Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_020152.4
Sequence Length
2601 nt
GC Content
0.4837
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-883.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -929.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 670.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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