Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018640.5
Sequence Length
3393 nt
GC Content
0.3543
AAACAAUGCUUCUUUUUGACCUUUCCCAAGGAGAAGCGCUACAAAGCAGCCACUGUGCUUACUGAACGGCCUCCCCCUGUAUCGCUUAAUUGAGAAGGUAUACAAAUGCUCUCAGUCCAGCCAGACACCAAGCCGAAAGGUUGUGCUGGCUGCAACCGAAAGAUCAAGGACCGGUAUCUUCUAAAGGCACUGGACAAAUACUGGCAUGAAGACUGCCUGAAGUGUGCCUGCUGUGACUGUCGCUUGGGAGAGGUGGGCUCCACCCUGUACACUAAAGCUAAUCUUAUCCUUUGUCGCAGAGACUAUCUGAGGCUCUUUGGUGUAACGGGAAACUGCGCUGCCUGUAGUAAGCUCAUCCCUGCCUUUGAGAUGGUGAUGCGUGCCAAGGACAAUGUUUACCACCUGGACUGCUUUGCAUGUCAGCUUUGUAAUCAGAGAUUUUGUGUUGGAGACAAAUUUUUCCUAAAGAAUAACAUGAUCCUUUGCCAGACGGACUACGAGGAAGGUUUAAUGAAAGAAGGUUAUGCACCCCAGGUUCGCUGAUCUAUCAACAUCACCCCAUUAAGAAUACAAAGCACUACAUUCUUUUAUCUUUUUUGCUCCACAUGUACAUAAGAAUUGACACAGGAACCUACUGAAUAGCGUAGAUAUAGGAAGGCAGGAUGGUUAUAUGGAAUAAAAGGCGGACUGCAUCUGUAUGUAGUGAAAUUGCCCCAGUUCAGAGUUGAAUGUUUAUUAUUAAAGAAAAAAGUAAUGUACAUAUGGCUGGAUUUUUUUGCUUGCUAUUCGUUUUUGUGUCACUUGGCAUGAGAUGUUUAUUUUGGACUAUUGUAUAUAAUGUAUUGUAAUAUUUGAAGCACAAAUGUAAUACAGUUUUAUUGUGUUACCAUUUGUGUUCCAUUUGCUUCUUUGUAUUGUUGCAUUUAGUACAAUCAGUGUUUAAACUUACUGUAUAUUUAUGCUUUCUGUAUUUACCAGCUAUUUUAAAUGAGCUGUAACUUUCUAGUAAAGAAUUGAAAAGCAAAUCUCACUAAUGAUACACAGAUAGAUAAAGCAAGUCUAUCAACAUUAAAAAUACUAAAAAAUAAAGACACACACAGAGCAUUUUAGUGACAUCCACUACUUAUUGCCGCUAUGAGUUAGAGUCUAUCAGUGUUCUUGUUAUAACCCCCUAUUUUCAGGGGGUUAAAAAUCAGCUUUAAAAAAAUACAUAAAAAUUUCAUCUUAAAGCACUUUCAUUUUAUACCAACGUGAAAAGUGCCAUUUUUAGAAUAACUUUAAAGCUUAACAGGUUUCCUUUUAAUAUCCUUUUUUUGUGUGCUCUUUACUUACACAAUGGCUUUGUUUUGCUUUUUCAGCCACACCCCUUAUGUGAACUAGUGCCUUUGGGUAUCACGUAAAAUUUUUUCCAAAGGGUUACUUUAAAAAUCUGUUACCACAAUUAUGAGAUGAUUUUUAAGUGAUAAAUUAAACUUCUUCUUGUAUAAAUUCUGCCCAGAUCUCUCCACAAGAGCUGAGGGUUUCAUAACUUUAUGGCUUAAUAAAUGUAUGACACUGAAAAGAUUUGAGUGUGAAUCUACUGAAAUCACUAUAAUGCACAUUGAAGCUAUGAUGGUAUUUGAGUAGUGAGGUUACUUUUGAUCGGAGCAACAUAAUGCUCAUAGAAUCUUCUAGAAGAAGAGAAACAAAGGGAUUGAUAAAAUGCUGAGAACUAGUGAUUAUAUAUUUUUCUGUAUUUACCUGACAUUUAUUUUAAUGUUCAAAAAGUAAACACUUUAAGUUUGAUGUGUUUUACUCUCUCAUUGUUUUAAGUAAUUGCCAACUCAGAAUACAUCAUUCUUAGGCUGAAAUUUGUCUUUCCAUUUUUUAAGGUGAAAUAGUACUACCUUACGUGAUAGCAUACAAAGAAGAAAGCUCUAGAAAGAGAAAUUAUGGAGAAUGAUUAUUUAAAUUACAAUUAAGGAAAUGAGAAUAUGAUCCCCUCUUCCGAGUUGCCCACAAACUUGCUUCUUUGCUUUUGCUCCCUGUAAUAGAACUACUUUUCAACAAAUCUAAUUUUGCACGGCACCGUUAACCAUAUUUUCACUACAGCAAACUUAGUGCUAUGGGUUUUCUUUUUCUUUGUUUUUUUCUUGAUCACUUGUAUAGGAAACAAUAUUUUCCAGUGUUAUUUGCAUAUAUAUUUUGUCCUUCCAAUAUAUGCAUUACAGAUGAAAAUUAAAUGUUAUACCUGAAUUCUUGGGUUGGGGCCAAAAUAUUAAGCUGAAAAUAAUGCUGGUGUGGAUUUGUUUUAAAACAAAGCUUUAUUAUGAACAUGCAUGUGAAUCUGGAUAUUGCCUCUUAUUUUUAAGAAAAUGGUUCUGUGAAAAGUGAAUGAUAUGUAUUUUUCCAAAUGCUUCAUGGUUAGGAGUCUUCAAGUUCCAUGUUCCCCAGAUUUGAGAUAUACUAAAGAAAGAAAUUCAAAAGUAGCUAUUUGGGGCCCACAAAAAUAACUAUUAUUUUAGCCUUAGAGCCUUACACUUGUUUCAUGAAGAGAAAGGACUUGCAUAACCAAAAUAAACAAAGCAAGACAAAUUAAAAAUAUGUGGGGGAGAGAUCAGUGAAAAGUGGUUUUCUUAAUGCAGCCCUGCUGGUCCCCAUUAACAAUUGCUUGAAAUUCACAUGGAUGUAAAAUUAUAAUUGUCAGGAUCUUAUUCAGAUGAUCUUUUAAGGUUUAACUGGUUUUGCUUUUGUUUAUCUAUAUGUCAAAAUACUUGUAAAUUGGGAACAAACUUCUCUCAGCUUCUUGAAGUUGUUCAACUAUCCUUGCCACUGGAAGACCAAACAAGGUUUUCACUGCUUUUUCUUUUACAUAAUAUGCUGAGAAUUAUUUCUUAUGCUUUUUACUACAAACAAAAUUACUCACCUGGAUUAAAGAUUAAGGCCUUAAUCUGUUUAGAUUAUCUUUAAUCUCCAUGAAAUCGUGAAAUAAGACAAGAAUAGUGUUUCAGCUGUAGGCCAUUUUACAGCUAAUUGCCCAUAAAUUGUAGCAUUUAUUGACCUGAAGUACUAAGCUAAUUGUCUUGACUACUCAAAGCCCCUGAAUUGUUGUCAACUUUCCCCUUUGUGUUGUGUAGCCCUAACGUCAUUUAGCUUGUUGUCUGAUGCCUCCAGUAGGACACCUCCGAUGGAGCUUUGAUUUCUGAGCAGCGAAAGCUCCCUUCCUAAGAUGCAUCUCGCAUAGGCUGCCUAUGAUGAAGGACCGUGCACCUCCACUCCAACAGAGUGCUGAGUUUAAAAGUUGACCUGUGUUUGUAAUUUCACUUUCAUCUUGCUUAAUAAAUAUCUGCUGGAUUCUUUCAUUCACUUUUUUACAUUUGGAUUUAUGUUUUUAAUAAAAGGGGUGUUACACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-807.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -876.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 926.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((((........)))))))))))........(((((((..((((..(((...((((.......(((...(((..(((((((..((((....)))))))))))..)))...)))....))))...))).)))))))))))....((.((((((.(((((((((((((((..((((((....((......((((.......))))))....))))))((.((.((((((....((.((.((((((((....((((((((((((((...............(((.((((.....)))).))).))))))))).)))))..((((((.....)))))).)))))))).)).)).....)))))).))))..((.(((((..(((((.........((((((...))).)))..(((((....)))))(((((.....(((((......)))))...))))))))))..))))).))((...(((((........)))))..))..))))))).....)))...)))))..)))))).)).....((((((((((((((((.((((((....................)))((((.(((((...(((((.(((...(((((.(((.........((((((((....(((((((((((.....((((((.(((.(((((((((((....)))))))..........(((((((((((((.((((.(((((((.........))))))).)))).)))))...((..((((((((((......(((((((((....)))))))))((((((((((((.....((((...(((((......)))))((.(((((((((((((((((((...))))))))).)))))))))).))...(((((..(((......(((((((((....((((((((..........(((((((((((((((((.(((((...((.((((((.((((.(((......((((.....))))......)))..(((........))).....(((((((.......)))))))..)))).))))))))...))))).)))........))))....(((((.....))))).........((((((((((((((.((.(((((..((((((..(((((((((......)))))))))......(((((((((........(((((((...........((((((((((.((.....)).))).))))))).))))))).......)))))))))((((((((((.........(((((((..(((((((.........)))))))(((((...............)))))......((((((((.....((((....))))))))))))..........)))))))........)))))))))).......(((((((.((..(((((........)))))..)).))))))).....(((....))).......))))))))))).)).))).)))).)))))))...))))))))))))))))))...(((((.((((......)))).))))))))).))))))))