Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014886.6
Sequence Length
4337 nt
GC Content
0.3270
ACUCUUUCCUGUCCCGGCCUGCGUGGUGUGGGCUUGUGGGUCUUUGAGACCCGAAAAUUGAGAGCGUUUUCGCACUCCAGCGGCUGCUCCUGGCGGCUCUGCGGCCGUCACCAUGCCACAGAAUGAAUAUAUUGAAUUACACCGUAAACGCUAUGGAUACCGUUUGGAUUACCAUGAGAAAAAGAGAAAGAAGGAAAGUCGAGAGGCUCAUGAACGUUCAAAGAAGGCAAAGAAAAUGAUUGGUCUGAAGGCUAAGCUUUACCAUAAACAGCGUCAUGCUGAGAAAAUACAAAUGAAAAAGACUAUCAAGAUGCAUGAAAAGAGAAACACCAAACAAAAGAAUGAUGAAAAGACACCACAGGGAGCAGUACCUGCCUAUCUGCUGGACAGAGAGGGACAAUCUCGAGCUAAAGUACUUUCCAAUAUGAUUAAACAGAAAAGAAAAGAGAAGGCGGGAAAAUGGGAAGUCCCUCUGCCUAAAGUACGUGCCCAGGGAGAAACAGAAGUAUUAAAAGUUAUUCGAACAGGAAAGAGAAAGAAGAAGGCAUGGAAGAGAAUGGUUACUAAAGUGUGCUUUGUUGGAGAUGGCUUUACAAGAAAACCACCUAAAUAUGAAAGAUUCAUCAGGCCAAUGGGCUUGCGUUUCAAGAAAGCCCAUGUAACACAUCCUGAACUGAAAGCCACCUUUUGCCUACCAAUACUUGGUGUAAAGAAGAAUCCCUCAUCCCCACUGUAUACAACUUUGGGUGUUAUUACCAAAGGUACUGUCAUUGAAGUAAAUGUGAGCGAAUUGGGCCUUGUGACACAAGGAGGCAAAGUUAUUUGGGGAAAAUAUGCCCAGGUUACCAACAAUCCUGAAAAUGAUGGAUGUAUAAAUGCAGUCUUACUGGUUUGACAGCAAUUUCAUAUAUAAUUAUUGAGGACUACACACCAAUUGAAGAAACUGCCAUUACUGUGAUGUUUCUGAAUACUACCAAACAGCCAUACAUGUCUGCAAUGAAGAGAUUUAUUAAAUUGUAAACAUUAAAGUGGUCCAGUUUUAUAAAUGGUCUUUAUUUUGAAAUACGCUUUGACCCCAUGUUCAUAAAACUGAAUGAUUGAAAAAAAGCAAAUAUACAAAUAUCCUACUUCAUCAAUAUCUGCAUUUGUGAGUGGGUAUUCAGCAAUUUCCUGAAAAAACCACCAGUGUUCAUUGAAAAUGCCUUUCAAAAAGGUUAAUACACAAUUAUGUGUCUGAGAAUUUAACUGAAGUAUCUUCAAAAUCUCGUUAAUCAUUAAUCCUAAAAAAGGUAGGUAGCAUUAAUACAGAUGUUAAGUUUAUAGUGUUUGUUUACACUAGAAGUAUGUGAGAAGACACUAAAAGUUCAGAAAUCUUAGAGAAAUCUUUUCACCUGUGAAAUCCAGUACAGCAAAGGUCUAGUGAAUUCACAUUCUAAACAUUUUUUUCAUCUCAUUUACCAUGUAUAAUAAUACCUACUUGGCACUAUUUUCUACUUGAAUCAUGAAAAUGAAAAAAAUAUACUAAAGUCUUUGUACUCUCUUAGCAUUUUCUGUAUUCUAAACAAUAUAUUUAUACUUUCAGAAUAGUAUUAAGAAUUAGUUUAAGUAACUCCAGCUAAGUUUUAAAAGGAAAAAGAAGACUGCACUGAUUCCCUGAGGAGAAAUUUAUUUGCAGUUACUUAGAUGAUGUAAAAAGGUAAGGAUUUACGGUUGUAACUUGGUGAAAGCACUUUUGUGAUCUGUUAUAUGUUGUGGUUUUAAGGAUGGCGUAUAUUACAUUAAUCUAUAAUCACCACAUUGUUUUAAAUUGUUUAUUUUUUUUUUAAAGAAGUCUGUCUUCAGAGUACAACCAAUGUGAUUAAUUGUGCCUUUAACAAAGUCAUUCAAUGUCUAAACAAAUUCAGUAUCUGAAACAUCUUCAUGAGGAAAACUGAAGGAAAGGAAUUUAAAAACACAGACCAGGAAACAAUCACAAAAUAUAGGUUUAAUUACUACUUUUAAACUUAAAAAAAAAUAAAAACCAAGAAAACAAACAUAGGUACUCCAGUAAGACUUGCUACUCUGAAUAAUGUAACAUUUUUUCUAAGUUCUAUAAAUAUAUACUGGAAGUUUUAGAACACAUACAGACGCUUAGGAAAAGAAAGGCUAGUUCCUUGGAAAUGACGAUCCAGGAUGAUACAAUCACUUGAUGACAGAAGGUAAGCCUUUCUUACAAUUAGAUUUUAGCAGAUAAUUUUACCACUAAUAUAAAUGGGUGAUGUGUGGAUCACAAGUUCUAGAAGGCGAAUAAAAAUACUGACUCCAGGUAAUUUCUGGAUACUACAAAAAUGAAGUUUGCUUGUUUUUUUUAGAACCAAAAAUACUAUCUUGUAAGGUACAAAGAAAGCUUGAUAUUAAGUAUGAAAACAUAAGCAUAACAUUUGUAACUAAUCACACCCAUGAAAGACGACUAGAUGACACCUGAAACAUUUUUCAAAAUACUGUAACACAGAUGAGUAAUAUUAGUAUAAAUUUUUUAUGUACAUUAAGAUCUGUUUCAGUUUGCUGGUGUGACCAAACCUUAGAAGGUAAUCCCAAGGGAUAAAGCAGAACAUAAGAGCAGAUAUUUAGAUAUUAGUACAGGCUCAAUUUGAUGCAAUCAUAAACCUUCAAGAUUUCUAGUCACUGAAACCCCAUUGUAGGUAGUGUUCUGGAGUCUGCUAUAAGUAAAUCUUUAAUGACUAGAUGUUUUCCUUACCAUCUACACUGAAUGGAAAUACCAUGAAUAUAGACACAUUUUAAGUAGAAGACUGACGUUCUAAAUCAUGCUGUUUGAUUUUAUAAAAAAAUCAUAAUAGACCCUCUCACCUUUAAAAGUUGUAGAGGAGCUUUAUAAUAAAUUCUUAAAUAUACUAAUUUCUGUGAUGUCUAGCAAUUGAAUAAUUUAAACUUGAAAGAACUAAAAUACUAAUAACCAUCUGCUUUAUAUUACACAAGGAAAUAUACACGUAUGUACAUAAAAAGUGAACUCCCUUCACAAAUAAGUUCACAAAGGACUAUGUGUAAUGUGACUGGACAUUCAACAACUAGACUAGCCGGUUGAAAUCACAUUUUCAGUCCUCUGUAAUUGUGAAAUUUUUUCUAAUGCCUUGCAAAAACUACAGAUAACUGAUUAAGUUCAUGUAGGUUCCUUAUUGAAGAUAAAUUGUGGUAUAAAUUCUAUACUCAAGUUACUGAACAUGAGAGUUAGGUUUUUCCAAGUGAUCUAACUUUUCCCUCUAUAAUCUAUAAACCCCAAAAUAACAAUUUCUGUCAGAGAGAAUCUGUAACAGAAGUGUUCUUGUGUGCUGAACAAAAAACUUCUAAAUUGUUUACAAUUCACUUACUAUUUAACCCAAACAAGUUUAACAAGAAUAAGUUUAUACUGUUAGCCCCCAAUGGUCAUAUAUGAUUAAUAAACAUUUUUUGUAAACUCAACUAUAUUCACACAUCAAGAGUUGAGCCAGUGAGCUCAAUCUUUAAAAAACUACACUUGUCUAAAGAAAGUCUUUUAGUGCUCACUUCGGCAGCACAUAUACUAAAAUUAGAACAAUACAGGGAAAAUUAGCAUGGCCCCUGUGCAAGGAUGACACAAAUUCAUGAAGCGUUUCCAUGUUUAAAAUAAUUUGAAAAGAAAGUAUUUUAAACAAAUCCAAGUAAAAAUAAAAUAUCUACAAGUGUUUUCAAAUCUAAGAAAUGAAACAUGUAAAGAUUAAGAAUUUACUGAAUCUUAACAGAGUAUUUCCCUUUGUGAUAUUGACAGAAGUUUCUCAUAAAAUGUAUAAAACAGCAUAAAUGUUUGGUAGAUUCACUAAUAGUAGUCAUACUUUUUUUUUUUUACUUAGUAUUAGCAUUUGUUGAAAAAAUAAAUGGCCAAAGUGCUUUAAUUUUCAUUUAGAAUGAAAUAAUCUGGCUUACCUUUGACUAAUUAAAGAAAAUAUAGGGUAAUACAAUUGUUCAAAAUCUAACACAAAUAGGAGCGUUUACUAUUUUUGUCUGCUUUAAGAUUUUAACUUGAUCGAAAAUACCAACAUCCCCAAACAAAAUUUACUGACCUGACAUCAGCUUACUAUAGACUGAAUACACUUUCAACAUCAGUCCUUAGCUACCUCAAAUAAUGACACAAAGUCUUAGUUUCUUUUGCAUAAGGAUCAAGAUCAAGCUAUUUUUAAAACAAUUUAAAUGGUCUCAAAACAUUCUCCAACUUAAGUGCAAAUUUGAGUACACAUAAUAUUUCCAAAGAGUAGAACUGUUUUUAGAUUAUCUUUGGAUUCUAAUAACCAUUUUGUCCAUUUUUAAAUAAAUUACAAAAAAUAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-911.78 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -999.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 1012.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((((..(((((.(.(((((...(((((((...)))))))......(((.(((....))).))).....((((((((((((((((....)))))))..(((((.........................(((((.....)))))...((.(((((((...((((((.....((.............))......))))))...)))))))...)).........((((.(((((.(((((...)))))........((((.....))))..................)))))))))....)))))...........................................)))))))))..(((((........)).)))((((((((..(((((.......((.((((.(........................).)))))).......))))).))))))))))))).).))))))))..))).......(((..(((...)))..)))..)))))))))))............(((((..((((((((((.....(((((((..(((((((((((((((.((.................((((...))))(((((...((((((((.(.......).)))))))).........)))))..))))))))).