Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018262.4
Sequence Length
3898 nt
GC Content
0.5267
AACGCAGGUAGCCAAAGUGGCUUGUGGAGUGGCGACCGUUAGUGAGGCGGUUGCUGAGACAGACGCUGAGGCGGGUAGGAGGAGCCCGAGCCGUAAGGGAAGCCGUGAUGAGGGCCGUGUUGACGUGGAGAGAUAAAGCCGAGCACUGUAUAAAUGACAUCGCAUUUAAGCCUGAUGGAACUCAACUGAUUUUGGCUGCCGGAAGCAGAUUACUGGUUUAUGACACCUCUGAUGGCACCUUACUUCAGCCCCUCAAGGGACACAAAGACACUGUGUACUGUGUGGCAUAUGCGAAGGAUGGCAAGCGCUUUGCUUCUGGAUCAGCUGACAAAAGCGUUAUUAUCUGGACAUCAAAACUGGAAGGCAUUCUGAAGUACACGCACAAUGAUGCUAUACAAUGUGUCUCCUACAAUCCUAUUACUCAUCAACUGGCAUCUUGUUCCUCCAGUGACUUUGGGUUGUGGUCUCCUGAACAGAAGUCUGUCUCCAAACACAAAUCAAGCAGCAAGAUCAUCUGCUGCAGCUGGACAAAUGAUGGUCAGUACCUGGCGCUGGGGAUGUUCAAUGGGAUCAUCAGCAUACGGAACAAAAAUGGCGAGGAGAAAGUAAAGAUCGAGCGGCCGGGGGGCUCCCUCUCGCCAAUAUGGUCCAUCUGCUGGAACCCUUCAAGAGAGGAACGUAAUGACAUCCUGGCUGUGGCUGACUGGGGACAGAAAGUUUCCUUCUACCAGCUGAGUGGAAAACAGAUUGGAAAGGAUCGGGCACUGAACUUUGACCCCUGCUGCAUCAGCUACUUUACUAAAGGCGAGUACAUUUUGCUGGGGGGUUCAGACAAGCAAGUAUCUCUUUUCACCAAGGAUGGAGUGCGGCUUGGGACUGUUGGGGAGCAGAACUCCUGGGUGUGGACGUGUCAAGCGAAACCGGAUUCCAACUAUGUGGUGGUCGGCUGCCAGGACGGCACCAUUUCCUUCUACCAGCUUAUUUUCAGCACAGUCCAUGGGCUUUACAAGGACCGCUAUGCCUACAGGGAUAGCAUGACUGACGUCAUUGUGCAGCACCUGAUCACUGAGCAGAAAGUUCGGAUUAAAUGCAAAGAGCUUGUCAAGAAGAUUGCCAUCUACAGAAAUCGAUUGGCUAUCCAACUGCCAGAGAAAAUCCUCAUCUAUGAGUUGUAUUCAGAGGACUUAUCAGACAUGCAUUACCGGGUAAAGGAGAAGAUUAUCAAGAAGUUUGAGUGCAACCUCCUGGUGGUGUGUGCCAAUCACAUCAUCCUGUGCCAGGAGAAACGGCUGCAGUGCCUGUCCUUCAGCGGAGUGAAGGAGCGGGAGUGGCAGAUGGAGUCUCUCAUUCGUUACAUCAAGGUGAUCGGUGGCCCUCCUGGAAGAGAAGGCCUCUUAGUGGGGCUGAAGAAUGGACAGAUCCUGAAGAUCUUCGUGGACAAUCUCUUUGCUAUCGUCCUGCUGAAGCAGGCCACAGCUGUGCGCUGCUUGGACAUGAGUGCCUCCCGUAAGAAGCUGGCCGUGGUAGAUGAAAAUGACACUUGCCUGGUGUAUGACAUCGACACCAAGGAGCUGCUUUUUCAGGAACCAAACGCCAACAGUGUAGCUUGGAACACCCAGUGUGAGGACAUGCUCUGCUUCUCGGGAGGAGGCUACCUCAACAUCAAAGCCAGCACCUUCCCUGUGCACCGGCAGAAGCUGCAGGGCUUUGUGGUCGGCUACAAUGGCUCCAAGAUCUUCUGCCUCCAUGUCUUCUCCAUUUCUGCCGUGGAGGUGCCGCAGUCCGCUCCCAUGUACCAGUACCUGGAUAGGAAACUGUUCAAGGAAGCCUACCAGAUUGCUUGCUUGGGUGUCACAGACACUGAUUGGCGUGAACUGGCCAUGGAAGCGCUAGAAGGUUUAGAUUUUGAAACAGCAAAGAAGGCCUUCAUCAGAGUACAAGACCUCCGAUAUUUAGAGCUCAUCAGCAGCAUUGAGGAGAGGAAGAAGCGGGGAGAGACCAACAAUGACCUGUUUCUGGCAGAUGUGUUUUCCUACCAGGGGAAGUUCCAUGAGGCCGCCAAACUGUACAAGAGGAGUGGGCACGAGAACCUCGCGCUUGAAAUGUACACCGACCUCUGCAUGUUUGAGUAUGCCAAGGAUUUCCUUGGAUCUGGAGACCCCAAAGAAACAAAGAUGCUAAUCACCAAACAGGCUGACUGGGCCAGAAAUAUCAAGGAGCCCAAAGCCGCCGUGGAGAUGUACAUCUCAGCAGGAGAGCACGUCAAGGCCAUCGAGAUCUGUGGUGACCAUGGCUGGGUUGACAUGUUGAUCGACAUCGCCCGCAAACUGGACAAGGCUGAGCGCGAGCCCCUGCUGCUGUGCGCUACCUACCUCAAGAAGCUGGACAGCCCUGGCUAUGCUGCUGAGACCUACCUGAAGAUGGGUGACCUCAAGUCCCUGGUGCAGCUGCACGUGGAGACCCAGCGCUGGGAUGAGGCCUUUGCUUUGGGUGAGAAGCAUCCUGAGUUUAAGGAUGACAUCUACAUGCCGUAUGCUCAGUGGCUAGCAGAGAACGAUCGCUUUGAGGAAGCCCAGAAAGCGUUCCACAAGGCUGGGCGACAGAGAGAAGCGGUCCAGGUGCUGGAGCAGCUCACAAACAAUGCCGUGGCGGAGAGCAGGUUUAAUGAUGCUGCCUAUUAUUACUGGAUGCUGUCCAUGCAGUGCCUCGAUAUAGCUCAAGAUCCUGCCCAGAAGGACACAAUGCUUGGCAAGUUCUACCACUUCCAGCGUUUGGCAGAGCUGUACCAUGGUUACCAUGCCAUCCAUCGCCACACGGAAGAUCCGUUCAGUGUCCAUCGUCCUGAAACUCUUUUCAACAUCUCCAGGUUCCUGCUGCACAGCCUGCCCAAGGACACCCCCUCGGGCAUCUCUAAAGUGAAAAUACUCUUCACCUUGGCCAAGCAGAGCAAGGCCCUCGGUGCCUACAGGCUGGCCCGGCACGCCUAUGACAAGCUGCGUGGCCUGUACAUCCCUGCCAGAUUCCAAAAGUCCAUUGAGCUGGGUACCCUGACCAUCCGCGCCAAGCCCUUCCACGACAGUGAGGAGUUGGUGCCCUUGUGCUACCGCUGCUCCACCAACAACCCGCUGCUCAACAACCUGGGCAACGUCUGCAUCAACUGCCGCCAGCCCUUCAUCUUCUCCGCCUCUUCCUACGACGUGCUACACCUGGUUGAGUUCUACCUGGAGGAAGGGAUCACUGAUGAAGAAGCCAUCUCCCUCAUCGACCUGGAGGUGCUGAGACCCAAGCGGGAUGACAGACAGCUAGAGAUUGCAAACAACAGCUCCCAGAUUCUGCGGCUAGUGGAGACCAAGGACUCCAUCGGAGAUGAGGACCCGUUCACAGCUAAGCUGAGCUUUGAGCAAGGUGGCUCAGAGUUCGUGCCAGUGGUGGUGAGCCGGCUGGUGCUGCGCUCCAUGAGCCGCCGGGAUGUCCUCAUCAAGCGAUGGCCCCCACCCCUGAGGUGGCAAUACUUCCGCUCACUGCUGCCUGACGCCUCCAUUACCAUGUGCCCCUCCUGCUUCCAGAUGUUCCAUUCUGAGGACUAUGAGUUGCUGGUGCUUCAGCAUGGCUGCUGCCCCUACUGCCGCAGGUGCAAGGAUGACCCUGGCCCAUGACCAGCAUCCUGGGGACGGCCUGCACCCUCUGCCCGCCUUGGGGUCUGCUGGGCUGUGAAGGAGAAUAAAGAGUUAAACUGUCAGAAUGUGUUUCUUGCCCAGAUGAAGUUUGUGUUUUGUGGGGGGGGCCUUGUGUAACCACGGAAUUCCUAUUUAUGGCAUUUCAUGCCUUGUAAAUAGCACCAGGAGAUGAGGAAGAGAAUGUACAUAUAUUUUCUAAGGAAAAAAAUCUGUUACUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1364.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1434.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 815.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((...)))))....(((((((...(((((((((((((((.(.(((..((((((.....((((((.((((.(((...(((..(((((((.(((((((((((......((((....(((((.(((.(((((((....((........((((((......))..)))).......))....)))))))(((((((.....)).)))))...........((((.(........).)))).(((....)))(((((.......)))))..((((((((((.((((.((((((.(.((((((((((..(((...)))..).).))))))))....(((((.........))))).).))))))........)))).....)))))))))).))).)))))..)))).......)))))))..)))).))..(((..((((((....((((.(((((.......((.(((....)))))......))))).))))((((((........)))))).))))))..)))(((((((((((((((((((.((((((((.((..(((.((..(((((...(((.((....(((((((.((..