Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016358.3
Sequence Length
2394 nt
GC Content
0.6642
GUAAAAUAUGUAUUUCUGUCGCCGCUGCGAGGCCGCUCGGUCCCAGAGCCCCCUCGAGCCUCCGGAAUGCGAAGUUAAAGGAAUCGCGGCGGCCACCGCUGCUCACUUUGUUACCCGGUUAGAAAAGUUUGCGGAGCGCGGGGAUGGACUAACCGGCUCUCCUGCUUCGCCCUCCCAGCGCCUAGAAGCCUGCAGCUCCGGAGCAGUGGCCGCGCCACGCCGGCCCCAGCGCGCAGAACCCUGCAGGCCCCGCCCGUCCGCCCCGGGCCGCGCCCGCCAUGUCCUACCCGCAGUUUGGAUACCCCUACUCCUCGGCUCCCCAGUUCUUGAUGGCCACCAACUCCCUGAGCACGUGCUGCGAGUCCGGAGGCCGCACGCUGGCGGACUCCGGGCCCGCCGCCUCGGCCCAGGCGCCGGUCUACUGCCCGGUCUACGAGAGCCGGCUGCUGGCCACCGCGCGCCACGAGCUCAACUCGGCCGCGGCGCUGGGCGUCUAUGGGGGUCCCUAUGGCGGAUCGCAGGGCUAUGGCAACUACGUGACCUACGGCUCGGAGGCGUCCGCCUUCUACUCGCUGAACAGCUUUGAUUCCAAGGAUGGUUCGGGAUCUGCGCAUGGGGGCCUGGCACCAGCCGCUGCCGCCUACUACCCUUACGAGCCAGCUCUGGGCCAGUACCCCUAUGACAGGUAUGGAACCAUGGACAGCGGCACGCGGCGCAAGAACGCCACGCGCGAGACCACCAGCACGCUCAAGGCCUGGCUGCAGGAGCACCGCAAGAACCCCUACCCCACCAAGGGCGAGAAGAUCAUGCUGGCCAUCAUCACCAAGAUGACCCUCACACAGGUCUCCACCUGGUUCGCCAACGCGCGCCGGCGCCUCAAGAAGGAGAACAAGAUGACGUGGCCGCCGCGGAACAAGUGCGCAGACGAGAAGCGGCCCUACGCGGAGGGCGAGGAGGAGGAGGGGGGCGAGGAGGAGGCGCGGGAGGAGCCCCUCAAGAGCUCCAAGAACGCAGAGCCCGUGGGCAAAGAGGAGAAGGAGCUGGAGCUUAGUGACUUGGACGACUUCGACCCGCUGGAAGCAGAGCCGCCGGCGUGCGAGCUGAAGCCGCCCUUCCACUCCCUGGACGGCGGUCUGGAGCGCGUCCCCGCCGCGCCCGACGGCCCGGUCAAGGAGGCCUCAGGCGCGCUCCGGAUGUCUCUGGCCGCGGGUGGCGGAGCUGCUCUGGACGAGGACCUGGAGAGGGCCCGGAGCUGUCUCCGCAGCGCGGCGGCCGGGCCGGAGCCACUGCCGGGCGCAGAGGGCGGCCCUCAGGUCUGCGAGGCCAAGCUGGGGUUUGUGCCGGCGGGGGCGUCGGCAGGCCUGGAGGCUAAGCCGCGCAUCUGGUCCCUGGCCCACACAGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCGCCACCUCCCUGAGCCAGACUGAGUUUCCGUCGUGCAUGCUCAAGCGCCAAGGUCCCGCGGCCCCUGCGGCUGUGUCCUCCGCGCCCGCCACGUCCCCGUCUGUGGCCCUUCCCCACUCUGGCGCCCUGGACAGGCACCAGGACUCCCCGGUAACCAGUCUCAGAAACUGGGUGGACGGGGUCUUCCACGACCCCAUCCUCAGGCACAGCACUUUGAACCAGGCCUGGGCCACCGCCAAGGGCGCCCUCCUGGACCCCGGGCCUCUGGGACGCUCGCUGGGGGCGGGCGCGAACGUGCUGACUGCACCCCUGGCCCGCGCCUUUCCGCCUGCCGUGCCCCAGGACGCCCCAGCUGCAGGCGCCGCCAGGGAGCUGCUCGCCCUGCCCAAGGCCGGCGGCAAACCCUUCUGCGCCUGAGGCGGGCGGGUCCCGAGCCCAGGAGGGAACCCGCGCUCAGGCGGACGGCGCCGACUCUUUUCACUGAGUUUCCAGAGGAAGACUAGCGCGGCCACCGCGAAGCCGCCAACCCACCGGAGAGGGGGCUUCUGAACUUGGACUCCUGGGAACAUGGACAAGCCCGGCGCUGCCACGCCGGGGCCUCCACCGCCUGGGCCUGAGCCUGACCGGGCCAUUCCCAAAUUUGGGACGCGGAAGGAGAGGCUCUCGGAGCAGAAGAGGCCAGAUACCCUGAAGCAUAAAGUUUACGUCAAAAGUUUACAUGGAGAAGGCGGUUCCGUUCUGAAGCGUGGUCUGCUGUCCCCUGGGCGUGAGGCCUCCUGGGCCUGUCGGGCCUCCGAUUUCAUCCUCAGCACGUAAUGCUCACCAACAGCACUUGCACUGAGUUGACUCUUGCACACUCUUGACUCCAUAAUAUGAUGCUUUUUAAGAUGUAUGUUCACACCAAUAAUUGCCUGCUUCAGAGGCUAAUAUAACAAAACCAAUAAAACCGAGUGAUGGUGUUUGUAUUGCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1091.