Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018335.6
Sequence Length
2992 nt
GC Content
0.5632
GAGUCCCCGCCUCGGCCGCCAUGGCGGAUGCGGAGCCGGAGGCUGGGGGCGGCAGCGAGGAUGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCGGCUCCUCCGGGCCAGAGCGGCAGCGUCGCACGUGUGGCCCCGCUGGGCCCCGAGCAGCUGCGGCAGGUCCUGGAGCAGGUGACGAAGGCGCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCCCCCUUCGUGCUGCGGGACGCGGCGCGGCGGCUGCGGGACGCGGCCCAACAGGCCGCCCUGCAGCGGGGCCGGGGCACCGAGCCCCCGCGCCUGCCGCGCCUGCUCCCGCCCCAGCAACUAGAAGCCAUUUGUGUCAAGGUAACGUCUGGAGAAACAAAAGGUCAGGAAAGGCCAAUGCUCCUACCGACCACAAUCCAGCCCCAAACUGCAAGAAAGAGCCAGCUGCCCCGGGGGAAUUCCUGCCUGGUGGGGCUCCAUAUCGCCAGCCCUCAGCUGCUCAGGGUACAGCCGCUUGUGAGAACCGAGCCACAGUCCUGCUUCCUAAGUGACUUAUGCCAACCUCCUGCUCAGGGGUUUGUACAGAGACCACUGCCAGCCCUCCAGGUGGUCCCUGCAAAGAGAGUCCCAGCCCCCAAGGCUCCAGAUGAACAGGGCUCCAUGUUGACCCCUUUGUCUGCCUCUGACCCGCUGGCAGUAACAUCUCUUUCAUCCAGUUCAGCACAUCCAUUUAUUUCCAACUUGCAUACAAGACAUACUGAGAAACUAAAAAAAUCGUUAAAAGUAAAGACACGUUCUGGACGGGUAUCUCGACCUCCCAAAUAUAAAGCUAAAGAUUAUAAGUUCAUAAAAACAGAGGAUCUGGCGGAUGGUCAUCUGUCAGAUUCUGAUGAUUACUCAGAACUCUGUGUGGAAGAAGAUGAAGAUCAGAGGGAGAGGCACGCACUCUUUGACUUAUCGAGCUGCUCCCUGAGGCCCAAAAGCUUUAAGUGUCAGACUUGUGAAAAGUCAUAUAUAGGGAAGGGGGGACUGGCCCGACAUUUUAAACUUAACCCAGGCCACGGCCAGUUGGACCCCGAGAUGGUGCUGUCUGAGAAAGCCAGUGGAAGCACCCUCCGGGGGUGCACGGAGGAAAGGACGCUCAGCCUGACCUCCCUGGGGCUGUCCAUGCCAGCGGAUCCAUGUGAGGGAGGGGCCCGCUCCUGCUUGGUGACAGAGUCAGCACGCGGUGGCCUGCAGAAUGGUCAGUCUGUAGACGUUGAAGAGACAUUGCCAUCUGAACCAGAAAAUGGAGCUCUUUUGCGAUCAGAGAGAUACCAAGGACCUAGAAGACGCGCAUGCUCAGAGACCCUUGCAGAGUCCCGCACAGCUGUCCUCCAGCAGAGAAGAGCUGCUCAGCUACCUGGUGGCCCUGCUGCGGCAGGGGAGCAGAGGGCGUCGCCAAGCAAAGCCAGGCUCAAGGAGUUCCUCCAGCAGUGUGACCGGGAGGAUCUGGUGGAAUUGGCUCUGCCUCAGCUGGCUCAGGUUGUGACCGUGUAUGAGUUUCUUCUGAUGAAGGUUGAAAAAGAUCAUCUAGCAAAGCCUUUUUUCCCAGCUAUAUAUAAGGAAUUUGAAGAGUUGCAUAAAAUGGUUAAGAAAAUGUGCCAAGAUUACCUCAGUAGUUCUGGUCUGUGUUCCCAGGAGACCCUGGAAAUAAACAAUGAUAAGGUUGCUGAGUCAUUAGGAAUCACAGAAUUCCUACGGAAGAAAGAAAUACACCCAGACAACCUUGGACCCAAGCACCUCAGCCGAGACAUGGAUGGGGAGCAGCUAGAGGGAGCUAGCAGCGAGAAGAGGGAACGUGAGGCUGCGGAGGAGGGACUGGCCUCAGUGAAAAGGCCCAGAAGAGAAGCCCUGUCCAACGAUACCACUGAAUCUCUUGCUGCCAACAGCAGAGGCCGGGAGAAGCCCAGGCCCUUGCAUGCUUUGGCCGCUGGUUUUUCCCCUCCAGUAAAUGUGACUGUCUCUCCCCGUUCUGAAGAAAGCCAUACAACGACGGUUUCUGGUGGCAAUGGGAGCGUGUUCCAGGCGGGCCCGCAGCUUCAGGCACUGGCUAACUUAGAAGCCAGGAGGGGGUCUAUAGGUGCUGCUCUCUCAUCCCGGGAUGUCAGUGGGCUGCCUGUUUAUGCUCAGUCAGGAGAGCCUAGGAGGCUGACCCAGGCACAGGUGGCAGCGUUUCCUGGAGAGAAUGCUUUGGAACACUCUUCAGACCAGGACACCUGGGACAGCCUGAGGAGCCCGGGUUUCUGCAGCCCUUUGUCAUCUGGUGGUGGAGCAGAGUCCCUGCCGCCUGGGGGGCCUGGACAUGCAGAGGCAGGACACCUCGGCAAGGUUUGUGACUUCCACCUGAACCACCAGCAGCCCAGCCCCACCAGCGUCCUGCCUACAGAGGUGGCAGCCCCUCCGCUUGAGAAAAUUUUGUCUGUGGAUAGCGUGGCAGUGGACUGUGCCUACAGGACUGUGCCCAAGCCAGGGCCUCAGCCUGGCCCACAUGGAUCACUAUUGACUGAAGGGUGUCUCAGAAGCCUUUCGGGGGACUUGAACCGGUUCCCCUGUGGGAUGGAGGUGCACUCUGGCCAGAGAGAACUGGAGAGCGUGGUUGCUGUCGGCGAAGCCAUGGCUUUUGAAAUUUCCAAUGGGAGCCAUGAGUUACUGUCUCAGGGACAGAAGCAGAUUUUUAUUCAGACUUCCGAUGGGCUUAUCUUGUCCCCUCCAGGUACAAUAGUGUCUCAGGAGGAGGACAUUGUCACAGUGACUGAUGCAGAGGGGCGUGCCUGCGGAUGGGCCCGCUAGAAGGAGUUCCUCUAGAAGCUGUGGAGUCGGUCGUCACCGUGGAGCCAGAGCCCUCACAGUGAAGUGGAGUCAGAUCCUAGAUUCGUCUGAUUUUAUCCAGAGAAGGUCUAUGGCAAGCAAUGUAUAUUUUUCUAAUGUGAAUAUUGCACAGAUGAACCUUUUAUUUAUAAAGAAUAAUGUCUUUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1199.74 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1248.