Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_016523.3

Sequence Length

1239 nt

GC Content

0.3454

AUUUCAUGUUAUACUUAAUAAAACAAAACAUACCUGUAUACACACACAUUCACUCACAUUGAAGAUGCAAGAUGAAGAAAGAUACAUGACAUUGAAUGUACAGUCAAAGAAAAGGAGUUCUGCCCAAACAUCUCAACUUACAUUUAAAGAUUAUUCAGUGACGUUGCACUGGUAUAAAAUCUUACUGGGAAUAUCUGGAACCGUGAAUGGUAUUCUCACUUUGACUUUGAUCUCCUUGAUCCUGUUGGUUUCUCAGGGAGUAUUGCUAAAAUGCCAAAAAGGAAGUUGUUCAAAUGCCACUCAGUAUGAGGACACUGGAGAUCUAAAAGUGAAUAAUGGCACAAGAAGAAAUAUAAGUAAUAAGGACCUUUGUGCUUCGAGAUCUGCAGACCAGACAGUACUAUGCCAAUCAGAAUGGCUCAAAUACCAAGGGAAGUGUUAUUGGUUCUCUAAUGAGAUGAAAAGCUGGAGUGACAGUUAUGUGUAUUGUUUGGAAAGAAAAUCUCAUCUACUAAUCAUACAUGACCAACUUGAAAUGGCUUUUAUACAGAAAAACCUAAGACAAUUAAACUACGUAUGGAUUGGGCUUAACUUUACCUCCUUGAAAAUGACAUGGACUUGGGUGGAUGGUUCUCCAAUAGAUUCAAAGAUAUUCUUCAUAAAGGGACCAGCUAAAGAAAACAGCUGUGCUGCCAUUAAGGAAAGCAAAAUUUUCUCUGAAACCUGCAGCAGUGUUUUCAAAUGGAUUUGUCAGUAUUAGAGUUUGACAAAAUUCACAGUGAAAUAAUCAAUGAUCACUAUUUUUGGCCUAUUAGUUUCUAAUAUUAAUCUCCAGGUGUAAGAUUUUAAAGUGCAAUUAAAUGCCAAAAUCUCUUCUCCCUUCUCCCUCCAUCAUCGACACUGGUCUAGCCUCAGAGUAACCCCUGUUAACAAACUAAAAUGUACACUUCAAAAUUUUUACGUGAUAGUAUAAACCAAUGUGACUUCAUGUGAUCAUAUCCAGGAUUUUUAUUCGUCGCUUAUUUUAUGCCAAAUGUGAUCAAAUUAUGCCUGUUUUUCUGUAUCUUGCGUUUUAAAUUCUUAAUAAGGUCCUAAACAAAAUUUCUUAUAUUUCUAAUGGUUGAAUUAUAAUGUGGGUUUAUACAUUUUUUACCCUUUUGUCAAAGAGAAUUAACUUUGUUUCCAGGCUUUUGCUACUCUUCACUCAGCUACAAUAAACAUCCUGAAUGUUUUCUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-251.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -278.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 385.28

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((((((.....................))))).))).(((((((.........(((((((((((((.((((((((((((((..(((((((((((((((.....((((((((..((((((...................((((((..((((((......)))))).....))))))..((((((((((.............))))))))))..........(((((((((((.((....))....)))))))).)))........((((......((((((.(((.(((......((.(((((....(((.((((((..((((..((((.((..(.....................)..)).))))))))..)))))).))).(((((((((((...((((.......))))......(((((...........)))))((((....)))).....(((((......)))))....))))))))))).........)))))))......)))...))).))))))....)))).(((((((..........................)))))))))))))..)))......))))).....))))......((((((...(((....)))....)))))).((......))....((((..(((((.........)))))((((.((.....))..)))).......((((((...(((.(.(((((((.....(((((((((((((.........))))))))......(((((............)))))..(((((((...((((((.(.......(((((.........))))).......).))))))..)))))))..................)))))....))))))).).)))..))))))....))))(((....))).....)))))).))))).....((((((....(((((((.....(((((.......((((........)))).......)))))....)))))))...)))))).....)))))..))))))))).))))))))))))).........((((((..............))))))........(((((((..........((((.............))))......(((((........)))))......(((....))).........)))))))............))))))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

......{((((,,,.,,,.,....,..,,,....,|||||.||.,((((({{.,,,.,{{,{((((((((((((.((((((((((((({..{((((((((((((((,,,..{{((((({..({{{{,.,,,|,.............(((((({{((((((......)))))).}}}.,)))))..((((((((((.............)))))))))),,||,|||,,(((((((,,{,{(({.{{||{...,,|||||}..}}.}|.,,,.||||,..,}}|(({(({((,.((({.....,|}||,,|}}}}|||}|||||,..||||,|,....((((((({......,,,.....,,..,..,|}))))))),.{||||}}.}},.(((((((((((.,,((((.......))))......{({{{.,,...,.,..)))))((((....)))).....(((((......))))).,,.)))))))))))...,...,}))),,,,......|||...}}}.}},,||,...}|}}||||,..,,,,,,,.||{,,..,,..........}},))},))))))..}},,....}})})),....}}}),{{({{,.{|{{{({((({{{{.....|||.....,{,...}}}}.....{||||,||{,,...(((((({,({|((({{{..{{,{(((((,.....}))))},)}}.....)))}))})))))))...((((((((((((.........))))))))})))}.(((((.,,......,..))))}..,{{((({.,{(((((,.|,,,,|..{{{{,..,|{.,..||||{{{...{.{{|,,,,..})))))))}}}....,}}}},..,,,},,}},,,,,||.,.}})}}},...|||.|,.,,,.}})},............)))))).))))}.....{((((({{.,(((((,,....,|||{|,}}}}}}((((,,.....,}}}}...,,,.}}}}),...,,}}}))...))))))},,..)))))..))))))))).))))))))))))).,.......,,{{{{.,,,..........,}}||||.||{..,,,..,||}.},,}}}}}||}}.,},}}}......,,}|{,,,..,,|||}}......,}))),,,..,|||,,..|}|.........,,||,..............))))))),,,......