Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016038.4
Sequence Length
1613 nt
GC Content
0.4203
AGACACACUGUGACGGCUGCCUGAAGCUAGUGAGUCGCGGCGCCGCGCACUGGUGGUUGGGUCAGUGCCGCGCGCCGAUCGGUCGUUACCGCGAGGCGCUGGUGGCCUUCAGGCUGGACGGCGCGGGUCAGCCCUGGUUCGCCGGCUUCUGGGUCUUUGAACAGCCGCGAUGUCGAUCUUCACCCCCACCAACCAGAUCCGCCUAACCAAUGUGGCCGUGGUACGGAUGAAGCGUGCCGGGAAGCGCUUCGAAAUCGCCUGCUACAAAAACAAGGUCGUCGGCUGGCGGAGCGGCGUGGAAAAAGACCUCGAUGAAGUUCUGCAGACCCACUCAGUGUUUGUAAAUGUUUCUAAAGGUCAGGUUGCCAAAAAGGAAGAUCUCAUCAGUGCGUUUGGAACAGAUGACCAAACUGAAAUCUGUAAGCAGAUUUUGACUAAAGGAGAAGUUCAAGUAUCAGAUAAAGAAAGACACACACAACUGGAGCAGAUGUUUAGGGACAUUGCAACUAUUGUGGCAGACAAAUGUGUGAAUCCUGAAACAAAGAGACCAUACACCGUGAUCCUUAUUGAGAGAGCCAUGAAGGACAUCCACUAUUCGGUGAAAACCAACAAGAGUACAAAACAGCAGGCUUUGGAAGUGAUAAAGCAGUUAAAAGAGAAAAUGAAGAUAGAACGUGCUCACAUGAGGCUUCGGUUCAUCCUUCCAGUCAAUGAAGGCAAGAAGCUGAAAGAAAAGCUCAAGCCACUGAUCAAGGUCAUAGAAAGUGAAGAUUAUGGCCAACAGUUAGAAAUCGUAUGUCUGAUUGACCCGGGCUGCUUCCGAGAAAUUGAUGAGCUAAUAAAAAAGGAAACUAAAGGCAAAGGUUCUUUGGAAGUACUCAAUCUGAAAGAUGUAGAAGAAGGAGAUGAGAAAUUUGAAUGACACCCAUCAAUCUCUUCACCUCUAAAACACUAAAGUGUUUCCGUUUCCGACGGCACUGUUUCAUGUCUGUGGUCUGCCAAAUACUUGCUUAAACUAUUUGACAUUUUCUAUCUUUGUGUUAACAGUGGACACAGCAAGGCUUUCCUACAUAAGUAUAAUAAUGUGGGAAUGAUUUGGUUUUAAUUAUAAACUGGGGUCUAAAUCCUAAAGCAAAAUUGAAACUCCAAGAUGCAAAGUCCAGAGUGGCAUUUUGCUACUCUGUCUCAUGCCUUGAUAGCUUUCCAAAAUGAAAGUUACUUGAGGCAGCUCUUGUGGGUGAAAAGUUAUUUGUACAGUAGAGUAAGAUUAUUAGGGGUAUGUCUAUACAACAAAAGGGGGGGUCUUUCCUAAAAAAGAAAACAUAUGAUGCUUCAUUUCUACUUAAUGGAACUUGUGUUCUGAGGGUCAUUAUGGUAUCGUAAUGUAAAGCUUGGAUGAUGUUCCUGAUUAUCUGAGAAACAGAUAUAGAAAAAUUGUGCCGGACUUACCUUUCAUUGAACAUGCUGCCAUAACUUAGAUUAUUCUUGGUUAAAAAAUAAAAGUCACUUAUUUCUAAUUCUUAAAGUUUAUAAUAUAUAUUAAUAUAGCUAAAAUUGUAUGUAAUCAAUAAAACCACUCUUAUGUUUAUUAAACUAUGGCUUGUGUUUCUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-449.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -478.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 268.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((........(((((.((((((.((((((((((((((((.(((((((........))))))))).))))))..((((....))))....((((((..((((....))))...))))))(((....))))))))))).))))))(((((((..((((..(..(((.(((....(((((((((.(((.((.(((..((((......((((((...(((.....((((((((........)))))))).....))).))))))......)))).))))).))).))...)).)))))....))).)))..)..))))...)))))))..(((((.((((((.((((((((((.(((..(((.(((.....(((..((((...(((..((((((.........)))))).((((((((....)))))))).)))....))))..)))..((.((...........)).)).......)))))).))).)))))))))))))))).))))).)))))......)))))....((((((((..(((.((((.(((((((.(((((..((.......))..))))))).........)))))...(((.((((((((........(((((((.((((.((((...((((((.............((((((.