Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018137.3
Sequence Length
2621 nt
GC Content
0.5036
GUGCCGCGCUACGCCCGCCGGGAGCCGGGCAGAGCGGCCAAGAUGUCGCAGCCCAAGAAAAGAAAGCUUGAGUCGGGGGGCGGCGGCGAAGGAGGGGAGGGAACUGAAGAGGAAGAUGGCGCGGAGCGGGAGGCGGCCCUGGAGCGACCCCGGAGGACUAAGCGGGAACGGGACCAGCUGUACUACGAGUGCUACUCGGACGUUUCGGUCCACGAGGAGAUGAUCGCGGACCGCGUCCGCACCGAUGCCUACCGCCUGGGUAUCCUUCGGAACUGGGCAGCACUGCGAGGCAAGACGGUACUGGACGUGGGCGCGGGCACCGGCAUUCUGAGCAUCUUCUGUGCCCAGGCCGGGGCCCGGCGCGUGUACGCGGUAGAGGCCAGCGCCAUCUGGCAACAGGCCCGGGAGGUGGUGCGGUUCAACGGGCUGGAGGACCGGGUGCACGUCCUGCCGGGACCAGUGGAGACUGUAGAGUUGCCGGAACAGGUGGAUGCCAUCGUGAGCGAGUGGAUGGGCUACGGACUCCUGCACGAGUCCAUGCUGAGCUCCGUCCUCCACGCGCGAACCAAGUGGCUGAAGGAGGGCGGUCUUCUCCUGCCGGCCUCCGCCGAGCUCUUCAUAGCCCCCAUCAGCGACCAGAUGCUGGAAUGGCGCCUGGGCUUCUGGAGCCAGGUGAAGCAGCACUAUGGUGUGGACAUGAGCUGCCUGGAGGGCUUCGCCACGCGCUGUCUCAUGGGCCACUCGGAGAUCGUUGUGCAGGGAUUGUCCGGCGAGGACGUGCUGGCCCGGCCGCAGCGCUUUGCUCAGCUAGAGCUCUCCCGCGCCGGCUUGGAGCAGGAGCUGGAGGCCGGAGUGGGCGGGCGCUUCCGCUGCAGCUGCUAUGGCUCGGCGCCCAUGCAUGGCUUUGCCAUCUGGUUCCAGGUGACCUUCCCUGGAGGGGAGUCGGAGAAACCCCUGGUGCUGUCCACCUCGCCUUUUCACCCGGCCACUCACUGGAAACAGGCGCUCCUCUACCUGAACGAGCCGGUGCAAGUGGAGCAAGACACGGACGUUUCAGGAGAGAUCACGCUGCUGCCCUCCCGGGACAACCCCCGUCGCCUGCGCGUGCUGCUGCGCUACAAAGUGGGAGACCAGGAGGAGAAGACCAAAGACUUUGCCAUGGAGGACUGAGCGUUGCCUUUUCUCCCAGCUACCUCCCAAAGCAGCCUGACCUGCGUGGGAGAGGCGUAGCGAGGUCGGAGGGGAAAGGGAGAUCCCACGUGCAAGUAGGGGGAAUAUCUCCCCCUUUUCCCUCAUAGCCUCUAGGGAGGGAGAGUGACUUCAUUCUCCAUUUGAAGAGAUUCUUCUGGUGAUGUUUACUUAAAAAGUGAUCCCCCUCAACAACGGAUACAGCGUGCUUAUUAUUGGGCAUUUAGCCUCAAAAGCAUGUAGUACCAAGCACUUGUAUUUCCGUAUAUUUUGUUUCGCGGGGGAGUGAGGGGGAAGAACACGGAUGAAAAUGUCAGUUUUUGAAGGGUCCAUGCACAUCCCUGACACCUCACACCUUAUCUAAGUCUGAAGCUGGGGAGAAAGGGGUUCAUUUAGACUUCAUACAUUUCCAGUACGACUUUAGUAUCUCUCCAGAGCCAUAUUUUCUCAGUCCGAAUUAAUUCCCCCUCCCUAGGUGCCUGUAGGCUAUGGUACUUCUUCCUCAUUGUUUUCUAGGUAAACUUCACUACUGGUAAUUAAGGGGAAGGAUAUGAGGAAGCAGUUUAAAUAGCCCUGUUCUCAUUACUCUGACCACAUACAUCAUAGGGUGCUAAAGUUGAUGAACACAUUAAUCCGUUAAGUAAAAUGGACUUUGUAAUUGUACAGCAUACCUAAGAAACUCAGAAGGUGCAUUUAAGAGAGAGACCUGAAAGAAAUAGUAUGGAUUUUUAAAAAUUCUUGUCUCUACUAUUAUAACCAAAAAAUAUUUCUUGUAUGUCCCAUAAAAAUAUUUGUGUAAUUCUUAUGAAACAGGCUGGUAGAGGAGGUUUCUGAGCCUAGCCCAAGGGCUUAUUCAUCACCAUGGGUAAAUUAUUUAAACUCACUUAAUUAAGGAAAAUAUUUUCCCAGCUAGAAAAGUAUACUCAUUCUCAUUUAAACUCUCUCAUUUGGAGGGAUCAUGUGAGUUGGCCUACUUACAAGUAGUGAAAGUUCCCUUUUCAGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUCUCUUUCACUCAGCCAAAUGUGAAAGUUGUGAAUUUAGGAAAAUCACUUGUAAUGAAGUGUGAAUCUUGUUAUCAAAUUUAUUUCUCUGAUGUUUCCUUCCUUAUCCUUGUAGCCAAUAAAACAUUGACAUUCUCACGUUUUAUAGAUGAGGUAAAAAGUCUUGUGUGCUGUGAGUUAUAAUGCUUUUGCCUUUUUAAUAUUAUUAGUUCUUAAGUGUUACAGCCCCUUCAGAAUAUAACUUCAGGACAAUUCAAACUAUGCUUAAUGUAUGAUUUUCGAGCUUCUGUAUGCUAAGAAAAUAGGUGUGAAAAACUGGUGUUCUGAAAUAGCCUAACAUUUAUUGUAAUUCUGAAUUUUCUGCCCUUUUAUUCAUUGCAUAUUAAAGUAUUAGAGUAUAAAAACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-932.