Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014871.6
Sequence Length
4523 nt
GC Content
0.5065
GCCGUAGUGGUUAGGUUGAGCCCUAGGCGUGGGGGAGAACUGGGGAAACUGGAAUUUCCCGCGGAGCUGACAGCGCUUGCGCUCCCCCUACUCGUUCUAAUUCCACGCGCUCCAAAAUAUCCGCCAUGGAGAAAUCUUGGCCAGGAUGUCCAUUCUAGGCCCAUCGGUGCUGUCUUGCUGAAGGUUGGGUCAGGCAUCUAAAGGGACUGUGGUAAGGGAGGGUGUGACACAGGUGUAAGCUGCCAUCGUCAUCAUGAACUUUGAGGGUCUGGACCCUGGACUGGCAGAAUAUGCCCCAGCCAUGCAUUCUGCCCUGGACCCUGUCUUGGAUGCCCACCUGAACCCAAGUCUGCUACAGAAUGUGGAGCUGGACCCAGAGGGAGUGGCCUUGGAGGCUCUUCCCGUCCAGGAAUCAGUGCACAUAAUGGAAGGUGUCUACUCUGAAUUGCACAGCGUGGUGGCUGAAGUGGGUGUACCUGUUUCCGUCUCCCACUUUGACUUGCACGAGGAGAUGCUGUGGGUGGGGAGCCACGGGGGCCAUGCCACUUCAUUUUUUGGCCCAGCCUUGGAGCGCUACUCAUCCUUUCAAGUCAAUGGCAGUGAUGAUAUUCGGCAGAUCCAGAGCCUGGAGAAUGGUAUCCUUUUUCUCACCAAGAACAACCUCAAGUAUAUGGCCCGUGGGGGCCUCAUUAUAUUUGAUUACCUGCUGGAUGAGAAUGAGGAUAUGCACAGUCUCCUACUGACUGACAGCAGCACUCUACUCGUUGGUGGGCUGCAGAAUCACAUAAUAGAGAUUGAUCUUAACACUGUCCAGGAGACUCAGAAGUAUGCAGUAGAGACGCCUGGAGUCACCAUCAUGAGACAGACAAAUCGCUUCUUCUUCUGCGGCCACACGUCUGGCAAGGUUUCCCUGAGAGACCUCCGUACUUUUAAGGUGGAACAUGAGUUUGAUGCCUUCUCAGGAAGUCUGUCAGACUUUGAUGUGCAUGGCAACCUGCUAGCUGCCUGUGGCUUCUCCAGCCGCCUCACUGGCCUGGCCUGCGACCGUUUCCUCAAGGUGUAUGAUUUGCGCAUGAUGCGUGCCAUCACACCACUUCAAGUACAUGUGGAUCCUGCCUUCUUGCGCUUCAUUCCUACAUAUACUUCUCGUCUUGCUAUCAUCUCUCAGUCAGGGCAGUGCCAAUUCUGUGAACCCACAGGCCUGGCCAACCCAGCCGAUAUCUUUCAUGUGAAUCCUGUGGGGCCUCUGCUAAUGACAUUUGAUGUGUCAGCCAGCAAGCAGGCUCUGGCCUUUGGGGAUUCUGAGGGCUGUGUGCACCUCUGGACUGAUUCCCCGGAGCCUUCCUUCAACCCCUACUCCCGUGAGACUGAGUUUGCUUUGCCGUGUCUCGUGGACUCACUGCCUCCUCUGGACUGGAGCCAGGACCUGCUGCCUCUUUCCCUCAUCCCUGUCCCACUCACCACUGACACACUUCUCUCUGAUUGGCCUGCUGCCAACUCUGCUCCAGCUCCCAGGCGAGCACCACCCGUGGAUGCAGAGAUUCUGCGCACCAUGAAGAAGGUGGGCUUCAUUGGCUAUGCGCCCAAUCCCCGCACCAGGCUGCGCAAUCAGAUACCCUACAGACUCAAGGAGUCAGACAGUGAAUUUGACAGCUUCAGCCAGGUCACUGAGUCACCAGUAGGACGAGAAGAGGAACCACAUCUCCACAUGGUUUCUAAGAAAUACCGCAAGGUGACCAUCAAAUAUUCCAAGCUAGGGCUGGAGGACUUUGACUUCAAACACUACAAUAAGACCUUGUUUGCUGGAUUAGAGCCCCACAUUCCCAACGCCUACUGUAACUGCAUGAUCCAGGUGCUCUAUUUCCUGGAGCCUGUACGCUGUCUAAUUCAAAACCACCUUUGCCAGAAGGAGUUCUGUCUGGCAUGUGAGCUGGGCUUCCUGUUUCACAUGUUGGACCUCUCUCGUGGUGACCCUUGCCAGGGCAAUAAUUUUCUUCGGGCAUUCCGUACUAUUCCUGAGGCCUCAGCCCUCGGUCUAAUCCUGGCUGACUCAGAUGAGGCCUCAGGCAAGGGCAAUCUGGCCAGGCUCAUUCAGAGGUGGAAUCGCUUCAUUCUCACUCAACUGCAUCAAGAUAUGCAGGAGCUGGAAAUACCACAGGCUUAUCGAGGUGCUGGAGGCAGCAGCUUUUGCUCAUCGGGGGACUCUGUUAUUGGGCAGCUCUUCAGCUGUGAGAUGGAGAACUGCAGCCUCUGCCGCUGUGGCAGUGAGACCGUGCGAGCCUCAUCCACUCUGCUUUUCACACUCUCCUACCCUGAUGAUAAAACUGGGAAGAACUAUGACUUUGCUCAGGUGCUGAAGCGAAGCAUCUGCCUGGACCAGAAUACACAGGCCUGGUGUGACACCUGUGAAAAGUACCAGCCCACGAUUCAGACCCGCAACAUCCGCCAUCUGCCAGAUAUUCUUGUCAUCAAUUGUGAGGUGAACAGCUCAAAAGAGGCUGAUUUCUGGAGAAUGCAGGCUGAGGUUGCCUUCAAGAUGGCAGUAAAGAAACACGGUGGGGAAAUCUCCAAGAACAAGGAAUUUGCUUUGGCUGAUUGGAAGGAACUAGGGAGUCCAGAGGGUGUGCUGGUGUGUCCCUCCAUUGAGGAGUUGAAGAACGUCUGGCUUCCUUUCUCCAUUCGCAUGAAGAUGACCAAAAACAAAGGGCUGGAUGUUUGCAAUUGGACUGAUGGGGAUGAGAUGCAGUGGGGCCCAGCCAGGGCAGAGGAGGAGCAUGGUGUCUAUGUGUAUGACCUGAUGGCUACUGUGGUACACAUCCUGGACUCACGCACAGGGGGCAGCCUGGUGGCUCACAUCAAAGUUGGAGAGACCUACCACCAGCGCAAGGAGGGCGUUACUCACCAGCAGUGGUAUCUGUUCAAUGACUUUCUUAUUGAACCUAUUGAUAAGCAUGAAGCUGUGCAGUUUGACAUGAAUUGGAAAGUACCUGCAAUCCUUUAUUAUGUCAAACGGAAUCUCAAUUCCAGAUACAACCUGAACAUCAAGAACCCUAUUGAGGCAAGUGUCUUGCUGGCUGAAGCCUCGCUGGCACGGAAGCAGCGGAAAACACAUACUACCUUUAUUCCACUGAUGCUGAAUGAGAUGCCACAGAUUGGGGACCUGGUGGGUCUGGAUGCUGAGUUUGUCACCCUUAAUGAGGAGGAAGCAGAGUUACGCAGUGAUGGUACCAAGUCUACCAUUAAACCAAGCCAGAUGUCAGUAGCCAGGAUUACCUGUGUUCGGGGCCAGGGACCCAAUGAGGGUAUCCCCUUCAUUGAUGACUACAUCUCUACCCAGGAGCAGGUGGUGGAUUACUUGACUCAAUACUCGGGUAUAAAGCCUGGUGACCUCGAUGCCAAAAUUUCCUCCAAGCACCUAACAACUCUCAAGUCUACCUACUUAAAGCUUCGUUUUCUCAUUGACAUUGGAGUCAAGUUUGUGGGUCAUGGCCUGCAGAAGGACUUCCGGGUCAUCAACCUGAUGGUGCCCAAGGACCAAGUCCUUGACACUGUCUACCUGUUCCAUAUGCCCCGAAAACGAAUGAUUUCCCUGCGAUUCCUUGCUUGGUACUUUCUGGACCUGAAGAUUCAAGGGGAAACCCAUGACAGUAUUGAGGAUGCCCGCACAGCCCUUCAGCUGUACCGAAAGUAUCUGGAGCUAAGCAAAAAUGGCACUGAGCCUGAGUCUUUCCACAAGGUGCUCAAGGGUCUUUAUGAGAAGGGCAGAAAGAUGGACUGGAAGGUGCCUGAGCCUGAGGGCCAAACAAGUCCCAAGAAUGCAGCUGUCUUCUCCUCAGUGCUGGCGCUCUGACUACCCUUCCCAAAGAACCACGGCCCUCUCCCUUUACUGUUCUAUAGCCCCAGAACUGGGAGAUGGCUUCCUAAGUUGGCUAUACCUUGUCCACUUCCAGUACUGGACGUGCUCAGGGUCUAGGGUCACAGAUGGUGCUAUUAAUUGAACUGGAACACAGCAGAAUUGUUGCAAAGGUUCUAGGAGCCAGAUUCAUUCCUUCUUCAUUCUUUGCAAAACAGUGGUACAGACAUGGAGUCUAGAAUUGACCCAGAUGGAAAGUAAUUGGUAUUCUUAAUAUCCUGGGUGACUAAUAUCCAGGCAGAGAAGCUCCUGGAACCAUAACUGUAAGUUCCUAGCUGGCUAGGGAUUGAAGUCCUGGACAGUGACAGAGGAUACCACAGUAGUUCAAGACUUAGCACAAGUCACCAACUGCUUCAGGGAUACCUGGAGGGGCCAGCAAGUAGAGUGUUGGUGGCCCAAGCAAACCAGUGUUGCCAAUACCAUUGCCAAAAGGGCCUUUGGAUCCUGGACAAAGCUUGGCUGCCGGCUUCAUUUAUUCCUGCUGAUGGCUGAGAAGCAUCUGUCUUCCAUCCCACUUGCCUGUCCCAAGUUUUGUUCCAUUUUUUAAAAAUUUGUUGUAAACUGCAUGUUUUAUAAAAUAAAAAUAAAAUAUCGUUUGUUAUUUAUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1572.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1654.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 1103.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((.((((......))))))))))((((((((...((((.....))))..))))))))(((((.(((((((((.((((........................))))......((((((((((.(((....)))))))..))))))((......))......))))))))).....((((.(((((.((((((..(((((((((((((((..(((((((.(((.....((((((..((((((((((....))))...((.(((((....))))).)).))))))..))))))((((((((.(.((((((((((((((((.((((((((......(((...(((..(((((........)))))..)))...))).(((((.(((((...))))).))))))))))))).(((((((.(((...((((((((((.((((....((((.(((((((.(((((((((((((.(.((........))).)))))))(((((((...(((((.......(((((((.(..(((.((((((((...............))))))..)).)))..).)))))))))))).)))))))..((((((((((..((((..((..(((((...)))))...))((((((((.(((((((((.(.......(((((((((.(((((....)))))....))))))))).......)))).)))))).))))))))...