Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_017921.4
Sequence Length
4381 nt
GC Content
0.5640
GUAUUGAGCGAGGCACCGGGACGUCGGCGGCUGGCGGAGCCGGGCGGGCGAAGCUGGAGCGGCGGUGGCGGCGGCGUAGGGAGGCCGGGGCCGGGGCUGAGGCCGCGGCCGGGUCUGCGAGGCCCUUGGGGCGGCAGGCGGCGGCGGCCCGGGGCUCGAGCCCGGAGGCAGGAGCAGCCGCCAUGGCCGAGAGCAUCAUAAUUCGUGUCCAGUCCCCGGAUGGAGUGAAGCGGAUCACAGCAACAAAGAGAGAAACAGCAGCAACAUUUUUGAAAAAGGUUGCAAAGGAGUUUGGCUUCCAAAAUAAUGGCUUCUCGGUUUACAUCAAUAGAAACAAGACCGGAGAGAUAACAGCCUCCUCCAACAAAUCCCUCAACUUGCUAAAAAUCAAGCAUGGCGAUUUGUUGUUCCUGUUUCCCUCGAGCCUUGCUGGGCCCUCAUCUGAAAUGGAGACGUCAGUUCCACCGGGCUUCAAAGUCUUUGGCGCUCCCAACGUGGUGGAGGAUGAGAUUGAUCAGUACCUCAGCAAACAGGACGGGAAGAUUUACAGAAGCCGAGACCCACAGCUAUGCCGCCACGGCCCUUUGGGGAAAUGCGUGCACUGCGUCCCUCUAGAGCCAUUCGAUGAGGACUAUCUAAACCAUCUCGAGCCUCCCGUGAAGCACAUGUCCUUCCACGCCUACAUCCGGAAGCUGACUGGAGGGGCUGACAAGGGGAAGUUUGUUGCCCUGGAGAACAUCAGCUGCAAGAUUAAGUCAGGGUGCGAGGGGCACCUCCCGUGGCCGAAUGGCAUCUGUACUAAGUGCCAGCCGAGCGCCAUCACGCUGAACAGACAGAAGUACAGGCAUGUGGACAAUAUCAUGUUUGAGAAUCACACCGUCGCUGACCGCUUUCUUGACUUCUGGAGAAAGACAGGGAACCAGCAUUUUGGGUACUUAUACGGACGGUACACGGAGCACAAAGACAUUCCCCUUGGCAUCAGGGCUGAAGUGGCUGCGAUUUAUGAGCCACCUCAGAUUGGUACACAGAACAGCUUGGAGCUUCUUGAGGAUCCAAAAGCUGAAGUGGUCGAUGAAAUUGCUGCCAAACUUGGCCUGCGGAAGGUUGGCUGGAUAUUUACAGACCUCGUCUCAGAAGAUACCCGAAAGGGUACCGUCCGCUACAGUCGAAAUAAGGACACCUAUUUCCUAAGUUCAGAAGAGUGCAUCACUGCAGGAGACUUCCAGAACAAGCAUCCCAACAUGUGCCGGCUCUCUCCAGACGGACAUUUUGGAUCCAAGUUUGUUACUGCAGUGGCUACAGGUGGUCCUGACAACCAAGUCCACUUUGAAGGGUACCAGGUGUCCAAUCAGUGUAUGGCACUGGUCCGUGAUGAGUGUUUGCUGCCAUGCAAGGACGCCCCGGAGCUUGGCUACGCCAAGGAGUCUAGCAGUGAGCAGUACGUGCCUGAUGUGUUUUAUAAGGACGUAGACAAGUUUGGCAACGAGAUCACCCAGCUGGCCCGGCCCCUGCCUGUGGAGUAUCUCAUCAUAGACAUCACAACAACUUUCCCCAAGGAUCCAGUUUACACUUUUUCUAUUUCGCAAAAUCCAUUUCCUAUUGAAAACCGGGAUGUAUUGGGUGAGACACAGGACUUCCAUAGCUUGGCCACCUAUUUGUCUCAGAAUACCUCAUCUGUGUUCUUGGAUACCAUCUCAGAUUUCCACCUCUUGCUGUUCCUGGUCACCAAUGAAGUUAUGCCUCUGCAGGACAGCAUCAGCUUGCUGCUGGAGGCCGUGCGGACCAGAAAUGAGGAGCUCGCCCAGACAUGGAAGAGGUCUGAGCAGUGGGCCACCAUCGAGCAGCUGUGCAGCACAGUUGGCGGGCAGCUCCCAGGUCUCCAUGAGUACGGCGCCGUCGGGGGCUCCACACACACGGCCACUGCAGCCAUGUGGGCCUGUCAGCACUGCACGUUCAUGAACCAGCCAGGCACAGGCCACUGCGAGAUGUGCAGCCUCCCCAGGACCUAGGGCGCCUGCCCUCUGCUGGCUAGGACCGGGCCCAGCCCAGCCCUUCCUGAAGCCAGAAGCGUUGCUGAGUGUGUUCCCUGUAACUGCCCCAUAGUGGGCAGCCCUGGAGGAACAAGGGGCUGGCUGUCCUGGGCUCCCUGACCCACUGAAGCUUCUCAGCACGUUCCUCCCUGGAGAGCGGGCGCCACGGCUGGUAUUCUGCAGGCUGAAUGCAGUCUCCAGACUGGAAACGCAGAGCGGCUCCUCACGCCUAAUCCUGUUGACAAGUCCCCCGCCGUGUUGGAAAGACCUCUCGCCUCUACGUGGCACCUGGAAUUGGGGCGCACAGGGAGGGGCCGAUGCUGCCACCACCCAGCCUUCUCUUUAUUUUCAGUGCUUUUUGUUUGGCCUCCCUGCCCCCAUGUUUUUCUGGCUGGGAGCUCUUGGUUACCCCCUUGUCUGACUGCUUGGUGGCAGGCACCCUGCCUGUGAGGGCCACUUUCCUCUUCUAGUAGCUGUUGUCUGGUGGGGACGCAGUGGCCCUGGACACGGCUCCCCUCUGCAGGUCUGCAGGUCGGUUUGCUGCCUGCCCUCCUCCUCUCACCCGAUGUCCAGGUGGGAUUUUAAAGUCUGCAUUGGUUAUAAUAACAGUUAUCAGUAAUUCCUGCCCAGAAGACUUUUAUUUAUUUUUUUUUAAGAUAAAAACUGCACAAAAGGGGAGUGAGAGAGACUAGUUUCCACAUCCUUCCCUCCUUUAGUGAAGCCCCCGAGGUUGUGUCCAGGGUGAUGAGUGUGGACGGGGGCACCAGUCAGUUCUCCCUUGAAGUAAACCUCAGUGCCUGAGACUUUUCUACCAAGCCACACAGCUGCAGCAACUGCAGAUACUGCGGGCUGAGCAGGAGCAGUGGUGGCGCCUGCCCUGAGGCUGCCCUGCGAUGGCCUGGGUGGGAGAGCUGGGUCACCGGUGCCGAUGCUCUGGCCCUCCCCAAUACGCUGCUUCGUCCCACUGCACCGCCUGGCUGAGGGCGUUAGGGGCUGUGCCUCUUGUGAGGGCCAUUUGGGACCUCCCUGGGGCACUGCACAAUUGAUAGUGUACCAAUAGAGGGAGACUGGGCGAUCUGGAACAGCACGUGGUGGGGUCCUGCUUGUGUGCUCUGCGUUCCUCUGUGGCGUGGCCAGGCCGGGGCAUGGCUCUUACCCGGGGAGUGGUGGGCAUCUCGAUGCUUCUUUGCCUUAAUGAUGGCCACAUCUGGGCUGCUCUGCACCCACGGGAGAGGCUGGCCCAGCUGCAGACUGCUUAGGGACUUCUGUGUCCAUCCUGGGGGGUAAGCCCACGUGACCCACAUUCUUGGCACUAUGAACAGAGAACAUUUGCCUGUUGGCUUCUGAAGUGGUCAGGGCCAUGGCUGACACCUCCAGGUCCGCCUGGCAUGGGACACCAAGUGGAAGGCCCAAGCAGCUCAUCUGCUCUUGGGACCAGGGGCCAGUUGGGUUGGGUCUGGUCACGGCAGAGCUAUUGUGGAGGGUCAGGAAGGGUGGAGAGGAGCUGGGUUGAAGCGGACUGCUGCGGAUGCAACUCCCAGCUUGCCCACCGCGGGCUGUCUGCUCUCCCUCCUAGCAGCUGUCACACUGAAGUUUUGUCCUCUGCUGUCUCCUCUGGUCCUGAGAUGAGCUGUGAGCCUAGGUGGCCAAGGCUUCCUGCAUUGCUUCCCUGUGAGUCCAAGGCCUUCCCCCACCACUGGGCAGAGGCUGGACAGCACGGACUUCUAGAGAGAGCCGCGUUGCCAGUUCCUCUCCCACUCGCUCGUCCUUAUCCACCACGCUAUUAUAGUUUCCGUUGUCCUCCACCAGCAUUUCCCUUACUCUGAAGUUCCGGCAUUCACAUCAUUCAUGUUUUCUUUUGUCUUUUAGCUAAAGGAAAAGCAUUGGCGAUUUGUCUGAUUCUGGUUUUGAGUUACUCUUUGUUCAGUAAUGCACUUUAUUUUAUUGUCCAAAGAGAGUCAGAGCUAAGCAUACAGGCUUGGGGGUGAGCCCUGCUGUGAGAGUUCAGGCCCUGGGAGGCUCAGCCACCUCCUCUUGUGGGAAGGAGGUCUCAGCCCCACCUCGCAUCUUCACCUGCCCUUGGUGUGGACACACCCUCUCAUGCUACCAGCACCAUAAUCCAGUGGGGGUGACUGGGUGCACACCUGCCCAGGUGAACACAGCGGCUGCCAGUCUCCUGGUCCCGAGAGGAGGUGGGGCCUGGCCCUGGCUCCCUCCAACCAGCUGCUCCUGGGACACAGGUGCUCCUGCUUCGGCUCUGUUUCGGCUCACAGGUGUGCAUCACUGGGCUUGGAUUUGCAUUACAUUGACCCCAGCCCUGCAGUGGAACCUAAUAAAAGCGCCUGAAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1719.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1799.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 1237.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((.((.(.((((....)))).).)).)).((((((((((((((((((.((((((.....((((((((...((((((.(((((((((((.(...((((((.(((..((((((...((((...)))).))))))))).))))))(((((((((((...((((((((((((((((((((((((.....))......((((((...((.(((......))).))..))))))...(((((....(((.((.......(((((.((((...)))).)))))...((((...((((.(((......)))(((.(((((((...((....))....))))))).))).....))))..))))......)).)))...)))))..........)))))))....))))))))))))))))))))))))))(((((((((((((((((((((((((...(((.(((..(((((....))))).))).))).....((((((((((((((((........((.(((........)))))((((((......((((((((((((((((.((..((((((.....(((....)))....))).)))..)).(((((..((((((((.(((.((((..........)).)))))(((((((((((...)))..((((((((............)))))..))).)).))))))..