(((((...((((((...))))))...)))))............(((..((.....))..)))(((((((((....(((((.(((((....(((((((.((....((((..(((((.(......).)))))..)))).((((((((.........((((...........))))..((((((..((((((((((((.(((..........))).)).)))).)))))).))))))...((((((...........((((((...(((....)))..))))))((((.((((((((((((((((..(((((.((((((.(((..........((((((.(((((.....(((((((((((((.(((((((((............(((((........(((((......))))).........)))))...(((((.(((((..((((.............((((((((.((((...(((((.......)))))....))))(((((((..(((((((.((((((...))))))....(((((....))))).(((((.(((...(((((...)))))))))))))............(((.....)))(((((..((((..(((((((((((.(((((((((((......)))))........(((((((((..((..(((.........)))..))...))))))))).((((((.(((((..(......)..)).).)).))))))........(((((((((((.((((....((.(((.((((...((.....))...))))...))).))....))))..))))))))))).........((((((((((.(((((((....(((((((((((((............((((((((.(((.((((.((((((.((((((((((((.(((.((((((((...(((...((..((......))..)).))).....)))))))).))).))))))))))))..........((((((..(((((((((((..((((((........(((((((((.((((...((.((((((.(((.((((...(((...)))....)))).)))..)))))).(((((((((((.(((.((((((((((...((((..(((.((((((.(((......((((((.....(((.((((...)))).))).....)))...)))......)))))))))))).))))...))))))...))))..))).))))).)))))).....))...)))))))))))))..(((((((((.........))))))))).............))))))...))))...........)).))))).)))))).....(((.((((...))))..)))..))))))...))))))).))))))))))))))....))))))).)).))))).((((((((((...((((.(((........)))))))((((...))))(((........)))...)))))))))).......(((((..(((.......(((((.(..........)))))))))..)))))....((((((((((((((((............((((((.....))))))...............)))))))......)))))))))......(((......))).))))))))))..(((((....)))))........)))))).))))))))))).....(((......)))..........))))..)))))......))))))))))))))...))))))))))))))))).)))))...(((((((((((((((((((.(((((..(((((.((((((..(((.....((((.((((((((....))))...(((........((((...((((........))))...)))).......)))..............(((((.((((((((.((((......((((((.(((...........))))))))).......)))).)))))))).)))))...)))).)))).......)))..)))))))))))..))))).))))))..(((((........))))).......((((((((((((.....))))))).)))))..(((((((.(((...))).)).))))).............................(((((((((((((..((((..((.....................................))..))))..)))))))....))))))........)))))))))))))(((((((.............))))))).))))))))).)))))...)))))))).((((((..(((...)))...)))))).(((((.((.(((....))).)).))))).........)))))..))))))...(((((...((((.....))))..))))).))).)))))).)))))...))))))............((((.(((....))).))))(((((((((.........)))))))))(((((((.(((.......................((((((((((((.....))))..))))))))((((((((((((((.((((((((.........((((((....