Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016112.3
Sequence Length
2790 nt
GC Content
0.5319
AAACAGCUGCUCUCAGACGCCUUUCCAUUUGCUCUCUGCUGGCUAGGCUGGGCUGUGCCUCUGCUCCCUCUUCCUCUAGCUGAGAGUGGGCACCUGGGGUACCGGGCCCCCCCACCUCAUUCCCCAUGAAUGCUGUGGGAAGUCCUGAGGGGCAGGAGCUGCAAAAGCUGGGGAGUGGAGCCUGGGACAACCCCGCCUACAGUGGUCCCCCUUCCCCACACGGGACGCUGAGAGUCUGCACCAUCUCCAGCACGGGGCCUCUCCAGCCCCAACCCAAGAAGCCUGAAGAUGAACCCCAGGAGACGGCAUACAGGACCCAGGUGUCCAGCUGCUGCCUCCAUAUCUGUCAAGGCAUCAGAGGACUUUGGGGAACAACCCUGACUGAGAACACAGCUGAGAACCGGGAACUUUAUAUCAAGACCACCCUGAGGGAGCUGUUGGUAUAUAUUGUGUUCCUGGUGGACAUCUGUCUACUGACCUAUGGAAUGACAAGCUCCAGUGCUUAUUACUACACCAAAGUGAUGUCUGAGCUCUUCUUACAUACUCCAUCAGACACUGGAGUCUCCUUUCAGGCCAUCAGCAGCAUGGCGGACUUCUGGGAUUUUGCCCAGGGCCCACUACUGGACAGUUUGUAUUGGACCAAAUGGUACAACAACCAGAGCCUGGGCCAUGGCUCCCACUCCUUCAUCUACUAUGAGAACAUGCUGCUGGGGGUUCCGAGGCUGCGGCAGCUAAAGGUCCGCAAUGACUCCUGUGUGGUGCAUGAAGACUUCCGGGAGGACAUUCUGAGCUGCUAUGAUGUCUACUCUCCAGACAAAGAAGAACAACUCCCCUUUGGGCCCUUCAAUGGCACAGCGUGGACAUACCACUCGCAGGAUGAGUUGGGGGGCUUCUCCCACUGGGGCAGGCUCACAAGCUACAGCGGAGGUGGCUACUACCUGGACCUUCCAGGAUCCCGACAGGGUAGUGCAGAGGCUCUCCGGGCCCUUCAGGAGGGGCUGUGGCUGGACAGGGGCACUCGAGUGGUGUUCAUCGACUUCUCAGUCUACAAUGCCAAUAUCAAUCUUUUCUGUGUCCUGAGGCUGGUGGUGGAGUUUCCAGCUACAGGAGGUGCCAUCCCAUCCUGGCAAAUCCGCACAGUCAAGCUGAUCCGCUAUGUCAGCAACUGGGACUUCUUUAUCGUUGGCUGUGAGGUCAUCUUCUGCGUCUUCAUCUUCUACUAUGUGGUGGAAGAGAUCCUGGAGCUCCACAUUCACCGGCUUCGCUACCUCAGCAGCAUCUGGAACAUACUGGACCUGGUGGUCAUCUUGCUCUCCAUUGUGGCUGUGGGCUUCCACAUAUUCCGAACCCUCGAGGUGAAUCGGCUCAUGGGGAAGCUCCUGCAGCAGCCAAACACGUAUGCAGACUUUGAGUUCCUCGCCUUCUGGCAGACACAGUACAACAACAUGAAUGCUGUCAACCUCUUCUUCGCCUGGAUCAAGAUAUUCAAGUACAUCAGCUUCAACAAAACCAUGACCCAGCUCUCCUCCACGCUGGCCCGCUGUGCCAAGGACAUCCUGGGCUUCGCCGUCAUGUUCUUCAUUGUUUUCUUCGCCUAUGCCCAACUCGGCUACCUGCUUUUCGGGACCCAAGUGGAAAACUUUAGCACUUUCAUCAAGUGCAUUUUCACUCAGUUCCGGAUAAUCCUCGGGGACUUUGACUACAAUGCUAUCGACAAUGCCAACCGCAUCCUGGGCCCUGCCUACUUUGUCACCUAUGUCUUCUUCGUCUUCUUCGUGCUCCUGAACAUGUUCCUGGCCAUCAUCAAUGACACAUAUUCAGAGGUCAAGGAGGAGCUGGCUGGACAGAAGGAUGAGCUGCAACUUUCUGACCUCCUGAAACAGGGCUACAACAAGACCCUACUAAGACUGCGUCUGAGGAAGGAGAGGGUUUCGGAUGUGCAGAAGGUCCUGCAGGGUGGGGAGCAGGAGAUCCAGUUUGAGGAUUUCACCAACACCUUAAGGGAACUGGGACACGCAGAGCAUGAAAUCACUGAGCUCACGGCCACCUUCACCAAGUUUGACAGAGAUGGGAAUCGUAUUCUGGAUGAGAAGGAACAGGAAAAAAUGCGACAGGACCUGGAGGAAGAGAGGGUGGCCCUCAACACUGAGAUUGAGAAACUAGGCCGAUCUAUUGUGAGCAGCCCACAAGGCAAAUCGGGUCCAGAGGCUGCCAGAGCAGGAGGCUGGGUUUCAGGAGAAGAAUUCUACAUGCUCACAAGGAGAGUUCUGCAGCUGGAGACUGUCCUGGAAGGAGUAGUGUCCCAGAUUGAUGCUGUAGGCUCAAAGCUGAAAAUGCUGGAGAGGAAGGGGUGGCUGGCUCCCUCCCCAGGCGUGAAGGAACAAGCUAUUUGGAAGCACCCGCAGCCAGCCCCAGCUGUGACCCCAGACCCCUGGGGAGUCCAGGGUGGGCAGGAGAGUGAGGUUCCCUAUAAAAGAGAAGAGGAAGCCUUAGAGGAGAGGAGACUCUCCCGUGGUGAGAUUCCAACGUUGCAGAGGAGUUAAGUGUGAGGCACUCCCGGAGCAAAGUCUAUGAAGGAUCUUCUGCAAGAGGCUGCCUCCUGGUCCACUGAACCUGGAAACUGAGUGGGCUUUAACCAGGAGAUAAAAAUGGAGCCUGAAGGGAAUCAGGCAAGGAAAUGAACUCAGGAUUCAGAGAUCUUUGAAUUAAUAUGUGGUGGGUUCUGACAUUAUUCUUCCAUAAGACCAUGUGGGUUUCCAUGGUGGCUAUCAAUAAAACUCCUUAGGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1001.