Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016426.7
Sequence Length
2983 nt
GC Content
0.5377
GUCUCCCGGCGCCGCGUUUAAAUCCGUGCCGGAGGCGCGUCCUGCAUCGUCUGCCGCUUUGGUGACUUCUGACAGCUCUCUCCAUGGAAGGAGGCGGCGGCCGCGAUGAGCCUUCAGCCUGCCGGGCAGGGGACGUGAACAUGGAUGACCCUAAGAAGGAAGACAUUCUUCUUUUGGCCGAUGAAAAAUUUGACUUCGAUCUUUCAUUGUCUUCUUCGAGUGCAAAUGAAGAUGAUGAAGUCUUCUUCGGACCCUUUGGACAUAAAGAAAGAUGUAUUGCUGCCAGCUUGGAAUUAAAUAAUCCGGUUCCCGAACAGCCUCCGUUGCCCACAUCUGAGAGUCCCUUUGCCUGGAGCCCUCUGGCCGGGGAGAAGUUCGUGGAGGUGUACAAAGAAGCUCACUUACUGGCUUUACACAUUGAGAGCAGCAGCCGGAACCAGGCAGCCCAAGCUGCCAAGCCUGAAGACCCUCGGAGCCAGGGCGUGGAAAGAUUCAUACAGGAGUCAAAAUUAAAAAUAAACCUCUUUGAGAAAGAAAAGGAAAUGAAGAAAAGCCCCACGUCUCUUAAAAGGGAGACAUACUACCUGUCAGACAGCCCCUUGCUGGGGCCCCCUGUGGGUGAGCCUCGGCUCUUGGCCUCCUCCCCGGCCCUGCCCAGCUCUGGUGCCCAGGCCCGCCUCACCCGGGCGCCGGGGCCUCCGCACUCUGCUCAUGCUUUGCCCAGGGAAUCAUGCACUGCUCAUGCUGCAAGUCAGGCAGCGACUCAGAGGAAGCCCGGGACCAAAUUGCUGCUGCCUCGAGCGGCCUCUGUUAGAGGAAGAAGCAUCCCUGGGGCUGCGGAGAAGCCCAAGAAAGAGAUUCCAGCUAGUCCUUCCAGGACAAAAAUCCCAGCUGAGAAGGAAUCCCACCGGGAUGUUCUCCCUGACAAACCUGCCCCGGGUGCUGUCAAUGUGCCGGCCGCCGGAAGCCACUUGGGCCAGGGCAAGCGGGCGAUCCCUGUUCCAAACAAGUUGGGGCUGAAGAAGACCCUGUUAAAAGCACCCGGCUCUACCAGCAAUCUCGCAAGGAAGUCCUCCUCGGGGCCUGUUUGGAGCGGGGCAUCCAGUGCGUGCACAUCCCCAGCAGUGGGCAAAGCUAAAUCAAGUGAAUUUGCAAGUAUUCCUGCAAAUAGCUCCCGGCCUCUGUCAAACAUCAGCAAGUCAGGCAGAAUGGGACCCGCCAUGCUGCGGCCAGCUCUGCCUGCAGGCCCUGUGGGGGCAUCCUCCUGGCAGGCCAAGCGGGUCGAUGUUUCUGAGCUGGCAGCGGAGCAGCUCACGGCACCCCCCUCAGCAUCCCCCACCCAACCCCAGACUCCGGAAGGUGGCGGCCAGUGGCUGAACUCCAGUUGCGCUUGGUCAGAAUCUUCUCAAUUGAAUAAGACUAGAAGUAUCAGACGGCGAGAUUCCUGUCUAAAUUCCAAGACAAAGGUUAUGCCUACUCCUACAAAUCAAUUUAAAAUUCCUAAGUUUUCUAUUGGUGACUCCCCGGACAGCUCAACACCAAAGCUUUCGCGGGCACAGCGGCCGCAGUCGUGCACGUCAGUUGGCAGGGUCACUGUCCACAGCACCCCGGUUAGACGCUCAUCUGGGCCAGCACCACAAAGCCUGCUGAGCGCAUGGCGUGUGUCAGCCUUGCCCACACCCGCCAGCCGGCGCUGCUCUGGCCUUCCACCGAUGACCCCCAAAACGAUGCCCAGGGCCGUGGGCUCUCCCCUGUGUGUGCCAGCUCGGAGACGUUCCUCUGAGCCCCGCAAGAACUCUGCAAUGAGAACUGAACCAACAAGGGAGAGCAACAGAAAGACAGAUUCCAGGCUGGUGGAUGUGUCCCCUGACAGGGGUUCUCCUCCUUCCCGUGUGCCUCAGGCACUUAACUUUUCUCCAGAGGAAAGCGAUUCUACUUUCUCCAAAAGUACUGCCACAGAAGUAGCUCGGGAGGAAGCCAAGCCGGGUGGAGAUGCAGCCCCUAGUGAGGCUCUUCUUGUAGAUAUCAAACUGGAACCACUCGCGGUCACUCCAGAUGCUGCAAGCCAGCCCCUCAUUGACCUUCCUCUCAUCGACUUCUGCGAUACCCCAGAAGCACACGUGGCUGUAGGAUCUGAAAGCAGGCCUCUGAUCGACCUCAUGACAAACACUCCAGACAUGAAUAAAAAUGUGGCCAAACCUUCACCGGUGGUGGGACAGCUCAUAGACCUGAGCUCCCCUCUGAUCCAGCUGAGCCCUGAGGCUGACAAGGAGAACGUGGAUUCCCCACUCCUCAAGUUCUAAGCCGAACCAAAUCCUUUGCCUUGAAAGAACAGCCCUAAAGUGGUUUUCAACCCUCAGAAACAAGCUUUAGGCUGGUCGCAGUGGCUUACACUUGUAACCCUAGAACUUGGGAGGCUGAGGUGGGCGGAUUACUUGAGCCCAGGAGUUCGGGACCAGCCUGGGAAAUAUAGUGAAACUCCUGUCCCUACAAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGUGUGGUAGUGCAUGCCUGUAGUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAAGUGGGAGGAUGGCCUGAGCUCAAGGAGAUGCAGGCUGCAGUGGGCUGUGAUUGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCACCAAUGUGAGAACCUGUCUUGGAAAAAAAAAAAAAGAAACAUGUUUUAGUAGAAGUUUUAUUUGAAAAAGAAAAAUAAGCAUAAAUAUAUUCCCAGUGCUGGAGAGGGUGGGCUGAGGGACUGGGGCCAGCACGGACCACCCAAGGCCUCUGCUUCCCGCCGCCACCCUCCUCGCUGCCAUUCUCUGGGCUGGAAUGUGAAGCCUCAGUCACUCUAAAUGAAGAAUUUUCUUUUGAAUGUUUUGUAUGUAAAAUAGCAAGUGGCUAUUUUUAAAGUUAAGUUUGUAUAAAUAGUUAGAUAUUCUAGAUUUACAUUAAAUUGUAAAAUAAAUGGACUUAUUGAAGCAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1068.