Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_017442.4
Sequence Length
3352 nt
GC Content
0.6229
AUUCUCUGAGCCGCUGCUGCCCCUGUGGGAAGGGACCUCGAGUGUGAAGCAUCCUUCCCUGUAGCUGCUGUCCAGUCUGCCCGCCAGACCCUCUGGAGAAGCCCCUGCCCCCCAGCAUGGGUUUCUGCCGCAGCGCCCUGCACCCGCUGUCUCUCCUGGUGCAGGCCAUCAUGCUGGCCAUGACCCUGGCCCUGGGUACCUUGCCUGCCUUCCUACCCUGUGAGCUCCAGCCCCACGGCCUGGUGAACUGCAACUGGCUGUUCCUGAAGUCUGUGCCCCACUUCUCCAUGGCAGCACCCCGUGGCAAUGUCACCAGCCUUUCCUUGUCCUCCAACCGCAUCCACCACCUCCAUGAUUCUGACUUUGCCCACCUGCCCAGCCUGCGGCAUCUCAACCUCAAGUGGAACUGCCCGCCGGUUGGCCUCAGCCCCAUGCACUUCCCCUGCCACAUGACCAUCGAGCCCAGCACCUUCUUGGCUGUGCCCACCCUGGAAGAGCUAAACCUGAGCUACAACAACAUCAUGACUGUGCCUGCGCUGCCCAAAUCCCUCAUAUCCCUGUCCCUCAGCCAUACCAACAUCCUGAUGCUAGACUCUGCCAGCCUCGCCGGCCUGCAUGCCCUGCGCUUCCUAUUCAUGGACGGCAACUGUUAUUACAAGAACCCCUGCAGGCAGGCACUGGAGGUGGCCCCGGGUGCCCUCCUUGGCCUGGGCAACCUCACCCACCUGUCACUCAAGUACAACAACCUCACUGUGGUGCCCCGCAACCUGCCUUCCAGCCUGGAGUAUCUGCUGUUGUCCUACAACCGCAUCGUCAAACUGGCGCCUGAGGACCUGGCCAAUCUGACCGCCCUGCGUGUGCUCGAUGUGGGCGGAAAUUGCCGCCGCUGCGACCACGCUCCCAACCCCUGCAUGGAGUGCCCUCGUCACUUCCCCCAGCUACAUCCCGAUACCUUCAGCCACCUGAGCCGUCUUGAAGGCCUGGUGUUGAAGGACAGUUCUCUCUCCUGGCUGAAUGCCAGUUGGUUCCGUGGGCUGGGAAACCUCCGAGUGCUGGACCUGAGUGAGAACUUCCUCUACAAAUGCAUCACUAAAACCAAGGCCUUCCAGGGCCUAACACAGCUGCGCAAGCUUAACCUGUCCUUCAAUUACCAAAAGAGGGUGUCCUUUGCCCACCUGUCUCUGGCCCCUUCCUUCGGGAGCCUGGUCGCCCUGAAGGAGCUGGACAUGCACGGCAUCUUCUUCCGCUCACUCGAUGAGACCACGCUCCGGCCACUGGCCCGCCUGCCCAUGCUCCAGACUCUGCGUCUGCAGAUGAACUUCAUCAACCAGGCCCAGCUCGGCAUCUUCAGGGCCUUCCCUGGCCUGCGCUACGUGGACCUGUCGGACAACCGCAUCAGCGGAGCUUCGGAGCUGACAGCCACCAUGGGGGAGGCAGAUGGAGGGGAGAAGGUCUGGCUGCAGCCUGGGGACCUUGCUCCGGCCCCAGUGGACACUCCCAGCUCUGAAGACUUCAGGCCCAACUGCAGCACCCUCAACUUCACCUUGGAUCUGUCACGGAACAACCUGGUGACCGUGCAGCCGGAGAUGUUUGCCCAGCUCUCGCACCUGCAGUGCCUGCGCCUGAGCCACAACUGCAUCUCGCAGGCAGUCAAUGGCUCCCAGUUCCUGCCGCUGACCGGUCUGCAGGUGCUAGACCUGUCCCACAAUAAGCUGGACCUCUACCACGAGCACUCAUUCACGGAGCUACCGCGACUGGAGGCCCUGGACCUCAGCUACAACAGCCAGCCCUUUGGCAUGCAGGGCGUGGGCCACAACUUCAGCUUCGUGGCUCACCUGCGCACCCUGCGCCACCUCAGCCUGGCCCACAACAACAUCCACAGCCAAGUGUCCCAGCAGCUCUGCAGUACGUCGCUGCGGGCCCUGGACUUCAGCGGCAAUGCACUGGGCCAUAUGUGGGCCGAGGGAGACCUCUAUCUGCACUUCUUCCAAGGCCUGAGCGGUUUGAUCUGGCUGGACUUGUCCCAGAACCGCCUGCACACCCUCCUGCCCCAAACCCUGCGCAACCUCCCCAAGAGCCUACAGGUGCUGCGUCUCCGUGACAAUUACCUGGCCUUCUUUAAGUGGUGGAGCCUCCACUUCCUGCCCAAACUGGAAGUCCUCGACCUGGCAGGAAACCAGCUGAAGGCCCUGACCAAUGGCAGCCUGCCUGCUGGCACCCGGCUCCGGAGGCUGGAUGUCAGCUGCAACAGCAUCAGCUUCGUGGCCCCCGGCUUCUUUUCCAAGGCCAAGGAGCUGCGAGAGCUCAACCUUAGCGCCAACGCCCUCAAGACAGUGGACCACUCCUGGUUUGGGCCCCUGGCGAGUGCCCUGCAAAUACUAGAUGUAAGCGCCAACCCUCUGCACUGCGCCUGUGGGGCGGCCUUUAUGGACUUCCUGCUGGAGGUGCAGGCUGCCGUGCCCGGUCUGCCCAGCCGGGUGAAGUGUGGCAGUCCGGGCCAGCUCCAGGGCCUCAGCAUCUUUGCACAGGACCUGCGCCUCUGCCUGGAUGAGGCCCUCUCCUGGGACUGUUUCGCCCUCUCGCUGCUGGCUGUGGCUCUGGGCCUGGGUGUGCCCAUGCUGCAUCACCUCUGUGGCUGGGACCUCUGGUACUGCUUCCACCUGUGCCUGGCCUGGCUUCCCUGGCGGGGGCGGCAAAGUGGGCGAGAUGAGGAUGCCCUGCCCUACGAUGCCUUCGUGGUCUUCGACAAAACGCAGAGCGCAGUGGCAGACUGGGUGUACAACGAGCUUCGGGGGCAGCUGGAGGAGUGCCGUGGGCGCUGGGCACUCCGCCUGUGCCUGGAGGAACGCGACUGGCUGCCUGGCAAAACCCUCUUUGAGAACCUGUGGGCCUCGGUCUAUGGCAGCCGCAAGACGCUGUUUGUGCUGGCCCACACGGACCGGGUCAGUGGUCUCUUGCGCGCCAGCUUCCUGCUGGCCCAGCAGCGCCUGCUGGAGGACCGCAAGGACGUCGUGGUGCUGGUGAUCCUGAGCCCUGACGGCCGCCGCUCCCGCUACGUGCGGCUGCGCCAGCGCCUCUGCCGCCAGAGUGUCCUCCUCUGGCCCCACCAGCCCAGUGGUCAGCGCAGCUUCUGGGCCCAGCUGGGCAUGGCCCUGACCAGGGACAACCACCACUUCUAUAACCGGAACUUCUGCCAGGGACCCACGGCCGAAUAGCCGUGAGCCGGAAUCCUGCACGGUGCCACCUCCACACUCACCUCACCUCUGCCUGCCUGGUCUGACCCUCCCCUGCUCGCCUCCCUCACCCCACACCUGACACAGAGCAGGCACUCAAUAAAUGCUACCGAAGGCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1324.31 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1377.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 850.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((...((((((((((.((((((((...((......))....))))))))((((((((..((((((..(((((((((((...)))))((((((((.(((......))).))))))))...(((..(.((((((((.............)))))))).)....))).(((((......))))).))))))........((((.((.....((((((((((.(((....)))..(((((((((((..(((.....((((((((((((((.(((........)))..))))...(((((...)))))(((((...((((.(((.......((((((.(((((((((.............((......))((((((.((((((..((.((.....)).))..)).)))).)))))).(((((......((.(((((..((.((((.(.(((..(((........)))..))))))))..))....))))).)).....)))))...................((((((((.((((...........................(((.(.(((.......((.(((((....(((..(((.....)))..)))....))).)).)).......)))).)))...(((....))).........)))))))))))))))))))))....))))))(((((.((((.((((........))))...))))....................(((((....)))))..(((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((.((((...(((...((((.((((((((....(((((...((.(((....(((((..((((..((((((((((...((....)).(((((((.((((((.....(((...(((((((....).))))))...))).........(((...(((((....)))))..)))..(((((((((((..(((((((.(((((((.((((((((.....)))))..(((.(((.(.(((.(((....))).))).))))))).))).)))))))))))...........))).....))).))))))))..(((((....((((.((.(((((....((((....................))))....))))).)).))))....)))))........)))))).)))))))...(((((.((((........)))).)))))))))))))))....))))..)))))..))).)).)))))..)))((....))..(((((.....)))))..(((((...)))))...)))))))))...))).......(((((......))))).......))))...))).)))))))......))))))))))))).))).....(((...))))))))))))..)))))))).))))...)))))....((((((.((.......))))))))(((......))).......)))))))))).)))..)))))