Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_016620.4

Sequence Length

2062 nt

GC Content

0.3472

GGUCGCCAUUGCAAUGCACUGAGUAACGGGGCGGGCCGAGAGCAGUCACCAACCCCUCUCGUUGAGGCUGCUCGGUUGUGGCCAGAAACGCUGGCUCUGGCAUUAACUGUCUACACCCCUCCCCUUACUUGGGACAGGACCGCAUAGCCCUCCCCUCCCCCCGUCCUGCAAGAUCUUAUGCGGCUAGGUGCCUGGGAAGUAACAGCAAGAGGUUUGAUUUAAUUUUGGAUGAGAUCGUUCUUGCAGCAAGAUGUUAAUAAGACAAAAUCUAGCCUUAGAUUGUAAGCAAAAGAAAUCAAGGUCAAGAUCUGGAAGCAAGAAGAAAAUGCUAACAUUACCUCAUGGUGCUGACGAGGUUUACAUUCUCCGAUGCAGGUUUUGUGGCCUAGUCUUUCGAGGACCCUUGUCUGUUCAGGAAGACUGGAUUAAGCACUUACAACGACAUAUUGUAAACGCUAAUCUUCCACGGACUGGAGCUGGCAUGGUGGAAGUCACGUCACUACUUAAAAAGCCUGCCUCCAUUACAGAAACUUCAUUUUCUCUACUAAUGGCCGAAGCAGCUUCAUAGAACCAGGAAACCUUUUAAAUAGCCAGUUUGAAUUGGAUGUAAAUUUGAAAUUCUUUUUUUUUAAGCCACAUUAAAUUAUCUGUUUAUAAAUACUAAAGCAGGAAAAUGGGGGGAAAGUGAAUUACAGUGACAUCAGAGCAAAUUGAAUACUUAAAACAGUAAGUAGUCUAUAUAUUUUAUAUAGGGUGGAAGAUGUGUUUUUAAGGUUUAUGAAGUUUUGUUGGUUAACUGUGUUCACUCAGUAAAAGAGCAGUACAUGUAAGCAGCCAUUAAUAAACUGUUGCACAUGGAUACUUAUAGACAGACUUAUUGGACAAUUAUGUUUUUUGCAGUGUUACCAGAAUCAAGGCUCUGUUUAUUCCCCACAAGACUUGCAUAGAAAAAUAAGAUAUUAUAUUUUGUUUGUAUGUAUUUAGUGUUUUGUAUAAUACCAAGAACCGCUGACUAAAUUUACUCAAAUUAGGGCAUUAAAUAUCAUGUACUUCAUAGUUUGAGACUGUUCACUCAAAUAGGGCAGAGUACUAUUCUAUCUAGAUGUGUAAGUGUUUUUUUUAAAAUCACAUGGAACGGUUUUUUUUAUACUAAAAAGUGGAGGGAGAUUUGUUUAAACAAGUAUUUCUAAAAGAAAUAUGUACAUAGUUCUGGAAAUUAUUUGUGGUAAGGAAAUAUUCUUUACUCCAGUUGCAUUUCUCAGACAAUAAAGUGGUGCAUCCAUGCUACCUCCUACUUUGUCAACAAAGAUGCUAUUUACCCUUUACAUUUUUGUAUCAUAAUAGAUUUUAAAAAUCUAAUGUUCUUUAUUGCAAGACAUUCUUUUGUUAACAGGUUUGUUUCUUUUUAAUGUUUUACCUAAAAUUUGACAUGCUUACAGGACAGGUUUGCCUCUUACUUUAUUUAACAUUGUAGAAAUGUAAUUAAUAAACAAUGCUCACUACACAGUUUAGAAUAGACGUUCUCAUUUAUAUUAUCUUCCAAAUUUGAUCAGUUAGCAAAACUUAAUACACCAAUUAAAAUAUUUCUACAUAUGAGAAUGUUUACAAUUUAAAUUUUAGAACUUGUUUUGGAUGUGAUUAUAUGUACGAAAAUCGUGUAACACUAUGCUCAUGCUAAGAACCGACAUAACAGAAUUACUGAAAUAAAUGUGCUGUGAGGAAUGGAAAAUAUGGUGCAGGUGUCUUGGUCAUGAUAAAUUGUGAUUCUUUUUAAAAAUUUUUUCCAAAAACAAUUAGGUAUUUUAAUCUGAAAUCAGAUUCCUUUACAAACAACAAGUUUUUGUAUGCAAGCACCAUUUUAUUUCAUGUAGUAUGGCUAAUACUAUAGUUGAACCAAGGAUAUGCAUUGAUUCUUUGCUUCGUAUGUAAAUAAAGUUAAAAACAGUUAAAAUAAGGAGUAUUUUGGUAGAGUAUAUACAUACCUCACUGCCAGUGAAAUUGCUUUCCUAUGGUAUAUCUCCUUACCAGAAAAAUCUCUAAAUAAAAAAAGGUUUAAAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-482.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -525.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 465.08