(((((.......)))))...(((((...(((((....)))))))))).))))..)))....((((....))))..)))))))(((((((...((((((..((.((....))))(((...(((......)))..))).......))))))))))))))))))))))).))))))).(((((((((((((((....)).))))).))).)))))..))))..))))))))))...(((((((...))))))).....((.(((((...))))))).((((((((.(((..(((......(((((.((((((.((.((............((((((((...((((((...)))))).))).))))).....(((((.(((((((....(((.....).)).....))).)))).))))).................)).)))))))).)))))......))).))).))))))))..((((..(((((..(((.((........)))))))).))))))..((((..((((((.....))))))...)))).((.((((((((.((((.((.((.((((((((((((((((((((...((((..((((((..(((((((((...(((((....(((((((((((.((.......)))).)))))))))........(((((((((..((((.....((.((((((((.((((((((.((((...((((...........((((((((.....((((((((((((.(((...((((((((((((((......))))........)))).)))))).....((.((((........)))).))......(((.....)))........))).)))))....)))))))(((((((...(((((...)))))......((((((.((((((..((((((((.....(((.((((((((((.((.....((((((((..........))))))))......((((....)))).....................(((.(((.((.((((((((.((((((..............))))))..)).)))))))))))....)))..)))))))))...(((.......))))))))).....)))))...)))...)))))).))))))....(((...(((((((.((....)).))))))).)))..((((((((((((((((.((((..((....))..)))).....((..((((((((((...(((((((.(((..((((.((((...((((((((((((....((((((.......))))))......))))))))))))...((((..(((((((((((.....(((((.((((...((((((((((((((.....(((((..((((.((..(...(((.....))))..)).))))..))))).((((((.((((((((..(((((..(((((..(((((....))))).)))))....)))))..))))..)))).))))))(((.....))))))))))..))).))))....)))))))))..............((.(((.............))).))....(((.((((((((((...))).))))))))))..)))))).)))))...((((((..((......))))))))..........))))....(((((.((.(((...((((..(((.(((.((((....))))........((((........)))).....))).)))...))))...))).))))))).(((((........)))))...........)))).))))..))).))))).)).....)))))))))).....))..))))).))))))))))))))))))...))))))))((((....))))(((((..(((((((((((..(((((.........(((....))).........)))))))))))))))).))))))))).)))))))).)))).)))))))).))...))))..))))))))).((.(((.((((((((((((.((............)).))))))))...))))))).))..)))))...((((((((((((.((.......))..))).....))))))).)))))))))))..............((((((((((((((((((.....)))))))))..........((((......)))).(((((((((((...(((..((....))..)))....)))))))))))(((((....)))))((((((..(((.((..............)).)))...))))))(((((((.((....)))))))))(((...(((.((((.................)))).)))...)))....)))))))))....)))))).((..((((((((((((((((.(((((...((((......))))..))))).))).))).((((((((.......)))))))).(((((((.((..(((.((((...((((((..(((.((((((((..(((....((((((((.....))))))))((((....))))....))).((((((((((((....(((((((........)))))))....)))(((((((((.((.(((........................((((.((((((.........(((((...)))))......))).)))))))....(((((((((....))))))))).)).).)).)))))))))....