(((.....(((......)))...)))..)))))))))...)).)))...))))))).)))....((((((((..((....)).))))(((((((((.(((((((((..(((((((((......(((((((.........))).))))..(((((.((((((((((((((((.((((.(.(((.....(((((..(....)..))))).....))).).)))).)))))(((((((((((((...........(((.((.(((((((((..((.(((((((((((....((((((((.(((((((((((..(((.....(..(((((((((((((((((((((((..(.(((.((((((((.(((......((((.........(((((((...(((((((((..(((((.(((((.((....)).)))))(((((....)))))((..(((...)))..))((((((.....)))))).......((((((((.(((((..(((((((((((((..........)).))))..((((.(((((((((......))).((((((((((.(......).))))))).)))((((((((((((((...(((.........((((.....))))......)))))))))))))))))..............(((((((.(......)))).))))..(((((((((((......))))))).))))..)))))).))))......((((.(((((......))))).))))(((((.(((..((((.....))))))).)))))........(((....)))....)))))))...))))).))))))))....)))))..))))))...)))..)))))))))))...))).))).)))))))).).....)))))))).((((...((((((.(.((....((((((((.((....))))))).)))...))).))))))...))))...))))....))))).))))))..)....)))...)))))).)))))..))))))))...))).)))))))))).))))).)))))))))(((((((((((((((((((...(((((((((((....)))))).)))))..))..))))))))((((((.(............).)))))))))).)))))...(((.((.((...((((.(((....)))..))))..)).)).))).....))).))))))))))((((((...))))))((((..((((...((((.(((((.(.((..((((((((...(((((......))))).))))))))(((.(((........))).)))........(((.((..((....))..)))))..(((((((((................)))))))))(((.(((((((((((((.(((((((((..(((....(((.((((((((((...(((((.((((((.((((...)))).))).........)))...)))))))).))))).))..)))..))))))))))))...(((.....))).........(((((...(((.(((....((((...((((((.((....))...).))))).))))....))).)))...)))))....)))))))))))))...)))..........(((((((((((((..((((.((..((((....))))))))))(((...((((((.((((.......))))....(((((.(.((((((...........(((((..((((((((((((.(((((((((...(((((((((..(((.(.(((((..((((.(((((.(((.(....).)).)...))))))))))))))))))..)))))))))(((.(((((((.......)))))).).))).((((...))))))))))))))))).......(((((((((...(..((((((........((....))))))))..).....))))))))))))).))))...))))).............)))))).).)))))...((((((((.....))))))))........)))))))))..........((((((((....((((.......))))((.((((((.((.((((......))))))))))))))...)))))))))))))))))))))))).))))).))))))))...)))).)))))))))))...)))))))))))...)))....)))))))..))..))..)))))))(((((.(((......))).))))).))))...(((((.......)))))...(((((.((((..((((((..((((.(((........)))))))...)))).)).....)))).))))))).))))))))))