Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_017489.3
Sequence Length
3329 nt
GC Content
0.3815
AGUACCCAAGCGAGCCAUUUAACAUGGCGGAGGAUGUUUCCUCAGCGGCCCCGAGCCCGCGGGGCUGUGCGGAUGGUAGGGAUGCCGACCCUACUGAGGAGCAGAUGGCAGAAACAGAGAGAAACGACGAGGAGCAGUUCGAAUGCCAGGAACUGCUCGAGUGCCAGGUGCAGGUGGGGGCCCCCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGACGCGGGCCUGGUGGCCGAGGCCGAGGCCGUGGCUGCCGGCUGGAUGCUCGAUUUCCUCUGCCUCUCUCUUUGCCGAGCUUUCCGCGACGGCCGCUCCGAGGACUUCCGCAGGACCCGCAACAGCGCAGAGGCUAUUAUUCAUGGACUAUCCAGUCUAACAGCUUGCCAGUUGAGAACGAUAUACAUAUGUCAGUUUUUGACAAGAAUUGCAGCAGGAAAAACCCUUGAUGCACAGUUUGAAAAUGAUGAACGAAUUACACCCUUGGAAUCAGCCCUGAUGAUUUGGGGUUCAAUUGAAAAGGAACAUGACAAACUUCAUGAAGAAAUACAGAAUUUAAUUAAAAUUCAGGCUAUAGCUGUUUGUAUGGAAAAUGGCAACUUUAAAGAAGCAGAAGAAGUCUUUGAAAGAAUAUUUGGUGAUCCAAAUUCUCAUAUGCCUUUCAAAAGCAAAUUGCUUAUGAUAAUCUCUCAGAAAGAUACAUUUCAUUCCUUUUUUCAACACUUCAGCUACAACCACAUGAUGGAGAAAAUUAAGAGUUAUGUGAAUUAUGUGCUAAGUGAAAAAUCAUCAACCUUUCUAAUGAAGGCAGCGGCAAAAGUAGUAGAAAGCAAAAGGACAAGAACAAUAACUUCUCAAGAUAAACCUAGUGGUAAUGAUGUUGAAAUGGAAACUGAAGCUAAUUUGGAUACAAGAAAAAGUGUUAGUGACAAACAGUCUGCGGUAACUGAAUCCUCAGAGGGUACAGUAUCCUUAUUGAGGUCUCACAAGAAUCUUUUCUUAUCUAAGUUGCAACAUGGAACCCAGCAACAAGACCUUAAUAAGAAAGAAAGAAGAGUAGGAACUCCUCAAAGUACAAAAAAGAAAAAAGAAAGCAGAAGAGCCACUGAAAGCAGAAUACCUGUUUCAAAGAGUCAGCCGGUAACUCCUGAAAAACAUCGAGCUAGAAAAAGACAGGCAUGGCUUUGGGAAGAAGACAAGAAUUUGAGAUCUGGCGUGAGGAAAUAUGGAGAGGGAAACUGGUCUAAAAUACUGUUGCAUUAUAAAUUCAACAACCGGACAAGUGUCAUGUUAAAAGACAGAUGGAGGACCAUGAAGAAACUAAAACUGAUUUCCUCAGACAGCGAAGACUGAUUGUGUUUGUAAAAGCUUGAUGAAAGGACAGUUAAGUAUUUUGAUCACUGCAUUUUGUUUGAAACUUGUGUCAUUGAUGUAAUUUAAAACUUUUGUUUAAAGCAUUACAGUAUUUUUCUGUGACCAUCAAUUAAUGAGGGUUUGUGCUACCAGAGUUAAAGCAUAUGCUAUCAUUGUAUUCUUUAAGAACCUUAUUUUGAUAAAAUGUAAAUUUGUUGAACCCUGCCACAUUUAGUAUCCCCACCCCCAAAUCCUGUUCCAAUGAAAAAAUUAAAACCUGAUACGAAAAAAAAAAAAUUCCAGUUAACCUAUUUUGUGUCUGUAGGCUGACCUCAACCCUGUAACGUAACCCAUUAAAAUGAAUUUCUUUUUUUUUAAGACAGAGUUUCUCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUUUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACACACCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGGCGGGGUUUCACCAUGCUGGUCAGGAUGUUCUCCAACUCCUGACUUCAUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGACGUGAGCCACUGCGUCCUGCCUAAAAUGAAUUUUCUAGAUGAUUGAAUAACAGUAGUCCUUUGAUAGAAGAUAAUGACUUGGUUUAUGGCCUUAAUAUACUACUUAAUUACUUAAGAUGUUUAUUAAUAGAAUGAUAAAUGUACAGAGUAACCUAUAAGCAUGACAUACUUUUGCUUUCAGUAGUUUCAUGUAAAGAAAAAAACUUGAAAAUAGUAAUACCUGAGUACCCAUGGGAAUAAUAGACACUGGGGAGGUAGGGUGGGGAGCGGGAGCAAGAGCUGAAAAACUUACCUACUGGGGACUGUGCUCACUACCUGGGUGACAGGAUCAUACGUACCCCAAACCUCAACAUCACACAGUAUACUCAGCUAACAAACCUGCCCAUGUGUUUCCUGAAUCUAAAAUAAAAAUCGAAAUAAUUUUUUUAAAAAAGAAAAAGACAAUAGUAUUACCCAUGGGACAAAAUUUGUACUAUUAGCAAGAAUCAUUUUGUGUCUCAUUUAGAAACAAUUUGACUUUUGUUCCAGUGUUUAAACUUUGACAAAAAUGGUUUUGAAUAGAUCUUUAUAACCUGAUGCCAUAAAUACAAGAUUCUCUGAUACCUUCAUUUAAUAUAUCAAUAUUGGGCCUAAAACAGUAUUCUGUAAAGCUUAAAUUGGUAUUAACUAUGAUCAUCUUGAUGUCUAUGAUAGAUAAUAAACAAGGUCAUACAUACCUUACUAAACAAUUUUGGUUUUUCACCAACAUUUUAUUCUUUAAAAGAUUUAGACUAACAGAAUUAUUUAGCAUUUCGAGUCAUGUGCUUUAUUUAGCAAGUGAGUAAAAAUAUUGGAAUAUUGAAGUAUUUGCAUAAAAAAUCAAAUGGUGGUGUUUUGUAAUCUCUAUUGUAUUUCCUAUUAAGGUUUCAUAUAUUACUUUCCCAUUGUUCCUGAAUUUGUUAUCCUAUAUAUAAACAGAAACAUGGAUGAGUACCAUAUACUUCCUGACUCCUUUAUCUUGUUACACCACAAGAUACUGCACUAUUUAUUGGAGAUAUUUUGAUGAUUAGUGCCAAGGCUGGCAUCAUGAGCCAAAAUAGACUUGUUAAGUCAACCUCAUUCCAAACACCUGCUAUAGAUCAUCAAAUCUAAGUUGCCAUUAAUUGUAAGAUGUCCUGUUAUUUCACACACACAACUAGAAAAGAAAAAUCGGUAUCAAUUAUAGUAUGGUGCUUUCUUAUUUUGAAUUUUACUUAUUAGAAGAGCUAUUUUAGAUGUAUUUAAACAUAAGAUUUUUAUCACAUAACUUGUGGAUACAAAAAAAGAGAAAUUGUAAGCAAAAUAAGUUGGGUAAUAUAUUCCUAAAACCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-857.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -917.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 875.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((....(((((.....))))).(((((....))))).(((((((((......)))))))))....(((((((((((((((.(((((((.((((((.((.(((((.(((((((((((((.((...(((((((((.........)))))))))..))....((.(((((((((((((..(((((((((((.((((((((..(((....(.((((.((((((((.(((....))).)))))))))))).)...)))..)))))))).)))).)))))))((..((((((.((....((((((.((((((((((.((......(((....))).((..((((((.((((((((((....)))))(((((((.(((.((((((((((((((....))))).)))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((((...........))))))....((((..(((.((((((((....))))))))..)))...))))..(((((......)))))..........((((((.....)))))).)))...)))))))...))))).))))))..))........))....))))))))))...((..((((((....))))))..)).........(((.(((((...))))).)))..........((((((..............))))))..(((((.(((.(((..((((((((..............)))))))).....))))))))))).............(((((....))))).)))))).......)).))))))....)).............(((((((......(((....)))...((((((.....(((.(((((.(((..((((....))))....))).))))).........(((((((((.(((.(((((...))))).)))))))(((((((((((((...(((((....)))))......(((((....(((...)))))))).))))))))))))).......((.((((....)))).))........................)))))...(((.((((((((((.....)))))).......))))..)))...))).....))))))((((((..............)))))))))))))......(((........))))))(((.((((((.(((..((((....(((((.(((((((((((((....((((((((.(((..(.((((((.(((........((((((((.((....((.((((.(((..(((((.((((.((((...(((((.((.....)).)))))......)))).))))...))))).))).)))).))..)).)).))))))))).)))))).)..))).)).))))))((((....))))...)))..)))))))))).....))))).....((((((.