(((..(((((((.......((((.((..(((........)))...)))))).......))))))...)..)))....))))))))))))))...(((((((................)))))))(((((((((.(......(((((.(((...(((.....)))..))).)))))).)))))))..)))))))))))..........))))).))).)))))))....((((((...))))))..(((.(((.(...........).)))))).(((((((((((.(((......))).)))))))))))...............(((((((......))))))).........((((((.....(((.((((((.((......)).)))))).)))...))))))..(((((((....(((....)))..)))))))((((........))))...)))))))))))))).......))))))...((...(((((((((.(((((.....((((((((.....))))))))..(((((.(((.....(((((((...)))))))......)))....)))))))))).)))))))))...))((((........(((.(((((((.(((.((((((.........)))))).)))........))))))))))...........))))....))))))))))..)))))))....)))))........(((..((((((..............))))))..))).)))))....)))))))))...(((((.(.(((((......))))).))))))...(((((((............)))))))..........)))))))).(((((....))))))))))))........((((((((......(((....)))....))))))))......)))))))))).)))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((((((((..(((((.(.(((((...{((((((...))))))}......{{{.(((....))).}||{{{{{((((((((((((((((....))))))),.(((((,......,,................(((((.....)))))...{{.(((((((...((((((.....{{.............))......))))))...))))))}...}),........{({,{(((((.((({{...}))))........((((,...,))))..................})))))))}....))))).............,...........,|.{{......,..,...})))))))}..{{{{{...,}}}})),,,}((((((((..(((({..,,...,{.{((((,....,,......,,.....,....},},}})}.,,....})))).))))))))))))).}.))))))))..))),......(((..({.....}}..)))..})))))))))).......{{{,.(((((..((((((((((.{,..{(((((({.(((((((((((((((.{{.,...............(((,...}))){((((...((((((({.(.......).}))))))).........))))}..))))))))).(((((...((((({...})))))...)))))...........,(((..((.....))..))){((((((((....(((({.{((((....(((((((,{{,|..{{(({,(((((.(......).)))))..}||},(((((({{.....,.},|||||.,.......,|||}..,{((((..(((((({({(((.(((..........))).))}.}}}.)))))}.}))))).}}|{{{{{...........((((((...(({....)}}..)))))|((((.((((((((({{((((,.{(((.((((((,,.{,......|,..}}}))).}|}}....})}||{((((((((({.(((((({{{............(((({......,,{{((|,.....))})},,,,|....}))))...(((((.{((({..((({,({{{,,,.....{,{{{|||.((((...(((((.......)))))....))))(((((({..{((((({,((((((...}))))}....(((((....))))).,((({.(((...(((((...))))))))))))},,,,...,},..(({.....)))|{(((..((((..(((((((((((.(((({((((((......})))}|..,,,,,(((((((((..((..{{(,,.......}))..})...))))))))).(((({{.{{{{{,,{.,....},,}}.|,|}.}})))}........(((((((((((.((((....((.(((.(({(.,.((.....))...))))...))).))....))))..)))))))))))...{{{{{{((((((((,{.((({(((....(((((((((((((............((((((((.(({,{{((.((((({.((((((((((((.(((.((((((((...{(({{..({.,,......))..))})}).....)))))))).))).))))))))))))