..........)))))).(((..(((.(((((.((......))..)))))))))))(((.((((((..(((.(((.((((((((((((((((((...((((.......)).)).))))))))((((.((((...........)))).))))....)))))))))).))).)))..(((........)))..........)))))))))......))))))..))))...)))))).))))))..))))))))...(((((....)))))..((((((((((((((((............)))))))))..(((((...)))))..(((((..((.((((((.............((((((.((((((((....(((((((.....)))))))((((((.....))).))).(((((((((((.((((.((((((.(((((((......))).........(((.((((..((((((..((...(((.((((..(((((((........(((........))).......((((.((((.(((((((((((....((((((....(((.....)))...)))))).....))))...))).)))).......((((((((......((....)).......))))))))....(((((.(((((((....((((((((((((..(((((((.((((((.....)))))).)))))))(((....)))..(((((((((((((..(((((........)))))..)).))))))).)))).........(((((..((((...((((...(((....)))..))))))))...)))))..(((((((((..(((.....))).((((..............)))).))))))))).((.....))((((((....))))))))))))))))))((((((.(((((..((........))..))))).))))))......))))))))))))....)))).))))......(((((.........)))))......))))))).)))).))).))..)))))))))).))))))).)))))).))))))))).).)))))(((....))))))))))))).)))).((((((((.((...(((......)))......)).))))))))....)))))).)).)))))..)))))))((((...((((...(((.(((.((......)).))).)))...))))...))))..............))))))))))((((((.(((((((((((((.((((.....))))))))).((((((.(((..(((((.((((((.......(((...)))..((((((((((..(((....((((((........))))))...))))))))))).)).)))))).....(((.((((((.((((((.....))))))(((((((...))))))).....)))))))))((.(.((((((((((..............(((((((((.........)).))))))))))))))))).).)).))))).)))))))))((((((....((((((((((((...((.(((...))).))))).)))))).)))(((((..(((((....((...............))...))))).)))))...((((((......)))))).))))))......))))))))..))))))...............(((((((((((((....................................))).))).)))))))...................)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((((,,.((((((((((.((((((((..,((,....,)}.}..)))))))),({(((((..((((((,{{({{..(((({...}))))((((((((.(((......))).)))))))),|,((({,(,((((((((.{..,...,..}.))))))))|.....}}}.(((({......})))}.,|||||....||}|{{{,,,,....,,|{|{{{{((,(({,,,.))},.||{{,{((((,.,((({{{{,{(((({((((({({,(((,..,,,,.,(({{{{{{,{,({{((,..|||||((({{.{{((,(,{((((({...((((((.(((((((((,,....{{....,{,......{|((((((.((((((..((.{(.....)),))..))})))).)))))),(((((......((.(((((..,(.((((.(.(((..(((........)))..))))))))..,,....))))).)).....)))))......,,..,}},,,...((((((((.((((.................,{(....,|||..,,.........,}}}.|{,,|....{((..(((.....)))..))}.,...}}}|{,(((.......))).)))...(((....))}.,.......))))))))))))}))))))))....})))}}{{..,.,{{{.{(({,..,,...}}}}..{||,,.....||,,...........