..((((.....))))......)))))))))..)))))))).(((((((..(((..(((....))))))..)))))))))))).)))...))).)))).......))))))((((((......)))))).))))))..))).).))))))..((((((.(((.......(((..((.................))..)))........))).)))))).))))))))).....)))).)))(((((((..(((((((.(((((..((((....))).)..))).)).)).(((.(((.......))))))...(((((((.((((.((((((.(....).)))))).)).((((((((((((((((.((((......)))).)))))..(((((((((((((.((((((((((((.....))).)))))))).).))))..))))))))))))...))))))))..((((.(((((((.(((.(.((((((((..............)))))))).)...((((.((((((((.(((.(((.((.(((((((........)))).))).)).))).((((((....)))))).(((....))).....((((....).)))(((.....)))))).)))).((((((((((((((.(((...(((.....))))))))))))))..))))))...)))).)))).((((((...((((((.(((...((.((.....)).))..)))))))))..))))))))))))))))))))....)).))))))).(((((((((((((...)))))..))))))))..))))).))))))).(((((((((....)))))))))..........))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((((({...)))))...|(((((((..,(((((((((((((((.(.(((..((((((....,((((((.(({(,(((...(((.,(((((({.(((((((((((....,.((({....(((((.(((.,{{{{{{,,..({.{,,,({.{,{{,|}}},,.}}..}}}),...,,..|,|,.,}}||}|(((({{{,(((,...}}|||.......,|||||{{.|||,.,...,.})))|((,....)))(((((.......)))))..{((((((({(.(((,.,{{{{{,|.{((({({(||,,({(,..))),,).},}}}))))}.,,.||{{{....,....}||||.,.}})))),..}}...})}}...,,)))))))))}.))).)))))..)}}}.......))))))).,}))).}}..{{{..((((((....((({.(((((.......({{(((....))))}......))))).}))}((((({.{,...,})))))).))))))..},,(((((((((((((((((((.((((((((.((..(((.((..(((((...(({.({....((((((({{(..,{,.....,{{.,.,{{|,,..})))..)))))))))...}}.))).,.))))))).)))....((((((((..{{....}}.))))(((((((((.({(((((((..(({((((((,{(({,({....|.}}))}}..,,,.,,}}..(((((.(((((((((((((((((((((.{.(((..,..(((((..(....)..))))).....))).}})))),}))))(((((((((({((,,.........(({.((,(((((((((..({.(((((((((((....((((((((.(((((((((((..(({..,,.((.(((((((((((((((((((((((.,..(((.((((((((.(((......((((.........(((((((...(((((((((,.(((((.(((((.((....)).)))))(((((....))))){(..(((...)))..)}((((((.....)))))).......((((((((.(((((..((((((({((({(..........}},||||..{(({.((((({(((......))).{(((((((((.(......).))))))).}}}((((((((((((((...(((.........((((,...}))))...,..))))))))))))))))).....,,,,.....(({{|((,(,,,...,|||,||}}..(((((((((((......))))))).))))..|})))).}}}}{,,,.|||{|||{{{(......))))}.,}}||{(({,{||,.{({{....,))))}}).))))))...},,,||{.,,.},},,..)))))))...))))).))))))))....))))),.))))))...)))..)))))))))))