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((...((..((((.((((...(((((((((..((((((((((..((((.......)))).))))))))((((((((((((.....)))))...((((.....))))......(((.(((......)))..)))....)))))))......))..)))))))))......))))))))))..)))))).(((((((((..(((((((((((.(((((....))))).)))))..)))))).......((((.....))))..((((.(((((.((((............)))))))))..))))...((((((((((...(((((...((((.(((((((((((.......((..((((((((..(((((((((((((((.((((((((((..((((....)))).....))))))))))....(((((...((((((.((.((((((((((..(((((((((....(((((((((((.(((..((((.........)))).....))))))).((((((.(((((......)))))....)))))).......))))))).......(((...)))..........(((((((.....(((((....(((.(((((.(((((((....((.((((...((.(((((((..........)))))))))))))))))))))).))))).)))..)))))....)))))))..((((((......)))))).((((((((...)))))))))))))))))..)).......)))))))).)).)))))).......)))))..(((.......))).(((((((((..(((((............))))))))))..)))).((((((((((((.((((..(((..(((.....)))..))).)))).....))).)))))))))...)))))))))))))))....((((((((((...))))))))))(((((((...(((((((((.........(((....(((((((........(((((((.((((((........))))........(((((((........))))))).(((.(((((...))))).)))(((((((((((((..................((((((......(((((.(((((..(((.((.(((..(((((((.((((((((((((...((((.(((....))).))))))))).)))))))(((((((((...)))))))))..(((((((((((((((((((...((.((((((....))).)))..))...))))).(((((((((..(........)..))))))))).......(((((((...)))))))(((((...((..(.((((......((((((...((((.((((...(((((..........)))))...)))).))))....))))))......)))).)..))...))))))).))))))))))))..)))))))..))).)).)))..))))).))))))))))))))))))).))))).)).)))))))..)))))))....)))...........)))))))))..)))))))))))))))..)).......(((((((((.(((((((((..(((.(((((((.........))))))))))...((....))......))))...)))))..)).)))))))....)))))))))))))))((((..(((((((..((((...((((((((....))))))))..................(((((((......(((....((((((....))))))....))).........))))))).))))..)))))))....)))).((((((((.....))))))))................)))))..))).)))))))(((((((.(((......((((.(.((........)).).)))).......))).))))))).(((((...)))))..)))))))))..(((((........)))))......(((.(((((........))))).)))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,...,,...(((((.(((((.,,...((((.((((...((((((((..((((.......)))).))))))))(((((.,((((({..,...},.))))))..}}}}),,,.....,{{{.(({......)))..}))..,.....)))).))))((((((((((((((.,{{{.,,{{(.((((((((.(((((.........(((((((((((.(((((....))))).)))))..)))))).......{{{{.....}}}}..||||.(((((.((((............))))))))}..}}}|{(({{(((.,,.,,,,,{{|,,..|{.{(((....)))).}}..(((({{,....}}},.{{.((((((((((((((((((((((((,,((((....)))}.,}}.)))))))))),,,.(((..((((((.......))))))..))),,,(((((((.{.,({.....,,,,}.)))))))....))))).......))))))))).}|{{,,,.{{|||,,,,,,))))),,..,,,}}|{....)).))))).})),.)))))..))))..,,.{{{,{{(((.,,,}}|}|.|,|....,{((((........))))})))),)))}}}}},,,}}||},,.....,,....))))))...)))))))).((((((,,((((({{({.((((((....(((((.(((((((((.....((.((((((((...)))))))).)).....,.)))))))))))))))....)))))).}},}}.))))))))))))..........(((((.(((((..(((((..,,.....,..)))))))))){((((({..{(((((((((.{{.(((((..(((({,,{(((((((.....(((((...,((((((({................((((((.{,,{((((((((...)))))))))).)))))).(((((((((((........}}))),.)))))).........((((((((({{((((........)))).,,...))))))))).(((({......)))))))))))))...))))).,{{{{{((((((.(((((((((((({(({.((.((((((((,(((((((.((((....)))).))))))).))))))...)).))}})).)))))))))))).))))))..}|||||{{{{{.(((.(((((((({...})))))))).))).}}.}}}}}.,,||{{(,,,((,((((((....))).)))..,,,,,))))}.(((((((((..(........,,,)))))))))...{{,.(((((({...})))))).})}....)))))))))))))....))))),,.)))))))))},,((((((((((((,.,,...{(((,{(((((....(({,{({{..}}))}.....{{(({{..{((((.....)))))....}}}}},,,.{.(((((..(((((((((((.(((((((((((((...............,,,,,|,,..((({,...,.,}||||.....,)}),..............)))))))))))))...)))))))|,{{|,..,|{({{(({.{(((,,(((((({{{{,...,)))}}}))),}}}|,}}}}))},},,.,......,.|||.....))),......})))..))))).}{((((({,.(((((((..((((...{(((((({....}})))))}...............,..{|||||{...,..({{....((((((....))))))....}}}..,......)}}}))),}}))..))))))).}}.))))}|(((((((.....)))))))}...(((.((((((.,,......,,)))))).)))))))))))))..,}...)))))}.)))))}..,})))))))..((((,.({,...,}.)))),.})))))))))..))))){{{{...(((((........)))))}}},..(((.(((((........))))).)))...