Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018995.3
Sequence Length
3957 nt
GC Content
0.5102
AUUGGUGGCGGGCGGCGGGAGCGGCGCGGGCGCGUGCGGGCGGCGGCAGCGGCGGUGACGGCAGCCUAGGCCGGGCGAGGGCCAUGCUGAGCCUCGCAGCCAAGCUGGUGGCCUUCUUCUGGAGGACGGCGGACACCCCUAGGGAGGAAGCCGGGCAGCUGGAGCCCGAGCUCGCGGAAGGUGACACUAAGCUGAAAACUGUACGGGGUGUCGUGACAAGGUACUGCAGCGAUUAUGGCAUGAUUGAUGAUAUGAUCUACUUCUCCAGUGAUGCUGUGACUAGCAGAGUGCUUCUGAAUGUUGGACAGGAAGUGAUUGCAGUUGUGGAAGAAAAUAAAGUGUCCAAUGGACUGAAAGCAAUCAGGGUAGAAGCUGUCUCUGAUAAGUGGGAAGACGACAGCAGAAACCAUGGGAGUCCCUCAGACUGCGGCCCCCGAGUGUUGAUUGGCUGUGUGACUUCCCUGGUGGAGGGCGCAGGCUGUAUCAGUCAGACCACCUACUUCUCUCUGGAGAGUGUGUGCGAAGGCUUCGAGCCCUGCAAGGGAGACUGGGUGGAGGCUGAGUACCGGAUCCGGCCUGGCACGUGGAGCAGCGAAGCCACCUCAGUGAAGCCACUGAGAUACAAGCGCGUGGACAAGGUCUGCAUCUCUAGCCUCUGUGGAAGGAACGGGGUGUUAGAGGAAAGCAUCUUCUUUACCUUGGACUCCUUGAAACUGCCAGAUGGGUACACACCCCGGAGAGGUGACGUGGUCAAUGCAGUGGUGGUGGAGAGCAGCCAGUCAUGCUAUGUCUGGAGGGCACUUUGUAUGACCCUAGUGAAGAGGCGAGACGCCGCCCCUGUUCAUGAGGCCACUCAUUUCUAUGGAACGAUUUUGCUGAAGAACAAAGGUGAUAUUGAAGUUACACAGGUGACGCAUUUUGGAACCCUAAAGGAAGGAAGAAGUAAAACCAUGGUGAUCUGGAUAGAGAAUAAAGGAGACAUUCCUCAAAACUUAGUCAGCUGUAAACUGGCUGGCUGGGAUAAAUCUAAACAAUUCAGAUUCCAAAUGCUGGAUAAAGACCAGAUGUGCCCCGUGGUAUCUUUUGUUUCUGUUCCUGAGAAGGAGAAUUCAUCAGAUGAAAAUAUUAAUUCAUUAAAUAGCCACACAAAAAACAAAACCUCUCAGAUGUCGGAGAGCAGUUUGGUGAACAACAGAGGAAUCUCUCCAGGUGAUUGUACCUGUAAAGGAGAAAAUGGAGAAAAAGACAACAUUCUAUCAAGGAAGCAGAUGACAGAGCCUGAGCCUGGGGGGCUUGUCCCUCCAGGGGGAAAAACCUUCAUUGUGGUCAUCUGUGACGGAAAAAAUCCUGGCCGCUGCAAGGAGCUCCUUUUGCUCUGUUUUUCCGAUUUCCUAAUUGGGCGAUACCUUGAAGUAAAUGUUAUCAGUGGGGAGGAGUCACUAAUUGCUGCGCGCGAACCAUUUUCUUGGAAAAAGCUUAAAAGUUCACAAGCGUUAACAUCCGCAAAAACUACAGUUGUUGUGACCGCACAGAAAAGGAACUCAAGACGACAACUUCCAAGUUUUCUUCCCCAAUAUCCAAUCCCAGAUAGACUUAGAAAAUGUGUGGAACAAAAAAUUGACAUCCUGACUUUCCAGCCAUUACUUGCAGAGCUUCUGAACAUGUCAAAUUACAAGGAGAAGUUUUCGACUUUGCUGUGGCUUGAGGAGAUUUAUGCAGAAAUGGAACUGAAAGAGUAUAACAUGAGCGGGAUCAUCUUAAGAAGGAAUGGGGAUCUGCUGGUUCUGGAGGUCCCAGGGUUGGCCGAAGGGAGGCCUUCUCUCUACGCAGGUGAUAAACUGAUUUUAAAAACUCAAGAGUACAAUGGACAUGCCAUCGAAUACAUCAGCUACGUGACUGAGAUUCAUGAAGAAGAUGUAACUCUUAAAAUUAAUCCAGAAUUUGAACAAGCCUAUAACUUUGAACCUAUGGAUGUGGAAUUUACAUAUAAUAGGACCACAAGCAGACGGUGUCACUUUGCACUUGAACACGUCAUCCACUUAGGUGUAAAAGUGUUGUUUCCAGAAGAAAUUAUUUUACAGUCUCCACAAGUGACGGGAAAUUGGAACCAUGCACAAGACACCAAAAGCAGUGGACAGUCCACCAGCAAAAAGAAUAGGAAAACAAUGACGGACCAAGCUGAGCAUGGAACAGAGGAGAGGCGUGUUGGUGACAAGGACCUGCCGGUGCUGGCACCCUUUACUGCAGAGAUGAGCGAUUGGGUAGAUGAAAUUCAGACCCCUAAAGCAAGAAAGAUGGAGUUUUUCAACCCAGUGCUAAAUGAAAAUCAGAAGUUAGCAGUUAAAAGGAUUCUGAGUGGUGACUGCCGUCCCCUCCCGUAUAUUCUCUUUGGACCUCCUGGUACUGGAAAGACAGUGACAAUAAUAGAGGCUGUUUUACAGGUACACUUUGCCUUGCCGGACAGUCGGAUUUUAGUCUGUGCGCCCUCCAACAGUGCUGCUGACCUCGUGUGUCUGCGGCUGCACGAGAGCAAGGUGCUACAGCCGGCCACCAUGGUCCGGGUGAACGCCACCUGCAGGUUCGAGGAGAUAGUUAUUGACGCCGUCAAACCGUAUUGCAGAGACGGAGAAGACAUCUGGAAAGCCUCACGCUUCCGGAUAAUCAUCACCACAUGCAGCAGCUCAGGGCUGUUUUACCAAAUAGGAGUGAGAGUUGGGCACUUCACUCACGUGUUUGUGGACGAGGCUGGGCAGGCAAGUGAGCCGGAAUGCCUCAUUCCUCUGGGGCUGAUGUCGGACAUCAGUGGCCAGAUCGUGCUGGCAGGAGACCCCAUGCAGCUCGGCCCAGUCAUUAAGUCCAGACUCGCCAUGGCCUAUGGGCUGAACGUGUCCUUUUUGGAACGGCUGAUGUCUCGACCCGCGUACCAGAGGGACGAAAAUGCUUUCGGUGCUUGUGGCGCACAUAAUCCCCUGUUGGUCACAAAGCUGGUGAAGAACUACCGGUCCCACGAGGCCCUGCUGAUGCUGCCCUCACGGCUGUUCUACCACAGGGAACUCGAGGUCUGUGCGGACCCCACAGUGGUGACCUCCUUGCUGGGCUGGGAGAAGUUGCCUAAGAAAGGCUUCCCUCUCAUCUUCCAUGGUGUGCGGGGCAGCGAGGCACGGGAGGGAAAAAGCCCAUCGUGGUUCAACCCGGCCGAGGCCGUCCAGGUCCUGCGCUACUGCUGCCUCCUGGCCCACAGCAUCUCCAGUCAGGUGUCUGCCAGCGACAUUGGCGUCAUCACGCCCUACCGGAAGCAGGUGGAGAAAAUCAGAAUUCUUUUGCGUAAUGUUGAUCUGAUGGAUAUAAAGGUUGGAUCAGUAGAGGAGUUUCAAGGACAAGAGUAUCUGGUCAUCAUCAUUUCGACCGUACGGUCAAAUGAAGAUAGAUUUGAAGAUGAUCGAUAUUUUUUGGGUUUCUUGUCCAACUCAAAAAGAUUUAAUGUUGCAAUCACCAGACCCAAAGCUUUGCUGAUAGUGCUGGGAAACCCCCAUGUUCUCGUUCGAGACCCCUGUUUUGGUGCUUUGCUGGAAUACAGUAUUACAAACGGUGUUUACAUGGGAUGCGAUUUACCUCCUGCACUGCAGUCUCUGCAAAACUGUGGCGAGGGGGUGGCAGACCCCUCCUACCCAGUGGUGCCAGAAUCCACAGGACCAGAGAAGCAUCAGGAGCCCAGCUGAUCUGCAGUGGCUGACAGCAGGGAGGCCAUGUGCUCAGCCUGGCCACGUUGCCGUUACAGUCUGCUCCGUGGCUCCUGUGGCCUGCCCUUGUCUCGCAGCCAGGCAGGGUCGUGUGUGGGUGUGGGGCUGCCAGGUUGGACGCAGCUGCUGCUGCCCUGACUUUGGCAUAUGCCAGCCUGUUCCUGCCACAGGGCAGUCACUGCCGCCUACCCUGAAAUAAACCCUCGAGUGACCCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1385.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1455.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 1008.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((.((((((.((((.(((((((((.(.((((.((((.((((((.(((((((((((...((((((((..((((((((....(((((.(.((....((((((((((((....)))))..((((((((((....((((((.....(((((((..((((....))))((((..(((........))).....)))).((((((.(((((.(((((((((.(.((..(((((((((.((((..((...........))..)))).)))))))))...)).)))))))).))...((((((((........((.((....)).))..........))))))))(.((((((((((((((((((((...))).)))))))..(((((.(((((.((((......((((((((((.........(((((((..((((((((..((...((((((((((((((.((((((((((((((((...)))))...(((((((..((((((((.((.((.((.((....))..)).)).)).).))))))).)))))))((((((((..((((.((((((..(((((.(((((..(((.......(((((((....))))))).......)))