Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018919.3
Sequence Length
4794 nt
GC Content
0.5561
AAGUUACAUCCUCCAACAACAAAGCAAAUUAGACGGGAAAGCAGGAAAGCUGUGCAGAAAUUCUGACCUGAAACGCUUCGCAUCCGGUCUCUGCUUGUUGAAGGACCUUCACCGCUAUUUCUGAGAAGAGCAAAAGUGAUGCAGAUCUGUUCUUCCUCUUCUUAAUCCCAGAGAAGUUCCUAAUAAGCCAGUAAUGGCGCCUCCGCAGAGGCAUCCGCAGCGCAGCGAGCAGGUCCUGCUCCUCACGCUCCUGGGGACGCUGUGGGGGGCCGCGGCAGCGCAGAUCCGCUACUCUAUUCCCGAGGAGCUGGAGAAAGGCUCCUUCGUAGGCAACAUCGUCAAGGAUCUGGGACUGGAGCCCCAGGAGUUGGCGGAGCACGGAGUCCGCAUCGUCUCCAGAGGUAGGAUGCAGCUUUUCUCUCUGAAUCCGCGAAACGGCAGCUUGGUCACCGCGGGUAGGAUAGACCGCGAGGAGCUCUGUGCUCAGAGCCCGCGGUGUCUGGUGAGUUUUAACAUCCUUGUCGAGGAUAAACUGAAUCUUUAUCCCGUGGAAGUGGAAAUAGUGGACAUUAAUGACAAUACACCCCGAUUCUUAAAGGAAGAAUUGGAAGUGAAAAUUCUCGAAAACGCAGCUCCAUCCUCUCGUUUUCCACUAAUGGAGGUCUAUGACCCUGAUGUGGGAAUGAACUCCCUUCAGGGAUUUAAGCUCAGUGGUAAUAGUCACUUCUCAGUGGACGUGCAAAGCGAAGCCCAUGGGCCCAAGUACCCGGAGCUGGUGCUGGAGGGCACACUGGACCGGGAAGGAGAAGCCGUUUACCGCCUGGUCCUUACUGCCAUGGAUGGCGGCGACCCUGUCCGCUCAAGCGUCGCCCAAAUUCUGGUAACAGUUCUAGAUGUGAAUGACAACACUCCAAUGUUUACUCAGCCUGUCUACCGUGUAAGUGUUCCUGAAAACCUGCCAGUAGGCACACCAGUGUUGGCAGUGACUGCCACCGACCAGGAUGAAGGAGUCCACGGGGAAGUAACUUAUUCCUUUGUGAAGAUUACAGAAAAGAUCUCACAAAUUUUCUGUUUGAAUGUUUUGACUGGAGAAAUUUCAACUUCUGCAAAUCUAGACUAUGAGGACUCGAGUUUUUAUGAGCUGGGUGUUGAAGCCCGGGAUGGGCCAGGUCUUCGAGACAGAGCGAAAGUCUUAAUAACUAUCUUGGAUGUCAAUGAUAAUGUACCAGAAGUGGUUGUUACAUCUGGAAGCAGAACAAUUGCUGAAAGUGCACCUCCAGGAACAGUAAUCGCCCUUUUUCAAGUGUUCGAUCGAGACUCUGGCCUGAAUGGCCUGGUAACCUGUUCCAUCCCGAGAAGUCUCCCAUUUGAAUUGGAAAAAUCAGUUGGCAAUUAUUAUCGAUUAGUGACAAAUGCAGCUCUAGACCGGGAAGAGGUAUUCUUGUACAACAUCACUGUGACAGCCACGGACAAAGGAACACCACCUCUGUCUACAGAAACAAUCAUCUCUCUAAAUGUGGCAGACACCAACGACAACCCGCCCACCUUCCCCCAUUCAUCCUACUCAGUCUAUGUCCUUGAAAACAACCCCAGGGGUGCCUCCAUCUUCUCUGUGAAUGCACUGGACCCUGACGUGGACCAGAACGCCCAAGUCUCCUACUCACUGGCAGAAGACACCCUCCAGGGGGCGCCCCUGUCCUCCUACGUGUCCAUCAACUCCGACACUGGGAUUCUGUACGCCCUGCGCUCCUUCGACUAUGAGCAGUUGAGAGACCUACAGCUGUGGGUGACAGCCAGCGACAGCGGGGACCCGCCUCUUAGCAGCAACGUGUCACUGAGCCUGUUUGUGCUGGACCAGAAUGACAAUGCGCCCGAGAUCCUGUACCCCGCCCUCCCCACAGACGGUUCCACUGGCGUGGAGCUGGCGCCCCGCUCCGCAGAGCCCGGCUACCUGGUGACCAAGGUGGUGGCGGUGGACAGAGACUCGGGCCAGAACGCCUGGCUGUCCUACCGCCUGCUCAAGGCCAGCGAGCCAGGACUUUUCUCAGUGGGCCUGCACACGGGCGAGGUGCGCACGGCGCGCGCCCUGCUGGACAGAGACGCGCUCAAGCAGAGCCUAGUGGUGGCCGUCCAGGACCACGGCCAGCCCCCUCUCUCCGCCACUGUCACGCUCACCGUGGCCGUGGCCGACAGGAUCCCCGACAUCCUGGCCGACCUGGGCAGCCUCGAGCCCUCCGCCAAACCCAACGAUUCGGACCUCACUCUGUACCUGGUGGUGGCGGUGGCCGCGGUCUCCUGCGUCUUCCUGGCCUUCGUCAUCGUGCUGCUGGCGCUCAGACUGCAGCGCUGGCACAAGUCACGCCUGCUGCAGGCUUCGGGAGGUGGCUUAGCGAGCAUGCCCGGCUCGCACUUUGUGGGCGUGGAAGGGGUUCGGGCUUUCCUGCAGACCUAUUCCCACGAGGUCUCACUCACUGCAGACUCGCGUAAGAGUCAUCUGAUUUUCCCCCAGCCCAACUAUGCCGACACGCUUAUCAACCAGGAGAGCUAUGAGAAAAGCGAGCCUCUUCUGAUAACUCAGGAUUUACUUGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACUUCAGCAAGCCCCGCCCAACACGGACUGGCGUUUCUCUCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGGCUCCCAAAAUGGCGAUGACACCGGCACCUGGCCCAACAACCAGUUUGACACAGAGAUGCUGCAAGCCAUGAUCUUGGCGUCCGCCAGUGAAGCUGCUGAUGGGAGCUCCACCCUGGGAGGGGGUGCCGGCACCAUGGGAUUGAGCGCCCGCUACGGACCCCAGUUCACCCUGCAGCACGUGCCCGACUACCGCCAGAAUGUCUACAUCCCAGGCAGCAAUGCCACACUGACCAACGCAGCUGGCAAGCGGGAUGGCAAGGCCCCAGCAGGUGGCAAUGGCAACAAGAAGAAGUCGGGCAAGAAGGAGAAGAAGUAACAUGGAGGCCAGGCCAAGAGCCACAGGGCGGCCUCUCCCCAACCAGCCCAGCUUCUCCUUACCUGCACCCAGGCCUCAGAGUUUCAGGGCUAACCCCCAGAAUACUGGUAGGGGCCAAGGCCAUGCUCCCCUUGGGAAACAGAAACAAGUGCCCAGUCAGCACCUACCCCUUCCCCCCCAGGGGGUUGAAUAUGCAAAAGCAGUUCCGCUGGGAACCCCCAUCCAAUCAACUGCUGUACCCAUGGGGGUAGUGGGGUUACUGUAGACACCAAGAACCAUUUGCCACACCCCGUUUAGUUACAGCUGAACUCCUCCAUCUUCCAAAUCAAUCAGGCCCAUCCAUCCCAUGCCUCCCUCCUCCCCACCCCACUCCAACAGUUCCUCUUUCCCGAGUAAGGUGGUUGGGGUGUUGAAGUACCAAGUAACCUACAAGCCUCCUAGUUCUGAAAAGUUGGAAGGGCAUCAUGACCUCUUGGCCUCUCCUUUGAUUCUCAAUCUUCCCCCAAAGCAUGGUUUGGUGCCAGCCCCUUCACCUCCUUCCAGAGCCCAAGAUCAAUGCUCAAGUUUUGGAGGACAUGAUCACCAUCCCCAUGGUACUGAUGCUUGCUGGAUUUAGGGAGGGCAUUUUGCUACCAAGCCUCUUCCCAACGCCCUGGGGACCAGUCUUCUGUUUUGUUUUUCAUUGUUUGACGUUUCCACUGCAUGCCUUGACUUCCCCCACCUCCUCCUCAAACAAGAGACUCCACUGCAUGUUCCAAGACAGUAUGGGGUGGUAAGAUAAGGAAGGGAAGUGUGUGGAUGUGGAUGGUGGGGGCAUGGACAAAGCUUGACACAUCAAGUUAUCAAGGCCUUGGAGGAGGCUCUGUAUGUCCUCAGGGGACUGACAACAUCCUCCAGAUUCCAGCCAUAAACCAAUAACUAGGCUGGACCCUUCCCACUACAUAAUAGGGCUCAGCCCAGGCAGCCAGCUUUGGGCUGAGCUAACAGGACCAAUGGAUUAAACUGGCAUUUCAGUCCAAGGAAGCUCGAAGCAGGUUUAGGACCAGGUCCCCUUGAGAGGUCAGAGGGGCCUCUGUGGGUGCUGGGUACUCCAGAGGUGCCACUGGUGGAAGGGUCAGCGGAGCCCCAGCAGGAAGGGUGGGCCAGCCAGGCCAUUCUUAGUCCCUGGGUUGGGGAGGCAGGGAGCUAGGGCAGGGACCAAAUGAACAGAAAGUCUCAGCCCAGGAUGGGGCUUCUUCAACAGGGCCCCUGCCCUCCUGAAGCCUCAGUCCUUCACCUUGCCAGGUGCCGUUUCUCUUCCGUGAAGGCCACUGCCCAGGUCCCCAGUGCGCCCCCUAGUGGCCAUAGCCUGGUUAAAGUUCCCCAGUGCCUCCUUGUGCAUAGACCUUCUUCUCCCACCCCCUUCUGCCCCUGGGUCCCCGGCCAUCCAGCGGGGCUGCCAGAGAACCCCAGACCUGCCCUUACAGUAGUGUAGCGCCCCCUCCCUCUUUCGGCUGGUGUAGAAUAGCCAGUAGUGUAGUGCGGUGUGCUUUUACGUGAUGGCGGGUGGGCAGCGGGCGGCGGGCUCCGCGCAGCCGUCUGUCCUUGAUCUGCCCGCGGCGGCCCGUGUUGUGUUUUGUGCUGUGUCCACGCGCUAAGGCGACCCCCUCCCCCGUACUGACUUCUCCUAUAAGCGCUUCUCUUCGCAUAGUCACGUAGCUCCCACCCCACCCUCUUCCUGUGUCUCACGCAAGUUUUAUACUCUAAUAUUUAUAUGGCUUUUUUUCUUCGACAAAAAAAUAAUAAAACGUUUCUUCUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1758.