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -979.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 866.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((....(((((.((((((((.((((...(((((......))))).))))...........))))...)))).)))))))))))((((((((((((((((...(((((((...(((((((.((((.(.((((.((..((.((.(((((..((((((((((((.((((......)))).)).(((((...)))))..))))).))))).)).)).).)).))..)).)))).))))).))).))))....((((((...(((...))).))))))((((..((((((((((((((.((((((((((.((((((((.(((((...(((.((((.....)))).)))))))).))))...)))).)))).....(((((...((((.(((((((((.(((((((.(((..(((((((((..(.....)..)))))....))))..))).))))).))(((....))).....)))))))))...))))...))).))(((((.(((((((((((.(((((((((......))))))..((...((((.((((((((.(.(((((.......(((.......)))(((((((((((.(.((.(((((((..(((((....(((((((((((((........))))..)))).....)))))...)))))..)))..((((((((...(((((((....(.(.((((((((((((...((...(((((((....((((((((.((....((((((.(((.....))).))))))...)).).)))))))...)))))))...)).((((..((.((((((.(((((((((((...((((((..(((((((.((((((.((((......(((((.((((.....))))))))).(((.(.(((((...))))))))).((((((.((...))))))))((.(((..(((.(.(((...)))..).)))..))).))......)))).))))))..((....))))).)))).)).))))..)))))))))))...((((((...........)))))))))))).))..))))..))))).))))).)).).)))).)))).....)))))))).((((....)))))))).)).).)))))))))))......)))))).)))))))).))))...)).....(((((.(((((((((((..((((......)))).))))))....)))))(((((..(((((((((((((((((((.(.((....)).)))))...))))))..)))))))))...)))))..)))))((((((((....))))))))....(((((...)))))((((((((.((((((...))))))((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((.....))).)).......))))))...))))))))))..)))))......))))..).))))))..(((((((((.....(((((((((((((..(((((.((((((...........))))..............(((..(((((....((((((((....((((((......)))))).....))))))))..)))))..)))....)).))))).))))))))...)))))......)))))))))(((....((((((.((((((...(((.(((((((((..((((((...((((((........)))..)))...))))))..))))))))).)))....)))))).((((((((........(((..((.....))..)))........))).)))))......((((((......))))))...((((....))))((((((..((((((.......(((.....(((.((((((((..(((((((((.......)))))).....)))..)))))).)).)))..)))........))))))))))))..((((((....))))))...(((....)))))))))......)))(((((....)))))((((....))))....))))))))((((.(((.(((((....((.(((....)))))))))).))))))).........)))..)))))))........)))).)))))...((((((((((((((((......))))))).....)))....)))))))))))).))))))))))))))..)))).....(((((((..........)))))))...(((...(((((....(((((......)))))....)))))...)))......)))))))...)))))))))))..)))))(((((..(((..((((.(((..((((((........).)))))......)))..))))..)))..))))).(((((((.....(((((((((..........(((((((((..((...((((((((((.....(((.....((((.(((((((.....)))).((((((.(((........)))..)))))).))).))))