Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_015627.3
Sequence Length
2914 nt
GC Content
0.5745
GGAGCGCGCAGCCCGCGCGCCGCAGGGCCGGGCGGAAAGUUUUUCCUGACGGAGUUUUGGCUGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCCGGAGCGGGCCAUGGACGCGCUCAAGUCGGCGGGGCGGGCGCUGAUCCGGAGCCCCAGCUUGGCCAAGCAGAGCUGGGGGGGCGGUGGCCGGCACCGCAAGCUGCCUGAGAACUGGACAGACACGCGGGAGACGCUGCUGGAGGGGAUGCUGUUCAGCCUCAAGUACCUGGGCAUGACGCUAGUGGAGCAGCCCAAGGGUGAGGAGCUGUCGGCCGCCGCCAUCAAGAGGAUCGUGGCUACAGCUAAGGCCAGUGGGAAGAAGCUGCAGAAGGUGACUCUGAAGGUGUCGCCACGGGGAAUUAUCCUGACAGACAACCUCACCAACCAGCUCAUUGAGAACGUGUCCAUAUACAGGAUCUCCUAUUGCACAGCAGACAAGAUGCACGACAAGGUGUUUGCAUACAUCGCCCAGAGCCAGCACAACCAGAGCCUCGAGUGCCACGCCUUCCUCUGCACCAAGCGGAAGAUGGCACAGGCUGUUACCCUCACCGUAGCCCAGGCCUUCAAAGUCGCCUUUGAGUUUUGGCAGGUGUCCAAGGAAGAGAAAGAGAAGAGGGACAAAGCCAGCCAAGAGGGAGGGGACGUCCUGGGGGCCCGCCAAGACUGCACCCCCUCCUUGAAGAGCUUGGUCGCCACUGGGAACCUGCUGGACUUAGAGGAGACAGCUAAGGCCCCGCUGUCCACGGUCAGCGCCAACACCACCAACAUGGACGAGGUGCCGCGGCCACAAGCCUUGAGUGGCAGCAGUGUUGUCUGGGAGCUGGAUGAUGGCCUGGAUGAAGCGUUUUCGAGGCUUGCCCAGUCUCGGACAAACCCUCAGGUCCUGGACACUGGCCUGACAGCCCAGGACAUGCAUUACGCCCAGUGCCUCUCGCCUGUCGACUGGGACAAGCCUGACAGCAGCGGCACAGAGCAGGAUGACCUCUUCAGCUUCUGAGGGCCCGGGGCCAGCCGGACACAAGCGGCCCUGACACGUGAUGGACCAAAGCCACCUGCUGCGGGGGAGCCAGUUCUGGGGCCCGCCUGCCACCUCUCCCAGCCCUCAGCAUUGUCAGCCUGAAGAUCAGAGCUGCAGCCAGUCAGGCAGGGGAGAGAUUUUUCUUUUAAGCCCUGCUCUUUCUCUGAGAACCAAAAGAUGCCUUGAAUAUUUAUUCAGUGACUUCUGGCUUAUGCUCAGAAGCCAGUCUGCGUCAGGCACGUCUCCUGCUGCGUGACAUGUGCAGUGCUGUAAUCGGCUCCCGCUUGCUCUCCUGGAGCAAGCUCUGCCCUGGCUGUGGGUAUCAGGACUGUGACCAAAGCAUUUCUAGUCCCUUCUCUCUUUCUAAGGACCCAAAUUUCCCUGGGGGCAUCCUGCUUCCUGAAAGCUGUUGGAUUUCAGUGAUUUUUCCCCCCACCCCCCAGCACAGGAGAGCACCCACAGCCGCAGAAGGGGAAUGUGUCCUCCUGCUCUGCUUCCUCAGGGCCCAGCAGGCGGGGGUUUGAGCCCUGGACCCCAGGCUCUUAGAGACUAAGGGGCAGCUCCUGACCAAAGACGAUACAGCUUGGCACUUUAAAGCAUUAACAGCAGGUGUGACCCUGAGGGCUCCUCCAUGGUGCUGCAUUGAGUCCAGCUUUCCUUCUGCCCUUCCUCCAGGAGAAGGGGCCCAAGGUCCCCGUGGAUGGUCUCCACCUGUGCUUGGAACCAGUGUAACUGGCUGCUCCCUGCUCCCAGGGACUGACACGGGGAUCAUCUCUGUGACCGCCCUCCGUCGGGCCCCUGCCUGCCUUCUCCCCUCCACGCAAGGCUGUGCUCUUCCUCUGGUUUCUGUGUGUCCGUUUGAGUGUCUGCGCCCCGCCUCCCCAUACUUCCUGGGAUGAUGUGUGAAACCUGACACCUAGAUUUAUUUGGAAAUAUUCUAUGACCACUUUACAGAUGAGGAAACAGGCCUCAAGCGUGGAGGGGUAGAGUGAAGAGUAGAACCCAGGUCUGAUGCCAAAGCUGCUUUCUUCUCUGCCUCCUCCUCACGCAACUCACACCUCCUUUUCUUCUAGCUUUGUUGUCCUCCCAGGAACCAAAAAACCCCAGCUAUUUUCUGACCAAAAUGUGUUUCAUAACAAACCAUCUGGUGCCUUUCCACACAGAACUGGCAGGAGCCUCGUGUCCUGCUAGCUGUCUCUCUUGUUGAUUUCCGUGAAAAUGCAAGUGUUUGAAGUCUGCUCAUUCCGAGGGUGAAACAAAAUCCAACCCUGUCAGAAUCAUGCUGUUCUCUUUGCUGACACUGUGACCCUGGGUCGGGACAGACCAGCAGCAAUCUGUCUUUAGAAUCGCUUUCCUUCCUCCCCUUUUGCCCCCGUGGGGCUCCCGGCAUCCUGAAAGCCAGCAAAGCCUCCAGCAUCUUUUCCAUCCUGAGGUGCCUCCCAGUGGCCUGGCUUGUCGGAGCAAGUUUCAUCAGCCCUAGGGAAAACACGGCCCUCCUGGGAACCUCCUUACCUGGAGUAACCGGACACCUUAGACGGAGGUGCCUGAGGGUGGGGUGGGAUUUGCAGGGUCAUUAUCAGAACAUGAGGAUAACUUCCUUGCCCCUGCUCUGUAGCCACCUCCUUGGCACCGGCCUCUAUUUGUCAUAAGGCGGCGUGGGCGAGGCCUGACACAGGCCAGCCUUGGCACGAGGGGGGCCAGGGGUUCUGAGAAGCGCUGCCCUGUGAGAGCCACGCUGGCCUUCGUCUCCAUCUCUGGUUGACGGGCUGUCCGUGUGCCUCCUGUGUGUCUGCAGACAAGUCUUGCUGUGCUUUAUUUGUGAAACUUUAAUGAGGAAAAAACAAAUAAUAAAUGUUCUCGUUUUGAAACUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1144.