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.((.(((.....))).)).)))).((((((((((((((((((((..((((..((((((((((((((((((((.(((((...(((((...((.(((((...((.((.(.(((((....)))))))).)).))))).)).))))).))))).))((.((....))))))))))))))))))))))..))))..))))))((((.(((((((((((((((((((..((((((.....))))))))))))))((.((.(((((.....))))).)).))))))))))).)))))).))))))).............(((.((((((((...((((((..........(((.((((...((....)))))))))...(((((((.((((.....(((..((..((((((((((((...(((((((((((((((((((.(((((((.....((..(((((.((...)).)))))...)).(((((.......)))))...((((((........)).))))..(((.((((.(((....))))))).)))(((......)))....(((((.(.((((((((((((..((.(((((((((((((..(((((..(((((..((((.((......)).)))).(((.(((((((..(((.((((......((((((((((((...((((((.((.....(((((((..(((...................................)))..))))))).....)).))))))(((...........)))...............((........))......((((((.(((((((((((....)))))))))))(((((.......))))).))))))))))))).)))))....)))).)))))))))).))).........))))))))))..((((((((((......)))))..((((..(((((.....)))))..))))))))).)))))((((((((...........................))))))))(.(((((..((.((((((..(((.......)))....)))))).))..))))).)..(((((..(((.(.....))))..))))))))))))).))..)).))).))).)))).)))))).))))))).....(((((((((((.(((.((((..((((.(((((((((...((((.((((.(.(((((.((((((......(((((((...))))...)))..)))))).))).))..).))))...............((.((....))))...)))).)))))).)))))))...))))..))).(((((.......)))))..(((..(((.(..((((((....)))))).).)))..))))))))))))))..)))))))...)))))))))))).))))).(.(((((......))))).)...)))))))..)))))..))))..)))))))...((((((...(((((((((..(((((((.....(((...))).....)))))))((((..((((((...((.(.(((((...))))).).))..))))))..))))....((((.((((((....)))))).))))...((((.(((((....))))).))))....(((((.((....))..)))))(((((((......))))))))))))))))...)))))))))))).))))).))).)))(((((((....((((((((((.((((((.((((((.((.....(((((((((((((((....(((.(....((..((((((.(((((((........))))).........)))))..)))..))...))))....))))))((((....))))...(((((((.....))).))))))))).))))....)).)))))).))))))))))...........))))))..((((((.........(((((..(((....)))....)))))..(((((.....)))))))))))((((((.((((((((.((((((........))))))((((((((...........)))))))).(((((((.((((..((((((((((((...((.(((((((((....)))....))))))..))...)))))))))........((((((((....(....)....)))))))).))).)))))))))))..)))))))).....(((((((((..(((((((((((..(((((((((.(((.(((((((((((((((((((((.(((.(.(((.((((.......))))((...((((((((.....)))..))))).)).)))).)))))))).))))....(((((.((....)))))))....(((((..((.((....)).)).)))))....))))))).))))).))))).((((.(((.((((......))))..)))))))..((....))))))))).)))).)))))))....)))))))))...((((((((......))))))))))))))...))))))).)))))))(((((((((((((((.((.(((((.(((.((((((..(((((((((((......(((....)))((.((.(((((((((......(((((((((.((.......)).).)))).((((....)))).((((((((((((((((....))))))..))))).))))).))))))))))))).))))((((((((...(((((((......))))....))).)))))))))))))))))))..)).)))).))....).)))))..)).))).))))...((((((((((((.........))))))))))))....(((((((.