Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016124.6
Sequence Length
2814 nt
GC Content
0.4790
CUGGUGCUGGUGGAACCCCUGCACAGAGACGGACACAGGAUGAGCUCUAAGUACCCGCGGUCUGUCCGGCGCUGCCUGCCCCUCUGGGCCCUAACACUGGAAGCAGCUCUCAUUCUCCUCUUCUAUUUUUUUACCCACUAUGACGCUUCCUUAGAGGAUCAAAAGGGGCUCGUGGCAUCCUAUCAAGUUGGCCAAGAUCUGACCGUGAUGGCGGCCAUUGGCUUGGGCUUCCUCACCUCGAGUUUCCGGAGACACAGCUGGAGCAGUGUGGCCUUCAACCUCUUCAUGCUGGCGCUUGGUGUGCAGUGGGCAAUCCUGCUGGACGGCUUCCUGAGCCAGUUCCCUUCUGGGAAGGUGGUCAUCACACUGUUCAGUAUUCGGCUGGCCACCAUGAGUGCUUUGUCGGUGCUGAUCUCAGUGGAUGCUGUCUUGGGGAAGGUCAACUUGGCGCAGUUGGUGGUGAUGGUGCUGGUGGAGGUGACAGCUUUAGGCAACCUGAGGAUGGUCAUCAGUAAUAUCUUCAACACAGACUACCACAUGAACAUGAUGCACAUCUACGUGUUCGCAGCCUAUUUUGGGCUGUCUGUGGCCUGGUGCCUGCCAAAGCCUCUACCCGAGGGAACGGAGGAUAAAGAUCAGACAGCAACGAUACCCAGUUUGUCUGCCAUGCUGGGCGCCCUCUUCUUGUGGAUGUUCUGGCCAAGUUUCAACUCUGCUCUGCUGAGAAGUCCAAUCGAAAGGAAGAAUGCCGUGUUCAACACCUACUAUGCUGUAGCAGUCAGCGUGGUGACAGCCAUCUCAGGGUCAUCCUUGGCUCACCCCCAAGGGAAGAUCAGCAAGACUUAUGUGCACAGUGCGGUGUUGGCAGGAGGCGUGGCUGUGGGUACCUCGUGUCACCUGAUCCCUUCUCCGUGGCUUGCCAUGGUGCUGGGUCUUGUGGCUGGGCUGAUCUCCGUCGGGGGAGCCAAGUACCUGCCGGGGUGUUGUAACCGAGUGCUGGGGAUUCCCCACAGCUCCAUCAUGGGCUACAACUUCAGCUUGCUGGGUCUGCUUGGAGAGAUCAUCUACAUUGUGCUGCUGGUGCUUGAUACCGUCGGAGCCGGCAAUGGCAUGAUUGGCUUCCAGGUCCUCCUCAGCAUUGGGGAACUCAGCUUGGCCAUCGUGAUAGCUCUCAUGUCUGGUCUCCUGACAGGUUUGCUCCUAAAUCUUAAAAUAUGGAAAGCACCUCAUGAGGCUAAAUAUUUUGAUGACCAAGUUUUCUGGAAGUUUCCUCAUUUGGCUGUUGGAUUUUAAGCAAAAGCAUCCAAGAAAAACAAGGCCUGUUCAAAAACAAGACAACUUCCUCUCACUGUUGCCUGCAUUUGUACGUGAGAAACGCUCAUGACAGCAAAGUCUCCAAUGUUCGCGCAGGCACUGGAGUCAGAGAAAAUGGAGUUGAAUCCUUUCUCUGCCACUCUUUGAGGAGAAUCUCACCAUUUAUUAUGCACUGUAGAAUACAACAAUAAAAUACAGCCAUGUACCACAUAACAACAUCUUGGUAAACAACAGACUGCAUAUAUGAUGGUGGUCAUCCAGUAAGCUAAGGUUAAUUUAUUAUUAUUCCUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGUAGUCUUACUCUGUCACCCAGGCUAGAGUGCAAUGGCACCAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUACCUCCUGGGUUCAAGCAAAUCUCCUGCCUCAGCCUCCAAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACCACAUCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAAAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGAUCUCAAACUCCUGACCUCAAGUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGAACCACAGGCCUGAGCCACUGUGCCCAGCCUUGUUUGCUUUUUUAACAGAUAACAGUGUGCUCAUAGAAACUGCUUUGACAUGACUGCAAUCAUGUGCUUCAUAGAAACUUAAUUAGAUUAUACCACUAGAGUCUUCAGAUUUUUAUACUUUUUUUUUUUGAAACGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGGAGUGCAGUGCCGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGAAUUACAAGUGCGCACUACCACACCCAGCUAAUUUUUGCAUUUUUACUUGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCUAGGAUAGUUUCACCAGGAUCUCUUGGCCUCAUGAUCAGCCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCGUGCCCAGCCUAUACUUCCCUUUUUGAAUACCAUUUGGUGUUUUGAAGAAUUAACAGCUUUGUGAACGUGGCAGUGCUUGUGAUUCAGGCUUCCAUUGAGACCAAGGGGAGAACCUGGUUGCAGGACAAACAGACGGACAGCGUGUGGCAGUGUUUAAAUGCUCUUCUGAAGGCUGAUACGACAGCUCUCUGUGCACUGAUUGCAUAUGCAUCCCAAGAUUAUAUUAUUGUUUUCUACUGCUAUGUGUCACACUUUGCCAAACAGGAUGUGGAAAAUGAAUAAGCGGUUUUCUUAGGCACUUCUUAACAGACAAUUGGUCAAAAUGAACUCCAUUGCUUAAGAAACACAUAAACACCAUUUAGUCACUGAACAUAGCUAUAUGUAUGGUUGUUACUAUGGGAAAUCUUGUUUUGCCAAUUUUCUUUGAAAAUUCUGGCAGACCAAGGUUCUUUUUGUUUACAUAAUACUUGAAAAAUAAAAAUGAACAAGCUAACAAACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-914.77 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -969.