((((((...))))))..(((((((((((((.......)))))).)))))))....((.((((((((.((((((..(((..((((.(((......(((....)))(((.((((((((.((((((.((((((.(((((((....((..((((.(((...))).))))((((((.......)).)))).........))....))))))).)))..)))..)))))))))))))).)))..((((.(((((..........))))).))))..(((((....)))))))))))))))..))..)))))))))))).))...(((((((..((((((...........((((.....)))).....(((((((((((.......)))))))))))....((((.........))))((((.....))))......)))))).....))))))).((((((((...((((((((((((......))).))))(((((........)))))..................((.(((((((((........)))))..)))).)))))))))))))))....))))).))...(((((((((((((((((((((((.......((.((((((((.((((((..((....((((((((.....(((((((((.....)))))))))((((....((((((..(((((((........(((.....)))))))))))).))))...))))...))))))))...((((((....))))))))....))))))))..)))))).)).(((.(.((.(((.....))).)).).)))...))))))))))(((((((((((..(((((.....(((........)))..........((((((.(((((..........))...))).)))))))))))..))))))).)))).............(((.(((...........))).)))........((((...(((((.(((((((((((((.((.(((...(((((.((...((((.....(((((.(((...)))..)))))...)))))).))))).....))))).)))))..(((((((((((((....(((.(((((((((((....((....((((...(((((((.((((((((((((((((((((((.((((((.....)))))).))(((........))).............((((((...((((.....))))....((((((..((.(((((.......))))).))..))))))))))))....((((........))))....)))...)))))))..(((((..(((((.......))))).)))))(((..........)))((((((.........((((((((.((..(((.(((((....((((((.(((((.........(((((...(((.........)))..)))))))))).)).))))...)))))....((.(((((...)))))..)).......................(..(((.((...)).)))..).)))..))))))))))))))))..)))))).)))).)))))))))))...))...))))))(((.(((((((.((.(((((((......((......)).......))))))))).))))))))))..............(((((.((.(((.........))).)).)))))...))))))))...)))))))).)))))(((....))).)))))))).))).))))))...........)))))))))))))....)))..))))))...))))..)))))))).))))))))))).))..(((((.((((....).))).)))))(((......))).((((.(.((.(((((((...))).)))).))).))))..(((((((((.((((.(...........).)).)).))))....)))))....)).))))..((((((((.((.....))))))))))..))).)))..))..))))).))).))))))).....(((((((((((((.(((.....))))))))).).))))))(((((..((((((((.(((......)))((((((...))))))(((((.((((((((...))))))))..))))).((.((((.((((.....)).)))))).)))))))))).....)))))))))).)))))(((....)))....(((.(((.....)))))))))).)))))...)))))((.((....)))).....)))))))))).)(((((((..(((........)))..))))))).(((((((......)))))))..))))).)))))).....)))))))((((.(((((....((.((.