Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_015596.3
Sequence Length
1820 nt
GC Content
0.4973
GCCCUCCCCUCCCGAUCCCGGAGCCAUGUGGCCCCUGGCCCUAGUGAUCGCCUCCCUGACCUUGGCCUUGUCAGGAGGUGUCUCCCAGGAGUCUUCCAAGGUUCUCAACACCAAUGGGACCAGUGGGUUUCUCCCAGGUGGCUACACCUGCUUCCCCCACUCUCAGCCCUGGCAGGCUGCCCUACUAGUGCAAGGGCGGCUACUCUGUGGGGGAGUCCUGGUCCACCCCAAAUGGGUCCUCACUGCCGCACACUGUCUAAAGGAGGGGCUCAAAGUUUACCUAGGCAAGCACGCCCUAGGGCGUGUGGAAGCUGGUGAGCAGGUGAGGGAAGUUGUCCACUCUAUCCCCCACCCUGAAUACCGGAGAAGCCCCACCCACCUGAACCACGACCAUGACAUCAUGCUUCUGGAGCUGCAGUCCCCGGUCCAGCUCACAGGCUACAUCCAAACCCUGCCCCUUUCCCACAACAACCGCCUAACCCCUGGCACCACCUGUCGGGUGUCUGGCUGGGGCACCACCACCAGCCCCCAGGUGAAUUACCCCAAAACUCUACAAUGUGCCAACAUCCAACUUCGCUCAGAUGAGGAGUGUCGUCAAGUCUACCCAGGAAAGAUCACUGACAACAUGUUGUGUGCCGGCACAAAAGAGGGUGGCAAAGACUCCUGUGAGGGUGACUCUGGGGGCCCCCUGGUCUGUAACAGAACACUGUAUGGCAUCGUCUCCUGGGGAGACUUCCCAUGUGGGCAACCUGACCGGCCUGGUGUCUACACCCGUGUCUCAAGAUACGUCCUGUGGAUCCGUGAAACAAUCCGAAAAUAUGAAACCCAGCAGCAAAAAUGGUUGAAGGGCCCACAAUAAAAGUUGAGAAAUGUACCGGCUUCCAUCCUGUCACCAUGACUUCCUCACAUGGUCUGCUUAGCCCUUCUCUGCUCCUUAUUCCCAGUGUUCCAUUUGAACCAGUGAUCCAUGUCCUGAAAAAUGCUCAAUCUCAGCUAACAUUCCAUGUUUCAGAAGCAUUCAGGCACUGCCAGGCUUGCAGUCUCCCAGAUGUUGCAUCCCUGAAACAUCUCAACAACCUGAAUGUCCCAACCCAGACAAUGGCCCAGGUCUCUCAACUUCAUCAGUGUGGCUUCUAUGAGCCCAGAUCACCACCUGAACGUUCUGUCUGUGGCACAUUCUUAAAUAUUUCCAUCAGCCCAUCUCAACAAUAUAUGUCCUAUAAAUGGACCAUCCUUGACAACAUCCUCUAACUCUUCAAGUAUUUAUUCAAUGCCAGUAUCCUAGACCUUCUAUUUUUUGCACUCAAGAAGGCUCUAGACUCCCAUGAUAGUUCAUCCUGAAAAUAUUCUCUUAUGCCCACAAUCUUCUGCCCUGACAACAUUCUGUGUACCUCUGUGACUCACCACAGCUAACAUUGGAUCCUCAGAAUAUUUCAUUCUCACACUGUUAUGGGUGUCUCAGAAGUCCCAACCCAACCUACAUCCCACAUUCUUCCAAUACCCCACCUCUGCCAACAUUCCCUCUCUGAAUCAAUGGCACCCUAGUCUCUAGAGUUAUAGGGUUCAGUAUACCAAAGGGUCUUCUUGCCUGAACUUUAUUGUCUACCAAAUAUUCCGUCUUGUAUCCCCUCCAUGAACAUCCUUGGUCAGUGUCCCUUGCUGUUACAUCUUUGUGCAUGACCCUAAAAUGUAGUGCAAAUCCUUGCUUUGGACAAGUUAUAAAACUCACAGUCUCUGUGCUUUCUCAUCUGUAAAAUGGGUUCAUAAUUUUUUUUAAUUGUAACAUUAUUACAAGAAUAAAUGUCAAGCAUUUAUCACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-508.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -543.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 531.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((.......))))......((((...)))).(((((..(((((((.((((.........))))))))))).(((.((((((((((((..(((((.((.......))))))).((((((((((((((((((....)))))).(((((((((.....((....)).(((((((((.........))))))))).....)))))))))...(((......)))..((((((((..((...(((...)))....))..))))))))..(((((((..(((..(((((((....)))))))....)))))))))).((((.(((((((.....)))...)))).)))).........))))))).))))).((((((..(((.((.((((....)))).)).)))((..((((.....((...((((....))))....)).....))))..))..............(((..((.(((((((.....))))))).))..))).(((((..........)))))))))))............(((((....((((((..(((.((((.((.(((....)))))((((.((((.((((.........))))...)))).)))))))).)))..))))))....)))))))..)))))))))).)))((.(((((((((((((....))))....((((....)))).((((((.((((((...)))))).......((((((...(((.(.(((((((((((((((..