(((.....((((((((((((.....)))))..)))))))....))).))))))).................)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,{,((((.((.(((,...,))).)).)))).},||||,(((((((((((((.{((((..(((((((((((((((((({(.(((((...(((((...((.(((((...((.((.(.(((((....)))))))).)).))))).)).))))).))))).)}{{.({....))}.))))))))))))))))))..))))}}))))))((((.(((((((((((((((((((..((((((.....))))))))))))))((.((.(((((.....))))).)).))})))))))).)))))).)))))))...((((((.(((((((({(({{{,.,,,({((({,,,......((({,,,...|||}...|||||,|||((((,,..(((({{........||........}}(((((.,...((((((((((((..((((((((((.((((.(((({{(((({..,(((((({((((,,{|||((((({({....,||||,..((((((,,,,,...}|,|}|}..{((.((((.(((....})))))).))}(((.(((((((,...........))))))).)))...{({{(({{{,((((.....)))).{((((((,.{(((.((......)).))))))))))),.{{{{...(((((((((((((..{.(,({{.((((((((.((((.((((({,..,,{{,.(((,{{{{||||{..,.((({{...........,{{|||...,||...,{,.,,,|||((,,((({......}))},}}..................,.,..|||,......,{,.((((((((((((((....))))))))))))))|}}},}}.})))),.,)))))))).)))..,,,.....{(((((((((((((,,{((,..{{((((,,..,(((((({{,,.,,,|||.....})))),,.,.}})))},,})}}...||||{{{{.{,.(({,((((((((.(((((....................(((....))).|,||.(((((..((.((((((..(((.,....,)))....)))))).))..))))).}|.(((((..(((.{.....})))..))))).)})))))))))..((((((((.,{((((((((((..(((({.{((,,(((((((((((.(((.((((..((((.(((((((({..,((({.,(((.{.(((((.((((((......(((((((...))))...)))..)))))).))).)),.).)}}},}},,{{..{{....{{.((....))))..,),}),)))))).)))))))...))))..))),((({(......,)))))..(((.,(({.{..((((((....)))))).,,))).,)))))))))))))).}}|,.}}}}}..,,(({((((((.{((((.(.(({{{.....{||,||.,..{((((((..(((((((({{((((((((((....((((((...(((((((((..{((((((.....{({...})).....))))))|((((..((((((...,,.(.(((({...))))).).}}..))))))..)))},...{(((.((((((....)))))}.)))},,,((((.(((((....))))).}}}..,}}{{{{{.||,.,,)),.)))}}(((((((......))))))))))))))))...))))))....)))))))....((((..((.(((....)))...))..)))))))))))).)))))))))}|{,||.}},........,}}.,.))))),..))))))})}((((((.((.....(((..,,(((((({{,..((((....)))}...}},..)))))).||)))....)).)))))){||,,..,)))...))))))))))....},))))))))....)))))))..}}.}))))))))))))))))...))))}.....(((((..{((....)))..,.)))))..|||||}},},}}}}}.,|(((({{....{{((((((.((((((........))))))((((((((,..........)))))))).(((((((.((((..((((((((({{(...{(((..{{{.({..{((({...})))),,)}..))))})))}))),}}.....((((((((..,.,....,....)))))))).))).)))))))))))..)))))))).))))|((((((((..(((((((((((..(((((((((.(((.(((((((((((((((((((({{(((.,.(((.((((.......)))){|,..((((((((.....)))..))))).}}.))),.)))))))).)))).,..(((((.{{....)))))))....(((((..((.({....)).)).)))))..,.))))))).))))).))))).((((.(((.((((......))))..)))))))..((....))})))))).)))).)))))))....)))))))),...((((((((......)))))))),,})))))))).)))).((((....)))).))))))))))).}..))))))))))))).{{{(((((((((({.......,...}))))))))).))}.|{{{{{..,))))})}}))}}},......}}.},,,,,,,..}))))).}}}{(((((((((,(({((....})))}),.))))).))))}.,,|||},})),)))).)))).))))).,),..))))))))))))))))).)))))))))))).}.))))))))),}.))))}{{{{.{{|{.((....)).},)}).))}}.{(((((((((((.........))))))))))))})}}},..,,})).)))}..{{{{{{{{{{{|,,,,.)))))..})}))))}))))))...)))))}......,(({,.....}}})))),.
Back