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1120.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 665.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((((.............)))))))))))(((.((((((((.(((...((((.(((.((((((.((.(((.(((((......))))).)))(((........)))((((((((.(((((((((((((....((((((.....))...(((((((((...)))))))))((((((.(((......(((((((((((((..((((.(((...))).))))..))))))..)))))))))).)))).))(((((....)))))............((((((((((((((((........(((...)))..((((....)))).((((....(((.((.((.......)).)).))).((((((((((.((...(((((((((((.....(((((........))))))))))..((.(.((((..(((((.....((((((....))))))......((.((..((.((((((.((((((((...(((((......)))))...............(((.(((......))).)))...............))))(((((((....)))))))....((((((.(((...(((((.....)))))...))))))))).)))).)))))).))..)).)).))))).)))))))((((((((((((.((.........)).))))))))))))))))))...)).)))..((((((((((((((..(((((((((.....(((((.......)))))......((.(..(((((((........((((((......))))))...((((((.(((.(((.((((((..(((((.......)))))..........((((((((.(((((...))))).........))))).)))((....))...)))))))))))))))))).......)))))))..).)).....(((.((.(((....(((.....)))...)))..)).)))(((((((((((((((((((((((((((..................))).)))))))...((.((......))..))..(((((....))))).)))))))))))))).))))))))))))....))))......)))))))))).......(((..(((((((........))))))).)))))))))).(((........)))...(.((((((((.(((...((((......)))))))..))))))))).(((((((((((((((((....(((.(((((((((((((((.......((((((((((((((((((((.((((((..((.(((.....(((....................)))))).))..))).)))))))..)))).))))).....(((.((..(((((...............)))))..)).)))((((.((((..(((((........)))))..)))).))))...(((.....((((((..((((((....))))))..))))))........))))))))))........((((..((((((...((((((.(((..(((..((((...((((.((((..(((....))).))))..))))))))..)))))))))).))........)))))).))))((.(((((.((((..((...))..)))).))))))))))).))))).)))))).)))..)))).))))))..........)))))))))))((((((((.(((.((((...((((((((......))))))))..))))((..(((......)))..))......))).))))))))............))))))))))))))))))))))))))))(((((((((.((((((((...((..((((((((..((((.((......((((((.....(((((((((((((((.....((((........)))).....)))))))....(((((.(((((((.(.((....((((((((..((.(((((((.((((....(((((((......)))...)))))))))))))))..))..))))))))..)).).)))).....((((((.(....).))))))..))).)))))))))))))........((((.(.........(((((..............)))))........).)))).......((((...))))(((..(((((......))))))))))))))....)).)))).))))))))..))))))))...((((.....))))..(((((((......(((..(((...((((.((((.....((.(((((.((((((...((((........))))...))))))))))).))((((((.....))).)))..(((........))))))).))))))).)))...)))))))((((((.(((...)))...)))))).........))))))))))).....................((((.(((...((((.....))))......))).))))))))).)))))))))).))))).).))).))))...))).)))))))))((((((((((.......)).)))))))).((((((((((((((....)))(((((.((((((.............))))..)).))))).........(((((((.........)))))))............))))).))))))((((((((.(.(.((((..((((((.....((....))...))))))....)))).).)))))))))......(((........)))((((..((((........)))))))).(((.(((((.(((....))).))))).)))