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1841.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 1252.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((((((..((((((.(((....((((.(((..((..(((.((.((.(((..........)))..))))))))).))).)))).))))))))).(((((((....((((....(((.((((((((.....(((....)))))))))))..((((((.......))))))..........((((....))))(((((....))))).....)))...))))...)))))))((((((((.((((((((((..(((((((....)))))))((((......)))).(((((.((((((((((((.......)))))))((.(.(((......))).).))..))))).)))))))))))))))))).)))))..((((.(......).))))...)).)))))).)))))................((((((.......((.((((((((((((.(((((..((.....))))))).))....)))))))))).))((((........)))).((((((((((((((.......))))))).((((..((((.....((((((((.....((((.((((.(((((((((.....)))))))))...........(((.(..((.(((((((......((((((((((((...((((((((((.(((((((.((..(((.....((((....)))))))..)))))).))).))))..)))))).))))))......)))))).......(((........))))))))))))..).)))((((....((((((((..((.(((....))).)).))))))))....)))).((((((((.......(((((.(((...(((((((((..((((((((.((((..((.((.((((((..............)))))))))).))))((((.(.(((.((..........)).)))).))))((((....))))((((((...))))))...))))))))((((((((...(((((..(((....((((((((((((.((((........)))))))))))..(((.....))).((((.((.((.((((........)))).))..)).))))...(((((((((((....((((.((((((((.((((....(((((((((..(((..(((((((((((......((((........((((((.(((((.((((..(((((.((((((((((((....((((....)))))))))))))........(((((..(((((((........(((..((........))..)))(((..((((.....)))).)))...))))))).(((((....((((.(((.......))).......(((((....((((((.....))))))......)))))..))))))))).)))))..))).)))))..))))...))))).))).)))...)))).......))))))))..(((........)))........(((.....)))...)))..))).)))))...))))...))))...)))))))).))))..)))))..........((((((((((((.((((((((((((.((....(((....(((.(((.(......).))).)))))))).)))).)).)))))).........))))))))))))))))))....(((((..........))))).)))))....))).))))).))))))))........(((((((((....)).)))))))))))))).)).))))))))(((((((((((......)).((..(((((((((..((((((..((((.((.(((....((...((.(((((((.((((((.(((((((..((.......(((((((((....)))))))))..(((..((((....))))..))).((((((...)).)))))).))))).)))))).))))))))))).....(((((((...((...((((.....)))).))..))))))).....))....))).)).))))))))))..)))).)))))..))((..((((((((...(((((((((((.....)))).....(((((((((........))))))).)).......((.(((((.((((((.....)))))).))))).))((((((.......))))))(((......))).(((.((.