Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016518.3
Sequence Length
2169 nt
GC Content
0.5182
GCCUUCCUCCUCGUCCUUUAGCCGGGAGCCUGUCUUUGCUUGCCUUUGCCUUUGAGGCUCUGUGGCUGUGGGGCUGAGUGGCAUCAUGGCGGCUCAGAAAGAUCUCUGGGACGCCAUUGUGAUUGGGGCGGGGAUCCAGGGCUGCUUCACUGCAUACCACCUGGCCAAACACAGGAAGAGGAUCCUCCUGCUGGAGCAGUUCUUUCUACCACACUCCCGAGGAAGCUCCCAUGGACAAAGCCGGAUAAUCCGAAAGGCGUACCUGGAAGACUUUUACACCCGGAUGAUGCAUGAGUGCUAUCAGAUAUGGGCCCAGCUGGAGCACGAGGCUGGAACCCAAUUGCACAGGCAGACUGGAUUACUGCUGCUGGGAAUGAAAGAGAAUCAAGAAUUAAAGACAAUCCAGGCCAAUCUGUCGAGGCAGAGGGUAGAACACCAGUGUCUUUCAUCUGAGGAACUGAAGCAACGUUUCCCAAAUAUUCGGUUGCCCAGGGGAGAAGUGGGGCUCUUGGACAAUUCCGGAGGAGUUAUCUAUGCAUAUAAGGCCCUCAGAGCCCUGCAGGAUGCAAUUCGACAGCUAGGAGGCAUAGUGCGUGACGGAGAGAAGGUGGUGGAGAUAAACCCAGGGCUACUGGUCACGGUGAAAACCACCUCCAGGAGCUACCAAGCUAAGAGCUUGGUCAUCACAGCAGGUCCUUGGACCAACCAGCUCCUCCGUCCCCUGGGCAUUGAGAUGCCUCUCCAGACCCUGCGGAUCAACGUGUGUUACUGGCGAGAGAUGGUUCCUGGGAGCUAUGGUGUGUCCCAGGCCUUUCCGUGCUUCCUGUGGCUGGGCUUGUGUCCCCACCACAUCUACGGACUGCCCACAGGAGAGUACCCAGGGCUGAUGAAGGUCAGCUAUCACCACGGCAACCACGCAGACCCUGAGGAGCGGGACUGCCCCACAGCACGCACAGACAUCGGAGACGUCCAGAUCCUGAGCAGCUUUGUCAGAGAUCACUUACCUGAUCUGAAGCCCGAGCCUGCUGUCAUUGAGAGCUGCAUGUACACGAAUACCCCUGAUGAGCAGUUCAUUCUCGAUCGCCACCCAAAGUAUGACAACAUUGUCAUUGGUGCUGGAUUCUCUGGGCACGGGUUCAAGCUGGCCCCUGUGGUGGGGAAGAUCCUGUAUGAAUUAAGCAUGAAAUUAACACCAUCUUAUGACUUGGCACCUUUUCGAAUCAGCCGUUUCCCAAGCCUGGGCAAAGCCCACCUUUGACCUCUGGCCAGAAGCCUCCCUUCUGUGCACAGGAGCCAGUUUCACAGAUGGAGAAGAUGUCUCAGAUGAAGGGAGUGUCCCUGAGAUAUCAUCCUUUUCUUCUGCCUCGCCUGAAUCCCCCAUAAACACCAGAUGAUUGAGUCUACCUUCUUUCCUUGGCCCGCUCCCUUUUUCUUCUGCCUCACUUGAAUCCCCCGUAAACACCAGACGAUUGAGUCUACCUUCUUUUCUUGGCCACCUCCCCAUUCACAACUACUUUCUCGCUCCCAGAAGGUUGAUCAGAUAUUCUACAAUCACAGAGUAGCAAGGACGUUUGAGAUGGGUAUAUCAGUAAGAAGAGGGCACAAGAACUGGCUCUGGAGACCAAAGCAGUUGUUAAAAAUUCUCUUUGCUGGGGGCCGGGUGUGGUGGCUCACACCUGUAAUCUCGGCACUUUGGGGGGCUGAGACAGGCGGAUCACCUGAGGCCAGGAAUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUAUCUCCACUAAAAAUACAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGACUGAGGCAAGAGAAUCACUUGAACCCGGGAGGUGGAGGUGGCAGUGAGCCGAGAUUGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAAAAAGAGUGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAACAAAACAAAAAAAACCUCUUUGCUGGUAUAUUUGAAGAGCUUGGGAUGGAUUUGACUAAAUCUGCCCCGAGGAGGGUGAACAAGGUGAUCUCAGAGAUCACUACUGCUCUUGGAGUUCCUUCUCCUAAAGCUAAGGCCAGCCUCCAUCACAAAUGCCCAUAAAAUCUGGCUCGUCUUUGAUGAACAAUAAAUAUUUGUUGAACAAAUAAAUAACUGCCCUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-760.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -796.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 417.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((((.(((((((((((((......((........)).....))))))).)))))).))))).))).((((..((((((.((((((......)))))).))))))((((((.(((((.(((((((.((..(((......)))..)).((((........))))....)))))((((((.(((.(((((((..............(((.(((((((.(((.((((...((((((...)))....))))).))))).)).))).....))))).(((((((....))).))))((((((((((((((((((((((((((((((.((((..((((...(((((((((((((....((........(((.......)))........))..))))))).....))))))...)))).))))...((((((..((......(((.((((((((((((...)))))........(((((.(((((((((......((((((((((((....))))((((.(((..............)))))))))))))))(((..((((..(((........))).))))..)))...((((((.((.(.((((((........((((.....))))....((((.....))))(((((((.((((((((((...)))))))).........)).))).)))))).)))).))))))))))))))))))))))).....(((.((((.....(((......)))......)))).)))....))))))).)))))..))))))...))).))))...))))))))....)))))))))))))))..............))))))))))))))))....((((((((((.((..(((..