((({(((({((((.((((((({...,(((((((.((((((((..,{,{(({{((((({,{{(({(((({((,..|||{{||,.,,.)).)).})))))))}})))).))).))))))))))))}||||}{{{{|||}||,,{(|{({,..{|{|,,|,{{||||{{|{||.,|||.((((((((..(((((.((((.....)))).))))).(((((..,.}}}})..,||||({{{(((.....)))...)))}...{((((((.,(({,{{{.,,,,((((((......,,,,,|||||||..........,||,.((({........}|||,,,(,,(((,((,({{{..,,........{({{(((,,...}}}}}))|||,.|....(((((((.{{.....((((({,((((.........((.((...)).))....,....))))))))))((((.(((((....))))).))))...({{{{{......,,,,},,}),))}}}))).......})).)))),)}}}}.,)).}))))))))))},.....))))}))))))}.)))))))))),)),},,,}||||,}||}.}}.}}})))}))))...))))))),),)))).,...((((,,..}}}}{(((((((,,,........,.}}}}||||,,,,}})))))),...}}}.))))})}...{(,(((,{.(((((({.....}}}},.}}..)}})),|{{|,|{{{{.|{{{|{|,....(((((..((.(((.{(((..{((((....))),}}.,)))}.))).))..)))))(((...((({.(((.((.((.......)).)).)))...)))),.....}}}...})}}}}},,..))))).}))),.((((((((...))))))))........,})))))...).))))).))))).)))).))))))...}})))),})))).))))).)))).)))))))).}}.....))))))))),.|..((((((((((((((((((((((((,..((,((.(({(,.{..((((..({,.(.({.(((.(((((.(((...(((((((((.......)))))))))..)))...)))))..))).)))))),}))}.,,)))).}}.)).....))))))))))))),,{{.,,.......(((((((((.((((((((.....)))))))).{{.((((.(((.((((((((.(((((.((((.((((((,(,(((((.........))))).,),.))))))))))...(((((....))))).......))))))).)))))).))).)))),|}.{((((,...,,..}})),((((.(....)))))...(((,{((((((..(((....,,|||..((((........}}))..,.,},..||||,.((((((.((,....,)).)).)))).}}},...}}|},,......((......)).)))))))))).,,....})),,)))}}||,{{{{{,||{{{{{,.(((......)))..,,,,((((((........)))))).((((.,{{.((((.((((.{(((((((.((((({((((((((((((((((((((...}).}.)))))))|,.....(((((((((((((..(.(.((.((((......)))).)).)).)))))(((.((((((((,,((.(((((.((((,.,((((((((((,,,,.|||{,..((((((((((((.(((((((((((.((((,,((((((((((,{{.((((((((((((.{,,{..{{{{(((...)))))}..((((..(((((,{{.((.{..(((((.....((((..(((((((.(.((((...(((((((.....))))))).(((((((((((.(((........))).).)).)))))))){{((((((((..((((((((((((({(((..(....}..))))..)))))))},))))).))))))))||((,{{,(,(((({..(((((....))))),,({(({,.,,{|||,(((((......)))))..,{(((,{,{{{((((({,({((((..(,((((....)))).),.))))((((....)))).....((((((............|.((((((((.(.(({{(((((.(..(((((.(((((.(((((((((...((((((..........))))))(((((.......)))))....((((...)))).((((((({,,.|||..,....((((((((..,.{(({{.....}||||,((((((.((((.(....).)))))))))),,}}.,.,))))))))..((((..((((...))))..)))).(((((((((.,..(..((((((((((.(((,((,...||{|,({((.((.((((((.(..((({{.|{||..,,||||,|....}})))}}),).)))))..).||}}}}.}}.)))}..,})).))))))))}))..)..,)).))))))),,....))))).....))))).)))))))))))))).))))))))).).)))))))).,)))))).....((((((((((.{.((((.{..(,(((((((.(.((((((.{{((,......})))....))))))},))))))))})))).,))))))))))......||,,|,}|}}}}.|||)))(((((((.{....).))))))))}))}))))}}{{{|{||||,{,,(((((((.((((((((.{((((((.(((..(((((..((.((.{{{,{{,,.,|,,.....,)})})).))..)))))..)))))))))...}.))}}))))).)).))))),)),),,))))))},.{(((..((((({....}))))).))))||},,}}))),.)))).))))))))..))))....)))))..}.)).}},.......((((...(((((((.(((..........)))..))))))).))))(((((.(((....))).)))))))))).))))})).))))),,)))))).}}...((((((((((((((((.....))))))......(((((((((((..(((........)))..))))).(((((........))))).((((..(......)..))))..)))))).........))))))))))..,({(((.......))}})}))))))))))))))).)))).)))..)))))).)))))))))).{((((((.............((......)).............))))))).((((..(((((...))))).)))).,{{{..{{{{{{{||}}}.}}))),).))),..}}}}..................,,..)))}))})),)))))))))))))))}.)))..)))))))).||..(((((((((...........)))))).)))..}}.})))))){{({{{{,(.{,,,{{{..,|||.,,|||{|||||||,}.||||||,..,.((,,{...|{|}|}||,||||...{{........,)),)))))))},})|..}})))},(((((((((.((..(((((((...)))))))....)).)))))))))))}.}))))}.)))))))}.)))).)))),).)),)))}.}))))}}}}}}}....,{|||||,....})))}.|||{,..}})),,((((((((((((...........)))))))))))).{.(((((.{......}.))))),.)))))))))))......{{((({................,}}}},.....
Back