Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_019860.4
Sequence Length
3374 nt
GC Content
0.5047
GCACUCCGCAACUUCUGCCGCUGCCGCCCGGGCGCUCUCGGCGCAGCCGAGCUGCUGCUGCGAACUGUGGAGCUGCCAGCGGAGCCCAGCCCGAGCUCCCUCGACUCCGCGCGUCCCAGGCGUCCGUCGGGGGCCGAAGCGCCUCCCGCAGGGAGUCCCCGUGAGGCCGCGCUGCCGCGUUACCCGCAGCGGCCGGGGGUCCGGGGAGUGCGGGGCUCCGAGACAGAGCCAGGCGCCCCCCAGCGGUCGGCGCGGGCCCCAUGGCUGGGCCGGGCGGAGCGGAACCGGUGAGGUGAAGCCCCGGGGCCGGCAGCCGGAGGCGCGUGGCCGGGGCGCCGGCUCCAUGGGCAGCGGCACACGGCGGCGCGAUGAUGGACGUUAACAGCAGCGGCCGCCCGGACCUCUACGGGCACCUCCGCUCUUUCCUUCUGCCAGAAGUGGGGCGCGGGCUGCCCGACUUGAGCCCCGACGGUGGCGCCGACCCGGUCGCGGGCUCCUGGGCGCCGCACCUGCUGAGCGAGGUGACAGCCAGCCCGGCGCCCACCUGGGACGCGCCCCCGGACAAUGCCUCCGGCUGUGGGGAACAGAUCAACUACGGCAGAGUCGAGAAAGUUGUGAUCGGCUCCAUCCUGACGCUCAUCACGCUGCUGACGAUCGCGGGCAACUGCCUGGUGGUGAUCUCCGUGUGCUUCGUCAAGAAGCUCCGCCAGCCCUCCAACUACCUGAUCGUGUCCCUGGCGCUGGCCGACCUCUCGGUGGCUGUGGCGGUCAUGCCCUUCGUCAGCGUCACCGACCUCAUCGGGGGCAAGUGGAUCUUUGGACACUUUUUCUGUAAUGUCUUCAUCGCCAUGGACGUCAUGUGCUGCACGGCCUCGAUCAUGACCCUGUGCGUGAUCAGCAUUGACAGGUACCUUGGGAUCACAAGGCCCCUCACAUACCCUGUGAGGCAGAAUGGGAAAUGCAUGGCGAAGAUGAUUCUCUCCGUCUGGCUUCUCUCCGCCUCCAUCACCUUACCUCCACUCUUUGGAUGGGCUCAGAAUGUAAAUGAUGAUAAGGUGUGCUUGAUCAGCCAGGACUUUGGCUAUACGAUUUACUCUACCGCAGUGGCAUUUUAUAUCCCCAUGUCCGUCAUGCUUUUCAUGUACUACCAGAUUUACAAGGCUGCCAGGAAGAGUGCUGCCAAACACAAGUUUCCUGGCUUCCCUCGAGUGGAGCCAGACAGCGUCAUCGCCCUGAAUGGCAUAGUGAAGCUCCAGAAGGAGGUGGAAGAGUGUGCAAACCUUUCGAGACUCCUCAAGCAUGAAAGGAAAAACAUCUCCAUCUUUAAGCGAGAACAGAAAGCAGCCACCACCCUGGGGAUCAUCGUCGGGGCCUUUACCGUGUGCUGGCUGCCAUUUUUCCUCCUCUCGACAGCCAGACCCUUCAUCUGUGGCACUUCCUGCAGCUGCAUCCCACUGUGGGUGGAGAGGACAUUUCUGUGGCUAGGCUAUGCAAACUCUCUCAUUAACCCUUUUAUAUAUGCCUUCUUCAACCGGGACCUGAGGACCACCUAUCGCAGCCUGCUCCAGUGCCAGUACCGGAAUAUCAACCGGAAGCUCUCAGCUGCAGGCAUGCAUGAAGCCCUGAAGCUUGCUGAGAGGCCAGAGAGACCUGAGUUUGUGCUGUAAGACAAAAUGCUGACUACUGUAGAAAAAAAGGUCAUGAUUCAUGAUUGAAAGCAGAACAAUGGAGAUGAAAUAAACAAGGCAAAAUAGAGGUGGAAACAGAAGGAAGUCAUUUGCUGAGUCUGCAGAAUGGAAUGCAGCUUCUGUCCUUUCUUGGGAUGUCUAAAACAUGACAAACAGGGUGAUCUGUUGUACACACUAUCUUAUGAGGGAGAUGGUGACUUCUCCUUUUUUCUGUGGAUCAGUGCUAUUGUGUGUUCUCAGUUUAAGAUAGCAGAUCAUCUCAGCAGUAAGCACACCAACAGAACUGAGUUCCAGAAAGGAAGCAGUUUCUGGUGCUUUGCAUAUGUCCAAAUCCAUGCAAGUGGGAGAAAGUUCCAGUGCACACUUCCCAUGCUUCUGAGUCUAGGCGUUGUGGUGAAUAUGCAGGAAUCAUUCAUGAGACAGAAUGUAUUUUGUUGUAUGACAGAAGGCUUUUCCAAGCAAACUGCGGUGAGCGUAGUGUUGAAUAUGUUGCAUGUCCAUGUUAGAAAACAGAAUCCAGUCAUCAGCUAAUACAAAUGAUUUCCCAGAGCAGUGUUUGUUUCAAGCUUCUGUCAAAUAGUUUGGCUUUUCUGCAGGGUCUCUGUGAUUUCCCCACCUAUGUACUUUUCUGUGUUAACUCACUUAUUAUGGUAUAACUCAGGAACAGGUCUCAGGAUGGAGAGAAGCAUACAACAUGAGCAAAGCUUUUUCUCGUGCUCUGAAGGGUCUUGAGAGGGGAGUGGGAUGCCUUCUGUGAGGAUUUUUAUCGCAGUGAAGCUCAAGUGGUACCCAACUGCGUUGUAAUUAACAUGAUUAUUGGCAUGUUUUUGACUCUCAUUUUCUACAAGGCUGCAGUGGGCCCACCCAUGGGCUGGCCCAUAACUGUAUGUUAUGUGGAAGAAGUGUGGGAAUGAUGGGUUUUCCAUGAAAUGUGAUGCUUCUGGAGAUGGGGCAUAAACAUGUUCAUUCUUGUUGAGCUGCAUUGUGUUAAACCAAAUUGUGUGAAGCGAGGUCACCUGGACCACUCUUGGGAAAUGCUUCAGAACACCAGUCUGUUCCUUCUAGAGAAUUUGUUUUUGUGUUCUAUGUAUCUUAAAUCAAAUGUGUGCCUAAGCAAUUCUGUCCUCUGAUUCCCACCCCUACCCACCAAAAAAUGGUAGACAUGAAAGGCAGGUGAGGAAACAGAAAAGGUCUCUUUGCAGAUAUAUAUUUUUUAAAUGGCACUAUGUAGUAAUUAAGAGCUAAGGAGACAGAAAGACAGUAGAUGAGAAUAGAAGAGUACCUGUACCUACAAGGGGAAAAAUGAAUGCAAUUCUUUAUUUGAUAAGAGUGAACUGAAAGAGAAUAUUAUUUUCCUACAAUAAAGCAAGCUGUCCUCUCACAGGAUAAAGUGGAAUUCUGACAUGGAUUAUGGACUUCUUCUAACUCCCAUUGACAUUGCUUCUUACCAGACAUGGGGAAAAGCUACCUUUCCUGAAAGGGGAGGAGGGCACUGUCCUUUCAGACAAAGCUUGUACAAAUUCCUGAACCGCAAAUUUGCUGAAGUGACCGUAUAUAUUAUAUUCAUAAUUUAAAUGAUUAUUUAUGGUCAGAUACAUAUUGUUAAACUUGAAAAUGUUUUAUUACAUUACAUCAAAUAAAGUUUAUUUGUAGCUGAAAUAAAGCAACGUAAGUAACAAUUUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1183.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1248.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 856.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((..(((.((.((.((.((.((((((((...)))))..))).)).)).)).))))).))))))).)))(((((((((.(.....).)))))((((((((.((((((((((((.(((((..((.(((((..(((((((..((.(((....))))))))))((((((((((.((...((((..(((((((((((((((((.((((..(((((.......)))))..)))).)))).(((.....)))))))))).)))))).(((((...........)))))........((((.(((((((((.(((...(((.....)))..))))))))))))..)))).)))).)).))))))))))....((........))))..))))).))))))).....(((((((((.((((((...(((((...))))).)))))).))).))))))....((((((((((.(.((......))).)))).)))))).(((((((((.....((((.((.........)))))).)))))))))))))))))))))...((((.......))))(((((((.((.....))..))))))).))))))))..(((.(((((.(((((......)).))).))))))))((........))((((....))))((((((..((((((((((((((.....)))))((.((((((((....((.((......))))....)).)))))).))....((((((((..((((((.........))))))..))))))))((((((.(((((((((((..........)))).(((((((...(((.((.((((((((.(..((..((.((((..(((((.(....((((((.((((.((.(((....))))).))))...))).)))).))))).((((((.....)))))))))).))..))..).)))))))).)).)))((((...((((((((((.(((.(((((((...................))))..)))(((..((....))..)))...(((((((.(((..(((..((((..(((.((((.(((((((((....).))))).))).))))...))).)))).....)))..))).)))).)))..........((..(((((((((.(((........)))...)))))))))..))...))).))))))))))(((.((((.(((......)))...)))).)))......(((((((((.((.(((.....(((((((.(.((.....))).)))))))....))))))))))))))....)))))))))))(((((((.((((((((.((...)).))))))...........)).)))))))....((((((((((((..((...((((((((((....(((((((....((((((((........(((((((((((((...(((.((((((...)))))).))).))))))......................((((((.........)))))).))))))).)))).))))