||{{|,,,.}}}}}..{{{{{{{{(((((((((((.(((((((((((((.(((.((((...(({...((((.((((((((....(((((...((.(((....(((((..(((({.((((((((((..,((,,..||.(((({{{,((((({.....,{{...||((((,....).)))}}}..{|||{........(((..,{((((....)))))..)))..((((((((((({{,({((((.(((((((.((((((((.....)))))..(({{(((.(.(((.(((....))).))).))))))).))).))))))))))),.,,........,......})),})))))))..(((((..,.((((.((.(((((....((((.,,,{{............},))))....))))).)).)))).,..)))))...,,,{,|||}||.}}}}})),,,|||||,||||}....,,.)))),,}}},))))))))))}},.,)))..)))))..))).)).))))).,))){{....}}..(((((.....)))))..(((((...)))))...)))))))))...))}.....{{((({{..,,,,))))},.,....))))...))).))))))}.....,))))))))))))).)))}..,,{{,...})))))))))}),}))}))||||}|||.,,}|{{|{{{.((((((.((.......)))))))){((......)}}{{.{{{{|,,,))))))},,,.}))))))..,.....,}}},}},|||,.{{|.||{||,|,...,,}))}})}}))),))})|||,|||{{|,|(((,(((.((((((((((((((((((...((((.......)).)).))))))))((((.((((...........)))).))))....)))))))))).))).}}|,.{.,,.....},})),..||.....,)))},,,|..{{.{||,},,.})).),.,))}))).}})))).,)))}}}}),,,||||{.....})))..((((((((((((((((............)))))))))..(((({...}))))..(((((..((.((((((.............((((((.((((((((.,,.(((((((.....)))))))((((((,...,))).))).((((({((((,{((((.((((((.(((({({......,,,.........(((.((((..((((((..((...(((.((((..(((((((....,,,,(((........})).......((((.((({.{{{{{{(((((,...{(((((.,..(((.....)))...)))))),,.}}}},....|||,|||}...},,,{(((((((......((....)).......)))))))}....(((({{(((((((....((((((((((((..(((((((.((((((.....)))))).)))))))(((....)))..(((((((((((((..(((((........)))))..)).))))))),)))).........(((({..((((..,{,.({{.((,...,},))),})}))))...})))).,{(({{((({..{{{.....))}.{||{,.......,},,,})))).})))))))},((.....))((((((....))))))))))))))))))((((((.(((((,,{(........)),.))))).))))))......))))))))))))....}))).))))....,.{{{{{.,,..,,..))))).,....))))))).)))).))).))..)))))))))).))))))).)))))).))))))))).}.))))){{{....))))))))))))).)))).((((((((.((.,.(((......)))......)).))))))))....)))))).)).)))))..))))))),((({{{,{{,.}}|||}(((.({......)).))),})),},))))}}})))}.,,,,,.,.,}},.)))))))))){(((((.(((((((((((((.((((.....))))))))),{|((({.{{{..((((({,(((((({.....({{...}}}..((((((((((..(((.,..((((((........)))))).,.))))))))))).)).|||||{{{{.{(((,((((((.((((((.....))))))(((((((...))))))).....)))))))}}{{.{.((((((((((.....,.{{{....,||||(((((....,....}.))))),})))))))))).}.)}.|||||{|,|,,,,))}|||||....((((((((((((...((.(((...))).))))},)))))).)))|||||,,|,||,....,,.....||{|......)),..,,,))})))),...((((((......)))))),)))))..,,}}.))))))))..))))))...............{((((((((((((.,..................................))).))).)))))))..,.......,,,......)))}.
Back