(((.((((((...........)))))).))).))))))..((((...))))......(((((((((.......))))))))))))).))).))).....))).))))))))...))))).)).................(((....(((((((((.((((((..((((.(((((.........))))).))))....((........)).............)))))).)))))))))....))).)))))))))))))....((((.(((((((((((((.........)).)))))))..))))))))...(((.((....)).))).))))))).).))))).)))))..(((((((((((...((((((((((((((.(((((...........))))).).))))((((.....((((..((((((((.(((....))))))))))).))))....))))..((((((((.....)).))))))....(((((((........)))).)))..........(((((((((((.((((.....)))).)))......)))))))).(((((((((((((((((.(((.............((((((...((((((((((......))))))))))...)))))).......((((((...(((.(((....))).))).))))))...........((((..(((((((........((.((((((((((((..((((((((((.((((.(((((((.......(((....)))......))))))).(((((.((((((..........((((....((..(....)..))....))))........))))))...))))).......)))).)))).)))))).((...(((....((((((...........))))))....)))...)).......)))).))))))))))........)))))))..))))..(((..((((.(((.....))).))))..))).(((((((..(((......)))..)))))))..((((.((((......)))).))))))).))))))))).(((((.....(((.....((((.....((((((((.((((((.....((((....))))...)))))))))))))).....)))))))))))).((((((...))))))......(((((.......))))).(((((.(((((((.((..((.......(((((.....)))))......))..))))))))).))))).....)))))))).((((......)))).(((((((..(((((....)))))....))))))).............))))))))))))))))))))................((((..(((((((((((((..((((.(((.(((....(((........)))....))).)))))))..)))))..))))).....)))..))))((((((((......))))))))..((((((.((((((((.....)))))))).))))))...)).)))))))(((((........(((((...)))))...)))))........))))))))((((......))))((((.(((((..(((((((((((.((.(((.((((..................))))))).))))))..)))))))))))))))).(((((((((.......(((((........((.((((...((((((....((((((...............)))))))))))))))).)).......)))))))))))))))))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((.,..(((((.....))))).(((((....))))).(((((((((......))))))))),,,,{((((((((((((.({((((,(({((((,(((({,(((({....((((((..,..,...(((((((((.........)))))))))..||{{,.(((,(.,(((((((,{..(((((((((((,((((((((,,(((.,..(.((((.((((((((.(((....))).)))))))))))).).,.)))..)))))))).)))).))))))|{{{.((,,,,.|}..}))},|}}}||.||.}}|))}}.},}}}{{(....)))..{{{(({{{,.{(({,(((({.{{{{..{.{((((((.(((.((((((((((((((....))))).)))))))))......((((.((((......}))}).)))).,{{{{,.....,.,...},,}}}....((((..(({.((((((((....)))))))}..}}}...))))..(((((......)))))..........((((((.....)))))).)))...))))))}.}..))))..,,}||..|{{{,,||,.},......}})))})))}.((..((((((....)))))),,)}....}}}},(((.(((({...})))).)))...}))))).((((......}))).,{(({{{({{{,{(((((.(((,(({..