..((((((((.....))))))))..(((((..((((((........(((((...))))).((((((......)))))))))))).)))))......))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({(((((((.{.{.......,,)))))))))))(((.((((((((.(((...((((.(((.((((((.((.(((.(((((......))))).)))((({,....}.)))((((((((.(((((((((((((,...,{{{((....,}}...(((((((({...))))))))}((((((.(((......(((((({(((((((((((({(({...))).))))}))))))}..)))))))))).)))).))((({{....}})))....,,,,....((((((((((((((((........(((...)))....((((((.(((..((((...((((((((,...,(((((.((..{{.,...((((.(..(((.(((((((,((.....((((({,.......)))))).,......((((((((.(((((.....((((((....))))))..,,({((......}}}|((((.((({(((({..({{{{....,,|||||,..............,{({(((......}}},)))..............,|},.(((((((....))))))).....(((({.(((...(((((.....)))))...))))))))((((...,)))),,))||}},}....|||{{{{|{,{((({{{((((((.{(,,,,.....,},))))||||||||.,..,({{{.||,,...((((((((((((((..(((((((((....,(((((.......))))),,,...((.{..(((((((........((((((......))))))...((((((.(({,({((((((((.{(((((.......)))))......,.{,((((((((.(((((...})))).........})))}.},,})},}),}...)))))))))))))))))).....,.)))))))..}.))...,,(((.((.(((....(((.....)))...)))..)).)))(((((((((((((((((((((((((((.....,....,}.,,...))).)))))))...,,.{{...,,,|}.,||,.{,{{|,,,,))))}.)))))))))))))).))))))))))))....))))......)))))))))).....}}}}}}.(((((((.,....,.))))))).}}|||||}}.((((((..((........))..)))))).|||},...{||||(((((((((.(((.(((((((.((((((((,((((.....}))).))))))).,{(((({,{,.{,{{{(((,(,{(((((((((((((.((((((..((.(((.....(({....................)))))).))..))).)))))))..)))).)))))....},||}||,.{(({{.....,.....,,..}}}}|{,,,.|,,((((.((((..(((((........)))))..)))).))))..,|.,,,...((((((..((((({....})))))..)))))),,...,,,}|{,||||,,.......}))),}}))))))).))))))))))),})})},|.,,}}}}))))))))).||,}}}}),),.})}.)))).,.((((((.{,((((............))))).))))))}.(((((.((((..((...))..)))).))))).))))))))))))).))))))))).)))..))))).....},.))))))),,.,.))))))))...})))||(({..((((((((......))))))))..,))),{..(((......)))..,}.......))).)))).))............)))))))))))))))),,}))))))))){|((((((((..((((,,{{{(,{{(((,,,||}}|,,..(((((((....})))))).,,.,,,.((((((((..,..((((........))))..}..))))))))...,{{||}|{||||,.|.||}}}}|(((((((..((.(((((((.((({...,(((((((......)))...)))))))))))))))..))..)))))))}..,,.,.}}}}...,.((((((.(....,.))))))},|||.||||||}}{{||{,{....,.((((.{.........(((((.,..........,.))))}........).))))..,{{..,,,,}}}||}(((,.{(((((......))))))}))}}}|},}}}.,,||||{||||,|}}|.}},|||||...((((.....)))),,({(((((..,,..(((..(((...((((.((((.....(,.((({({((((((.,,((((........)))),..))))))))))).})((((((.....)))},))..{((.......,))))))).))))))).)))..,)))))))||||||.|||,,,}}}...}}}))).......,.,,,,)))))))),,..................||||}|{||||({{,...}})))),|,,||}}}.))))))))).)))))))))).))))).).))).))))...))).))))))))}((((((((((.......}},)))))))),((((((((((({((....}}}(((((.((((((.............)))}.,)).))))).......{{(((((((.........)))))))}...........))))).)))))){((((((({(.{.((((,.((((((.....((....,),..)))))).,..)))).}.)))))))))..,||,|{{,,,..{{{|||{,,,..,.,.}))}.}}},,,,,,....,|,(((({.{((....))).}))}}.,,,..{(((((((.....)))))))}..,,,,{,,((((({........{((({...))))}.((((((......)))))),,,,))}))))),.....))...
Back