(((........))).)).)).....))))).))))))))))((((((((((((((.....((((.....))))..(((.(.((((......)))).).)))((((((((.(((((..(((......))).))))).))).....(((..(((((.....)).)))..)))...)))))))))))))))..))))..........)))))))))).(((((((((((((....)))))(((((.......))))).........((((((((((((.......(((((((((..........)))))))))))))))))))))...(((((((((((((.(((((((.(((..((((((....))))...........))..))).))))))))))))..........))))))))...............))))))))..)))))))......((((((((.(((...((((((.....(((((((((((....))))...((((((..(((...(((((.....))))).))))))))).....)))))))...........((((((...(((..((((((.......((((.((((((........))))))))))((.((((.........)))).))..)))))).))).))))))))))))..))).)))).))))....)).).))))))))).)))).))))))))..))))))))))).).))))))))).)))))))).))))))))..((((((((.(((.(((......))).))).))))))))(((((((((((..(((((....))))).))))).))))))...))...)))))))))))))).(((..((((((..........................)))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{({(({(((,(((((({(((({(((((((((.(.((((.((((.((((((.(((((((((((.,.((((((((..((((((((....(((((.(,((...,((((((((((((....)))))..((((((((((....(((((((((((((((((((....(((.{((((((((,((((.,((({..,,,,...,((((,{(((({{((((({{,.(({,,,,{{{{{{(((((,(((.,,,,}}|,,}}}}}}..{{||.{||||.,}}}|||||{{({({(.,{(((((,,..,((((((((.....{..((.((....)).))..........))))))))|.,{{|||||||{{((((({{{...)}},||||}}}..(((((.{((((,((((,,...(((((((((((.....,...{(((({{..{{{{||||..{||}|||{{|||||||{({,{(((((((((((((((..,|||||...(((((((..((((((((.((.((.,{.((....))..},.)).)).),})))))).))))))){|||||{{,.{{((.((((((,,((((({((({(..(((...,.,.(((((((....))))))).......}}}((((((...)))))).,(((((((((((((.......)))))).)))))))}...((.((((((((.((({((..(((..{({{.(((.....{(({....}))|({.((((((((.((((((.{{((((.(((((((....{(.,(({({((({{.,||{||,,,|||||....}}}))}),|}........,))....))))))).)))}.,))..)))))))))))))).)))..((((.(((((..........))))).})))..(((((....))))))))}))})))..))..)))))))))))).))...,|||||(.,((((((....,,.....,((({...|||||,....((((((((((({.....,)))))))))))....,{{{.....,||{||}}|{{{....|)))},....,})}}|},|||,,,}}))),|{{{{{{{|,.{{{((((,,,,|}}},..|||,||}|(((((........)))))}..................,.,{,,(((((.,....,.)))))..})))))))}},,}}}))))),,.}))))|{||{,.(((((((((((((,((,,.,(((,......((.(((((({{.((((((..((.{{.((((((((..,..(((((((((.....)))))))))((((....(((({,..(((((((,,,,...,|||.....}}}))))))),}.))))...))))...)))))))).,}((((((....))))))))....)))))),}..)))))).)).,((((((((((,......||{|,.,.,))},.|||,,,,||}||....{{{{....||||.....(((........)))...,,,...