Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016362.5
Sequence Length
1434 nt
GC Content
0.5502
AGUUCCCCAAAGAUAACACAGCUUUGCACAGUGGAUGUUUACUUGCUGGUGGUCUUAUCUAAGAUCAACAUUGGCAGCUGUGCCCGGAGAGGCCUCCAGGGUCCAGGUCCAAUGCACUUCCCUCUCAGAAGAGGCAUCCGCUAAAAUAGGGACCAAAGCUGCUGGAGGGAGGCAAGGCAAGCUGCUAUGUGAAAAAACGCCAGGCCAGGCAGUCAUGUCACACCUGGCAGAAAUGACUGAAGCAUAGCCACUGGCUGAAGUUAUCCCCACACCCACUCUCUGGAGAGGAUGAUCAGGAGCAGUCUGCUCAACCGGGAGGUGGGACUCCUCCUCGGGAAGGUGUAGAAUCACCAGCCUGGCUCCCUGCGGACUCCCGGGGCUCACAGAGGCCAGAGCAGCAACAGCACAUGGGAAACAACGGGGCGCUGGACUGGGGAGGUCUCAGAGCUCUCCUAGUGAUGACAGCCUCAUUUUACCCAGGGAGAAAGGGCGAGUAAGCUAAGGUCACACAGCAACAAAGCUGCACCCAGACCCCAGAGCCACUCUCCUCCCUCCCUCCUCCACCAGGGCCAUGCCCACUUGGGGCACCCCGCCACCGUGUUCCAGGGACAGCUGGAGCACAUGCUUCUUCCCUCGCCAACCCAGCAAUUCCGCAGGGCAUCUGACCUCCACUGUUGACUUCUACCCAGAGGACAAGAACAUUUUUAGUUCCCAAGGAAUGUACAUCAGCCCCACGGAAGCUAGGCCACCUCUGGGAUGGGGUUGCUGGUUUAGAACAAACGCCAGUCAUCCUAUAUAAGGACCUGACAGCCACCAGGCACCACCUCCGCCAGGAACUGCAGGCCCACCUGUCUGCAACCCAGCUGAGGCCAUGCCCUCCCCAGGGACCGUCUGCAGCCUCCUGCUCCUCGGCAUGCUCUGGCUGGACUUGGCCAUGGCAGGCUCCAGCUUCCUGAGCCCUGAACACCAGAGAGUCCAGCAGAGAAAGGAGUCGAAGAAGCCACCAGCCAAGCUGCAGCCCCGAGCUCUAGCAGGCUGGCUCCGCCCGGAAGAUGGAGGUCAAGCAGAAGGGGCAGAGGAUGAACUGGAAGUCCGGUUCAACGCCCCCUUUGAUGUUGGAAUCAAGCUGUCAGGGGUUCAGUACCAGCAGCACAGCCAGGCCCUGGGGAAGUUUCUUCAGGACAUCCUCUGGGAAGAGGCCAAAGAGGCCCCAGCCGACAAGUGAUCGCCCACAAGCCUUACUCACCUCUCUCUAAGUUUAGAAGCGCUCAUCUGGCUUUUCGCUUGCUUCUGCAGCAACUCCCACGACUGUUGUACAAGCUCAGGAGGCGAAUAAAUGUUCAAACUGUAUGCUGAUGUUCCAAAUGGGAAUUUAUUUCAAAGAGGAAAAGUUAAUAUUUUACUUUAAAAAAAUCAAAAUAAUACAAAUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-531.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -554.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 275.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.......((((((((..((((...((((((((((.((((...(((((((....))))))).((((((.(.(((.((((((((....)))).)))).))).)))))))......(((((....)))))..(((.(((...)))))).....(((((((((((((((.(((((.((..(((((((........((((((...((((....))))...)))))).............)))))))..))(((((......((((.....(((.....)))((((((((.....(((((...)))))..((((((((.......))))).)))...((((......)))).(((((((((((((((((......(((......((((..((((((((....))....(((.......(((((.....(((((((((.((...)).))).)))))).......)))))......)))((((((..((((.((((..(((..((((...((((......))))......))))....))).))))))))..)))))).........((((...))))....(((((.....))).))(((((((((......))))))))).))).)))..)))).....)))......)))))))))......................((((((((((((...........(((((((((...((..((.....))..))...)).)))))))...)))))))).))))(((((((((...((((..((....))..((((.....))))(((((((((.....((((...((((.((..((...(((((((......))))))).))..)).))))...)))).(((....)))...(((((.((((((.((((.(((((...(((((.(((((((((((((.((.((((....)))))))).)))(((.....))).)))))))))))))......))))).).)))..((((((..((((.(((.....))).)))).)))))).(((....)))....))))))...))))).(((((....(.((((((((....)))))))).))))))..(((((......)))))))))))))).))))...)))))))))..))))))))((((((((....)))))))).))))))))))))...((((.....)))).))))).....(((......)))..))))).....)))))))))).....(((((((.......(((.....)))))))))))))))..((((...((((........)).)).)))))))).))))))))))...)))).)))).))))......))))))..........((((.(((((....))))).))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((.......((((((((..((((..,((({(({(((,((((({{(((((((....))))))}.((((((.(.(((.((((((((....)))).)))).))).)))))))..,{{{(((({{{{.||,||..(((.(({...}))))),,...,||,}||||||||||.{,(((,.,.||||,{{(.......,((((((...((((....))))...))))))....,{{{{{..{||,|||,..}}||||,.}}}}}|,{(,....(({.....}))((((((((.....(((({...)))))..((((((((.......))))).)))...((((......)))).(((((((((((((((((......(((......((((..((((((((....))...,(((.{{.,,.(((((,,...(((((((((.((...)).))).))))))...,...))))).,}}}.)))|(((((..((((.((((..(((..((((...((((......))))......))))....))).))))))))..)))))}...,,....((((...))))...,||(((.....))).,,(((((((((......))))))))).)))}}))..)))).....))).,....)))))))))....,{,,...,...,,||,..((({((((((((..........,{(((((({(...((..((.....))..})...)),})))))}...)))))))).}))|(((((((((...((((..,,....}}..{(((.....)))}(((((((((.....((((...((((.((..((...(((((((......))))))).))..)).))))...)))).(((....)))...(((((.((((((.{{({{{{(((...((((,{((((((((.....(({((((((,,((....)))))))}))....})}..)))))))))))))...||,}}}}}.}..,}..((((((..((((.(((.....))).)))).)))))),{{{,...))).,..))))))...))))).(((((....,.((((((((....)))))))).))))))..(((((......)))))))))))))).))))...)))))))))..))))))))((((((((....)))))))).))))))))))),.|.((((.....)))),)}))},..,,|||,.,}.,)))..|||}}..,..}|}|}}}}}||||.,{(((((.,......}))))}|,||||((({.(((((((..{{....}}.))))))).))))...)})))))).)))}}))))}...)))).)))).))))......))))))}...,,....({({.((({{....,)))}.))))............................
Back