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1126.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 463.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.........((((((....(((.(((((..((((.......))))..))))))))..((((...(((((((.....((...(((((((...))))))))))))))))...))))........((((..(((((.(((((.....((..(((((.(((((.((((((((.(((..(.(((....((((((((((.((..((.(.(((((.((...))))))).).)).)).))....))))))))(((((((.(((((...(((((((....((((((((....(((.(((..((....))..)))...)))((((....(((((((.(((.........((((.((.((.((.(((.((((((((.((((......)))).)))))))).))).))..)))).)))).(((((.(....).)))))........(((((((((((((.((((.(((((.((.(((......))))).)))))(((((((...(((.((((.(...((((((.(((.(((((..((((......)).))...)))))....))))))))).......(((((..(..(((((....)))))(((((((.(.(((((..((((((((.(((((.((((..(((((((.............)).).)))).)))))))))..)))))))).))))).).))))))))..)))))((.((.((((......)))).)).))).)))).)))..)))))))(((((((..((.(((.((.(.(((.((.(..((..(((.....)))..))..).)).))).)))..(((((.....))))).)))))..))))))).....))))..))))..))).))))))))))))))))))))........))))))))(((.(((.(.....).))).).))....)))))))...)))))))))).))))).)..)))))))))))))))))).)))..))..))))....).)))))..))))))))))((.((((((.(((.(...(((..((((.....))))..)))...)..))).).))))).))..((((((((((((((.(((((((.((((.....))))..((((((((.(((((.((((.(((((((((..((.((((((((.(((((((....(((((((.((((((.(((((((.....(((((((((.(((.(((((((.(((((((.......(((....)))..))))))).).)))))).)).).)))))))))))))))).((((.(((((((.((((((((((..((((.(((((.((((..(((.(((...(((.((((((.((((.((((.(((.((..(((((.((((......))))...)))))..))..)))...)))).)))).)))))).)))...))).)))..(((.((...)).)))((((........))))...)))).)))))..)))).))))..)))))).))))))).)).))...)))))).))))..)))(((....((((((((((...(((.(((((....((.(((..(((((.......)))))..(((.((((((......)))))).)))(((((........)))))))).))))))))))....)).))))))))....)))...))))))))).))).)))..))((((((((((((.(((.((((.....))))....(((....))).))))))))))....)))))))))))....))).)))))))))))))))))..))))))........).))))))))).......)))))((((((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((((.(((((((...(((((........)))))(((...)))((((((.(((...((..(((.(((((((..(((.((.....)))))(((((((((((.((((((((....)).)))....(((((((......)))))))(((((..(.((((((....((((((..((..((...(((((....))))).))....))..)))))))))).)).)..)))))(((.....)))((((.....))))..)))..)))))))...))))..))))))).)))..))..)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))...))))))))......(((..(((((...((((((((.......)))).)))).))))).))).....(((.((((((((...(((......)))....)))))).)).)))