(((........))).))).))))).))))).)).((((((((.((((((......(((((.....(((((.((((((..((..((((((((.((...((((((......))))))...))..))).)))))((.((((((((((((.(((.((.(......).))))).)))))....))))))).))..........((((((....)))))).))..)))))))))))((((.(((.......)))))))))))))))))).)).))))))......((((.(((..........)))))))...((((((..((((((((((..(((((((((((((..(((((...)))))..((((.((...)).))))((((((((....((((((((((((((......((((.(((((((((((((((......((((...)))))))))))))....))))))))))((.((((((...((((((........((((......))))......(((((..((((.(........(((((.((((........................((((......)))).....(((((((((........((((((((.(((..((((((.((((...((..((.((........)).))..))...)))))).))))..)))))).)))))........))))))))))))).)))))).))))..))))).(((((.((((......))))..))))).)))))).)))))).)))))))....))))).......))))...))))))))((((.(((.(..(((((((.(((((((.............)))))))..)).)))))..)))).)))).................((((((((..((..(((....)))..))..))))))))))))))))))(((((((.(((..((((((...((((((...(((((...((((((.((((....)).)))))))).))))).))))))......))))))..)))))))))).................................)))..))))))))))((((((.(((((((....))))))).))))))(((((((.....((((((((...))))))))..)))))))((((......))))....)))))).)).))))).))))))...(((..........)))(((((...)))))........((((((((.....))))))))..)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({...(({,,,(((((.((((({(((((((......((........)).....))))))).}))))).))))).))).))|({,((((((.((((((......)))))).)))))}.}}},,,((((((({(((((.((..(((......)))..)).((((........))))....)))))|(((((.(((.(((((((..............(((.(((((((.(((.(({{...((((({...})),...}))}}.))))).)).))).....))))).{((((({....})).)))}((((((((((((((((((((((((((((((.((((..((((...(((((((((((({..,.{{..,.....({{.......))}........))..))))))).....))))))...)))).)))).,,((((((..((......(((.((((((((((((...})))).......,((((,{(((((((((,.....(((((((({(((....)))}((((.(((.,.,,.....,,,.}))))))))))))))(((..((((..(((........))).))))..)))...{(((((.(,{(.((((((........((((.....))))....((((.....))))(((((((.((((((((((...)))))))).........)).))),,))))),}))).)))))))))))))))))))))))}||..(((.((((,...,(((......)))}.)...)))).)))....))))))).)))))..)))))).}})))}})))...)))))))),...)))))))))))))))..............))))))))))))))),.,..((((((((((.{{..(((..(((........))).))).}}))).))))).)).{{(,{.{{|||||,|,}}.,}|.,,,.(((((((((((.(((({{.,,,((((((((.{{...((((((......))))))...}}..)))||)))){{.((((((((((((.(((.((.(......}.))))).))))),...})))))).||{{,{,{....((((((....))))))))),},)))},,,,,|{((({,(({{,...,|||||}},|{{{||||||{{|,||,|||.....,{,,,|{{|,..,,.,,,..}}})),,}.|||{{{..((((((((((..(((((((((((((.,(((((,.,|}}}}..|{||.{|,.,)}}}}}}((((((((....((((((((((((({......((((.((((({(((((((((,....,((({...)))))))))))))....)))))}))))((.((((((...((((((........((({....,,|}}}......,{{{(..((((.{........(((((.((((,,....|,.......,........((((......)))).....(((((((((........((((((({.(((..((({((.((((...{{.,((.({........)),})..))...)))))).))))..)))))})}))))........))))))))))))}.})))}|.))}}..))}},.||{{(,{{||......,,,...}}))).)))))).)))))).))))))),...})))).......))))...))))))))((((.(((.(..(((((((.(((((((.............)))))))..)).)))))..)))).)))).................((((((((..{{..(((....)))..}}..))))))))))))))))))((((((,,(((..((((((...((((((...(((((.,.((((((.((({....,).)))))))),))))).))))))......))))))..))))))))))...........................}}}}..)))..))))))))))((((((.{((((((....))))))}.))))))((((|({..,..((((((((...))))))))..,|||,},((((......))))...,)),,,),,)),})))}}))}}}..})))}}....})))))..))))))))))).........((((((({.....))))}}}}.)))))))},.
Back