..))))).((((((...(((((((.(.(.((((((((.......(((((......)))))......((((((...))))))(((((((.((((..(.((((((((...(((((.((((.((((........)))).))))..((((((......))))))...(((((....))))).)))))...)))))))))..)))).))))))))))))))).)).)))))))...))))))(((.((((((((((................(((((((.........)))))))(((((.(((((.((((((((.(((((((....)))).((((((.....))))))..........(((((..((((..(((...........))))))).)))))........))).))))))))((.((((.....)))).))............(((.(((..(((((.(((((.((((((..(((((....(((((.((....))))))).)))))......................(((.((((((.(((((..(((((((......((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((.(((((...(((....))).))))))))).........)))))..)))).)))))))))).))...)))))))))))).......)))))))......................))))).))).))).))).......(((((....))))).)))))).))))).)))))....))).)))..........))))))))))....((((.((...)))))).(((.((((((((...((...((((...(((.....)))...)))).))))))))))...)))............)))))))))).))).((((.(.(((........))).).))))...))))...)))))))))))).)))))).))))..))...(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((....((((.((....))((((.(((.((((....((((....((.(((((((((((((((.((((...((((((..........))))))....))))....)))))))))........)))))).)))))).....)))).))).))))((((.((((............))))))))..........))))....))))))))......).))))))))).)))))))))))))))....((((((((....)))))).))...................................(((((((((...((((((....)))))).))))))))).((((....))))...(((((((((..(((((((((((((((((......)))))))(((.(((.((.....))..))).)))......))))))))))..))...)))))))..............))))))))..(((((((((............(((((..(((..((((((.((((((((.((..(((((.((...(((((..........((((((((...............))))))))..))))).)).)))))..))))))))))...)))))).)))....)))))((((((((.....)))))..)))....))))))))))))).)))...))))))...))))))))))).....))))))))))).)))))....))).)))))))))).))))))).))))))))))....))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,(((((((((((........)))))))))))}...,{{((((((((..(((,...,({{{(({{.{,,...((({{{(((..(((((({.,((((....))))))))))).(((((((.(((..,(((....))),))))))))))..{{{(,.,,,,,,.,,,,||||{((((,,{{(((((,.,{{({..{{(.((((.,.,.{{|,,,...))),),},}}}}||},,||||{{,,({,({{(((((((,....((((((((((((((.....,..,......(((.{{{{,....}})),))}.)))))))))},))))..{{{||,,,,,,)})}}),)))}},}).})})))}})}))))))}))))}.|,..|||},..}}}}}}.}}}.))).))))))})||{|||{,{((((,,,,}||||.{{{{{{..,((((({{{{{{||}||{,,|||||..,|{{{|{((({{{,{{,.(((,,.{{{{{{{|||....{{,,{|||,||,,{|{,,,...}||||,.||||,,.,,...,,||,{,,,,,,,||{|,...,|||..}}.,}}}}}}}}}},}}})),|||,.((((({{,(((...,(({{(,{((...{{{{{{{{.{{(,,((((({{{.(((((((((((,,{{,((,(((....((((((((((({....)))))))....})))).,((((((({{{.{,((((.(((((((.........))))))).)))),{{||,||,,...,,|{||,|||},.,,.