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1055.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 641.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((..((.(((((..((((((((((((((.((((((((.(((.(((.((...((((((((((((((.....)))...((((.((.((....)))))))).(((((..(((((.....)))))..)))))....((((.....))))((((.....)))))))))).)))))..)).))).))).)))))(((((.((((............))))))))).((((((.((((((((((.....)))).((((((.((((..((((..((.(((((((((((.......((((.(((((....((((......))))...))))).)))).))))).)).)))).))...(((((((((((.....)))))).......((((((((...(((((((((..((((((((.(.(.(((...))).).).))))))))......)))))))))...(((..(((....)))..))).........(((((((((..(((((((.......)))))))(((((...................)))))))))))))).(((((((.(((..(((((..(((.((((((((.(((((....(((...((((((((.((((.....((((..((.(((....))).))))))))))))..))))))..))))))))....(((((.....))))).....(((((((.((.((...)).)).)))))))...)))))))).)))..((((.(((((.(((((.(((.....(((((((((((.((......)).))))))..)))))..(((((.((((((((..........((((((.....((((((((((.((.....(((..((.((((.((((((((((((((.((((...)))).))))))....((....)).((((((((.....((((((...))))))..(((....)))((((.((.((.((((((..........)))))).)).))))))....(((((((..((((((((((....((((....))))...)))))))...........))).)))))))((((((((((((((((((.((((.....(((..(((((........)))))..)))((.(((..(((.((((((((...((((((....(((....)))....)))))).))).))))).)))))).))..((.(((((((((....)))))))))))..))))))))))))...)))))))))))))))))).((((((((((.....(((((((((....))))...((((.........(((((((((((((((.(((...(((((((.....)))...))))...))).)))))))).....))))))).........)))).....(((...)))(((....))).....)))))......)).).))))))).....((((..((.....))..)))).....((((......))))..............))))))))))))...)).)))))))))))))))(((....)))))))))........)))))))).)))))((((((.(((......(((((((((.((((((((..((.(.((.((((((((......((((((.....)))))).)))))))).((((((.((......)).)))))).....................((((.....)))).((((((((.(((((.(((.(((.....(((.(((((.((((((((..(.(((((..(((.((((((.((.(((((...........(((((((((((.((((..((.((((.............))))))..)))).)))))).)))))..((((((......)).)))).((.((((...)))).))...((.((((((.(((...(((....((.((((..((((((..(.(...(((((((.......))))))).))..))))))..)))).))....)))...((((.............)))).)))..)))))).))........((((((((.....))).))))))))))...))..))))))...)))...))))).)..))))))))))))).))).((((....))))..))).))).)))))...........((...(((.....)))...)))))))))).)).).)))))))))).)))))))))..))).)))))).))).))))))))))))))((((.(((((((.(((.((((((((...)))).)))).))).........)))))))))))...)))))....))).))))))).(((.(((((((((.((......(((.((......)).)))....)).))).....)))))).))))))))))).((((((....))))))))))).)))))))).))))))(((((((.(((............))).)))))))..((((((....)))))).))))))))))))....)))))))).))).)))))).)))))..))..)))))....(((((.....((((((((...((((((..(((....((((.......))))....)))..))))))...))))))))....)))))((((((......))))))..((((((((..((((((((((.......................))))))))))