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 861.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((.((.(..(((((((((.......(((((.((((..((((((((((((..(((((((((((((((.((((((.((..((((((....((((((..(..................................)..)))))))))).))..))..))))))..((((.(((((.((((((..((((((...(((((((((.((.((((.........)))).))))))......(((((.(((((((((((((((.((.((........))))))))).))))((((.....))))((.((((..(((....)))..)))).))..((((.(((((....)))))..))))((((.(((((.(((((((.((((.(((.((.....)))))..)))))))))))...))))))))).)))))).)))))))))).))))))..((((((..(((.((((((.(((((((((....((...(((((.((((((((((...........)))))))).(((((..........(((((((...........)))))))((((((((...)))))))))))))....)))))))))....))))))))).((((.(..(((((((....(((((.(((((.((((.((((((.((.....)).))))))............(((((((.(((..((((((....((((.((...((((((.((((((...((..(((.....((((.((((((((((((((((((((.......))))))))))....((....((((......((((((((.((((..(.(((.(((((((...((....))(((...)))((((((.((((.........)))).))))))(((.(((((..((.(((..(.((((((....)))))).)..)))))..)))))))))))))))))).).))))))))))))..))))..))))))))).))))).))(((((((....))).))))))).)).)))))).....))))))..)).))))..))))))..))).)))))))))))))))))))))((((((.(((...(((((((((...((((.(((..((((..(((((.((((((....))))))..((((((((((((.((((..........(((((((((....)))(((((((((.(((.(((((((((...((((((((((..((((((..((((.(((.((.(((...))).)).))).))))))))))..)).)))(((((.....((....)))))))((((((((((((..((((....)))).......((((((.......(((((((...((.((((((((...(((......)))....))))..)))).)).)))))))..(((((((((((((..(((......)))))))))))..)))))..))))))....((((((((...(((((((((((................))))).....(((((.............)))))..........))))))...))))))))..........(((....)))..............))))))))))))......)))))...))))))))).)))........((..(((((((.(((((((((.(((..(((...))).))).))))..)))))...))))))).))))))))))).....((((((..(....)..))))))....))))))...(((.(((((.(((((............)))))..))))).))).....)))).))))))))))))............))))).)))).))))))).)))..)).))))..(((.(((((...(((((((....)))..)))).))))))))((((.((......((((((..(((((((.(((.((......)).)))))).))))..))).))).......))))))((((..(((..........((((((....)))))).........)))..)))).(((((((...)))))))....((((.((((((((((((((......))))..))))))..))))))))....))))))))).)))))))).))))..........(((..((......))..))))))))).)))..))))))...............)))))).))))).))))((((..((((((((....(((....)))..)))))))).))))....(((......))).((.((((((((((((..(((.((((.....)))))))))))))..........((((..(((((((....))))))).))))........)))))).))....))))))))(((((((.(((((((((.(((....))).)))))..)))))))))))..........)))))))..)))))..)))))))...)))))))))..(((((......))))))))))))))..).)).)))..)).((((((((..(((....)))..)))((((((((...(((((.((((.....)))).)))))...)).....))))))((((((((((...........(((.....)))..((((.....))))))))))))))......