(((((((..(((((((...))))))).))))))).)))))))))....)))))))).)))..))))))..)))))))..)).)))))))....)))))))))).))..(((.(((....))).)))))))...)))).)))..))))))))).))))..)).)).))))...))))))))..))....))))))))))...(((((((((....)))).))))))))))))........))))))))).))))).))))..((((((..((((((((((....(((.((..((....))..)))))....))))))).))))))))).....)))))))))).....))))))).....))))))))..(((((........)))))((((((((((((((...(((((((((.((((((..(((.((((....)))).)))..)))))).))).......(((.((((((....(((((((......(((((....)))))....((((((((((((.(((.........)))...((((((((......((.......)).(((.(((.......))))))((((..(((.(((....))))))..))))(((((((.....)))))))))))))))))))))))))))...(((((....((((.((((.((((((.......)))))).)))).....))))....))))))))))))....))))))..))).)))))).(((((((....)))))))((((((.(((........))).))))))..(((..(.(((.((((((...(((..(((.....)))...)))....))).))).))).)..)))((((((((...........))).))))).)))))...))))))))).......)))))).))))).)))))))))..................((((...(((((((((((.........))))))))).))...))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{(((.((((,((,,{{((((,...,((((((((.(((((,{((({{,..,,..,})))){,(((((.,.,,,,..,}}))))))}},,,...)))))..))))))))))},,},..||,||||,|}||(,...,,,,|||{{||||,|,.|||||,||||{,(({(({{,,,..,|}}||,||{((((,({((({..,,,(((({(((((((..((((((((({,.....((((((..((((((,{((,...|,}}...,{.(((((....))))).)).))))))..))))))((((((((.(.((((((((((((((((.{(((((((......(((...(((..(((((........)))))..)))...))).(((((.(((((...))))).))))))))))))}.(((((((.(({..{(,..(({.{({{,,{,...,{{.(((((.,((.(((((..((((((((((((((((((.(((((((..((((((((...(((((.......(((((((.(..(((.((((((((...............))))))..)).)))..).)))))))))))).)))))))))))..(((((((.((((((({..((((((.((.(((((.{(((((((((.(((((((({,(.......(((((((((.(((((....)))))....))))))))).......)))).)))))).)))))))).}.}|.))))),,{((.{{{..{|,{((.((((.,,((((((((((((((((((.........,({((.{,,{||.....{{{((((((.({((({{..{,........,,,,).,))}))}}}.}}....)).)))))...,}}),.,,,,..))))))))))...{(((.{({.,{(((((((((((((((....)}.)}}}},})).))}}}.,..))}.}})){{{,,..}))..((((.((.((((((((((((...(((.(((.(((.(((.((((((((((((((..{.(((...(((((..((((({{{,............((((({((,..{(((({...}))))).})),))))).....(((((.(((((((....(({.....}.)).....))).)))).)))))...|,,{(((..(((((((((((((,{.((((.((((..((((((....))))))..)))),...((((((..(((({{{(((((((((.....((((((((((((..((((((.....))))))...)))},).)))))))(((((((((,...,)))))))))..((((((((((((((,...{(((.((..((((((.(({.,((({{,..(((((,,,({,,{({{{{,,{(({{.{{|((((((.(((((((((((((((({....((({,((((.(((((((((((..{(((({{.(((((.{,,{{{......|,.........((((((.(((((((..((((....(((((,.(((({{,((,(((((((,,.(((((.((((({...}))))}..))))}..{,,{((({{||..,,,|||..|||||,,}},..,,,}},}.||{{|,||,.{{{{{,.,.{,...(((((...)))))....,,,|{|||,||{{||..|||||,(({{{.{{(((.{,(((((((.((.....((((((((..........))))))))......{(((....))))