Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_015997.4
Sequence Length
2271 nt
GC Content
0.6059
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-969.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1005.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 561.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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