((((((....))))))...))))))).((.((.....))))...........(((..((((.......))))..))).....(((((.(((.(((((.......((((........((.((((((.........))))))..))..)))).))))).)))..)))))..((.(((((.....))).)).))......(((((((...(((((...(((.....(((((...)))))..))))))))))))).)).)))))))).))))......(((((((.((....)).))))))).........((((((.(((...(((((((((...(((((................((.(((((....))))))).......)))))..)))..))))))))).))))))................)))))).............((((.......))))....(((((.................)))))..........)))))).....(((((((((((..............)))))).)))))((.(((((((((((......(((((.((((((................((......))....((((.((((....(((((......)))))...)))).))))....))))))))))).......))))))))))).))))))).))))))((((((...((((...........................(((((..((((.......))))...)))))........((((((((...((((((((.((((....((((((....(((..((....((((........)))).....))..)))........(((.(((....((..(((((.....)))))...))....))).)))))))))....)))).))..)))))).))))))))..((((....))))(((((...)))))..........))))...))))))...............((((((.....))))))..((((((((...)))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........,,,,(,,,{||||{(({.{.(((({{{{(|,,,{({{(,((((({({((((.........))))))))))),|,{,((((({((((((,.((({({{{.......})))))),((((({{{{{{{((((((....)))))).,{(((((((.....{{....)}.(((((((((.........))))))))).....))))))))},.,|||...,.,|},..,|||{{{{,,((,,.({{...|||,...}|{{||||}}}|,,(((({{{.{(((,,({({(((,,.,|||}}||,,,,|||||||}}|{((((.((((((,.....,},,,.)))).)))),}}..,}}}))|||||||,|||.{(((((..,{{.{{.((((....)))).|||||((((((,{{{,,,,{{|,}}}|||,{{((,............,||||.,...............(((..((.(((((((.....))))))).))..))),(((({.....,,,,.)))}}}})))).....,,,,....{(((....((((((..(((.((((.((.(((....))))){(((.((((.((((......,..))))...)))).)))})))).)))..))))))..,})))))))..,})}}})))),)))}}},}},}}))))))}.},||||,,...{{{(,,,,|||}{(((....((((((...))))))...)))}((((((..((.{,,,,,,|,||}||||||{..((((((....))))))...))}))))}|{,{,.....|.,|{{{,{{{{,,,{{{{|{{{|.....|||||{{,||||||||,....,((({((((...{.,,,(({,.{{{,..,(({{{{{{{.........}))))}.,|,,.{||..,,,,,.}}}.........|}}|||||.....)})}|||,|,....,{||((({...,{{{{...,,{.,},.||||,..,))))).,}))))))||||||,||||{{{||..|||||||,...{{{{{{|,||..,,)).,))))}|,,....,,)))}|||,........)))},))).,),))),}}}}}}}},.....))).)))}},,{((.(((((((,{{..{(......))..}))))).))).))}..........,,}},},,)))}...............((((.......)))).,...,||{....,,{{{.{{{{{{{.,,,{{{{{.....}})))........{(((((((({......,,......)))))),||||(((.(((((((((((......((((((((((((.................,.,....}|....{(((.((((....(((((......)))))...)))).)))}....))))))))))).......))))))))))).)))}.}||{{,.........................,,,...............(((((..((((.......))))...)))))..,,,,...,,))})}}}.|||||,,,|,..,....|||||.,,|}}|}}}|}}},,|,{{,.......}|||.........}},.,,,,,}},.|,|,|,..,))),|||||.....}}}}},,{{{....})}|}||}}},,,...,}))}),||||..,,,}}}.,,)))}.((({....})))(((((...))))).........,|||,,..})))}}}|||,||}},....}||||{|,....})))},|,{(((((((...))))))))),}..
Back