...))).))).)))))))).,.....)))))))).((((...((((((.(.((,{,.((((((((.{(....)})))))},)))).))).))))))...))))...)))},},..}))).))))))..,},.,)))...)))))).)))))..))))))))...))).)))))))))).))))).))))}}}}}(((((((((((((((((.{...(((((((((((....)))))).))))),.,,..))))))))((((((.(............).))))))))))}}))))..,{{{.{{.{{.,.,{{{.((({{,{||}..,)))},)}.)).,}).....))).})))))))))((((((...))))))({,(((((((...(((((((((.,{{{({.((((((((...(((((......))))).)))))))){((.(((........))).))}.,,,.{,(((,,{,.{,|{{{{{||{{,.,{..(((((((((................))))))))),,|.(((((((((((((.(((((((((..(((.,..(((.((((((((((...(((((.((((((.((((...)))).))).........)))...)))))))).))))).))..))).,)))))))))))).,,(((.....))}.........(((((...(((.(((....((((...((((((.,,....,,...).))))).))))....))).)))...)))))....))))))))))))).{{|||{({{{(((((((..((.(((((((,((({,({.,((((....))))))))))}.....,{{...(((.,.((((({(((.......))).}))))).})}.,,....{.{((((..((((((((((((.(((((((((...(((((((((..(((.(.(((({.,((((.(((((.{((.{....).)).}.,.))))))))))))))))))..)))))))))(((.(((((((.......)))))).).))).{{,,...}},}))))))))))))).......(((((((((...(..((((({...,,.,........}))))))..).....))))))))))))).))))...)))))}.........)))))))))....)))))))}..}))))..)))).....,,||,,|||}},},)}}.)))))),,,},|{{|||||..,.{{((,,.....}))},..((((({{((.((((......))))))))))))}),,,)))))}),))))))))).)))))))},}}},,,,..,,||,.,,)),)))))))))))...)))))}}}}}}..})))....)))))))..},..))..)))))))(((((.(((......))).))))).))))...(((((.......))))).,.(((((.((((.,((((((..((((.(((........)))))))...)))).)).,...)))).))))))).))))))))))..((({.....})))......))))))))}.,)))))))).(((((((..(((..(((....))))))..)))))))))))),)))...))),)))).,,....))))))|(((((......))))),.))))))..))).).))))))..((((((..,,.{{{{{.{{{..{(..,,,.{{{...},,..}),.))).......,)))})))))).)))))))))..,..)))).)))(((((((..(((((((.(((((..{(((....))).)..))).)).)).(((.(((.......}}))))...(((((((.(({(.((((((.{....}.)))))).}}.((((((((((((((((.((((......)))).)))))..(((((((((((((.((((((((((((.....))),}))))))).).))))..)))))))))}))..}))))))))..{(({.(((((((.(((.,.((((((((..............)))))))).}...((((.((((((,{.((({(((,(({{{(((((.....,,.}))),}}|,||.}}}.{{{{{|,.,.))))}),||{.{{.{({{{....{{.|||||{|{,{((..,..||||||.,|||.{{{{|||{||||||.||{}},|||},...)))},)),,}))))}..))}))}}.)))}.)))).{{{{({,..{(((((.(((...{(.({.....)).))..)))))))))..})))))))))))))))))))....)).))))))).(((((((((((((...)))))..))))))))..))))).))))))).(((((((((....)))))))))..........))))))........
Back