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1196.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 1009.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..(((.((.((((((...(((((((.((((....((((....)))))))).))).)))).)))))))))))((((......)))).....))))))).(((..(((((.(((.(((((.(((....(((((((((.((...)).))))))))))))))))).))).).))))..)))...(((((((....((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((.(((.((......)).))).)))....))))))((((..(((....((((((.((((((..((.......))...))))))))))))...)))..))))((..(((((.....(((((.......((((((....(((((.....)))))...))).))))))))...)))))..))((((.(.(((......))).).))))..........(((((((...((.....))...)))))))...)))).)))....))))))((((((((((((...((((((...(((((.((......)).))))).)))))))))))(((((.......))))).(((((((((...(((((((((((.....(((.((((.(((((((..(((((((((.(((((((.............(((((((((.((((.(((.(...).))).))).)...)))))))))((((.((((((((((..((((..(((((((((.(((((((((((((((.........))))))...((((.(((((....(((......)))....)))))...))))........(((.((((.(((((((((...(((.(((((..((.((.(((..((..(((((.((.((((((((((((((..((......)).(((((...((.((((((((((......))))....((.....))))))))))....)))))..))))))).))))))))).))).))..)))))((((((......(((((((...)))))))..(((((((.((.........)))))))))........(((.......)))))))))(((((((.(((........))))).)))))..))))..)))))))))))))))))((((((((...)))).))))..)))).)))(((((((((((((....))))))...)))))))..)))))))))..)))......(((((((((....))))))...((((((((....)).)))))).((((((((((((.(((.((.....))))).))))....)))).)))).....(((....(((((((((...)))))))))...)))..))).)))))).))))....)))))).)))).))))..))))))).)))))))))..(((........)))((((((((.....((((.....))))((((((.((((((.(((..................((.(.((.((((.(((((.(..(((((((((((.((((((..(((((.(((((.((....))...))))))))))((((.(((((((((...)))))(((((((...)))))))...))))..))))......))))))((((.........))))......((.((((((((..((((((((.((.....)).)).(((..(((..(((((((..((((((.(((((((((((...((((((((..((((((((((...((((....((((.((..(((.(((((...)))))....)))..))...))))))))..))))))))))........(((........))))))))))).))))......(((((((((((.(((((((..(((((.((((......(((.(((.(((((.(((((......((((.((((((.......))))..)).))).)......))))).))))).....(((((...))))).))))))....)))).))))).))).))))...)))))))))))..))).)))).))))))....(((.....)))))))))).....)))..))).....))))).)....)))))))).)).........(((...(((((((((((((.............((((....(((((((...((((.((((((.((((.....(((((((......))).)))).(((((((((........)))))))))........(((((...((((...))))..)))))))))))))....)).))))...(((((.............))))))))))))....))))......((((.......)))).))))))..)))))))...)))(((..((((....))))...)))........)))))))))))..).))))))))))))))))))))))).))))))..))))))))........(((((((.((((((((((....(((.((((((((....)))))).....)))))((((((......((((((....)))...((((......))))...)))....))))))..)))))))))).)))))))(((((.....((((((.((.............((((.....)))))).)))))).......)))))))))))))))).)))........))).))))))))....).))))))))....((((((((..((((.(..(.(((((.((.(.(((...))).).))))))).)..).)))).))))))))............)))))))