(((..((((((...(((......((((......))))....)))...)))))).))))).))).....)))))))...((((((.((((((.(((((((((((((((...)).)))))))))...((((.(((.(((((((((....(((.((.(((((.(((((..((((.(((((((....(((.(((((((...(((((.(((......((.((((((.........)))))))).........(((((......)))))...........))).)))))..))))))).))).((((.((.....)).))))..........)))))))((((((......(((((.....)))))......)))))).....))))..))).))))))))).))).....(((((((.(((((.((((..((((..(..((((((((.....((((((...(((((..(((..((((((((((.(.(((.....))).).).))).).)))))...((((......))))))))))))(((.((((.((...)).)))).)))..))))))..))))))))..)..))))..)))).)........)))).)))))))..))))))))).)))...))))...(((((..(((.....((...((((....)))).....)).....))).))))).)))).))))))))))))))))))))..))...(((...........)))(((((.(((((((((((((..(((.(((((((((((...(.(((((((((.(((..(((((((((((((((.....(((....((((....)))).....))).....))))).....((((....))))(((((((.((((((..((((((((((((............((((.......)))).............))))))))).......(((....)))(((((....))))).(((((((......((((((........(((((.((((((((.((..........)))))).....)))))))))(((((((....)))))))(((((((...............(((((........(((((((.........(((((((((((((((((.((((.(((((..(((..((((((..((((.(((((.(((...((((((.(.(((((..........(((((((..(((.((((..((........)))))).))).((((...)))).....(((((..((..(((((((((.(((..(((((.(((...(((((....((((((((.(((.((.....(((.(((..((.....))))))))))))).)))).)))))))))...))))))))....))).)))))))))..........))..)))))..(((....))).....)))))))..)))))).)))...)))...))).))))).)))))))))).)))(((......)))((((((.(((.((((....)))))))))))))..........))))))))).))).)))).))))..)))))))))))))....(((((((....))))))).....))))))))))))((((((((((((..((((....))))..))))...........(((((...............)))))(((((((((.((..........((((((((((((((.....)).))))))))))))....(((((..(((.(((((((.((.(((.(((........))).))))).)))))))..))))))))(((....))).(((.((.(((((((.((((((...))))))))))))).)).)))))))))))))).)))))))).))))))...)))))))..)))..))))....)).)))))))))))))))))(((((((.((.((((((((.((..(((((.(((((..........(((((((((((((......(((((....)))))...))))))))).)))).(((((....)))))...))))).)).)))...)))).)))))))).))))...)))))))))).))))))...)))))................)))))).)))........)))))))))).......))))))))..)))))))))))))))))(((((((((((............(((((((.((((.((((...((((((((((.(((......((((((........)))))))).).)).).)).))))).)))))))).)))))))(((((((((((((((.((...)).).))))))))........))))))..)))))))).))).)))).))))...))))))))(((((.(((.((....................)).)))...)))))........((.((......))))