....,.......,,,..,,..{{|,|(|.((.((((((((.((((((.........,....))))))..)).)))))))))},....}}}..))))))))),.}}}.}}}}}}}|,)))}}}}.....))))))}),}|{|,|}||||,,}}}}}...,}}}}}||,,{,{{,((((....(((((((((((((({.((,...)),),))))))))))))))}})}})}}))))).{{||}}}},))),............,|||,,..})),},....((((((((((((....((((((.......))))))......))))))))))))...)))))...))))))))).)).))))))(((((({......}))).}}}....((((((......))))))))).})).......)))))...}}.)))).}..))))))))))).)))))))).})))))))(((({((.,,..((((((....))))))..)))))))....(((((.......))))))))))))))...(((.((......)))))..(((((((((((...,,((.(((.............))).})....(((.((((((((((...))),,)))))))))..(((((............)))))..((((...))))))))))))))).....})}}}}.,,||}|,.|||,..,,.{{,,(({,(({((,,,,..,|||{{{....,||,})}}}.{{{{{{....}})))}),,.}}))))},.,)},))))})},|{(((........))))},.......)))))))))).{{,,{((.....,,,|},.,}}||,,,}),}))..))))))..)).))))))))))))))))))){((.{.....}.})}..,,((((..((((..,....,,)))),,,.)}}}))))))))))))))).............))))))....,}})..,,.)))))).})))))))...)))),})))))..)))))))).}.)))))))).{((.((((((((((((.((..,.........)).)))))))}..,)))),),..)))))).))))))..))).))))))))))))))).)).))))...}))))))))..,)}))})})}}.}|,,,||||}|||(((((((((((((((.....))))))))).....,....(({{...,,}}))).(((((((((((,..(((..((....))..)))..,.)))))))))))(((((....)))))||||||..,,,....,{{{,,..{{{,,||{}||{,.||||||{((((((.{,.,,|,,}}})))}{{{...{((.(({{...............,.|})).)}}...}})..,,))})))),),}.,})))}..})))))),))))))))))))))))))))).......)))).)))))))).)}.}}....((((((((.......)))))))).(((((((.((..(((.((((...((((((..(((.((((((((..(((...(((((((((....,)))}))))|(((....)))}....}}}.((((((((((((....(((((((........)))))))....))){((((((({{(({(,,,,..........{{{|..........,...,{{{......,,,,...||}|.},},,....,})}}.,}||||||,,,|((((((((....))))))))}.|)}}|}}|))))))))}....(((((((..(((((((...))))))).))))))).)))))))))....)))))))).)))..)))})),.)))))))..)).))))))).......,,.(((.({..,(((.(((....))).)))..,,.)).))),,)))))).)))))}},},))))).,,|,.,}....}))}}}}...)}...}))))))))).,,{{{({{{{|,,..,})).))))})))))))........))))))))).))))).))))..((((((..((((((((((....((,{((..({....})..)))))....))))))).))))))))},}..,}))))))))).....)))))))}},},||||,,},..({{{{........))})},|||||{({(({,{{..,{{{||((|.((((((..(((.((((....)))).)))..)))))).}}}||},,,.{{{,((((((....((((((({.....{{(((....})))),...((((((((((((,.||,,,,..|,.}},...{((({{((....,,,|,,,,,.,,,,|||.|||}}},,,,}||{{|{{({..{{{.{{|.,..}||}}}..}))|||||||,.....,})))}})}}))))}))))))))))))...(((({..{{((((,({{{.||||||||....})))))).)))}...,,|))),...}))))}))))))....)))))).,))).,,}}||.(((((((....))))))){|{{(({(((((,({,.({{(((((|||((((...((((.{,,.((({..{{,,,{{{....,))}..}))),.,)))).,...))))))})))))))..,.,,,,,,..}}}}|{|||}}|,||}}}..,}})),}))),,.....))))}),)))))|||||{{{..,,,(({{{(((({.(((........))).})))),,)))},...}}))}}}},,,.}}}}}},},..,,,..
Back