Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018215.4
Sequence Length
3684 nt
GC Content
0.5147
AGUGCGCAGGCGCGCGCUGCGACGCCAACCUCGGCUUCUCGCCGCUAACGGCAUCGAGUCUGGACGCCCCGUGACCCGCCUGGGCCGGAGCGGGGGCGGACGGCGCCUUCUUGGCCCUUUCUGCCUCUAGCAGCGGCGCCGGGGUAGCCGGAGCCAGCGACUGGGAAACGGCUGCAUUCCACUGCGUCUCCUUGGCCUGGCUGGGCGGUCGGAGGCUGAUCUGCCAAGAUUACUGUUUGGAGACCGCUGCAGCCCACGUCCACCUGAUAGACUAUUUACUACACAUAGUAGGUUCAGAGCCGCUAAAUGUCCAAGACCAUGGCGAUGAACCUUCUGGAGGAUUGGUGCAGGGGAAUGGAAGUGGACAUCCACAGGUCCUUGUUGGUCACAGGCAUCCCAGAGGACUGUGGGCAGGCAGAAAUUGAGGAGACCUUGAAUGGGGUCCUCUCCCCACUGGGCCCGUACCGCGUGCUCAACAAGAUUUUUGUGAGGGAAGAGAAUGUUAAAGCUGCCCUCAUUGAGGUUGGUGAAGGUGUGAAUCUGAGCACCAUCCCCCGUGAAUUCCCAGGAAGGGGUGGUGUCUGGAGAGUGGUCUGUAGAGACCCUACCCAGGAUGCCGAGUUUUUAAAAAAUCUGAAUGAAUUCCUGGAUGCCGAGGGGCGCACCUGGGAGGAUGUGGUCCGCCUGCUCCAGCUCAACCACCCCACCCUGUCCCAGAACCAGCAUCAGCCCCCAGAGAACUGGGCAGAAGCUCUGGGGGUGCUUCUGGGAGCAGUGGUGCAGAUCAUCUUCUGCAUGGAUGCCGAGAUCCGCAGCCGGGAGGAAGCCAGGGCCCAGGAGGCCGCUGAAUUCGAGGAGAUGGCAGCCUGGGCUUUAGCAGCAGGGAGGAAGGUGAAGAAAGAACCGGGGCUUGCAGCAGAGGUGGGUUCUGCCUUAAAGGCAGAGACCCCCAACAACUGGAAUGCCACGGAAGACCAGCAUGAGCCUACCAAACCUUUGGUUCGCAGGGCUGGAGCUAAGUCUCGCUCCAGGAGAAAGAAGCAGAAGAAGAACUCCAGGCAGGAAGCAGUGCCCUGGAAAAAACCCAAAGGCAUCAAUUCCAACAGCACAGCUAACUUGGAGGAUCCUGAGGUGGGUGAUGCUGAAAGCAUGGCGAUCUCAGAGCCGAUCAAGGGCAGCAGAAAGCCCUGUGUGAAUAAGGAGGAGUUGGCUUUGAAGAAGCCCAUGGCGAAAUGUGCCUGGAAGGGUCCCAGAGAGCCACCUCAGGAUGCCCGGGCAGAAGCCGAGAGCCCAGGAGGCGCCUCUGAGUCAGACCAAGAUGGUGGCCAUGAAAGCCCACCAAAGAAGAAGGCCGUGGCCUGGGUGUCUGCCAAGAACCCCGCUCCCAUGAGGAAGAAGAAGAAGGUGAGCUUGGGCCCUGUCUCCUACGUCUUGGUUGACUCAGAAGAUGGCAGGAAGAAGCCGGUGAUGCCAAAGAAAGGGCCAGGCUCAAGAAGGGAGGCAUCAGAUCAGAAGGCCCCUCGGGGCCAGCAGCCUGCCGAGGCAACAGCCUCAACCUCUAGGGGUCCGAAGGCCAAGCCAGAAGGCUCUCCUCGGCGUGCCACCAAUGAAUCCAGAAAGGUUUGAUCUGGGGGACCACCCAUACUGAGGAGUUGAAAGAACAAGGAAGAAGUACCAAGUCAACCAAGUUCUCUCUUGUCACUGAAUAAGACUUUGGACUCUCUUAGGGCCCCUGUUGAUAGAGAUCUGGCCCUGAGGUAAACGAUAGGUGAGGUCUUGGGUGGGAGGGAGUUGGGGAAGGGAGGUGGAUCUCUAUGCCCUUUUCUCUACCAGGCCUGCCGUUUCACCGCCUUCUCUACUCACCUUCUCUUCGGAGGCAGGAGAGUUGGUAAGAGGAUUGGGAAAAUUCUAGAACAUUCAUUCCCCUUUAUGCAUGAGCAGGGUCACUGUUACACUCAUCCAUGUUCAGCUUUUCUCCCCCACGCCUUGCUCCCUCCUCGGAAUGGUCAGCGACCUCUGCAGGCCCUGGCAUUUGGAAGAGCUGGGUGGCCCUGCCAUAUUCUUCCUCCCGCCUUCCUCUCGUGUAACCAGCGGGGUAAGUUAAGCCAGGACCUUCGCUGCAAACCUGGUUUUAUUGCUCCUUCAGUCUCCAGCUUCCAUCCUCCAGUUAUCUAGCCAGGAGGUCCCAAGAGUUAGUUUUAGGGAAAAAGAAUGUCUGCCUAGACCUCAAAGUCUUUGAGUUUUAGAGUCUGUUAGUAAAAAUGGCACUUUGAUUCCCAUUUGGGAUGAGCCCUCUCAGGAAUCCUGUGGGGAAGGGGGGUGAUUAUAGGGAAGGACGCAGGCAUUCCUAGGUCCCCAGCUCUAAUUCCAUCCAUCUACCCAACUGUCACCAUCUUUGCACCAAACUGUCACCAUCUUUGCAGCAGAAGGUCACUACUCACAUUAUAGUAAGAGGGGAAAAAAAUCUUUUAAAACUUGGCUGUUGGCCGGGCACGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCAGGUCGAUCACGAGGUCAGGCGUUUAAGACCAGCUUGACCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCGCGCGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGAUGAAUUGCUUGAAUCCAGGAGGCAGAGGUUGCAAUGAGCCGAGAUUGUGCCACGGCACUCCAGCCUGGGCAGCAGAGUGAGACUCUCUCUCAAAAAAACAAAACUUGGCUGUUAAUGUCUGCCCUCUGAAUUCAGACACACUAUAUUAGACCAGACCACCAUGUGUCAUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUUGCGUGCGCAUGUGUAGAGGAGAGAGCAGGGUCCCUGAGAUAAUGGUUUCCAAACUGUAUCGUAGCCGUCCACAAAGAUGUAAUCCAAAUCUAUUUUUCUCACGUGUUUAAAAAACUGAAAAGUGACUACUCAGAUAUGUUGGAAGUCACAUCGAAGACUAUCAGAAUAUUACCUUGUGUUCAUAGGUUAACUUGUUUUUGUACACGUCUUAGUUAUUUCAGGCAUCUCUUUGCUUAAAAUUGAGUUUCUUGUAAAUGUGACUGAUGAGCGAGGUUAGAAGUGGAAGAAAUUCCUGUGCAUGUUCUAUAAUCUGACACCCUGAAAGCAAGUUUCCUUUCGUCAUUCACAUGCUCUUGUUCUGCCGUGACUGUUCAGGUGUAUGGUAGUAAGUAAAUGUAUUAACAUGGUGAACAGUAGUAAUAUUCUAUCAUAGAGUAUUAGCCCUUGCAAGUUUUCAGGGCGUCUUUUCCGACUUCAGUUUUUGUGAUAAAGAAUGUGAACAGUUGUUAGAUGUUCUCAGUGAUUCAACUUUAAAACAAAUUUCUCGUGAUGAUUCAUUUCAAAAUCCUGAGUGAGUCUGACUGAAAAAUACGAGAGAAAAGAGAGUGGUUUCCGUUUGCAGCUACACAGCUGUGUGCAUCGACGUUCUCCUGGGGUGUGUGCCAAGCGAAACCCAGGGGUGAAUUGGAUUCUUGAAGAGACCAAAGCCUGUAACUGUCCAGCUUCUAAUUUCAAAACGGGUCCAUUAGGGCUUCGUUGUGUUAACAAGUUGACACCAUGACUAGUAAAUGUAAACGUGUAUGUAUAAAAUAAAGUUUAGCAAAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1359.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1426.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((....))))))).(((.(((.....((((.....)))).....))).))).(.((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((((((.((.(((.....)))))..))))))))).))..)))).)))))(((((((...((((...))))....)))))))(((((.(((((((((((((((..((((((((((((..((((((((((....))))))..))))...))))))).)))))...)))....((.(((........)))))..(((.(((((((..((((......(((...)))..))))..))))))).))))))))..))))))).)))))(((((((((((...((((((.....((((((.((.(((((((((((((((((((((.(((......(.(((.(((((((..(((((......)))))((((((((......((((((..((..((((((.(((((((.((............)).))))))).)))))).))..((((....))))..((((((((((.(.((......)).)..))))))))))((((..((.(((((....)))))))..))))..((((((((((((......((((......((((((((.((.((((((((.(((...........))).)))))((((((((((...((((((.((((((((((((...(((....((((((((((..((.......))))))))))))))))))))).(((.(.(((((((......))))))).).))).....(((.......)))....((.((((((((((..((((((..........)).))))..)))))))))).)).)))))).))..)))).........(((.(((((.(((....((.(((((((((((...))))))).)))))).....))).)).))).))).............((..(((((....)))))..)).)))))))))).....))))))))))))).......))))..))))))))..))))((((...(((((.(((.......)))..)))))...))))..(((((((.((..(((((......)))))..)).)).)))))..))))))((..((((((((((((((((((((........))))).)).............)))))))))).))).))(((.((((.....)))))))..))).))))).((((((((....(.(((((((.(((.(((((((.(((.....)))...((((((((((.((((((((((((.(......).))))).....((.((((.(.(((((((((.(((....))))))).((((((.................)).))))..)))))).)))).))..)))))))))))))))))....(((........)))((((((((.(((((.((((((((((((..((.(((.(((..(((((((((.(((((....)))))....((.((((((((....(((((.....(((.((((((....))))...))))))))))..)))))))).))...........((.....)))))))))))(((.....)))...((((((((((.((((.((((((.((((.