..)))).))))........(((((...)))))((((.((((..........)))).))))........))))))).............)))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((,(.{{((({..(((({{((((....((((.(((..((,{{..,((,({,(((,...,,,|,,|||...,|})}}}}.))).)))).))))))))).{((({(({{.,{(((,{,,{(({(((((({{.....(((....})}}})}})},}}||||||.......)}))))..........((((....))))(((((....)))))...,{{.,.,.,))),||}}}||||((((({({.((((((((((..(((((((....)))))))((((......)))).(((((.((((((((((((.......)))))))|(.{.(((......))).}.)}..})))).)))))))))))))))}}).)))))}.|||{.|,|,.,|},}}}|.,,||.,|||||||||},|||,,,,,},,,{{(((,,{{{{({{{..((|(,((((((((((,(((((({((..{{.||||||}.}},,,,)))))))))},|||{|{.|{{{,..|,{{,,|||{{,(((((((.......}))))))}}|||}.||||}}}}}||||||,,....,,.,,..(((.(((((((((.....)))))))))..}}}....,,{{{,{,,{{{{(({{{{...,.,||||||||{{{{..,||||||{{{,.,((((((.,,{(((......||||.}}}))),,,,..||||}|,|||.,}||{|{|||||,}|||||,,,,,..,))},.{{{,.,{|||{,..{{.||,}},}}}))}|}),},}|||{,...((((((((..((.(({....))).)).))))))))....||||,.{{,||||(({{{{,{((,..,,,,..|,||||||,..,,{{((({,{{{{..||,{{,(({,,{,,..,|,.,....})))}}}}}}}.}|||{|||.|.|{,,|||||,,,....}},||||.}}})))|,.,.,}}|,{(((((...)))))),,,}}}}))}||{||||||}}.,||||},|}|}}},.,,,,(((((({{((((........))))))))))}{{(((.{,,,((((({{{{{..{({(((,..,,,..{|||,,||.,(((((.,(((((((((....))))))))}.,))))))||,||||..(((((((((.(((((.,(((({{,{(,({((,{{........{((.(((((((,({,...,,,,.{((((....(((((((((....((((....)))))))))))))....))))),.)))))))..})}.,},,,.}}})}}}.,,,}}}}..},))}||{,.((((.....)))).))}.))))).))))))))),||||||},|||,||||||{}},,},.,,||{|||{{.(({(((.....}}))))....}})}||}..{{{{{(((((({((,.....{{{,|........,|||,|,((((((((((.(((.......))).)))))..{((........,,}........))))).|.||}..,{{|,,,.{{|||{..||,|||...,||,.....,.,,},...,},...}}}.........(((((((((((((.((((((((((((.,{....(((..,.{,{,{{|.|.....,),},,.)}})}},..}))).}).)))))).........)))))))))))))...{{{{{.(((((..........)))))|))}}{{{{{{|.{{|{{|{||||,|||{{{{....,,|||||||.,..}}.},|||||}|}||,,.||})|),))))|((((((((((......||.((..(((((((((..(((((,.,((((.((.(({...{({...{(.(((((((.((((((.(((((((..,,,......(((((((((....)))))))))..(((..((((....))))..))).((((((...)),,))))).))))).)))))).))))))))))}{{{.,(((((((...{{...((((.....)))).})..))))))).,,,}},}}}.}}),)).))))))))))..)))).)))))..)){(.,((((((((...(((((((((((.....))))...{.(((((((((........))))))).)}.......{(.(((((.((((((.....)))))).))))).)}((((((.......))))))(((......))).(((.((.(((..((((((..,(((..,...((((......))))....))),},)))))).))))).))).....)))))))...((((((.((((((.