{(((((({({{{{..........}}...}},..}))))))))},,,))}|})}))))}}}.,.||},...{{{.{{|...........))).)))........{{{{...{{(((.(((((((((((((.{{{(((,{,(((((.,,,,.((((.....{(((,.(({...,))..))))}...))))}),))))).,},.))))).)))))..(((((((((((((.,..(((.(((((((((((....((..,.((((...(((((((.((((((((((.((((..((((.......))))..))))....,{(({{,,,...|||,,,,,........{(((((.,.((((.....)))).,..((((((..((.(((((.......))))).))..)))))))))))).,,,||,...,,...,}}}.....{||,....{||{{..(((((..(((((.....,,)))}}.))))).,|,.,.|,....|||||||||{{{{{({..((((((((.(({.,{|.(((((....((((((.(((((,........{((((.,.(((.,.....,.)))..}))))))))).)).))))...)))))....((.(((((...)))))..))..........,............{..(((.((...)).)))..),},)}},,))))))))}))).},.)))))).)))).)))))))))))...))...))))))(((.(((((((.((.((({(((,.....((......}}.....,,))})))})).))))))))))...,,....}}},.{{{{{.((.(({.......,,))).)).))))).}.))))))))..})))))))).)))))(((....))).)))))))).))),),}}}}........)).)))))))))))))..,})))..)))))}..,))))}}))}))))).))))))))))}.}}|.{{{{{||.,((((((({|(...})),))))))).|||,(((({,.((.(((((({...})).)))).))..,)})}}||||,(((({((,{.,...,|,.}}}},,})|)).,,}},,.,|}}}},,}}}}.||.|{.(((((({{{((.....))))))))))..)),}),},.}},,)))||||||,}||||}}.....((((({{(((((({{((.....))))))))).}.})))))(((((..((((((((.(((......)))((((((...))))))(((((.((((((((...))))))))..))))).((.((({,((((.....)).)))))).)))))))))).....)))))})}}).)}))))||...,))},...(((.(((.....)))))))))).)))))}..))))){||{{,|{{|||{,....,}})))))))|){(((({{..{||.......})))}})))))),.|||||{|}}}...}}}}|}}|||,{|||}|||||,||..||,|||.,,,,))).}|....,|.||}|},.}},}.|||||.}}.)))))}},)))))))})))))),,}),))))))))...))))))))......)))))}}}))))........,(({(((,(((.(((.(((((((((,.(((.....,||}.,},.|||,..,))){((,,{((((.....)),)))}.}},.}}),))))))))).))).,.))))}.}},....)))))))))).(((((((((((((....)))))(((((.......)))))......,,.((((((((((((.......(((((((((..........)))))))))))))))))))))...(((((((((((((.(((((((.(((,,({((((....)))),,,,,,.....))..)}}.)))))))))))}.........,))))))))..........},.,.))))))))..,))))))......{{{{|{{{.{{{.,.{(((((.....((((((({(((....)))}...({((({,|{((...(((((.....))))).}})}))))).}...)))))))...........((((((...(((..((((((.....{{((((.((((((........))))))}|||({.{{|||........)))),)}..)))))).))).)))))))))))),.})).)))}.)))),.,.)).),))))))))).)))).)))))))),.))))))))))).),)}))))))).))))}}))}}))))),...((((((((.(((.(((......))).))).)))))))){((((((((((..(((((....))))).)))))}}}))))...}},.}))}))))))))),}.{((|{(,{,||}}}},}}.}}}},.............,}},}}.,,,.
Back