(((((((((((((((((((((((.....(((........)))....)))))))..((((....))))(((((((((.......((((((.((((((((....(((.((.....(.(((......(((((((.((((...((((.((.......((.(((...))).))......)).))))...)))))))))))........))).).....)).)))..)))))))))))))))))).)))))))))....))).))))))))).(((((.((((((.((((((..........)))))).))))(((((..(((....(((((((((.(((....))).))))..)))))..))).))))).........((((....))))..(((((.(((.(((((........))).))..((((....))))((((....))))))).)))))..............((((((((....(((...((((((...((((..((((((((((....)))..(((((((...((((.((((.(((.((......)).))))))).))))......)))))))..))))))))).))..((((.(.((.....)).).)))))))))))))....)))))))).((((((((...)))))))))).))))).((.(((((......))))).))((((((..((((((((((((((.((((....(((..(((((.(((((.(((.(((.....))).)))))))).((((((..(((...(((((.....((.(((((.(((....(((((((.....(((((((....(((((.....((((.(((....)))...))))........................((.((((.....))))...)))))))....))))))))))))).).......))).))))).))...(((((.(((((((.......))))))).)))))..))))).....((((((.(.(((((((((.((((.((.....((((.(.((((((..(((((..(((((...((((((.((((((.(((.............(((.(((..(((....)))..))).)))..)))...))))....)).))))))(((((((....(((((((((((((((((.((.(.((........)).)))...))))))).....((((.(((.......))).)))).)))))))))).)))))))...(((..((((((((((.(((((((.(((.((..(.((((((((..((((.(((((((((((.(((((...((((((((((..((((........)))).))))..)))))).(((...))).....(((((((((...((((((......))))))...))).)))))).))))).))).))))))))...)))).....((((......))))....((((.....)))).(((((((((((.((((....((((.((((((....)))))).))))..(((..(((...)))..)))..........((((((((((..((((((((((((((.((..((....))..))...)))))))((((.(....(((((.((((((((((((..(((((((((((((..(((..............((((.((........(((((.....((.((((.(((.....))))))).))....))))).......)))))))))..)))))))))(((...)))((((((((((((((.(((((..((((..((....)))))).)))))...)))))))))...)))))(((((((.(((((....(((((.(((....))))))))........(((((((.(.....).)))))))....(((((((.....(((...(((.((........)).)))...)))....)))))))..((((((((.....))))))))..)))))....)))))))((.((((......))))))))))..)))))))))..)))..)))))).))))...(((((.(.(....).).)))))))))).))..)))(.(((......))).)....(((((...)))))............((((.(.(((((((((...))))))...))).))))).))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))).)))))))(((((((((((((((.....((.((((......))))))..)))).......))))..))))))).....))))))))).)..))).....((.(((((((..(.((((.((.....)).)))))..))))))).))....)))))..))).))..)))))).))))).)).)))).))))))))).).)))))))))..)))))).))))))))....)))).)))))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))..)))))..))))))..((((....((((....)))).)))).(((.((.((.((((((.(((((.((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((..((((((((((.((((..(.(((((.((.(((..(((.(....(((((.(........))))))))))