((((..((((....)).))....)))))).))))((((.......(((..((.(((........)))))..))))))).....((((((((..........))))))))..((((((((.........))))))))....(((.((((((((((.((((.....(((...................)))...)))).))))))))))))).((((...)))).....(((.((.((.((((...((((.((.....)))))))))).)).))))).((((((....))))))(((((...))))).)))))))))).)))).)))))))......((((((....(((((((((((...........)))))))..))))....)))))).(.(((((((((..........))))))))).)....((((((((((......((((((....))))))......))))))))))....(((.....)))((((((((((...)))))))))).....((((((((((((((((......)))))))).)))))))))))))))).)))....((((...((.(((..(((((.........(((((((.((((.(((((.....(((((.(((..(((.....(((...(((((((((((..(((....((((..((((((....)))))).))))....)))))))))).))))....)))))).))).)))))...((((((.....))))))........)))))..)))).))))))).(((((((((((.....(((((.(((....))).)))))..((((((.......))))))...........(((((....(((((....)))))....)))))))))))..)))))......)))))..))).))...))))))))))).)))))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((.,{.....(((((.((((((.((((((({(((((((({(((((((,......|})))))}})})))))}..((((....}))),,..{{{{{{.|{{{{....))))}..))))))(((....)))}))))))).))))))(((((((..{{{(,,(,,(((.(({,,{,({{{{{{{{.{{{.{{,|||,.((((......((((((.,,(((...,.((((((((........))))))))...}}))}.))))))......)))),)}))),))|,||,|,}},||}||....}}}.))},,)..)))),},)))))))..(((((.(((({{{((((((((((.(((..(((.(((.....(((..((((...(((..((((((.........)))))),((((((((....))))))))}})}....))))..)))..({.((...........}}.,,.......)))))).))).)))))))))))))))).))))).))))).,..,.)))))..,{,,((((((..(((.((((,(((((((.(((((..((.,....,))..))))))),........}))))...(((.((((((((........(((((((.((((.((((...((((((.......,.....(((({{.((((,.{(((....)))})..,.))))}},}))){{{{,......(((..(,{(((........)))))..)))}}}}.....(((((((,..........})))))))..((((((((.......,.))))))))....(((.((((((((((,({{{..,..(((...............,...)})...)}))}))))))))))))).,(((...}}}}.,,,,{(,{((.((.((((...((({,((.....)))))))))).)).))))).((((((....))))))(((((...))))).)))))))))).)))).)))))))......((((((....(((((((((((...........))))))}.,))))....)))))).,.(((((((((.,......,.))))))))).}..{{((((((((((......((((((....))))))......)))))))))}.,,,|{{.....},,((((((((({...}))))))))).....((((((((((((((((......)))))))).)))))))))))))))).)))....{(((...{,.(((..(((((.........{((((((.((((.(((({.....(((((.(((..(((.....(((...((((((((((((..,,....{(((..{(((((....)))))),)))}....,,))))))))},)))....)))))).))).)))))...((((((.....))))))........}))))..)))).))))))}.(((((((((((.....(((((.(((....))).)))))..{{{{{{.......})})}}...........{((({,,,.(({{{....})))),,,.,,,,,))))))..)))))......)))))..))).,}...))))))))))).)))))).,).
Back