..........((((((..((((({{{(((..((((((........{((((((((.((((...{{.((((((.(((.((((,{.(((...})).},.)))).)))..)))))).{((((((((((.(((.((((((((((...((((..(((.((((((.(((......{(((((,..{{(({.{{{,.,,)))),)))....|||,...)))......)))))))))))).)))).,,}))))),..}))),.))).)))))))))})).....,}...))))))))))))}..(((((((((.........))))))))).............))))))...}}},.,...||....)).))))}.)))))),{{..(((.(({{...})})..)))..)))))).,.)})}))).)))))))))))))),...})))))).))),)))).{(((((((((...{(((((((........))))))},{{{...}}}}{{{........})),..))))))))))}}}}..}}}}}}}}}.,.,.....{{,{(,,.........|})||||({{|,,,}}))),.((((((((((((((((,,......,{..((((((.....))))))..,,.,,.......,))})}))},,,,,})))))))).....,|,|}.,,|{|||,|}}))}}})}..(((((....})))).,......}))))).)))))))))))..,..({,......}}}.,,.......))))..))))}...,.,))))))}}))))))...,}}}))))}))}})))).)))))...(((((((((((((....,,.(((.,..((((.((.((((({....((((....)))).,{((....))||((((((((........(((((((((((((.(((((((..,({{{,...|||.}}...,..........{((((.((((((((.((({......(((({{{(((..,....,,..))))))))).......)))).)))))))).))))}.....(((((......),}))),{{,,.(((({.,.((((.{{.,,,,.,{{..,,.}}}},.))))))..))))){||||{((((((.....))))))}.}|}||..(((((((.(({...})).)).))))).,,}}},,................))))))).)))).))))))).))..||{.....,||,....,.........................))))))))}}.)))))).)).))))..)}).,,)))))))))))))(((((({...,,........}))))}}.}||||}}}|,||}}}...||||||}}.,(({{{..{{,,..,,},,,))))},.{||||,,..{{|,,,,})).,,,))))).....,,,,,..|||,}}))}....(((((,..{(((.....))))..))))),||,,|,,{((((((({..(((((({({..........((((.(((....))).))))(((((((((.........)))))))))(((((((.(((..{{{{.............,{{.{(((((((((((.....))))..))))))))|||,,(((((((((.((((((((.........((((((....(((..,((((({.......{((,,((.{(((........}}},}.}))))).}.....}}))))...,..))).,..))))))))))))))...(((((((................)))))))(((((((((.{......(((({.(((...(((.....)))..))).)))))).)))))))..))))))))))).........}))),,.))).)))))))....((((((...))))))..(((.{{{.{...........}.}}}))).(((((((((((.(((......))).)))))))))))..................,}}})})))).))))))))}......|{{{{{...,.(((.((((({.((......)).}))))).)))..,}})))}..{((((((.,..{{{....))}..)))))}}((((........))))...})))))))))))))...,,,,||}||}.{{(({,.(((((((((.(((((....,((((((((.....)))))))).,(((((,(((.....(((((((...}))))))......)))..,.}))))))))).)))))))))...))))))...}.}}}|||,|,|||||,||,.||||||}},,,,,..}}}}}}|})}.,,.,||.}}},,,,,},,,)},},,...,,,,.,,.)))))),,....)))))))....))))}...,....(((..((((((..............))))))..))).)))))....))))))))}...(((((.{.{((((......))))).})))))...((((({(.,{,.....},,))))))),,........))))))))..||||,,,.,))}}))))}}}........((((((((..,,..(((....))).},.))))))))......)))))))))).)))))}))}......................
Back