...)))))))))).).....)))).)).)))))))).............)))))).....))))).)))))))))....)))))(((((((((((((((((....))..(((.((((.......)))).)))..((((((((.(((((..((((((.((..((((((..(((((((((.((((.(((......)))))))..((((.....)))).))))))).))...))))))..)).)).))))....))))))))))))).....)))))))))))))))..))))).).)))((((.(((....))).))))....))))))))))).)).)).))))))))).......((((.(((((((((.((((.(((..(((....)))..))).))))))))..)))))))))....)))))))...)))))))))........)))))))))...((((((.((((.....((((((((.(((((....((..((.(((.((.(((((((((((((.((...)).)))))).))))))).)).))).))..))....(((((((((.(..(((((((..((((((...........))))))..)))))))).)))))))))........))))).))))))))...))))))).))).)))))...)))).)))))))(((((((((((((.(((.((((((.(((((((.......((...((((((((.....((((((....(((((..((((.(........((((......))))).))))..)))))))))))....))))))))....)))))))..))))))))..))))))))))))))))).)))))))))))))))))....)).))))))((((.....)))))))))).))))).)).))).)))))))).(((((((...((((((((((.((.....((......))..)).)))))...)))))............)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((.((.(.((((....)))).).)).)).((((((((((((((((((.((((((.{.{,((((((((.{.((((({{(((((((((((.({..((((((.(((,.{(((((...((((...)))).))))))))).))))))|((((((((((...(((((((((((((((((((((({(,{{,,||..,...((((((.,.((.(((......))).)),.))))))...{(({{....({(.{{.......(((((.{(({...,))}.)))))...((((...(({{.||{......}))|{{|||(((({...{{....}}....}))))||||}|.....}}}),.))))......,,.}}}..,|||}}......},,,)))))))....)))))))))))))))))))))))))|(((((((((((((((((((((((((,..(({.{{{..(((((....))))),))).))),....((((((((((((((((..,{,...{{.{{{........}||}}((((((......((((((((((((((((.((..((((((.....(((...,)))....))).)))..)).(((((..((((((((,{(({((((.,,.......||,||||,|(({(,{{({{,.||.,.,((((((((({{(({.{,{{.,{.,||,|,,|}}}|||||,{,(((((((({{{|||||||||{{{.....{||,,,,.,..)))...,)})))))}.||||,,,,}}}}(((((((((...,,,,{(({{{.{{||||||,..,{((((,.....|}||{......|,|,.,|.(((((((({{........}}))))))....,,..,,.||,((((.(({(((((((.,....,.))))))).}.})}...}}))....}})))})))}}))}))}}}}.}}}}},|,,...,}}}.))))})))),|,.,.{((((,(,{((((.(((((((((..(((((.((((.((((..{.{(((..((((...))))}}}}}.,,..))))...)))).)))))..))}))))))).)))}..})))))))}}|},}))},{|{||,.......})).))}}|||,.....},|((((....)))))}}|}}|},....,,,,......((((((((...,(((...{(((,....{((,.,(((((((({{....}}}.,((((((((({({((.((((.(((.{(......)).))))))).))))))....))))))).})))))))),.,}{(((((.{,({.....}}.).)))))))))))))....)))))))).{(((((((...)))))))),},})})}.||,|{{{{.,,,,,))}))})}((((((,.{(((((((((((((.((((....((({.{((((.{(((((((,{((,{({{{||{.,,,,,}})}|}},|}}.}}},.,(((({,,...((.(((((.(((....(((((((.....(((((((..,.(((((.....,{{{.(((....)))...}}}}.........,,..............,.,,{{.....)})}...})))))).,..))))))))))))).,.......))).))))).)}...