(.............).)))).))))))..((.....)).)))).))))).))))).)))))).))....))).)))))))))..(((....(((((.((.(((..(((((((((.(((((((((((.((((((((((................))))))..((((((.((.......(((((((((.((((((((.((((((((((.(((((((((((.((((((.(((((...........(((.(((........))).))).(((((((((((.....((........)).((((((((((...(((.((((.(((((......)))..((((...))))...))))))..))).....)))))))))))))))))))))...........)))))...))))))......))))))(((((((...((((((((..............))))))))..))))))).....))))).))))))..(((((.(((....)))..)))))((((((((.....)))).))))........((((....))))((((((...))))))..((((((((((((......))))).))))))).((((....))))....(((...((((...)))).)))))))))))))))...)))))))))))))))))..))))...)))))))))))..)))))))))...))))).)))))))).))))))))........)))))((((((......))))))...((((........))))((((((........))))))....))))))).))).))))))))))))))))..((((....((((((....)))))).....)))).(((...((((.(((((((((...........))))))))....).)))).))).(.((((((((.....((((((((......(((....)))......))))))))(((((....)))))((((.....))))((((((.((((.((((((.((((.....(((((((.(((((((..(((......)))..)))....(((.(((...))).)))......))))..)))))))..)))).)))))).)))).))))))(((((((((((..(((((........)).)))...))))).))))))..((((((......)))))).)))))))).)....)))))))))).)((((.(((((....)))))))))...)))))))))).(((((.((.(((..(((.((((((((.(((((((......(((((..(((((((...((((.((((((.((((........)))).)))((((((......))))))(((((....)))))......))).))))))))))))))))(((......)))........(((((((((.((..(.(((((.........))))).)..)).)))))))))((((.((((((((.......(((.((((((((((..................(((..((.........)).)))((((((((.((((.(((((...........)))))))))..))))))))..((((((((((...))))))))))((....))..)))))))))).)))..........(((.......)))...)))))))).))))..(((((((...(((((.((((.....................((((....)))).....)))))))))...)))))))....))))))).))))))))))).))).)).)))))((((((....))))))((......))))))).))))))))).))((((.....(((....)))...))))...........)))))).))))))...)))))).)))))..........))))).)))..))))..(((.(((((((....))))))).)))((..((........))..))..............))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((....))))))},(((.(((.....{(((.....||||....,))).}}),|,{{{{{,((((.({(((((((((((((((..(((((((((((.((.(((.....)))}),.))))))))).))..)))).)))))(((((((...((((...))))....))))))),((((.(((((((((((((({.,((((((((((((..((((((((((....))))))..))))...))))))).))))),,.),)}....,.,{{........|||....|||,(((((((..((((.....,({{...}}}..))))..))))))).}}})))))..))))))).)))}|(((((((((((...((((((..{{,(((({(,((.(((((((((((((((((((((.(((......{.(((.(((((((..(((((......))))}((((((((.,.,{{{(((((({.{..((((((.(((((((.{(............)).))))))).)))))).,)),((((....))))..(((((((((({(.((......)),)..))))))))))((((..((.(((((....)))))))..))))..{(((((((((((......((((..,...((((((((.({{((((((((.(((...........))).))))}((((((((((...((((((.((((((((((((...(((,...{(((((((((..{(.......,,))))))))))))))))))),(((.{.(((((((......))))))).}.))).....{((,....,,}}.,,..((.