...)))))))...((((........))))...((((((((((((....))))..((((......))))))))))))..((.((((((((.(((((((........))))...))).)...((((((((((...(((((((...)))))))..............((((.(((((((((((..((.........((....))....(((((((((((((((((.(((....((((((((((((....(((((.....)))))(((........)))......(((((((((((((...(((((((((......))))))))).......(((....(((.(((.((..((....)).)).))))))...))))))))))))))))((((((.((.((.((((..((((((((..((((.....)))).))).)))))(((.(((((((((...........((((..(((((.....))))).))))((((..(.((((((........)))))).).)))).)))))))))...)))(((((.(((((((....))))))).)))))(((...((((....))))...))).)))).)).)).))))))....))))))).)))))(((....)))......))).).)))))......)))))))))))....))..)))))))))))..)))).((((((...))))))))))))))))))))))).)).((((.((((((..(..((((((((.((((((.((.......)))).)))).)))))).))..)..))).))).))))(((((.......((((...))))......))))).)))))))))))).)))))))).))))))))))).))))))...((((.(((((((.((((((((((((.....)))))...((....((((((........))))))....))((((((((((((((.((((((((((((((..((....))..)))))...)))))).))).))))))))....))))))...((((.....))))(((((((.(((((((.......)))))))..)))).))).......))))))).))))))).)))).......(((.(((((((.((((..(((..((((((((((((.(((((((.....((..((((((((.((((..(....(.(((((((.((((..((.((((((.....(((((((((...((((....(.((((((.(((((((((((..((((((.....)))).)....)..)))..)))).)))).))))...)).)...))))...................))))).)))).....))))))))..)))).))))))).))..)))).).)))))))......(((((....)).))))).....)))).))).))))........))))))))........((((((...)))))).........((.(((..(((((((..((((((........))))))....)))....))))..))))).....))).)))).))))))).)))...)))))))))...))))))....(((((((((.((.......)).))))))))).....((..((.((......)).)).))......))))...((((((((.(((((((.............)))).))).)))))))).......((((((..(((((....(((((((((.(((((((................))))).)).)))))))))...)))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.....)).{(((((((((((((,((,,,(((((((((((((((((.{.....).))))))..))).))))).))).}}|(((((({.{{,|{|,,,,}|||.((((((.((.(((((.(((......((((((...(((((..((((.{((,.((((({.,,,{(({,(((((.({{.....})),))))))))}},)))||||,((((..(((((.......)))))..)))).}))).))))..))))).))))))))).))))).)).))))))}||,...((((((((((.((((.(((((((((.(((...(((.....)))..))))))))))))..)))).((((((((.((((.,(((((((.((((((({,(((.,(((({{((((((.......(((((((((.((((((...(((((...))))).)))))).))).))))))....((((((((((.(.((......))).)))).)))))))))))))))))....((((,,({{(({,,{.||||||{{|((((({....|||,|||({{{{(({,....,,{||,||{{({({{{,..{{{{{,.|||||||,{,((({,,..{(,,(((((.((({{......)}.))).))))))}},|||||||,|||{(((..,|)))}||}|})}}))}..{,{.(((((.....))))),})|||||||.....,,.,|,.,..}))))}}}.))}))))||{{|,,..||||||||,.