|||||}(((((((.......))))))),|||,,.,}},,|,{,.,{(((((.(.(((((((((.((((.((,.....,,...((((((((((.(.(((....))}}.)))).}))))}{{||,{||{{,....{{.((({((.((((({{{.|,,..,,|})))}.,,.{{||,,,.)}}},{.|((((((((...))))))}|{||||||||||||}||}}}{|,,,,{{,,||{|||...||||}||,{,{,({((.(((,...,..}}}.))))|||||||}}||.||||,||{{.,{{.,|{{{{{||||,||||||{.{{{,.,..{.((((((((..(((({(((((((((((.(((({,,.((((((((((..((((........)))).))))..)))))).(((...}}}.....((((((((,...((((((......))))))...})).)))))),))))).))).)))))))).,,)}}).,...{{{{......)))),..,|{((.....))}|.(((((((((((.((((,,..((((.((((((....)))))).)))},{(({..,({||,|||{{,||....}},...,(({({{{((..((((((((((((({,((..{(,,,,||,.||,,,}}}}}||{((({{,..,((({|.(((((({((((({{,.,,{((((((((..(((,.............{(((.((,....,..,{({(,,,{.(({,{{{.{,,.....)))})))|)|....||}},.......},)})))))..)))))))))}}.}}}}|)}|||}(((((((((.(((((..((((..{{....},)))).)))))...))))))))),{{|||||{{{{{{{.{({(({...(((((.{({....))))))))...,,...{((((((,{....,).)))))))....(((((((...,.(((...{((.((........)).))}...))).,..)))))))..((((((((.....))))))))..}}}||,.,,||||||({(.((((......)))))}).}},.}}}}}}))},.))).,}||||},}}}}|.}|||||}|}|,,.,}|||}}}|}|||||.||..}}}|,{{{,,,,..|||,,....(((((...))))),.,,,.,...,.{(((.(.(((((((((...))))))...))).)))))},)))))),)))).))))))))))).},))))))))}))))).)))))))||||||||||||||{....,||,||||..}},}||||||.,}}}}....,,.}}}}},))))))}.....)))))))}}.)}}))},})}))),||||{{{..|.||||,||....,)}.}||||{,||}||||((({,...,}.},)))).)),.,,})))})),}}})).)))).))))))))).).))))))),,,,)}}))),))))))))....)))).)))))))))))))))))))))))))))).....))))),..)))))..)))))..))))))..((({....((((....)))),|||},(({.{|,{{,{{{(((,(((((.((({(((((((({{((((((.(((.({{{{{{|||{..((((((((({.((((..{,(({{({({.{{{..{{{,|....{{(((.{,.....,,|))))}})}}.,,||}}}}}))),)},,..)))).}).)))))))).,,,|.,}}....)}}))).....)))}|,|}}}}}}||,...}}})){(((((((((((((({(,...}),.(((.((((.......)))).)))..((((((((.(((((..((((((.((..((((((..({(((((((.(((((((..((((,,...}}.))))...)))))))).))))))).},...))))))..)).)).))))....))))))))))))).,...))))))))))))))),,))))),).)))|{((.(({....))).))))....))))))))))).)).}}.))))))))),,.....((((.(((((((((.((((.(((.{(((,...,))))))).))))))))..)))))))))....))))))),..}))))))))........))))))))}...(((((,{((((.....((((((((.((((,..{{{{..,,.{((.,,.(((((((((((((.{,...,),}))))))))))))),)).))}.})||{|,,.,(((((((((.(..(((((((..((((((...........))))))..)))))))).))))))))).}.,..,,))))).))))))))...))))))).))),)))))...)))).)))))))|((((((((((((.(((.((((((.({(((((.......((...((((((((..,..((((((....(((((..((((,(,.,.,,,.{{{,......))))}.))))..))))))))))).,..))))))))....)))))))..))))))))..))))))))))))))))).))))))))))))))))).,..)).)))))){{((.....)))})))))).)))))},),)))}}})))))).(((((((...((((((((((.((.....{{......})..}),)))))...)))))............)))))))......
Back