((((((((..............)))))))).....}}}}}}}}|||,....,}}}....(((((,,..}}}}|{.,,,))....}}.,),)))))...,})}}.,,{,.......}}}}|{{{.{{..{((....)))...,)),)))),,.|},.(((((.(((..((((....))}}....))).)))))..},.....})))).}}..|||..}))))})))))).).)))))(((((((((((((...(((((....)))))......(((((....(((...)))))))).))))))))))))).......({.((((....}))).}}.,{{{{{{{..,............(({{.{{{{.({{(((((((((.....))))))}...({((((((({{,...,||{{,....,,||,,{{{........,|,|||,|||,}}||||,....,,{,.{,,{||{.{,|.|((.(((.((({((,(((..((((....(((((,{((((((((((((....((((((((.(((..(.((((((.(((........((((((((.(({,..{{.((((.(((..(((((.{(((.((({...(((((.((.....)).)))))....,}}})).))})...))))).))).)))).})}.)).)))))))))))).)))))).)..))).)).))))))((((....)))).,.)))..)))))))))}...,.))))).....((((((.(((.((((((...........)))))).))).))))))..,{,{.,,|||,..,,,.{(({{{{{{,,.....})))))))})))).))},))}.....))).))),}))).}})}}))}}.,,,.......,,...,,,,({{{{((((......,{{{,,..,||..,,,.}}}}))))).}}.))))))},)}...,,||............{{{{,{.|||,,,.})))})))),,{((((((.....)))))))....((((.(((((((((((({,,.......)),)))))))..))))))))..,}))}}}.,}}).}))).))))|{({{...,))}))|||,,((({{{{{{((...{{{||{{{,{{|||,||||{..,,,|||.,,}}}||.|,||||((((.....((((..((((((((.(((....))))))))))).))))....}))).,{((((({{.....}).))))))..,,{{{{{{|,,},,.,}))))},}),,......,.{{{{((((((((((((.....,,,|||||.{{{..,||||}},.{((,(((((((((((((.(({.....,,,,,...{(((((...((((((((((......))))))))))...)))))}.....,,((({((...{{{..||,,,..))}))).}}))))...,.......((((..(((((((........((.((((((((((((..((((((((((.((((,(({(((({.{{{..(((....})}......}}},||}..{||||,{{{{||||....{{{(,,,..)))}......})).)))))..}}}...........|||.......},,.....)))).)))).)))))}..,...,,,....,,,,,,.........,{|||||.....)))},,},.......)))).))))))))))........)))))))..))))..(((..((((.(((.....))).))))..))).(((((((..(((......)))..)))))))..((((.((((......)))).))))}}}.))))))))}.||||,,....,((,....{{{(,,...((((((((.((((((.,...((((....))))...))))))))))))))....,||||{{,,,|||.((((((...)))))).,,,..{{|||,},,...)))},.{{{{{.,{{{((({(,..,,,,,},,,||{{{,,,,.}})))}.....)),,},}}})))),))))).,,||,,|.((((.((((......)))).)))).|..,|||{{,,,,||||,..,}))))},,..........,..})))))))))})))))))))...}}}}}}},,,...{(((..{{((((({(((((..(((,{(((.(((..,{(((........},)}}},))).)))))))..)))))..))))).....)))..)))}((((((((......))))))))..((((((.((((((((,...,)))))))).))))))...||,|}|},,,.,.})))......(((({...)))))...,}}.,,,,.....}))))}}|((((......))))|{({,(((((..(((((((((((.((.(((.((((..................))))})).))))))..})))))))))))))),,(((((((((,,,,,{,(,,.,{{{{{....,.}}}}},,{{{|||,,.)}))|||,,,,.,,{({((.....))))}}}},||,..........}}}},.,)}}}}}}}))))))))...................
Back