((((.....))))))).))))))))))))))(((.(((...))))))....((((((((....(((....)))......)))))))).....))))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((({((({((,((((((.,,(((((((.(({{.,,,,|||....))}})}}},))),)|||,||}||||}|}|((({.{{{{{,||,...}.),)))))..|{|{((({{.{{{.|||||,|((,...(((((((((.((...)).}))))))))}||)))})|))).).))))..}}}|||.({{{{{.,,.((((((((((((((.{(({(((((((((,,{{(({|||||{{{{,.,,.,,(((((.{{,,,{{.,.||{||}}||||.,(({|{{|{{((((,((((((,|({.,,....}),,.)))))}}|||||..,|||.,||||,.{{{{|||{,{,,((((({{,{{,{{{{|||||,,{(((({...,|||||...|||{.}||||,}...,.}}},..}|||,.|,}}}}.....,))})}),))},..,{{.,,|||{,,...,{({{.,,{|.,{||}}}|||,.,.,|,,,,.,||||,}},{{{{{({(((((...((((((...(((((.((......)).))))).))))))))))}{|{,,.....,,))}))..{{||||||}.,|||||||||{|||,..(({,((((,{{{((((.(((,.{(({(((((((,(,..{{{,{{{..,(((((((((.,(((.(((.(...}.))).))).}...)))))))))...|.|||||||{,,..{{(((.,...(((((((({({.({.((((((.........)))))}..}.{.((((((({.,,((,{{,...}))....||||{{{{{((,....))).,,.}}}||{{{{(,{{(((((((({,((((..{..(((((.((.,,....,,.)).)))))..|)))))))))))))}.((((((((((((((...(((......))).)))))))..((.....}}...(((((.((.{,{(((({.,,|{,....,))))))))))).))))).((((,(({...,,},,}}.}}}})))))))..(((((((.((.,,...}..)))))))))....,,,.{({.,....||}}|}})))}}(((((((((..{((.((({,,(((((((...(((((((.(((....{,.{((.((((((((...)))).))))))),..,...)))..))))))).....{{{{{..,(..((((((((((((((({,.......(((((.{(((((....)))))},(.((((((((....)).)))))).)}....))))).((((((((((((((((({.......})))))((((....))))....(((((((((...)))))))))(((((...((((((((((....((((((.({..........}}))))))....,,{{,,....,(({{{{,....,,,.||||{{..,,,}({{(((((...{(((..((....,,|.{|....,,.......}),,)))}.}))))}))}))))))))))))))))))))},))))))(((((((.(((((.((....))...))))))))))))...{{({{{(((...)))))))))))))))...))))))))...,},...}}}}}.,.....(({{,,.......}))).......))))))).).)))}))}))))))))).})))))))).}))})))))))...,|{(((((,((({{{,{{{|,,.|||||{{{..((((((((((..,((((,,,.{{{{.((..(((.(((((...})))).,,.)))..))...)))))))),.))))))))))......,,|{|.,......))))))))))).}))),,,,,|(((((((((((.((((({{..(((((.((((......(((.(((.{{{{(,(((({.{{{...|||,{{(({{.......}))),.}|.|||{,......})))),||||,.....|{{{,...}))}}.))))))....)))).))))).})}}})))...))))))))))).|))}.}})),)}||},,,}}|{,.,,..)))...}))))))))}})))),,)}),)))}.,,}}.....}}}}})}}..,,,,,}}}||{..||{||{{|||||||,............((({....(((((((....,{{,(((,...,,}},,,,.{((((((......))).)))).(((((((((........))))))))).,,},,,,|||,|..,||||{{.|||...|||||.....,.,...}))...}}}}}(((((.............)))))))))))}..,,||||....{{{{(({{.....,|{{{||,,))}}}||||||{...,,,|,..||||}},.,,},...|||{{{...,.,||||,...(((((...)))))....)),.....)))}})))))),}}}},}))))},..,,,(({{{(({((({(((((({{(.(((,((((((((....)))))).....,,)))||,|||}.....,||}}|}},,))),..((((......))))...}|||,|||||}}}.,|||||||}}}||||||}|(((((..,,,(((((({{,,..{{{{,,,..{((({.....)))}}|,||||}|,,.||.{||}||}}}}}))|}||.|||,..,,...},}.}))))))},}}||{,}||||||.,.}|||||{||,.{|||.|,,|.||||||||,|,|||,,,}}).}.}}))))),),,).}))),}))})))),}}|,..|,.,}))))}))|,})),)}))))}))),))))))))))))))||{.||.,,,,})))))}}.{(((((((....(((....)))......)))))))}.....))))))},...,...,,}..
Back