..))))..)))).....((((((........))))))))))...........(((...)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((((..((.(((((..((((((((((((((.{(((((((.(((.(((.((,..(((((,,{((((,({(((((((.(((((..(({((....))))),}},))))))))|,{{{{{{,|...,.,))))),|{(((((.....))))},||.....)))))))))).)))))..)).))).))).)))))((((,{((((............))))))))).((((((.((((((((((.....)))).((((((.((((..((((..((.(((((((((((.......((((.(((((....((((......))))...))))).)))).))))).)),}))).))...((((({{((({.....)))}}}.......((((((((...(((((((((..((((((((.(.{.(((...))).}.).))))))))......))))))))){{{(....|||}...,,,..{{|....{{..{((((((({{..,((((((.......))))))}|||||,,,..,,...,,.,,,,,,}}}},}}})))))).(((((((.(((..(((((.,(((.((((((({.(((((....({{||.((((((((.((((...,.(((({{((..,,...,)))})))),,))))))..)))))).,))))))))....{(({(,....,}))),....(((((((.((.({...,}.)).)))))))...}))))))).})).|((((.(((((.(((((.(((.....(((((((((((,,,,,...,),.))))))..)))}),,(((((.((((((((...,,,....|(((((.....((((((((((.((.....(((..,(.((((.(((((((((((((((,((({.{{|(|.|(((((((,,(((((((,,(((((((({{{{,((((((...))))))..(((....))),{((.((.((.((((((.(,....,}.)))))).)).))})}|,{,,{((({({..(({(((((((....((((....))))...)))))))...,,......,)},})))))}((((((((((((((((({{((((...,,(((,.(((((........)))))..}}},(,((({,((({((((,,,,...||||||....{{(....}},....})))))}))).))}}),)))))).},..{{.(((((((((....)))))))))))..))))))))))))...))))))))))|||}}}}}.)}}}}.,{{((,.,...,}}||{{,}}})))),,..,|..,})).,))))))))))))))|||.,,....(((((((.....)))...)))),}})))}))))))))(((((,,.|,.......,,.))))).....({{,..}|}(((....))).|,,((((({{,......})..)))))).....{(((..((.....))..))))..,,.|{|{......)})}............,.))))))))))))...,).)))))))))))))))(((....)))))))},.,..,...)))))))).)))))|(((((.(((..{...(((((((((.((((((((.,((,(,({.((((((((......((((((.....)))))).)))))))).{(((((.({......}).)))))},{(....,,,.,...,}},..{(((.....)))}.(((((((((((((.....(((({{{.,.(({(((((,(((({((({{(.({{({..{,({((((({.{{.(((((...,.......(((((((((((.((((..((.((((.,.{....,..}.))))))..)))),))))))}}))))..((((((......)).)))).{{.{(((...}))}.}},..{{.{{{{{|,|{||,{{{{{.,.{(,((((..((((((..(.{...(((((((.......))))))).})..))))))..)))}.)).,,.}}}|,.((((.|,.......,..)))).}})},}))))).}}........(((({(((,...,))).})))))))))..,)),,))))},...,})},,})))),,..)))))))),))))}))).((((,....,}}.}}))}......|||.|.|{....,,)}.,.}}}....)))))....)))))))).)).).)}}))))))).))))))))).,))).)))))}.))).))))))))))))))((({{(((((((,(((.((((((((...)))).)))).))).,.......)))))))))))...)))))....))).))))))).(((.(((((({{{.|,{{{...(((.{{......)}.)))....)),})}.....)))))).))))))))))).((((((....))))))))))).)))))))).))))))((((((({(((..........}},)),))))))),.((((((....)))))),))))))))))))....)),)))))}}))},))))).)))))..))..))))),..,((({(...,,({{{{|{{...{|||||..(((,,{,((((,,.....,}}}....})),,)))}}}..,))))))}}....|||||((((((......))))))..((((((((..((((((((((...,,.,{......}}.,,.,..))))))))))..))))},}))),,...((((((.{,....}))))))})))...........{{{...))}...
Back