((((((((((..((((((..........)).))))..)))))))))).)).}))))).))..)))).........(((.(((((.(((....((.(((((((((((...)))))))}}))))).....))).)).))).)))...........,,((,.((({,....}}))),,)).)))))))))).....)))))))))))))....,..))))..))))))))..)))}((((...(((((.(((.......)))..)))))...))))..(((((((.((,.(((((,...,,)}))).})).)).)))))..,}||||{|..((((((((((((({,(((((........))))).,..............))))))))))},)).}}|{|,{{{,.....)))))))..))).))))).((((((((....{.(((((((.(({.(((((((.(((.....))),|,((((((((({{(((((((((((({(......|,|}})}.....{{.{(((.{.(((({(((,.(((....)))})))}((((((.................)).))))..}))))}.)))).)).}))))))))))))))))).,..(((........)))(((((((,{{{{{{.((((((((((((...,.(({,(((.,(,,,,,,|,.(((((....)))))..,.||,||||(((({....))))}..,,{,{,(((((({,,,(||,.{(((....)))),{||||||,|,}|{.{{,,{,,,.({.....)),))}))}))|{|,....)))...||||||||{{.{{((,(({{((.{(({.{......,,.....,,)))).}}}}}|..,,.....}),)))),))))),)))))})))))).,,....))).)))))))))..{((....(((((.((.(((..(((((((((.((((((((((({((({((((({.........,,.....}))}}}..(((((({{{.......(((((((((.(((((((({((((((((((.(((((((((((,((((((.(((((........{{.,,,.{{{........}}).|||.(((((((((((....,{,.......,)}.((((((((((...(((.((({{(((((......)))..((((...))))...))))))..))).....)))))))))))))))))))))}},........)))))...))))))....,.))))))(((((((...((((((((..............))))))))..))))))).....))))).))))))..(((((.(({....}))..)))))(((({(((.....)))).))))........((((....))))((((({...})))))..((((((((((((......))))).))))))).((((....))))....{((,,.((((...)))).)))))))))))))))...)))))))))})))))))..})))...)))))))))))..)))))))))...))))}.)))))))).))))))),.,.....}))))){(((((......))))))..,{{((........}))}{|((((,,......)))))}....))))))).})).))))))))))))))))..((((,...((((({....}))))).....)))).(((...((((.{((((((((...........))))))))....}.)))).))),{.((((((((.....((((((((..,{,.({{...,)))......))))))))(((((....)))))((({.....}))){(((((.((((.((((((.((((.....(((((((.{((((((..(((......)))..)))}.,,(((.(((...))).)))......,,,,..)))))))},)))).)))))).)))).)))))}(((((({((({..(((((........)).)))...)))))}))))||{{(((({{...,..)))))).)))))))).}....)))))))))).}(((,,(((((....)))))))))...)))))))))).{((((.({.(((..(((.((((((((.(((((((.,{{(((((((..((((((.{,{({...,,}})}.)))))).....,{{{{,{.{((((((,{{,,.|{{|||{{{{({,{{{{{{{{{{{,,|{|,||{{{{{{{{{{{,(((((.,.,..|}}||,.,,,,|||{{.|||,,|..,}|||||.}}}}}}},)||||{|.,|((({.,.,}}}|.|,.||||||}}}}..}}}|||.{{{{{{{{||,,|,,.,}},{{{{{{,..{{{{,,.,{{{..((((((({(((.....))).))))))))}))}...}}))}}..,,))})))))}},..,{(((((((({...)))))))))}{{{{|,|,..,,}}}))))),|||......}}}}))))))}}|{{..{{,{{,,{{,{((({...,,,,,|}}})),||,.,,,,...}}},,..,,,...{{{..((.{.(((((({{{{{......))))))))))).)).}},))))))).))))))))))).))).}}.))))}((((((....)))))){{......}})))))}})))))))),))||||.,,..{{(....)}}...||||.,{({...,)))})))).))))))...)))))},)))))}.........)))))},}}..)))).{(((.(((((({....})))))).)))),.......,,{,,{|.,,|||.......,,...))))))).......
Back