((((((((...........(((((....))))))))).))))....)))))...((((.(((((((((((((...))))))..))))))).))))(((((((((((((.((.......))..))))))))).))))..))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,({{((,,(((,({.{,.(((((((((,......(((((.((((..((((((((((((,.(((((((,,(((((..(((({{.,||}|(({,,....||{{||}|}.....,,,,,,,{,,.................,|||.}||||}|},},)).}),..)))))}..|||}{((((((((((.(.,((((((...(((((((((.((.((((,......,,)})).))))))......{((((.((((({(((((((((,((,(({,....,.}||}}}}}}.||||((,{..{,{((.(((((((....))))))).))||}|,.,.}.||||,|((((....)))))},)}},{(((.(((((.((((((,{((((.(({{((.....)))))..)))))))))))...))))))))),)))))).))))}))))).)))))).,),))))))).)))|,|||.(((((((((,,{,((,{{((({..|||||||{{{.,|........}})))))}.((((({,.......,(((((((.,,......,.)))))))|{((((((...)))))))))))))|||,||||}}|||,...}||||}}}}.{|((...,(((({{{...,(((((.((((,,(({,.((((((.((.....)).))))))...........,(((((((.(((..((((((....((((.((...((((((.((((((...{{..(({.....{{((.((((((((((((((((((((.......)))))))))|{,.,{{....{.{|||....((((((((.((((,.{.((,{(((((((...,,....||{((,,,|}}{(({((.{{{{,,.,,...,)))),}))))},(,.(((((..((.(((..(.((((((....)))))).)..)))))..)))))}}})))))))))).).))))))))))))..}},,..})))))))).})))).||(((((((....))).))))))}.}}.)))))).,...})))))..)).))))..))))))..))).))))))))}))))))))))}|{(((((.,{{,,,{{{(((({|...{||{,{{|,|{(((|,((({{.((((((....}))))}..{{(((((((,(({(({(,{{({.{{{{((,,,{(({.,,.)))(((({(({(,({{.{{{{,,,,,...|||,||||||.}||||||},|,,{,||.}||}|,|}}}))}.,},|}}}}}}}}}}}}}..|)|}}||{{{{,|,..{{....}|}}}}|{{(((({{{{{{.,{({{....|}}|,|,....{{{{{{.....{.{((((((...(({,(((((({...{||,,,,,,))}....}}}}..}))).,).))))))),.(((((((((((((..(((......)))))))))))..)))))..)))))},...{(((((((...(((((((((({...,,...........}|||}...|||{{{{.............)))),..,.}}}}..))))))...)))))))}...,},||,{{{{,,,||,|,,|.....,}},..))))))))}},.......,}},},,.}))))}))),),),,,..},}||}.{((((((.((((({(((.(((|.{|,....))},)).)))}..)))))...))))))).,,}|||,,,,,,,|||((((((..(....)..))))))....}}})||{,,,{{.(((((.(((((............)))))..)))))}))),.,,}))}|,}|||}|||||||,,.....,...,|},}|,|}}}|)}}})}}.}}}..})},|||,,{((.(((((...(((((({....}}}.,)))).)))))}||((({,,{......||||||,,|||{{({,{{{.{(..,,,|}},}}||||{|,}|..|}}|}}),,..,,,{|||||,.....{{{,,.......,},|||||{{{||,,,,.............,,})),(((((((...)))))))....((((.((((((((((((((......))))..))))))..))))))))...,||||}}}}},,,||||||,}|||,|,||,..|,|,((((,({{{{{{{((({{{,|||..|{|{,,,||||,.....,|||.....,,,})|}}||||,....((((..((((((((..{.(((....))).,)))))))).)))).,.}|||}||,..|}}....,.,((,((((((..{((.((((.....))))))}))))))},........{(((..(((((((....))))))).)))),......}))).))))...)))),.))))))))))))),})}},,,.||)}}.,}})))))))),|||)},,})))}.....,,..))))))),.)))))..))))))}...)))))))))..{((((......))))))))))))))..}.})|))}..)))||,,,{{{..,,,...,|||{,|||((({((,{,{,{({{{.,,||.,...,))}.,))))},,}),,,}}}))))}{((((((((({..,,,....,({(....,|}}...,||,....})}))))))))))}......,{{{((((.,{,..,||,.(((((....)))))})))},))},,},)))}}...((((.(((((((((((((...))))))..))))))).))))(((((((((((((.((.......))..))))))))).)))).,)},,.},.....
Back