Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_017836.4
Sequence Length
2182 nt
GC Content
0.5486
CUCUUUCCCGCCGCCGCCUGGGAGGGGACCCGGGCUGCCAGGCGCCCAGCUGUGCCCAGAUGGAUGGGACAGAGACCCGGCAGCGGAGGCUGGACAGCUGUGGCAAGCCAGGGGAGCUGGGGCUUCCUCACCCCCUCAGCACAGGAGGACUCCCUGUAGCCUCAGAAGAUGGAGCUCUCAGGGCCCCUGAGAGCCAAAGCGUGACCCCCAAGCCACUGGAGACUGAGCCUAGCAGGGAGACCACCUGGUCCAUAGGCCUUCAGGUGACCGUGCCCUUCAUGUUUGCAGGCCUGGGACUGUCCUGGGCCGGCAUGCUUCUGGACUAUUUCCAGCACUGGCCUGUGUUUGUGGAGGUGAAAGACCUUUUGACAUUGGUGCCGCCCCUGGUGGGCCUGAAGGGGAACCUGGAGAUGACACUGGCAUCCAGACUCUCCACAGCUGCCAACACUGGACAAAUUGAUGACCCCCAGGAGCAGCACAGAGUCAUCAGCAGCAACCUGGCCCUCAUCCAGGUGCAGGCCACUGUCGUGGGGCUCUUGGCUGCUGUGGCUGCGCUGCUGUUGGGCGUGGUGUCUCGAGAGGAAGUGGAUGUCGCCAAGGUGGAGUUGCUGUGUGCCAGCAGUGUCCUCACUGCCUUCCUUGCAGCCUUUGCCCUGGGGGUGCUGAUGGUCUGUAUAGUGAUUGGUGCUCGAAAGCUCGGGGUCAACCCAGACAACAUUGCCACGCCCAUUGCAGCCAGCCUGGGAGACCUCAUCACACUGUCCAUUCUGGCUUUGGUUAGCAGCUUCUUCUACAGACACAAAGAUAGUCGGUAUCUGACGCCGCUGGUCUGCCUCAGCUUUGCGGCUCUGACCCCAGUGUGGGUCCUCAUUGCCAAGCAGAGCCCACCCAUCGUGAAGAUCCUGAAGUUUGGCUGGUUCCCAAUCAUCCUGGCCAUGGUCAUCAGCAGUUUCGGAGGACUCAUCUUGAGCAAAACCGUUUCUAAACAGCAGUACAAAGGCAUGGCGAUAUUUACCCCCGUCAUAUGUGGUGUUGGUGGCAAUCUGGUGGCCAUUCAGACCAGCCGAAUCUCAACCUACCUGCACAUGUGGAGUGCACCUGGCGUCCUGCCCCUCCAGAUGAAGAAAUUCUGGCCCAACCCGUGUUCUACUUUCUGCACGUCAGAAAUCAAUUCCAUGUCAGCUCGAGUCCUGCUCUUGCUGGUGGUCCCAGGCCAUCUGAUUUUCUUCUACAUCAUCUACCUGGUGGAGGGUCAGUCAGUCAUAAACAGCCAGACCUUUGUGGUGCUCUACCUGCUGGCAGGCCUGAUCCAGGUGACAAUCCUGCUGUACCUCGCAGAAGUGAUGGUUCGGCUGACUUGGCACCAGGCCCUGGAUCCUGACAACCACUGCAUCCCCUACCUUACAGGGCUGGGGGACCUGCUCGGUACUGGCCUCCUGGCACUCUGCUUUUUCACUGACUGGCUACUGAAGAGCAAGGCAGAGCUGGGUGGCAUCUCAGAACUGGCAUCUGGACCUCCCUAACUGGGCCCCGCUGGUCCCAUUUGCUCAUUAGAAUUUCCUCUCACAUCAGUGGGAUACAGAAUUCAGUUUCUCCCUUGCCAGGUCCUUGGGAUGGUUGACCCCUGCCUCUGCAGUAGCCUUUUGUGAGUCUGCUAAGGUAGCUCUCACACACCUCGGCUCUGGGGUUGAUACCUGAGCCUGCAAUAGAGCCCUGAAAUCAAGAGCAUGGCUUGAGUGUGUGAAUAUGAUGUGUGCACAUGCUUAAUGAGCGUGCAAGUGUGCACACGUUUGUGGAGAGGAGGGUGUUCUGGCCUGAGAAGGUAAAGAAGAGGCAUGUCCAGUAUGCUUUGCAGGGUGUGUUUGCUCUUUUCCAUGCCCAUGCAACCCAGAUUGGGGUGGAGCAGGAAGGAGCUCUUUUCUGUUCCCAAGCCUCAGAACUCUUGAGCUGUGGCUUACUUGCUGUCUUCACCAGGUUCAAGCUCCGUGGGCCACACUGCUGCUGUGCCAAGAAGGUGUACAGCCUCCCCAGGAUGGGGCCUCAUACAACCCUUCAUCUGCACUCAACAUUUAAUCGUGUCCUUGCUGUCUUUUUAUUUUCCUUUUUGUUUGUUAGCAAAAACCUCUAUUUAGAUUUCAAUAAUCAGAGAAGUGUAAAAUAAAACAGAUUAUAUUGUACUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-833.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -872.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 596.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((((.(((((((......))))))).))..(((((......))))).....)).))))).))))....((((((((((((((.(((.((.((((((((((((((..(((((((((...(((((((((..(((((((((.((((((((((.(((((........(((((((((...))))))))).............(((......)))...))))).)).))))))))..(((((((((....))))...)))))...((((.((((((((.(((((((((((((...)))))))))(((..(...(((((.....)))))..)..)))((((((((((((((.......((((((.(....(((.(((((...))))))))).))))))....((((((.(...((((...)))).))))))).((((((.(((..((((((...((((((.(((((((.((((((((((((((..(((.(((.(((((.......))))))))...((((....)))).)))..))))).)))).)))))(((((...((((((((((............((((..((((.(((.(((((((..((((((.....((((((....))))))......))))))))))))).)))((((((((((.(.((....))).))))))))))........(((.....))).)))).))))))))))))))..)))))...)))))).)...))))))...))))))...........))).)))))).)))))))))))))).((((..(((((.(((((.((((((((..((((.(.((((((((((..(((.((((...))))...)))..)))..)))))))....((.((.(((((...((((.(..(((((((............)))))))....).))))...))))))))).