||||{|,..,,,}},))))))}}|||,||||.....})))})))(((((..,.......)))))...))))))))))))))))))......)))).))))))))..(((((.(....((((((.((((.((.(((....))))).))))...))).)))}.))))){{(((((.....)))))||,.{,..((((,..((..((((.(((......))).))))..)),)}))}).},,,,..))))))))))|||,.....})),}))))||{..,,,,..||..|||,.,((({...,,{{{{((((({....})))))....)))),,,..)}}}))))))))).......((((((((((.....((((((((((((.((((((..({{....((((({{((((,,,(((((((.,,,,....|},|.((((((.,..{{{{{.{||{|||,.{((({{,,,,||,.,}..})))...}}},.}||,{.,..||((((((({(({(((.....(((((((.(.((.....))).)))))))....))))}))))))},...,,|||{...{{{,(((((((.((((((((.((...)).))))))..........}}).)))))))..,}))))}}}},))))}.}}}}}},..}}}.....))))))))))))))))))..,......,({((((((((((((((.....,(.{{(((((.(((((..((((((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))...(((((((((...{{{{..{{(.((((........))))..))}..||}}})))))).)))...,,{{,,,...}}||||||||||||{{,{,,{{(((,{{((({(((,(({,,.||....,,,||||.{{{{{{{{|,...|{(((((...|}}}}}},,..,{.,,,....((((.(((((((((((..((.........{(,...,),...(((((((((((((((((.(((..,.((((((((((((....(((((.....))))|(((........))),....{(((((((((((((...(((((((({..,,,,||||}|}}}.,.}}}}|||,...(((.{{{,{|,|{{..,,|}|}},}}.))}...,}})))))))))))))|(((((.({.((.((((..((((((((..((((.....)))).)))))))))|||||{{((({,{..........|||||,,{||{{....,||||,.||||,,,(,{{{(((({(,,......)))})}.}})),),)},))))))},,,..(((({.(((((({....})))))).))))){{|,..((({....})))...}}),)))).)).)).))))),....))))))).))))){{{....,}}....,.))).).))))).....,)))))))))))....))..)))))))))))..)))),||{{,,...)))))))))))))))))))),},{||.......}}}....,....,{{{{(,({{{..,||}....,,})))})))),)))),,)))))))).)).)))))))..)))))...((((((.(({....}),))))))....)))))))..))))))))(({(((({(((((({,..}|}|,,,{(((.(((((((.((((((((((({.....}))}},,,({,,,||||,|||,,,,.{{||{{{({.({.{{({(((((((((((.((((((((((((((..((....))..))))),..}))))).))).))))))|(((((((.(.|.,.((((|...,)))).|..|.}.)))))))}..}}}})))))).,})))))))}}......))))))).))))))).)))}..,..,,.,.,{{{|{,|,,{{.||.{|,,},,))|,||||..|||}}}(((((((.{{...(((({{...}}.))))......,.)))))))..)))))))),.,,...)))))))))}.)),....)))))))).....,,,,,,}}}}}}}}..,}}..))))))))))))))))))((((((({..........((((((((((........,,,{{{{{,.,.{{....,}}.}}..}}}}}})).)))))))).....,.{{((.((((.((.(((((((((.((,{{.,,,,,.,|{((({,,,,{,.{,,.,((((({,,{{....,}})),,,..,,,,|||||}.}}}))))))}........,|,..,{(((({.....}))}},...},.{{(((......)))))..))))}}))))))..)).)))).,}.,}},)))))))).)))))))))).{{(((..,{{,,(((((((((.((,....,.)).)))))))))..|,})))},,.{{......}}....{{{....))).))))}(((((((.{{({{((..,.,........)))),})}.))))))),.......((((((..{((((....(((((((((.(((((({..,((({,...})}}}))))).)).)))))))))...)))))))))))......
Back