(((((((((....)))))))))||{|{|||||||}}}|}|,||||}||,,,.,.,,.,,,..,{.(((((((((((((((((((...)))))))))},))))))))),)),,}|||||,,|||}}}..}|||||||||}...||,|||}}....}}}).))}}}}}..{(((,,,,.||}|{({,(((((,,{....},.))))),,,...,}|.}}}})|..,,||||||}}{{({{{{{|,..,,,.....(((((((.......)))))))........................{{,(((((.((((.{.((((((((.(((.,(,...((((((..((((((((((((({.((.(((((..((((((..(((((((((......)))))))))......(((((((((........(((((((...........((((((((((.{,.....}}.))))))))))).))))))).......)))))))))((((((((((.........(((((((..(((((((.........)))))))(((((..,............)))))......((((((((.....((((....))))))))))))..........)))))))........)))))))))).......(((((((.((..(((((........)))))..)).))))))).....{{{....}}}.......))))))))))).)).})).))))))}))))).)))))).}),))).)))))))).}.)))).)))))..,}}|||,||{{.||||,,}}||,,,..,,})).{{{|||}|||||{|||,|,|,||||{|||,,.....(((((......)))))......((((((...))))))(((((((.((((..(.((((((((...(((((,((({.{(((,,......}))),))}}.{((((((......)))))}}}.{{(((,,.,)))}}.)))))...)))))))))..)))).))))))),}}}}}}}.,,.)))}}}}.,,))))))|||,|||{{|||||}}}}},,|},,.....(((((((.........))))))),((((,,{{{,.,,(((((((((((...(((((((((((.,,,(({{{,,({{{,,....,,,.,..,,..{{,|.,{{{...,,,,},..})))))|(((((,......}})))|{......}|...{||,...,||||,|{{............,,,,,,,,..,)))}|,|},,.}}}...(({({....(((((.((....}}))))).))))),.}))))))))))..)))))))))))||||||.{{{,,.,(((((((.,,,,.(((((((((((({(,,..(((((((({((({(((({{{{.(((((...({(....}}}.)))))}))}.,,,.....)))))..)))).}))))))).,.}},,.))))))))))))...}}}})))))))...))))}}}}}}}}}}}}},,,}))),)}},.,,.{|,,,..{({((((,,..{|||||,.,{{||{{{({(((((((({{{{{,,{{{{,,,.|||,.}}}|||||||{.,,{((({,,.,,{{|||,.{(,.((((((({.,,||...{{({...(({.....}))...}))}.}}})))))))...}},,{{{{{,...,})))))})}}}.}))||{{{.,.|||...,},,}))).,.}})),..}))}}}.}}},,}}}}}},,||||||,},},.......(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((....((((,{,.,.,)},,{(|({{.((((.,,.((((....{{.(((((((((((({{{.{{{{.,.{(((((,{,...,,,.}}))),.,,})))),..,))))))))}.,,,,..})))))).)}))))..,,.)))).}}},))|((({{{((((............)))))))))}.........}))....)))))))),.....}.))))))))).)))))))))))))))....((((((((....)))))).)).......{{{{{{{{.......{{,..,{{{.,..(((((((((...((((((....)))))).))))))))),||||....}))),..,((((((((..(((((((((((((((((,....,)))))))|{{.(((.{(.....}}..))).})}......})))))))))..)}..,))))))|{,...{{{.......)))...},.(((((((((............(((((..(((..((((((.(((((((,{((..(((((.((...(((((..........((((((((...............))))))))..))))).)).)))))..))))))))))...)))))).)))....)))))((((((((.....)))))..)))....)))))))))...)})))}}},}}}}}...},})))))))).....,,||||}}.))}},,,,)))}))))))})})))),.,))),}},),))))))),.,}})))))).}......
Back