((((...))))................(((((.((((.....((((((...........)))))).)))).)))))).))))..))))))))...)))))...))))))))).........)))).)))))))).))))..(((.....))))))))...........(((((((.......((((..........)))))))))))(((((((((((....(((((((((.((((((((..(((((((...))))))).((......))..(((((......)))))((((...(((((((........((((((((...(((((..((......((((..((((((.(((((((.(.......((((.(((((((....)))).))).))))).)))))).).)))))))))).....))..))))).(((((((((((((....))).)))))))..)))..))).))))).....((((...)))).....)))))))((((((((.(((....(((((....((((..(((((((((.((((((...(((((.(((.....))).......))))).............((((((..((((((....))))))....))))))...........)))))).))..)))))))....)))))))))))).))))))))...((((((.((((....))))..))))))..))))((((((((((((........)))))....))))))).......)))))))).)))))))))))).)))).))))((((((((((((((...))))......))))))))))...))))..)))).)))))((((.((((....))))..)))).(((((((.....)))))))(((((((((((............))))))).))))((((......))))((((((((((((....)))))))))))).)))))))))..))))))(((((((((((((..(((....((....))....)))...))))))))))..)))))).)))))...)).))).))))))))...((((((((..........)))..)))))((((.............))))....))))))............((((((((....)))))))).((((..(((........)))..))))((((((((.((((......)))).))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.{((((((((.(((((((......))))))).))..((|((,,,..,||||},,|.,||.}||}}.}}}}..,,((((((((((((((.{((.((.((((((((((((((..(((((((({...(((((((((..(((((((((.((((((((((.(((((......,.(((((((((...))))))))),....,.,.....(({......))).,.))))).)),})))))))..(((((((((,...))}|..|)))))...((((.((((((((.(((((({{{(((({,,||,}|||||((,.{({,.,((((.....)))))}})}})))|(((((((((((((,.....,|||||,......(({.(((((...)))))))),,,|||||,.,|{((({{.{...{{{{..,)))).}))))),.{(((((,(({..((((((...((((((,{(((((.((((((.{((((((..{{(({({..(((((.{,....,,)))}}),}}{{{|}},.}))))))))},,)))))).}{{(((.(((((.,.((((((((((,{{{{....,},{(({..{(({.(((.(((((((..((((({.{...((((((....))))))....,.})))))))))))).)))((((((((((.(.((....})).)))))))))),.....,}(((.....))).)))}.)))}))))))))))..)))))))))))))).)...))))))...))))))...,,,,...}))).)))))).))))))))))))),..|||,|||(({.{{|{{,(({({{((.,{{||.|,|||{{|||||.,,{{,{{|,..,|)))|,.||..,||,..))))))),|||}}|||,}}..|,,,,(((.(((((((((((..,........{|||..{{(((((((({.,{,,,{{{..|.((({...})))}....}}}...|,...(((((.((((...{.((((,(........,.,)))),}.)))).)))))..}),,..))))))))}}})))))}}}))))))).))}..,..,})))).)))))))).))))..(((|...,))))))))....,,,,,..{((((((......,((((..........)))))}))))).,,.,{{{(((,,{{(((((((((.((((((((,,(((((({...))))))).|{,,,|{|||,.{,,{{......})))))}))},|(((((((...{{{.{(((((({,...{{(({..,|,,}.,{((((.{(((({(,(((((((,.,,,....((((.(((((((....)))).))).)))).,)})))},}.)}})})})))}}}..,...|||,,.(((((((((((((....))).)))))))..)))..))).,,)))|,.,,)))|.,})))).}},.)))))))((((((((.(({...,(((((....((((..((((((((,.((((((...(({....,,.,,.{({{.{,..,,||{}}||.,.,.......((,,,,..{{{{{{...,))))))...,)|}}}).,.,..)})..)))))).,}..))))))).,..)))))))))))).))))))))...((((((.((((....))))..))))))...,..((((((((((((......,.)))))....}))))))..,....)))))))).)))))))))}}}})}}}.,|(((((((((((((({{...,}}},.,,..,)))))))))))}})))..)))).)))))((((.((((....))))..)))},(((((((.....))))))}{((((((((((............))))))).))))|(((,...,}))|,((((((((((((....)))))))))))).}))))))))..))))))(((((((((((((..(((..,,{,....))....)))...))))))))))..)))))).}))))...)).))}.)))))))).,,{{{|{|||..........)))}})})))||||...||||......))))....))))))............((((((((....)))))))}.((((..{{{........}))..))))((((((((.((({......)))).))))))))..
Back