..............)))))))))..)))).......(((((((((.((........)).)))).))))).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,...,,{{,,..,((({,{{,(((.(((((..((((.......))))..)))))))),,((((...(((((((.....{,...(((((((...)))))))}}})))))}...}}||..,,....((((..(((((.|((((..,..((..(((((.(((((.((((((((.(((..(.(((....((((((((.({,(,.((.(.(((((,({...))))))).}.)).),,.)}...))))))))(((((((.(((((...(((((((....((((((((....(((.(((..((....))..)))...)))((((....(((((((.(((.........((((.((.((.((.(((.((((((((.((((......)))).)))))))).))).))..)))).)))).(((((.{....|.}||}|.....,}.||||||,(({(((.,{{{,((({{.{(.(((,..,,{|||||.|||,,(((((((...(((.((((.,...((((((.(((.(((((.,(({{......)).)).,.)))))....))))))))).......(((((..(..(((((....)))))(((((((.{.(((((..((((((((.(((((.((((..(((((((.............)).)}}))).)))))))))..)))))))).))))).}.))))))))..)))))((.((.((((......)))).)).))}.)))).)))..))))))),{|||||}}||.|||,}}.{,(((.((.(..((.,(((.....)))..))..).)).))).})},.(((((.....))))}.},,,|..|||||,,..,}}))}}..)}},..))),))))))))))))))))))))........)))))))),({,(((.,.....),))).,.,,....)))))))...)))))))))).))))).)..)))))))))))))))))).)))..)}..)))),,..,.)))))..))))||||}|{(,{{{{{|.{{{.{,.,(((..(((({...,})))..)))...}..)))}}.)})}),))..{{{{{(((((((((.{((((((.((((.....))))..((((((((.(((({{((((.(((((((((..((.((((((({.((((((({{.{(((((((.((((((.(((((((.....((((((((({,((.(((((((.(((((((....,{.(((....))),}))))))).).)))))).)).),)))))))))))))))).,,{(.(((((((.((((((((((..((((.(((((.((((..(((,(((...(((.((((((.((((.((((.(((.((..(((((.((({......})))...)))))..))..)))...)))).)))).)))))).)))..,))).)))..(((.({...}).)))((((........))))...)))).)))))..)))).)))),}}})))).))))))).)}.},...)))))).)))}............((((((((((...(((.(((((....((.(((..(((((.......))))),.(((.((((((......)))))).))){{(((,...,...},}},))).))))))))))....)),,))))))),)))).)},,}})))))}},))).)))..)){(((((((((((.(({.((((.....))))....(((..,,))}.})})))))))}...,))))))))))....))).)))))))))))))))))..))))))........).))))))))).......))))){{((((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((((.(((((((...(((((........)))))(((...)))((((({,(((...{{..(((.(((((((..(((.((.....))))){{(((({{(((.{{((((((....}}.)}}....(((((((......)))))))(((((..{.((((((((({{,,(((..((|.{|,..(((((....))))),}))).,))..))))})|})).)).}..)))))(((.....)))((((.....)))}..)))..}}))))},,.))))..))))))).)))..})..)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))...))))))))..{,..{({..(((((...((((((((.......)))).)))).))))).))}.,,..(((.({((((((...(((......)))....)))))).)).})}..............))))))))))},))).......,,,,.{{{{.,........,)),)))).}}))),})))....
Back