...)))))))))))))...)).)))))))))..((((...(((((.............))))))))))))))))))....))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((((.,..{((((,{({{{{{{.((((.,.(((((......))))).}}}}...........})))...)))).)))))))}||,{(((((((((((((((...((((((({,,((({(((.((((,{((((({{({((.{{,.{{{{({,{{{{,,{(((({.{{({..,,.|}}||,{{.,{|||||..,,|(((((,..{(((((.(((........))).))))))))))))},}}|.}}}}|.||}|||||}},|||,,|||{,{{{((((((({.(((((((..(((((((((({{((((.(({(((((.(((((...(((.((((.....)))).)))))))).))))}}}|)|}|},},)}}}},.,(({{{.|||.,|||||..}.||((((((((({{({((({,,{..,(.((({..((.((((({(((((((((((({{|,{{{(({{.,|||,...}}}},|}|,..,.(((({..,||||}{{{,(({.{{({(((((({.{(({({{..|..,)))))),},}.,})}}))}}|||}|||{}||{{,|{.{((((({.,.(((((.((((........)))).)))))(({,,(((((,,,.((({{{({(({((,.,,,..|||||...}}}{{{,,|||||,..}))))},)))|,.{||||,...,|||||{{....|,|||},.}}}}}))))).})}}}|||||||.}|.|,||}|}))|}}...||}||}}}||}}},,}))))))),)))))))))..)))))))),)))),)...|{{(,,,..||||(((((.(((((((((((...(((({{..(((((({|({((((.((((,,....(((((.((((,...,))))))))).(((.{.(((((...)))))}))).{(((((.({...}))))))|((,(((..(((.{.(((...)))..}.)))..))).)),...,.)))).)))))).|((....))))).)))).}}.))))..)))))))))))..,(({,{{....,,,,,..}}}))}))))))..,.})),)))))))))))))).,....,))))))))).))))))))))},|||{,,..||||({{{{|||{((((((((((,{,,{{{(,{{{{,((((((((.((((.(((((.(((((((((.(((((((((((..((((......)))).))))))....)))))(((((..(((((((((((((((((((.(.,,....),.))))}...))))})}})))))))))...)))))..))))))))).)))))))))))))))))..(((({...)))))||||{{{{.((((({...})))))((((((.{{(((((((((((((.((((((,,((((((((.....))).}},......})})))..,))))))))))..)))))......))))..).)))))),.(((((((((.....(((((((((((((..(((((.({((((,..........}}}}|,,.,,},......,{,,,(((((.,..((((((((....((((((......)))))).....))))))))..))))).,)}}....}}.))))).))))))))...)))))......))))))))){{{{...((({{{.((((((...(((.(((((((((..((((((...{{{{{(,,,....,))}..,}}..,)))))}..))))))))).)))....)))))).{{{||{{{..,,|,|,|||.,.....,,.|{{|||{{,...|{|||{|,,,,}}}}},{(((((......)))))}...{(({....))))||||{|,,|{{{({..,..,.(((.,,{.((({((((((({..{{{{{{({{{{{{.,,||,,,}.....}}}..))))}),)),}},..,}}........}))))})}))))..((((({....})))))...{{{..,,)}}}))})),,,}}}}}|(((({....})))}{(((....))))....}}}}}))}{(((,{{{.{({((....{{.{{|....}}|||||}}}.)))))}}{{{.|,||||},.,||{,,,||{{{.....,{(((||....})))))},..,|})))|},,.,|||}}}},}}}})})},}}},,,)))})))))}}})},,,}}}}|}}}}}}|}}}}},|((((((..........))))))).,.{{{,..{((((....(((((......)))))....)))))...})),,,,,.}))))))...)))))))))))..)))))}}.}}}.(((((((..(((.....))).))))))).|,.((((((((((((.(((((.(({...)))))))).))))))))))),||,,,,,,.,||||...(((((((((..((...((((((((({....,(((.....{(((.{((((((.....)))),((((((.(((........)))..)))))).})).)))}...)))))))))))))...)).))))))))).{||,||,||||{{,,,,},},,,,.,|||||.|||,....,,,))},},)))}}......,...
Back