(((((((((((((({...,}.)))))))))...((((.(((.(((((((((....(((.((.(((((.(((((..((((.(((((((....(((.(((((((...(((((.(((......{({((((((.........)))))},......,}}}(((((......)))))....,......})).)))))..))))))).))).((((.((.....}),))))..........)))))))((((((......(((((.....)))))......)))))).....))))..))).))))))))).))).....(((((((.(({,{.((((,.((((..{..((((((((...,,((((((...(((((..{{(..{(((({((({..,{{{.....)}},}.,.))).}.)))))...((((......)))))))})))}|||.{{{|,||..,)),)))).)}|,,|}}})),,))))))))..}..)))).,)))).}.,,,...,)))).)))))))..))))))))).)))...))))...(((((..(({.....,....((((....))))...,,|,.....))),))))).)))).)))))))))))))))))))).,))...{||...........}}}((((,,(((((((((((((..(((.(((((((((((...(.(((((((((.(((..(((((((((((((((.{...(((....((((....)))).....))).....))))).....((((....)))){((((((.((((((..(({(((((((((.....,......((((.......))))......,,.....)))))))))..,....(((....))|((({,,.{{||,,,.{{{{{{{......||{||{........(((((.((((((((.{({.........,})))).....)))))))))(((((((....))))))){((((((...............{((((....,...((((((,.,,,.,,.,((((((((((((({(((.((((,(((((,.(((..((({((..((((.(((((.(({,,,(({,,,...{{{((,,,....,,,{{,,,,,..||{,{{|{..,,.,....},}))}}}.},}.{{({...,}}}.......,|||,|{..((((((((({,{(,{({{((.(((...(((((,,,.{{{(((((.({({(,.....{{|,|{|..||,,,,{|||}},})))))}.)))},)))})))))...))))))))}....,)},))))))))..,||{||..}}..))||||.,((....}}},..,|....,||..}},})}.}}}...}}},,.})).})))),}))))))))}.))}(((......))){{{(((,(((.((((....))))))))))))),,........))))))))).))).)))).))))..)))))))))))))....(((((((....))))))).....))))))))}||}((((((((,,((..({{(,||,)}}}..,)}),,.,..,...{(((((...............)))))|(((((((({{({,........((((((((((((((.....))}}}))))))))))....(((((..(((.(((((((.((.{((,(((........))).))))).)))))))..))))))))(((....))).(((.((.(((((((.((((((...))))))))))))).)).))))})))))))),.)))))))).)}))))}}.)))))))||}))..))))....}}.)))))))))))))))))(((((((.((.((((((((.((..(((((.(((({,.........(((((((((((((......(((((....)))))...))))))))},)))).(((((....)))))...})))).)),,))...)))).)))))))).))))...)))))))))).))))))...)))))}...............}))))).)))........)))))))))}.....,}))))))))..))))))))||},,})),)))))))}}||}})}...}}},.(((((((.((((.((((...((((({({{,..{,{,...,((((((........)))))),).}.)).).)).))))).)))))))).)))))))|||,||.}|||}|(({(({{{{|{|,|,,|||,},,...},,))))}})))).)))))),)))))}}|}||||||||||,,,,(((((.(((.((................,...)).)))...)))))........)))))),}}}},,}}...........}}}}))))}|,||}}.,,)),{{{,.,,,|..........}},}.})))}}|,.,}}}}}}},,........,,,}}}}}|||....)))}.
Back